genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  183  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60740502--60740800	27	11.1	27	80	3	300	42	7	20	30	1.79
60740502--60740800	54	5.6	54	84	1	341	42	7	20	30	1.79
60740502--60740795	81	3.6	81	84	3	387	42	7	19	30	1.78
60740771--60740927	81	1.9	81	82	5	192	33	10	20	35	1.86
60740809--60741032	27	8.3	27	80	6	143	31	8	20	39	1.83
60740851--60741068	54	4.0	54	87	2	206	32	8	20	38	1.82
60740792--60741059	81	3.3	80	83	5	288	31	8	20	38	1.84
60740877--60741059	27	6.8	27	89	0	276	30	7	21	40	1.81
60748225--60748392	43	3.9	43	79	11	175	23	16	27	32	1.96
60749152--60749185	9	3.8	9	84	0	50	38	14	11	35	1.83
60749146--60749187	18	2.3	18	100	0	84	35	19	11	33	1.88
60753268--60753413	37	3.9	37	97	0	247	26	31	19	22	1.98
60753560--60753804	48	5.1	48	97	0	454	30	27	6	35	1.81
60757069--60757509	40	11.0	40	89	0	648	26	29	21	22	1.99
60760982--60761241	47	5.6	47	89	6	395	33	7	29	29	1.85
60760982--60761241	96	2.8	94	91	4	411	33	7	29	29	1.85
60760982--60761241	143	1.9	137	90	6	414	33	7	29	29	1.85
60762654--60762860	40	5.2	40	95	0	360	23	20	29	26	1.99
60762843--60762877	17	2.1	17	100	0	70	17	17	31	34	1.93
60762803--60762917	57	2.0	57	98	0	221	21	19	29	29	1.97
60762860--60763062	40	5.1	40	89	2	291	24	21	27	27	1.99
60762763--60762957	97	2.0	97	95	0	354	22	20	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60762723--60762996	137	2.0	137	94	2	480	22	20	28	27	1.99
60762683--60763034	177	2.0	177	92	2	582	23	21	28	26	1.99
60762654--60763062	217	1.9	217	91	0	665	23	21	28	26	1.99
60763238--60763289	25	2.1	25	85	7	70	28	7	32	30	1.85
60765615--60765693	37	2.1	37	92	0	131	25	32	17	24	1.97
60765812--60766130	47	6.7	47	92	2	489	28	30	8	32	1.87
60769308--60769769	40	11.6	40	85	4	408	26	27	20	24	1.99
60771610--60771688	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
60771807--60772263	47	9.7	47	94	1	776	28	30	8	32	1.86
60771818--60772263	234	1.9	232	92	2	716	28	30	8	32	1.87
60777354--60777710	47	7.6	47	93	1	572	33	8	29	29	1.86
60779088--60779231	37	3.9	37	97	0	252	25	31	18	23	1.97
60779380--60779672	48	6.1	48	95	0	514	30	27	6	35	1.81
60782833--60782882	26	1.9	26	88	8	75	48	6	0	46	1.27
60782833--60782884	27	2.0	26	85	11	70	48	5	0	46	1.26
60789103--60789250	48	3.1	48	89	0	224	29	24	7	38	1.83
60790518--60790570	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
60796127--60796165	20	1.9	21	89	5	62	12	17	33	35	1.88
60796135--60796254	47	2.6	45	82	10	138	21	21	28	28	1.99
60798625--60798678	27	2.0	27	88	0	81	33	24	16	25	1.96
60801378--60801555	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
60801379--60801534	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60801375--60801555	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60804082--60804168	44	2.0	45	95	2	158	22	25	28	22	1.99
60809616--60809793	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
60809617--60809772	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60809613--60809793	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60813380--60813502	46	2.6	46	83	5	149	25	21	30	21	1.99
60819154--60819203	26	1.9	26	92	8	84	32	16	8	44	1.76
60825186--60825351	40	4.2	40	92	2	264	22	22	27	27	1.99
60826975--60827100	29	4.4	29	87	2	164	26	15	29	28	1.96
60834666--60834727	28	2.2	29	85	2	81	27	11	32	29	1.91
60846932--60846974	22	2.0	22	100	0	86	16	18	18	46	1.84
60851727--60851773	21	2.2	21	100	0	94	31	25	0	42	1.55
60851737--60851782	21	2.2	21	88	0	65	39	26	0	34	1.57
60856627--60856653	13	2.1	13	100	0	54	7	14	29	48	1.71
60859827--60859950	55	2.3	55	84	0	149	24	29	29	17	1.97
60869817--60870512	47	14.6	47	92	3	1077	33	8	28	29	1.87
60869817--60870512	96	7.3	96	92	2	1098	33	8	28	29	1.87
60872206--60872335	47	2.8	47	91	0	197	23	17	27	30	1.97
60876073--60876131	28	2.1	27	82	14	68	66	3	11	18	1.38
60890503--60890550	23	2.1	23	92	0	78	43	20	8	27	1.80
60893063--60893146	25	3.4	25	77	0	87	26	20	22	30	1.98
60896606--60896643	3	12.7	3	100	0	76	0	0	31	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60897228--60897440	42	5.1	41	89	3	284	37	25	16	20	1.94
60900142--60900468	159	2.1	159	85	0	429	20	35	23	19	1.96
60903719--60903749	16	2.0	16	93	6	55	35	51	0	12	1.40
60911639--60911663	13	1.9	13	100	0	50	32	0	16	52	1.44
60918684--60918837	42	3.7	41	79	6	166	31	15	24	28	1.96
60918729--60918822	43	2.2	42	82	1	107	34	17	23	25	1.96
60924602--60924869	9	28.4	9	68	17	86	30	2	4	61	1.30
60924829--60924875	18	2.7	17	78	12	51	27	2	6	63	1.30
60925668--60925724	26	2.1	27	83	3	71	66	5	1	26	1.22
60932929--60932971	19	2.3	19	84	8	52	53	4	0	41	1.21
60933040--60933075	17	2.1	17	89	5	54	33	0	11	55	1.35
60933208--60933246	19	2.0	20	90	5	62	61	0	0	38	0.96
60933237--60933282	24	2.0	24	83	8	60	52	8	2	36	1.45
60936326--60936487	47	3.5	47	74	13	181	24	19	26	29	1.99
60953632--60953804	40	4.4	39	77	15	162	23	27	22	26	2.00
60953665--60953808	40	3.7	40	84	8	188	25	27	22	25	2.00
60953646--60953811	78	2.1	80	84	8	216	24	27	21	25	1.99
60956159--60956205	22	2.1	22	84	7	60	12	27	36	23	1.91
60956172--60956212	22	1.9	21	85	5	55	14	29	34	21	1.93
60968674--60968831	68	2.3	68	97	0	298	24	30	14	31	1.95
60972601--60972632	3	11.0	3	93	6	57	31	0	0	68	0.90
60978489--60978568	29	2.7	29	78	1	88	26	23	30	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60983592--60983640	20	2.5	20	86	6	73	24	6	16	53	1.66
60985033--60985066	15	2.2	16	89	5	52	50	0	29	20	1.49
60985042--60985110	35	2.0	35	100	0	138	44	5	26	23	1.75
60995290--60995448	27	5.9	27	82	11	175	35	22	23	18	1.95
60995308--60995448	54	2.6	54	92	2	230	36	24	22	17	1.95
60997032--60997139	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
61002171--61002317	68	2.2	68	83	4	190	42	17	13	27	1.86
61004635--61004744	57	1.9	58	88	1	168	26	30	20	23	1.98
61004636--61004768	57	2.4	56	83	8	157	27	29	18	24	1.98
61004913--61005029	43	2.7	43	93	0	189	34	34	21	10	1.87
61006993--61007139	68	2.2	68	83	4	190	40	18	13	27	1.88
61009460--61009539	29	2.8	28	75	7	81	26	30	20	23	1.98
61009455--61009564	57	1.9	58	90	1	177	27	30	20	22	1.98
61009733--61009849	43	2.7	43	93	0	189	34	34	21	10	1.87
61014289--61014368	29	2.8	28	75	7	81	26	30	20	23	1.98
61014284--61014393	57	1.9	58	90	1	177	27	30	20	22	1.98
61014562--61014678	43	2.7	43	93	0	189	34	34	21	10	1.87
61016631--61016787	68	2.3	68	83	5	194	41	18	15	24	1.89
61019104--61019182	29	2.8	28	75	9	81	26	30	20	22	1.98
61019099--61019207	58	1.9	57	88	3	166	27	29	20	22	1.98
61019389--61019492	43	2.4	43	93	0	172	33	35	20	10	1.87
61021453--61021600	68	2.2	68	84	3	192	41	17	14	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61025209--61025400	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
61025180--61025399	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
61037601--61037746	40	3.7	40	88	2	213	24	28	22	24	2.00
61041419--61041522	43	2.4	43	80	3	120	29	17	24	28	1.97
61060052--61060108	26	2.2	26	84	15	73	49	15	0	35	1.45
61065532--61065634	22	4.6	23	84	7	115	34	20	22	22	1.96
61065532--61065643	45	2.5	45	82	7	138	34	20	22	22	1.96
61068817--61068927	27	4.1	26	78	6	105	33	20	19	26	1.97
61072635--61072840	27	7.6	27	80	2	209	39	16	13	31	1.87
61072633--61072896	81	3.3	80	78	5	239	39	17	12	31	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362