genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8987379--8987441	33	1.9	33	100	0	126	30	20	23	25	1.99
8997034--8997143	26	4.2	26	95	0	166	34	6	22	36	1.80
8998629--8998681	26	2.0	26	85	7	72	39	22	11	26	1.88
9000010--9000056	5	9.4	5	100	0	94	40	0	0	59	0.97
9001033--9001133	37	2.6	38	73	6	87	23	20	28	26	1.99
9002580--9002628	12	4.0	12	75	15	55	38	4	10	46	1.57
9005493--9005563	37	1.9	37	88	5	108	45	1	2	50	1.25
9005517--9005601	21	4.3	20	72	15	70	48	1	0	50	1.08
9005517--9005625	57	1.9	58	83	9	145	48	0	0	50	1.07
9008632--9008953	50	6.5	50	88	2	420	24	28	19	27	1.98
9011766--9011793	13	2.2	13	100	0	56	32	14	7	46	1.71
9014829--9014881	27	2.0	27	100	0	106	43	3	22	30	1.71
9033282--9033358	27	2.9	27	82	0	91	38	22	23	15	1.92
9033337--9033403	27	2.5	27	97	0	125	34	22	29	13	1.92
9037269--9037322	25	2.1	26	83	10	67	22	7	3	66	1.33
9037300--9037362	29	2.1	30	82	8	76	25	4	4	65	1.32
9037374--9037410	9	3.5	11	82	17	51	13	5	8	72	1.24
9037374--9037416	20	2.2	19	88	12	61	13	4	6	74	1.19
9037454--9037508	27	2.0	28	83	13	71	27	0	3	69	1.05
9037736--9037784	22	2.3	21	86	6	71	55	8	12	24	1.64
9039605--9039669	25	2.7	23	74	19	62	41	0	4	53	1.21
9052219--9052261	3	14.0	3	80	4	50	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9052218--9052263	22	2.1	22	87	0	65	0	34	0	65	0.93
9055339--9055580	95	2.5	97	84	8	296	39	1	18	40	1.59
9055625--9056163	126	4.3	126	91	0	792	33	16	21	28	1.95
9058536--9058577	20	2.1	20	90	0	66	19	19	14	47	1.82
9058657--9058688	16	2.0	16	93	0	55	71	0	6	21	1.07
9058717--9058768	11	4.9	11	79	9	63	42	0	26	30	1.56
9058717--9058767	20	2.5	20	87	6	66	41	0	27	31	1.56
9058717--9058780	31	2.1	31	82	5	76	42	0	25	32	1.55
9061922--9062057	39	3.6	38	85	6	177	30	3	21	44	1.69
9063676--9063735	10	6.0	10	79	11	61	23	6	3	66	1.30
9065171--9065219	19	2.5	20	86	3	64	48	2	0	48	1.12
9066760--9066790	16	1.9	16	100	0	62	70	12	9	6	1.31
9074203--9074244	20	2.0	21	86	4	59	30	21	14	33	1.93
9074232--9074330	21	4.7	21	75	0	81	20	20	18	41	1.91
9074214--9074358	42	3.5	41	79	4	139	22	18	17	41	1.90
9074276--9074340	21	3.1	21	70	12	62	23	21	16	38	1.93
9076041--9076093	11	5.0	11	81	6	65	30	20	13	35	1.91
9076033--9076081	21	2.3	21	96	0	89	36	18	10	34	1.85
9076205--9076426	27	8.3	27	84	1	113	26	21	17	35	1.95
9076213--9076418	54	3.8	54	85	1	279	26	22	16	34	1.95
9076233--9076426	81	2.4	80	84	0	271	26	20	17	36	1.94
9076408--9076591	27	6.9	27	82	3	219	29	8	22	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9076233--9076591	54	6.7	54	77	10	177	28	15	18	37	1.91
9076385--9076534	81	1.9	80	80	4	176	28	9	21	40	1.84
9076408--9076642	107	2.2	108	81	7	255	31	8	21	39	1.82
9076814--9076851	17	2.2	18	90	4	60	18	34	26	21	1.96
9082968--9083004	18	2.1	18	94	0	65	29	21	16	32	1.95
9093906--9093953	21	2.2	22	82	10	55	31	16	18	33	1.94
9098465--9098499	16	2.2	16	94	0	61	34	0	8	57	1.29
9098888--9098960	37	2.0	36	94	2	128	52	5	2	39	1.39
9101560--9101636	36	2.1	36	90	4	120	33	15	20	29	1.94
9102221--9102297	36	2.1	36	90	4	120	33	15	20	29	1.94
9101351--9104665	660	5.0	660	96	1	5899	27	14	21	36	1.93
9102881--9102957	36	2.1	36	88	4	111	33	14	20	31	1.93
9103541--9103617	36	2.1	36	88	4	111	32	14	22	31	1.93
9103812--9104171	180	2.0	176	82	8	428	24	14	21	39	1.91
9104732--9104849	36	3.4	35	73	10	98	27	11	23	37	1.89
9108618--9108768	21	7.2	21	74	1	117	19	19	15	45	1.85
9108622--9108765	42	3.4	42	87	0	135	19	18	15	46	1.84
9108620--9108768	63	2.4	63	82	0	163	18	19	15	46	1.84
9123975--9124035	29	2.2	28	79	5	70	13	18	0	68	1.20
9131167--9131610	225	2.0	225	93	0	755	41	21	11	25	1.87
9132453--9132518	31	2.2	31	86	8	91	37	9	6	46	1.60
9139484--9139515	14	2.3	14	94	0	55	28	37	15	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9141084--9141121	18	2.1	18	95	0	67	52	13	5	28	1.61
9145140--9145185	16	2.9	16	90	3	67	13	0	41	45	1.43
9155983--9156030	21	2.3	21	85	7	62	72	6	2	18	1.15
9160712--9160835	62	2.0	62	85	4	167	25	22	9	42	1.83
9160848--9161106	47	5.5	48	78	6	262	30	21	14	33	1.93
9160853--9161106	46	5.4	46	77	4	233	30	21	14	32	1.94
9160853--9161106	48	5.4	47	76	5	246	30	21	14	32	1.94
9160841--9161134	95	3.1	96	73	9	298	29	19	13	36	1.91
9161337--9161602	138	2.0	136	84	8	346	36	17	15	30	1.91
9164788--9164825	20	1.9	20	88	0	58	44	2	0	52	1.14
9165079--9165124	19	2.3	20	82	14	60	58	2	2	36	1.22
9168614--9168659	24	1.9	24	90	0	74	21	8	10	58	1.58
9169624--9169652	9	3.2	9	100	0	58	20	0	20	58	1.39
9171446--9171490	24	1.9	23	90	4	72	20	24	22	33	1.97
9182350--9182392	22	1.9	23	86	13	63	30	4	9	55	1.52
9196551--9196600	19	2.5	19	83	9	55	32	2	14	52	1.53
9198440--9198472	12	2.5	13	85	14	50	57	0	0	42	0.98
9198442--9198467	12	2.2	12	100	0	52	53	0	0	46	1.00
9198653--9198692	20	1.9	20	85	10	53	10	22	0	67	1.20
9198744--9198777	3	11.3	3	87	0	50	0	26	0	73	0.83
9207957--9208015	11	5.2	11	84	8	73	64	1	0	33	1.04
9208621--9209181	186	3.0	186	98	0	1095	28	18	16	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9210242--9210269	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
9219272--9219430	35	4.6	35	88	2	223	31	25	12	30	1.93
9219702--9219732	16	1.9	16	100	0	62	6	19	16	58	1.59
9224302--9224335	14	2.4	14	90	9	52	0	14	0	85	0.60
9224793--9224820	7	4.0	7	100	0	56	85	0	14	0	0.59
9232376--9232435	24	2.5	23	74	15	59	65	0	30	5	1.14
9232424--9232489	34	1.9	34	82	11	82	63	0	34	1	1.04
9246793--9246829	16	2.3	17	86	9	51	54	0	0	45	1.00
9252123--9252175	5	10.6	5	76	15	56	39	0	3	56	1.17
9252123--9252176	13	4.0	14	81	15	69	40	0	3	55	1.17
9252123--9252176	12	4.2	12	82	15	63	40	0	3	55	1.17
9253271--9253327	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
9253712--9253806	21	4.5	21	86	5	120	12	23	27	36	1.91
9256507--9256697	103	1.9	103	81	4	233	24	13	27	35	1.92
9260819--9260876	20	2.9	20	82	10	82	5	25	25	43	1.75
9270168--9270200	13	2.6	13	85	4	50	30	0	0	69	0.88
9279113--9279157	19	2.3	19	85	14	56	35	0	2	62	1.08
9282763--9282792	16	1.9	15	93	6	51	26	6	20	46	1.75
9284451--9284546	40	2.4	41	76	10	101	18	22	31	27	1.97
9284642--9284683	11	4.0	10	87	9	57	28	28	0	42	1.56
9286480--9286522	18	2.4	18	88	0	59	20	30	9	39	1.84
9286677--9286721	24	2.0	23	86	8	65	31	28	20	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9294885--9294938	27	2.0	27	100	0	108	40	29	7	22	1.81
9296414--9296478	24	2.8	24	79	4	71	55	7	1	35	1.38
9298842--9299000	41	3.9	41	74	6	135	18	21	24	35	1.95
9301110--9301164	26	2.1	26	83	6	67	27	16	0	56	1.40
9301227--9301332	17	6.1	17	90	4	131	35	11	16	36	1.84
9301222--9301345	52	2.3	54	90	4	198	37	11	15	36	1.83
9301230--9301345	35	3.3	35	95	3	198	37	12	14	36	1.84
9307178--9307235	26	2.2	27	87	3	82	56	0	1	41	1.09
9308616--9308648	11	3.1	11	91	4	50	63	0	0	36	0.95
9321697--9321760	33	1.9	33	87	0	92	29	17	20	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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