genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61778576--61778628	22	2.4	22	78	12	63	15	1	3	79	0.96
61778577--61778660	5	15.8	5	73	22	57	17	3	2	76	1.04
61782062--61782177	45	2.6	45	87	0	151	21	16	27	34	1.95
61786542--61786711	92	1.8	94	82	9	224	25	31	17	26	1.97
61786489--61786764	94	2.9	92	76	10	258	24	29	17	28	1.97
61792271--61792320	24	2.1	24	96	0	91	58	4	12	26	1.51
61793851--61793909	18	3.3	18	97	0	109	22	15	27	35	1.94
61807976--61808171	43	4.5	45	72	8	145	39	20	20	19	1.93
61808019--61808117	43	2.3	43	91	0	153	39	23	22	15	1.91
61808106--61808477	179	2.1	179	94	0	654	34	23	20	21	1.96
61808412--61808527	43	2.6	44	77	8	119	36	21	20	21	1.96
61808603--61808748	44	3.3	44	69	7	125	36	19	23	19	1.95
61808505--61808777	88	3.1	88	78	7	293	34	21	22	21	1.97
61808809--61808915	44	2.4	44	77	9	110	29	19	18	31	1.96
61809676--61809721	20	2.3	20	100	0	92	69	0	21	8	1.15
61831028--61831156	50	2.5	51	85	5	172	34	15	22	27	1.94
61831132--61831280	31	4.8	31	90	0	208	28	18	26	26	1.98
61831305--61831430	47	2.7	48	81	9	152	28	16	24	30	1.97
61831352--61831515	42	3.8	42	77	8	134	31	14	25	28	1.94
61831399--61831511	42	2.7	42	83	4	138	31	15	24	28	1.95
61835835--61835963	50	2.5	51	83	5	172	34	16	22	26	1.95
61835939--61836087	31	4.8	31	91	0	226	27	18	27	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61836112--61836237	47	2.7	48	81	9	161	27	16	26	29	1.97
61836206--61836320	42	2.7	43	89	4	171	30	14	26	27	1.95
61837428--61837494	33	2.0	33	97	2	125	35	5	28	29	1.81
61840198--61840290	43	2.2	43	88	0	132	40	24	10	23	1.86
61856892--61857088	54	3.7	53	71	11	150	37	16	23	22	1.94
61869037--61869209	46	3.7	46	79	11	201	21	20	27	30	1.98
61869034--61869204	93	1.8	93	92	2	290	21	20	28	29	1.98
61876580--61876752	46	3.7	46	77	11	192	21	20	26	30	1.98
61876577--61876747	93	1.8	93	91	2	281	21	21	27	29	1.98
61881499--61881617	40	3.1	39	85	4	161	22	20	26	30	1.98
61889228--61889411	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
61889228--61889408	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
61889309--61889458	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
61896745--61896902	68	2.3	68	77	13	153	21	27	15	35	1.93
61898833--61898857	13	1.9	13	100	0	50	4	40	24	32	1.73
61901380--61901480	39	2.6	39	87	3	123	24	27	24	22	2.00
61901408--61901484	39	2.0	39	97	0	145	25	28	22	23	1.99
61909205--61909330	39	3.2	39	91	0	198	28	28	19	23	1.98
61914261--61914366	48	2.2	47	85	9	135	26	29	16	28	1.96
61916792--61916952	43	3.7	43	75	4	146	33	24	14	27	1.94
61920688--61920796	26	4.4	25	83	4	125	29	22	18	29	1.97
61920845--61920931	20	4.3	20	86	2	122	32	17	10	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61920845--61920931	40	2.2	40	91	4	140	32	17	10	40	1.83
61920967--61921014	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
61928794--61928928	26	5.3	26	87	3	181	29	22	19	28	1.98
61928977--61929063	20	4.3	20	89	2	131	32	18	10	39	1.84
61928977--61929052	11	7.5	11	66	16	56	31	18	10	39	1.85
61928977--61929063	40	2.2	40	93	4	149	32	18	10	39	1.84
61936361--61936440	40	2.0	40	92	0	133	18	17	28	35	1.94
61945944--61946020	38	2.0	38	97	0	145	33	25	22	18	1.96
61946002--61946130	46	2.8	46	88	4	170	27	19	31	22	1.98
61946415--61946461	23	2.0	23	91	0	76	23	21	12	42	1.87
61953663--61953797	43	3.1	44	81	6	166	25	17	28	28	1.97
61953680--61953797	45	2.7	43	81	6	148	27	16	27	27	1.97
61954084--61954226	38	3.8	38	88	0	205	19	20	27	32	1.97
61954219--61954343	45	2.8	45	90	2	198	20	24	28	27	1.99
61954222--61954377	45	3.5	44	83	4	134	22	23	28	25	1.99
61966658--61966803	37	3.9	37	92	0	229	25	32	19	23	1.97
61966966--61967245	47	6.0	47	88	0	380	27	28	12	32	1.92
61966958--61967246	141	2.0	140	91	1	470	27	28	11	31	1.92
61970707--61971095	40	9.8	40	93	1	613	25	28	21	25	1.99
61972360--61972497	36	3.9	36	87	5	208	26	31	18	23	1.97
61972364--61972499	71	1.9	70	93	1	236	24	33	19	23	1.97
61972361--61972501	37	3.9	37	90	6	227	25	31	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61972706--61972985	46	6.1	47	87	4	396	27	28	10	33	1.90
61972794--61972867	21	3.3	21	67	20	60	25	28	12	33	1.92
61972706--61972985	138	2.0	136	93	2	472	27	28	10	33	1.90
61979817--61979876	31	1.9	31	100	0	120	33	16	13	36	1.88
61985065--61985366	151	2.0	151	100	0	604	28	11	23	35	1.91
61985745--61985837	46	2.0	46	100	0	186	33	19	19	27	1.96
61988455--61988604	75	2.0	75	100	0	300	40	17	25	17	1.91
61989518--61989641	62	2.0	60	95	3	221	28	8	20	43	1.80
61990027--61990089	31	2.0	31	100	0	126	42	3	15	38	1.63
61990216--61990275	31	1.9	31	100	0	120	41	3	16	38	1.65
61989945--61990319	186	2.0	185	98	0	732	35	7	19	37	1.80
61995203--61995399	46	4.2	46	90	5	288	34	14	23	27	1.93
61998349--61998467	55	2.2	54	80	5	132	22	25	28	23	1.99
61999784--61999961	47	3.8	47	77	14	156	25	29	17	27	1.98
62000265--62000323	30	2.0	30	96	0	109	25	23	18	32	1.97
62000642--62000666	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
62002080--62002326	126	2.0	126	86	1	343	26	22	28	22	1.99
62005014--62005256	27	9.0	27	81	2	274	25	12	17	44	1.84
62005014--62005255	81	3.0	80	84	4	317	25	12	17	44	1.84
62005000--62005255	54	4.8	53	81	3	307	25	12	17	45	1.83
62005583--62005619	18	2.1	18	89	0	56	21	18	13	45	1.84
62008875--62009116	27	9.0	27	85	2	292	26	14	19	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62013794--62013872	16	4.9	16	75	3	77	69	0	18	11	1.18
62013811--62013860	26	1.9	26	87	0	73	74	0	18	8	1.06
62013809--62013901	26	3.5	26	72	7	71	70	1	20	7	1.17
62013820--62013911	37	2.6	33	77	17	89	67	2	21	8	1.29
62016839--62017196	47	7.6	47	93	1	583	32	8	29	28	1.87
62020711--62020742	5	6.4	5	92	0	55	59	37	0	3	1.13
62023970--62024143	27	6.4	27	84	4	197	29	27	14	27	1.96
62023987--62024142	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
62032012--62032185	27	6.4	27	84	4	197	29	27	14	27	1.96
62032029--62032184	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
62033965--62034057	12	7.7	12	64	20	50	48	1	5	45	1.32
62038631--62038842	40	5.4	40	90	2	315	23	23	26	26	2.00
62044079--62044174	43	2.2	43	83	0	120	26	17	27	29	1.98
62044144--62044317	90	1.9	90	89	0	267	28	14	25	31	1.95
62044155--62044305	43	3.4	43	68	18	112	27	13	26	31	1.94
62054634--62054662	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
62059712--62059797	43	2.0	43	88	0	127	24	16	30	29	1.96
62061954--62062029	32	2.4	32	77	0	89	32	17	21	28	1.95
62062048--62062073	12	2.2	12	100	0	52	46	7	23	23	1.78
62062479--62062552	27	2.8	26	74	8	78	32	24	17	25	1.97
62062549--62062600	27	1.9	27	88	0	77	34	7	19	38	1.80
62062549--62062612	27	2.4	27	81	5	76	31	9	21	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62065381--62065645	46	5.7	47	72	12	210	29	27	19	23	1.98
62065434--62065652	47	4.7	46	73	17	177	29	26	19	24	1.98
62065388--62065653	93	2.9	93	89	2	408	28	27	19	23	1.98
62067912--62067980	15	4.7	15	73	8	61	57	15	14	11	1.64
62067912--62067980	30	2.3	30	80	7	79	57	15	14	11	1.64
62078303--62078519	40	5.5	40	90	3	323	26	27	23	23	2.00
62080737--62080804	30	2.3	30	92	0	109	25	26	25	23	2.00
62083138--62083175	19	2.0	19	89	0	58	34	18	2	44	1.64
62084325--62084371	25	1.9	25	91	4	78	46	21	4	27	1.69
62084334--62084384	25	2.0	25	81	7	59	54	15	1	27	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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