genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4258132--4258185	22	2.4	23	75	3	56	51	7	9	31	1.61
4258620--4258678	3	19.7	3	96	0	91	61	0	5	33	1.18
4259729--4259758	15	1.9	16	93	6	53	6	0	46	46	1.29
4262564--4262647	26	3.2	26	93	0	132	34	22	5	36	1.79
4266069--4266272	3	67.3	3	74	11	148	30	6	1	60	1.31
4268762--4268808	16	2.9	16	75	15	51	42	0	17	40	1.49
4268961--4268998	13	3.1	12	82	17	51	57	0	0	42	0.98
4269482--4269813	131	2.6	130	89	2	492	35	19	17	27	1.94
4273184--4273504	131	2.5	130	87	3	452	35	18	17	28	1.93
4276142--4276297	41	3.8	41	96	0	276	29	20	22	27	1.98
4276512--4276575	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
4276519--4276592	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
4283309--4283512	41	4.8	41	88	8	309	28	21	23	26	1.99
4283348--4283512	89	1.9	89	97	0	312	27	22	24	26	2.00
4283437--4283523	41	2.1	41	91	4	140	27	21	26	24	1.99
4286023--4286126	37	2.7	38	77	8	113	28	21	24	25	1.99
4286025--4286158	40	3.4	39	74	13	114	27	18	25	28	1.98
4290794--4290857	13	5.0	13	75	12	62	18	6	1	73	1.12
4298366--4298435	37	1.9	35	88	5	104	30	20	0	50	1.49
4304305--4304409	51	2.1	51	94	0	183	40	14	19	26	1.89
4305179--4305250	21	3.2	21	66	27	58	40	11	23	25	1.87
4305177--4305359	46	4.0	45	83	2	213	42	13	22	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4306220--4306389	89	1.9	88	80	1	196	30	19	22	28	1.98
4306221--4306602	140	2.8	133	76	8	320	30	19	22	27	1.98
4306435--4306602	89	1.9	89	85	4	232	29	18	24	27	1.98
4306218--4306602	44	8.5	45	73	6	278	30	18	22	27	1.97
4306654--4306752	51	2.0	50	84	6	128	34	17	17	31	1.93
4306735--4307673	467	2.0	467	97	0	1770	44	23	13	17	1.85
4311186--4311660	35	13.5	35	84	4	422	30	13	24	30	1.94
4311261--4311663	173	2.3	172	83	1	482	29	14	25	31	1.94
4311757--4311817	31	2.0	31	86	0	86	26	18	27	27	1.98
4318100--4318140	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
4319893--4319946	22	2.6	22	80	16	62	50	3	3	42	1.38
4322504--4322663	80	2.0	80	97	0	302	38	21	8	31	1.84
4323423--4323453	15	2.1	15	93	0	53	29	0	9	61	1.28
4323413--4323459	24	1.9	25	91	4	78	29	0	14	55	1.40
4324460--4324493	18	1.9	18	88	5	52	38	0	0	61	0.96
4335538--4335583	22	2.1	21	84	15	58	50	4	8	36	1.53
4342089--4342147	31	1.9	31	86	6	84	38	0	1	59	1.08
4343239--4343287	24	2.0	24	84	7	64	48	0	2	48	1.12
4343261--4343315	19	2.9	19	86	2	67	43	0	3	52	1.18
4344973--4345027	29	1.9	28	89	10	85	65	9	1	23	1.31
4355201--4355462	80	3.3	80	86	2	352	24	21	27	25	1.99
4355197--4355458	120	2.2	118	87	4	359	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4355197--4355423	40	5.7	40	90	2	359	24	21	28	25	1.99
4363960--4364022	21	2.9	23	75	15	80	41	23	19	15	1.90
4364180--4364257	18	4.1	18	69	26	54	42	19	0	38	1.51
4364384--4364442	15	3.8	15	84	6	82	52	11	0	35	1.38
4373734--4373795	32	2.0	28	82	14	70	54	3	0	41	1.16
4376152--4376396	40	6.5	40	82	14	288	24	22	27	24	2.00
4376231--4376362	68	1.9	69	98	1	257	24	23	28	24	2.00
4384943--4385007	23	2.9	23	79	6	89	40	24	20	15	1.91
4385378--4385435	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
4387452--4387698	40	6.2	40	90	3	358	24	22	27	25	2.00
4389748--4389780	13	2.5	13	100	0	66	12	33	24	30	1.91
4389876--4389951	30	2.5	30	86	0	116	18	32	27	21	1.96
4391999--4392066	33	2.1	33	100	0	136	41	16	19	23	1.90
4397978--4398227	53	4.7	53	80	6	279	22	24	16	36	1.95
4397978--4398227	108	2.3	107	86	2	340	22	24	16	36	1.95
4402187--4402293	48	2.3	46	86	3	142	29	21	14	34	1.92
4402187--4402306	46	2.6	47	87	2	161	27	22	14	35	1.93
4402642--4402702	30	2.0	30	84	6	79	29	24	4	40	1.76
4409545--4409658	48	2.4	47	81	8	133	28	21	14	35	1.92
4410000--4410060	30	2.0	30	84	6	79	29	24	4	40	1.76
4411906--4411930	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
4413080--4413127	18	2.6	18	83	3	51	58	8	0	33	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4413911--4413963	18	3.3	18	65	29	55	24	7	52	15	1.68
4414532--4415247	43	16.6	42	65	13	264	19	21	21	37	1.95
4414497--4415031	44	12.4	43	68	11	213	19	22	21	37	1.95
4414729--4415204	87	5.5	87	87	2	634	19	22	22	36	1.95
4414482--4415204	174	4.2	173	82	6	810	19	21	21	37	1.95
4416113--4416226	52	2.2	53	90	4	178	56	9	12	21	1.64
4416520--4416571	4	12.8	4	95	4	95	0	25	0	75	0.81
4419459--4419540	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
4424091--4424134	12	3.6	12	78	3	52	56	9	0	34	1.31
4424228--4424286	12	4.7	13	76	19	63	61	6	0	32	1.22
4426096--4426252	84	1.9	84	87	2	235	22	13	17	46	1.83
4428808--4428839	16	2.0	16	100	0	64	31	6	37	25	1.81
4441363--4441421	21	2.6	22	78	10	66	44	0	1	54	1.10
4441377--4441457	34	2.3	34	85	10	110	45	0	0	54	0.99
4441505--4441580	9	8.1	9	73	17	66	36	1	1	60	1.13
4441504--4441559	16	3.0	19	78	21	73	37	0	3	58	1.15
4441521--4441580	30	2.1	28	87	12	86	36	1	1	60	1.17
4441552--4441589	19	2.1	19	85	9	53	31	2	0	65	1.06
4441471--4441697	115	2.1	105	86	9	312	37	3	3	55	1.33
4445059--4445131	30	2.4	30	90	0	110	30	20	21	27	1.98
4448275--4448332	21	2.8	21	72	12	66	37	1	0	60	1.07
4448438--4448508	22	3.1	21	76	13	61	57	1	4	36	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4448483--4448509	14	1.9	14	100	0	54	59	3	0	37	1.15
4448642--4448704	22	2.7	23	69	11	58	57	3	0	39	1.15
4450238--4450287	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
4454875--4454924	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
4455378--4455458	31	2.6	30	82	7	83	46	12	6	34	1.66
4458356--4458407	25	2.0	26	96	3	97	51	0	11	36	1.38
4458404--4458438	18	1.9	19	88	11	56	60	5	8	25	1.49
4468562--4468586	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
4469524--4469560	19	1.9	19	89	10	58	64	2	2	29	1.21
4469719--4469774	15	3.7	15	72	11	51	55	7	0	37	1.27
4471939--4472446	130	3.9	129	82	4	583	31	16	20	31	1.95
4473514--4473552	18	2.2	18	90	0	60	58	12	0	28	1.34
4477499--4477621	46	2.7	46	94	0	210	33	28	20	17	1.96
4477924--4477988	32	2.0	32	96	0	121	29	6	26	38	1.80
4479468--4479520	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
4485980--4486044	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
4487526--4487578	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
4492431--4492476	17	2.9	16	76	23	53	43	13	8	34	1.74
4496255--4496284	15	2.0	15	100	0	60	0	46	13	40	1.43
4498843--4498885	14	3.2	13	90	9	68	46	0	6	46	1.30
4498862--4498906	17	2.6	18	80	16	58	42	4	4	48	1.43
4499425--4499461	16	2.3	17	86	13	60	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4499469--4499514	20	2.2	22	88	7	69	54	0	0	45	0.99
4500498--4500532	16	2.1	16	89	5	52	28	2	0	68	1.04
4503311--4503359	24	2.0	26	84	8	66	44	0	4	51	1.20
4505676--4505722	22	2.1	22	88	0	67	68	17	6	8	1.37
4513906--4513971	30	2.2	30	83	2	78	48	3	6	42	1.43
4516851--4516949	50	2.0	49	90	2	153	34	8	20	37	1.82
4519757--4519818	29	2.1	29	100	0	124	30	0	9	59	1.29
4523533--4523577	21	2.3	19	88	7	63	57	0	4	37	1.19
4524902--4525427	263	2.0	261	98	1	1018	35	9	10	44	1.71
4526792--4526963	53	3.2	52	81	7	193	25	25	13	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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