genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68198682--68198840	87	1.8	86	86	1	228	27	17	22	33	1.96
68199642--68199831	95	2.0	93	85	4	256	30	23	9	36	1.87
68215421--68215477	26	2.2	26	87	0	78	21	47	19	12	1.81
68218096--68218181	28	3.0	28	80	9	111	29	31	13	25	1.94
68218087--68218173	28	3.1	28	77	9	104	27	33	14	24	1.95
68219496--68219527	16	2.0	16	93	0	55	6	9	34	50	1.60
68222404--68222509	29	3.7	29	85	1	142	30	28	14	27	1.95
68224494--68224715	48	4.8	45	77	10	189	24	28	18	28	1.98
68224599--68224715	46	2.6	44	83	5	146	26	29	16	27	1.97
68225117--68225178	30	2.1	30	93	0	106	22	24	19	33	1.97
68227819--68227994	56	3.5	46	87	9	165	48	9	22	19	1.77
68227841--68228036	56	3.6	56	96	2	353	47	8	23	20	1.77
68229170--68229392	40	5.7	40	85	6	278	24	21	28	25	1.99
68235837--68236012	56	3.1	56	100	0	352	44	9	23	22	1.81
68237143--68237367	40	5.7	40	85	5	287	24	21	28	25	1.99
68246002--68246054	26	2.0	26	100	0	106	28	7	26	37	1.83
68263384--68263428	21	2.1	21	91	0	72	31	2	31	35	1.70
68263892--68264023	52	2.6	52	80	2	151	28	15	25	31	1.95
68264034--68264174	51	2.7	53	78	10	141	27	16	26	29	1.97
68269629--68269764	52	2.7	50	80	4	130	25	17	25	32	1.97
68275118--68275250	51	2.6	51	98	0	257	24	22	24	29	1.99
68277684--68277720	15	2.5	15	90	0	56	16	5	18	59	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68280829--68280858	13	2.3	13	94	0	51	33	6	3	56	1.42
68281523--68281568	21	2.2	21	84	7	58	21	4	2	71	1.14
68285614--68285667	12	4.5	12	84	6	56	53	18	20	7	1.68
68288027--68288088	26	2.4	26	88	0	97	40	25	14	19	1.90
68294112--68294395	88	3.2	88	68	10	236	29	15	26	28	1.96
68294044--68294450	177	2.3	176	86	1	555	30	17	23	28	1.97
68296060--68296089	13	2.3	13	94	0	51	33	6	3	56	1.42
68296738--68296786	22	2.2	22	86	13	66	22	4	2	71	1.13
68296749--68296786	16	2.4	16	82	8	51	18	2	2	76	1.02
68296752--68296795	21	2.1	21	83	8	54	22	4	2	70	1.17
68298393--68298425	16	2.1	16	100	0	66	24	15	6	54	1.63
68307340--68307494	39	4.0	39	89	0	238	25	20	26	27	1.99
68307340--68307522	78	2.3	77	86	5	224	25	21	26	26	2.00
68330554--68330589	18	2.0	18	100	0	72	66	5	0	27	1.13
68333180--68333215	10	3.6	10	100	0	72	36	11	0	52	1.37
68335062--68335108	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
68335515--68335690	50	3.5	50	76	10	189	27	15	23	32	1.95
68335461--68335690	100	2.3	101	86	3	320	26	15	24	33	1.95
68335902--68335933	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
68341779--68341825	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
68342177--68342409	50	4.6	50	76	7	184	25	18	24	30	1.98
68342276--68342428	50	3.0	49	75	9	155	25	20	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68342228--68342428	101	2.0	101	88	1	296	25	20	25	28	1.99
68346860--68346978	6	19.3	6	69	20	77	48	15	16	19	1.81
68346910--68346967	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
68346869--68346978	31	3.5	31	91	3	159	49	14	17	19	1.80
68347115--68347216	27	3.8	26	87	5	123	36	20	23	19	1.95
68347375--68347438	22	2.9	22	79	9	76	34	23	21	20	1.97
68347865--68348086	27	8.3	27	82	5	256	25	20	19	34	1.96
68347893--68348086	80	2.4	80	85	7	234	25	19	19	35	1.95
68348143--68348301	27	5.9	28	86	2	114	30	10	20	38	1.85
68348127--68348572	81	5.5	80	83	3	385	30	8	20	39	1.83
68348132--68348580	54	8.3	54	88	1	587	30	8	21	40	1.83
68348186--68348580	27	14.6	27	86	0	529	30	8	20	40	1.82
68350784--68350943	49	3.3	47	79	8	155	31	20	26	22	1.98
68355290--68355324	16	2.2	16	90	10	54	65	0	0	34	0.93
68355358--68355412	19	2.9	19	72	20	60	52	1	0	45	1.11
68381258--68381289	16	1.9	17	93	6	57	31	9	15	43	1.78
68389338--68389372	10	3.4	10	88	4	52	80	0	20	0	0.72
68390628--68390846	40	5.5	40	89	3	300	21	24	29	24	1.99
68397181--68397353	46	3.7	46	76	13	192	21	20	27	30	1.98
68397178--68397348	93	1.8	93	92	2	290	21	20	28	29	1.98
68399813--68399853	20	2.0	20	95	0	73	21	36	17	24	1.94
68400906--68400953	21	2.2	21	85	3	60	8	10	2	79	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68401971--68401996	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
68403991--68404113	55	2.2	54	85	5	165	36	23	12	27	1.91
68412017--68412252	49	4.7	50	83	2	269	26	19	26	27	1.99
68412017--68412252	101	2.4	98	83	2	283	26	19	26	27	1.99
68416110--68416174	5	13.4	5	75	18	57	36	7	20	35	1.81
68416112--68416190	20	4.2	19	78	15	76	35	8	20	35	1.84
68416129--68416169	11	3.9	11	75	12	50	36	9	19	34	1.85
68416236--68416380	26	5.8	26	82	7	176	26	22	23	28	1.99
68416236--68416369	48	2.7	50	85	6	175	27	21	23	26	1.99
68416236--68416380	74	1.9	74	86	5	202	26	22	23	28	1.99
68424214--68424292	20	4.2	19	81	15	85	35	10	20	34	1.86
68424338--68424499	52	3.2	52	90	4	260	27	21	23	27	1.99
68424338--68424486	26	5.8	26	91	0	230	26	22	23	27	2.00
68425648--68425895	55	4.7	53	78	9	247	21	24	18	35	1.95
68425687--68425884	109	1.8	110	90	5	321	23	25	17	34	1.96
68436749--68436956	55	3.8	53	81	7	231	22	25	17	35	1.95
68436749--68436949	108	1.8	110	89	4	318	22	24	17	34	1.96
68440655--68440832	56	3.2	56	87	0	248	34	24	12	28	1.92
68440792--68440930	43	3.2	43	89	2	154	32	26	15	25	1.96
68449756--68449868	34	3.4	33	85	6	129	27	26	24	21	1.99
68454282--68454455	27	6.4	27	83	4	197	27	14	27	29	1.96
68454283--68454438	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68462334--68462507	27	6.4	27	83	4	197	27	14	27	29	1.96
68462335--68462490	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
68465243--68465332	28	3.2	28	88	3	126	27	26	13	32	1.94
68471704--68471759	28	2.0	28	86	3	78	28	23	19	28	1.98
68471736--68471851	34	3.4	34	85	1	153	25	25	23	25	2.00
68474808--68474980	56	3.1	56	87	3	231	27	12	24	35	1.92
68479061--68479130	22	3.3	21	70	20	56	25	4	2	67	1.23
68489937--68489969	13	2.5	13	90	9	50	48	15	12	24	1.78
68504578--68504691	27	4.2	28	84	3	137	35	21	23	19	1.95
68504578--68504692	55	2.1	54	84	6	144	36	20	23	19	1.95
68506558--68506592	17	2.1	17	88	0	52	65	0	5	28	1.15
68520385--68520515	47	2.8	47	84	9	169	35	27	15	21	1.93
68520435--68520556	47	2.5	47	81	9	129	34	28	15	21	1.94
68524716--68524825	56	2.0	56	85	7	152	25	13	27	33	1.93
68532437--68532469	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
68534860--68534967	52	2.1	51	83	11	132	65	0	29	4	1.12
68539726--68539840	30	4.1	29	72	17	91	66	0	29	4	1.11
68539767--68539833	3	22.7	3	71	14	50	64	0	31	4	1.14
68539728--68539833	53	2.0	54	85	5	144	63	0	32	4	1.15
68539807--68539840	18	1.9	17	88	5	50	79	0	17	2	0.86
68540195--68540241	23	2.0	23	100	0	94	38	12	8	40	1.74
68540802--68540830	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68543076--68543106	12	2.6	12	100	0	62	51	32	0	16	1.44
68551324--68551493	27	6.3	27	78	5	139	41	21	7	30	1.81
68551324--68551493	54	3.2	54	78	4	175	41	21	7	30	1.81
68551470--68551826	27	13.2	27	86	1	392	30	21	6	41	1.79
68551416--68551826	81	5.1	80	81	2	367	31	21	7	39	1.80
68552062--68552113	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
68552329--68552404	6	12.3	6	71	20	59	18	18	15	47	1.83
68552329--68552404	31	2.5	31	89	4	109	18	18	15	47	1.83
68554377--68554534	27	5.9	27	80	5	142	40	21	8	29	1.82
68554372--68554572	27	7.5	27	78	10	92	39	21	7	31	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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