genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.322.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107556209--107556293	6	13.8	6	71	14	66	20	17	12	49	1.79
107556212--107556276	25	2.6	25	82	0	85	20	18	15	46	1.84
107562111--107562166	15	3.7	15	79	15	71	10	14	12	62	1.55
107564307--107564450	49	2.9	48	82	6	182	25	20	27	26	1.99
107568614--107568776	75	2.2	75	77	4	168	28	18	20	31	1.96
107569033--107569066	17	1.9	18	94	5	61	11	8	20	58	1.59
107573946--107573981	14	2.6	14	81	0	54	0	50	5	44	1.25
107580716--107580803	45	2.0	45	100	0	176	25	26	27	21	1.99
107585231--107585328	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
107585259--107585343	27	3.0	27	87	5	98	30	11	24	32	1.91
107597252--107597790	47	11.1	49	92	4	823	32	9	29	29	1.88
107597252--107597779	198	2.7	196	94	1	939	31	9	29	29	1.88
107597909--107597987	37	2.1	37	86	4	106	24	16	31	27	1.96
107615016--107615040	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
107619600--107619642	20	2.0	20	86	13	59	39	20	9	30	1.84
107622198--107622224	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
107623570--107623618	25	2.0	25	83	0	62	42	14	6	36	1.70
107625646--107625877	80	2.9	81	80	6	222	36	15	30	18	1.91
107625683--107625868	20	9.3	20	63	6	54	37	15	30	16	1.90
107625823--107625884	20	3.1	20	75	9	63	40	14	29	16	1.88
107625643--107625891	40	6.2	40	77	3	187	37	15	29	17	1.91
107629474--107629515	21	2.0	21	95	0	75	19	26	33	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107635709--107635741	10	3.0	11	86	13	50	54	0	0	45	0.99
107639775--107639894	47	2.5	48	83	4	154	21	12	29	36	1.90
107647112--107647273	6	26.8	6	78	15	156	49	12	16	21	1.78
107647091--107647298	30	7.1	29	79	12	185	49	12	16	21	1.79
107647112--107647298	85	2.2	85	92	0	311	49	12	16	21	1.79
107647654--107647712	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
107647816--107647870	27	2.1	27	89	3	85	36	21	23	18	1.95
107648069--107648264	27	7.3	27	84	0	212	26	18	18	36	1.94
107648071--107648264	81	2.4	82	85	1	248	26	19	17	36	1.94
107648269--107648572	27	11.3	27	80	2	324	41	9	21	28	1.84
107648259--107648593	108	3.1	108	88	2	487	40	9	20	29	1.84
107648274--107648572	54	5.5	53	84	5	386	40	9	21	28	1.84
107649583--107649711	47	2.7	49	79	3	147	22	13	28	34	1.93
107650682--107650883	105	1.9	105	90	0	323	27	30	17	24	1.97
107650681--107650906	105	2.2	105	86	0	317	26	30	19	23	1.98
107655154--107655222	34	2.0	34	100	0	138	20	17	14	47	1.82
107660793--107660841	20	2.5	20	100	0	98	28	28	18	24	1.98
107663210--107663393	91	2.0	91	97	0	350	35	10	20	33	1.88
107680947--107680981	15	2.4	14	90	9	61	71	0	8	20	1.11
107687478--107687517	15	2.6	16	85	14	57	75	0	22	2	0.93
107688786--107688857	34	2.1	35	84	7	94	20	25	11	43	1.85
107690324--107690380	26	2.2	26	80	3	60	26	17	19	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107693961--107694130	84	2.0	84	94	0	295	33	20	20	26	1.96
107704545--107704576	14	2.4	13	90	10	55	62	9	6	21	1.47
107708243--107708420	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
107708264--107708419	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
107716359--107716536	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
107716380--107716535	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
107720092--107720274	40	4.6	40	83	11	184	24	26	21	26	2.00
107728031--107728214	40	4.6	40	70	17	107	26	25	20	27	1.99
107728029--107728169	40	3.5	40	76	13	139	27	26	18	27	1.98
107766796--107766967	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
107766789--107766964	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
107774312--107774444	47	2.8	49	79	16	172	29	29	20	21	1.98
107774320--107774460	46	3.0	44	77	14	135	29	29	19	21	1.98
107780287--107780345	31	1.9	31	100	0	118	16	38	13	30	1.88
107784876--107785134	46	5.5	47	74	16	173	27	18	30	24	1.98
107784960--107785133	49	3.6	50	77	15	138	28	17	29	24	1.97
107795748--107795843	48	2.0	48	100	0	192	45	22	4	27	1.70
107800404--107800563	39	4.1	39	89	0	239	21	21	30	26	1.98
107803859--107803984	55	2.3	55	90	2	191	45	4	15	34	1.68
107804444--107804520	26	3.0	26	80	0	82	29	18	18	33	1.94
107824263--107824302	17	2.4	17	87	8	55	22	20	35	22	1.96
107829032--107829159	47	2.7	47	83	0	148	33	27	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107836772--107836943	47	3.7	47	72	11	145	24	30	19	25	1.98
107836779--107836990	94	2.3	95	80	4	225	24	31	18	25	1.98
107851997--107852047	10	5.0	10	79	9	50	58	17	19	3	1.54
107860999--107861172	94	1.9	94	86	4	253	24	29	18	27	1.98
107865096--107865134	18	2.2	18	86	9	53	23	7	7	61	1.49
107865364--107865406	19	2.3	19	100	0	86	60	4	4	30	1.37
107875878--107875938	24	2.5	24	83	0	77	31	29	14	24	1.95
107877660--107877710	25	2.0	25	100	0	102	35	23	15	25	1.94
107882916--107882948	6	5.5	6	96	0	57	81	0	3	15	0.80
107889427--107889462	11	3.3	11	92	0	54	0	19	19	61	1.35
107892544--107892705	30	5.4	29	75	10	105	24	22	12	40	1.89
107892586--107892641	29	1.9	29	92	0	94	19	25	12	42	1.86
107892543--107892759	89	2.4	90	78	6	219	24	24	12	38	1.90
107894839--107894925	29	3.0	29	83	3	113	27	29	12	29	1.93
107895299--107895362	13	4.9	13	83	7	85	31	7	23	37	1.83
107897124--107897156	16	2.1	16	100	0	66	18	6	27	48	1.71
107898144--107898341	27	7.3	27	81	6	213	25	19	18	36	1.94
107898148--107898332	54	3.4	54	90	0	273	24	21	18	36	1.95
107898146--107898332	81	2.3	81	84	3	243	24	20	18	36	1.95
107898389--107898441	27	2.0	27	88	0	79	30	7	20	41	1.80
107910647--107910716	31	2.3	31	89	0	104	34	21	12	31	1.91
107910740--107910831	42	2.2	42	96	0	166	39	21	11	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107910917--107911016	26	3.9	26	86	1	148	30	22	20	28	1.98
107910904--107911016	52	2.2	51	91	1	181	28	22	20	29	1.98
107911066--107911141	20	3.9	20	86	8	104	32	19	10	36	1.86
107911066--107911121	11	5.5	11	75	16	66	30	19	12	37	1.89
107911168--107911215	25	1.9	25	95	0	87	31	18	20	29	1.97
107911843--107911921	27	2.9	27	90	3	124	22	25	21	30	1.99
107911980--107912253	27	10.1	27	75	7	178	32	9	18	39	1.83
107912073--107912253	81	2.2	81	87	4	258	30	8	19	41	1.81
107911960--107912253	54	5.4	53	72	11	220	31	9	19	39	1.83
107914940--107914978	3	13.0	3	91	0	51	25	0	5	69	1.09
107916739--107916769	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
107932238--107932297	30	2.0	30	83	6	77	36	26	6	30	1.82
107949240--107949375	24	5.6	24	73	7	96	27	30	14	27	1.95
107957093--107957153	24	2.5	24	97	0	113	21	32	14	31	1.93
107957144--107957230	24	3.6	24	69	9	77	29	27	13	28	1.94
107962920--107962980	27	2.3	27	79	0	68	44	18	11	26	1.83
107963128--107963198	26	2.7	26	82	0	88	14	22	28	35	1.93
107966973--107967065	42	2.2	43	80	1	107	29	18	22	30	1.97
107970105--107970131	12	2.2	12	100	0	54	44	0	0	55	0.99
107971832--107971992	43	3.8	42	74	6	128	29	25	18	26	1.98
107983792--107983877	27	3.2	25	80	11	91	16	23	22	38	1.93
107991592--107991681	27	3.3	27	78	7	92	16	25	22	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107991592--107991700	54	2.0	53	80	7	121	17	24	21	36	1.94
108006510--108006728	46	4.7	46	80	9	257	21	20	28	29	1.98
108006507--108006677	93	1.8	93	92	0	288	22	19	28	29	1.98
108010194--108010234	21	2.0	20	85	4	55	31	0	19	48	1.49
108022825--108022994	50	3.4	50	91	3	288	25	12	20	41	1.87
108028155--108028206	26	2.0	26	92	0	86	21	19	30	28	1.97
108036596--108036655	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
108050630--108050680	22	2.3	23	77	16	61	35	19	5	39	1.76
108050915--108050965	24	2.1	24	85	0	66	23	23	3	49	1.67
108050959--108051197	100	2.4	101	87	0	345	30	23	15	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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