genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33286914--33286949	17	2.1	17	100	0	72	22	0	19	58	1.40
33286919--33286956	17	2.2	17	90	0	58	28	0	18	52	1.45
33287496--33287666	43	4.0	43	71	11	161	24	15	25	34	1.95
33295846--33295973	43	3.0	42	79	15	120	34	27	17	21	1.95
33305132--33305304	46	3.7	46	78	13	201	21	21	27	28	1.99
33305129--33305299	93	1.8	93	94	0	306	21	22	28	28	1.99
33313038--33313075	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
33320833--33321348	258	2.0	258	98	0	1005	31	33	15	19	1.93
33325417--33325492	26	2.8	28	76	7	75	28	11	18	40	1.86
33329659--33329775	42	2.7	43	80	6	130	35	25	15	23	1.94
33329640--33329799	43	3.7	43	76	5	144	32	26	16	24	1.96
33335669--33335862	47	4.1	47	91	0	298	33	10	28	26	1.90
33335698--33335816	22	5.1	22	62	28	59	31	13	30	24	1.93
33335831--33335943	52	2.2	52	87	1	156	33	7	27	31	1.84
33337827--33338018	40	4.8	40	91	1	278	24	25	28	21	1.99
33339396--33339476	37	2.2	37	88	0	117	24	14	30	29	1.95
33346303--33346579	27	10.3	27	91	0	410	33	20	21	24	1.97
33348413--33348493	42	1.9	42	89	0	126	28	39	18	13	1.89
33374851--33375028	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
33374872--33375027	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
33385354--33385574	48	4.6	48	74	10	139	26	30	18	24	1.98
33385547--33385769	46	4.8	46	78	10	183	22	30	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33385354--33385722	46	7.8	48	71	13	203	24	30	18	26	1.98
33385455--33385765	46	6.6	45	74	14	165	22	30	18	28	1.97
33389994--33390032	21	1.9	20	89	5	60	46	17	0	35	1.49
33391057--33391117	27	2.3	26	88	5	86	29	13	22	34	1.92
33400257--33400311	23	2.8	18	71	23	56	40	27	5	27	1.78
33403302--33403330	14	2.1	14	93	6	51	79	6	0	13	0.93
33413477--33413516	13	3.1	13	92	0	71	17	37	30	15	1.90
33427351--33427392	20	2.1	20	95	0	75	30	35	19	14	1.91
33427984--33428024	21	2.0	21	90	9	66	51	14	0	34	1.43
33439974--33440014	18	2.3	18	83	8	57	9	26	46	17	1.79
33440937--33440985	18	2.7	18	79	17	57	40	2	14	42	1.57
33442643--33442749	43	2.5	43	85	8	146	27	17	28	26	1.98
33443125--33443164	19	2.2	19	86	4	55	47	0	12	40	1.41
33446798--33446884	26	3.3	26	90	0	120	39	18	17	25	1.92
33446778--33446884	52	2.1	52	82	3	126	39	16	14	28	1.89
33447138--33447300	25	6.5	25	83	0	182	19	14	28	38	1.91
33447142--33447326	50	3.7	50	84	2	210	19	14	27	38	1.90
33447138--33447321	25	7.4	25	81	0	161	18	15	27	39	1.90
33451267--33451291	12	2.1	12	100	0	50	24	0	24	52	1.48
33459817--33459858	21	2.0	21	100	0	84	19	14	23	42	1.87
33462583--33462635	27	2.0	27	85	7	72	16	20	26	35	1.94
33469096--33469316	40	5.6	40	82	2	232	26	24	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33477269--33477442	40	4.3	40	83	5	226	26	26	21	25	2.00
33477223--33477442	80	2.8	78	82	6	239	26	26	21	25	2.00
33481416--33481582	43	3.9	43	77	9	153	32	25	14	27	1.95
33484078--33484216	48	2.9	48	81	3	154	30	24	19	25	1.98
33484102--33484220	48	2.5	48	85	0	157	31	24	18	26	1.98
33502637--33502861	48	4.8	48	78	10	178	28	24	19	27	1.98
33502719--33502865	48	3.1	48	93	2	233	29	25	19	26	1.98
33508506--33508585	29	2.8	29	94	1	135	21	23	21	33	1.97
33526018--33526200	46	3.9	46	78	13	169	28	15	32	22	1.95
33526027--33526197	93	1.8	95	82	12	228	28	16	32	23	1.96
33528827--33528885	30	2.0	30	86	0	82	40	1	27	30	1.66
33529222--33529476	55	4.8	53	77	10	236	36	17	25	21	1.94
33529229--33529429	108	1.8	110	87	4	300	33	17	25	22	1.96
33529547--33529591	23	1.9	24	95	4	83	53	11	13	22	1.71
33532428--33532453	13	2.0	13	100	0	52	23	30	30	15	1.95
33536063--33536449	47	8.1	47	84	4	414	32	10	29	27	1.91
33536063--33536495	98	4.5	97	83	6	490	33	10	29	27	1.90
33536063--33536449	145	2.7	144	84	7	543	32	10	29	27	1.91
33536259--33536333	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
33536423--33536559	46	3.0	46	87	0	193	35	8	31	25	1.85
33546161--33546264	51	2.0	52	90	1	165	31	22	27	18	1.97
33551923--33552495	47	12.1	47	92	1	887	26	29	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33552110--33552230	22	5.2	22	62	21	59	24	28	12	33	1.92
33551949--33552495	286	1.9	285	94	0	959	26	29	11	32	1.92
33560109--33560146	20	1.9	20	94	0	67	10	18	31	39	1.85
33565393--33565558	65	2.5	65	86	5	228	42	10	3	43	1.55
33565600--33565683	6	12.4	7	77	16	88	45	35	0	19	1.50
33565616--33565683	13	5.2	13	84	10	86	45	38	0	16	1.47
33565617--33565683	19	3.5	19	95	2	116	44	38	0	16	1.48
33566237--33566302	20	3.2	21	72	19	59	62	3	4	30	1.30
33568708--33568879	93	1.8	93	91	0	281	27	28	21	22	1.99
33568701--33568876	46	3.8	46	78	10	187	28	28	21	21	1.98
33568752--33568895	46	3.1	45	73	18	136	29	27	20	22	1.98
33576042--33576144	43	2.4	42	77	7	118	33	16	22	28	1.95
33579863--33579895	16	2.1	16	94	0	57	39	18	12	30	1.87
33589438--33589690	47	5.4	47	90	1	364	29	30	7	33	1.84
33594042--33594166	49	2.6	49	93	0	205	29	28	16	24	1.97
33594134--33594208	37	2.0	37	94	0	132	29	26	17	26	1.97
33596335--33596401	15	4.5	15	81	9	75	58	17	16	7	1.61
33599410--33599534	49	2.6	49	94	0	214	29	28	17	24	1.97
33600941--33601104	40	4.2	40	84	5	192	26	27	20	25	1.99
33603981--33604026	21	2.2	21	92	3	76	41	17	0	41	1.49
33603988--33604034	21	2.3	21	88	3	69	44	19	0	36	1.51
33606369--33606532	46	3.6	45	74	17	142	29	18	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33606464--33606579	46	2.5	44	82	9	135	31	20	25	22	1.98
33621324--33621380	27	2.1	27	87	6	80	24	15	24	35	1.95
33624202--33624260	29	2.0	29	100	0	118	30	6	25	37	1.82
33627088--33627235	43	3.4	43	79	10	133	25	16	26	31	1.96
33627524--33627570	23	2.0	23	91	0	76	27	19	19	34	1.96
33633290--33633437	43	3.4	43	83	1	163	26	15	25	32	1.95
33641542--33641574	16	2.1	16	94	0	57	33	3	36	27	1.72
33645292--33645389	51	1.9	51	95	4	180	33	23	7	35	1.82
33650356--33650415	29	2.1	29	81	3	68	41	3	25	30	1.71
33653627--33653771	77	1.9	77	91	2	238	44	6	10	37	1.65
33655545--33655580	15	2.4	15	90	9	56	33	0	0	66	0.92
33655553--33655608	22	2.6	21	86	11	69	33	0	3	62	1.12
33655731--33655778	6	8.0	6	80	0	51	56	2	6	35	1.36
33663388--33663500	42	2.7	40	85	10	138	29	27	15	28	1.96
33670152--33670308	43	3.7	42	77	7	138	31	24	16	28	1.96
33676749--33676843	42	2.2	43	83	9	115	31	26	16	25	1.97
33681736--33681913	27	6.6	27	85	3	133	29	28	14	26	1.95
33681736--33681912	54	3.3	54	83	5	214	29	28	14	26	1.95
33681757--33681912	81	1.9	82	88	3	235	29	28	14	26	1.95
33689626--33689803	27	6.6	27	85	3	133	29	28	14	26	1.95
33689626--33689802	54	3.3	54	83	5	214	29	28	14	26	1.95
33689647--33689802	81	1.9	82	88	3	235	29	28	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33706141--33706243	54	1.9	54	93	0	179	17	25	30	27	1.97
33711236--33711446	40	5.3	40	85	4	239	24	19	27	28	1.99
33718634--33718660	13	2.1	13	100	0	54	37	0	14	48	1.45
33719180--33719215	17	2.1	17	100	0	72	22	0	19	58	1.40
33719185--33719222	17	2.2	17	90	0	58	28	0	18	52	1.45
33719762--33719932	43	4.0	43	71	11	161	24	15	25	34	1.95
33730681--33730809	45	2.8	47	74	12	131	21	29	20	28	1.98
33741769--33741882	56	2.0	56	98	0	219	34	18	19	28	1.95
33741909--33742039	47	2.8	47	82	8	169	29	21	27	22	1.99
33742002--33742217	48	4.6	47	76	10	178	26	16	30	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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