genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.293.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98470330--98470370	18	2.2	18	86	4	55	21	7	2	68	1.26
98470390--98470446	20	3.1	19	76	16	57	33	1	1	63	1.15
98475337--98475383	20	2.4	19	82	10	58	46	21	2	29	1.63
98478300--98478345	23	2.1	21	84	8	56	10	13	2	73	1.17
98478695--98478735	15	2.9	14	78	7	55	60	0	0	39	0.96
98481377--98481485	52	2.1	52	83	6	132	24	20	11	44	1.84
98481469--98481567	51	1.9	52	91	2	164	25	26	11	37	1.89
98485919--98485964	23	2.0	23	95	0	83	26	6	4	63	1.38
98486039--98486073	11	3.0	11	88	12	52	42	0	0	57	0.99
98495079--98495142	17	3.5	18	78	8	67	31	1	0	67	1.00
98495081--98495142	9	6.5	10	71	16	51	30	1	0	67	1.00
98495122--98495151	11	2.7	11	94	0	51	40	0	3	56	1.16
98506028--98506141	48	2.4	47	89	1	183	25	13	24	36	1.92
98526283--98526338	28	2.0	28	100	0	112	42	14	0	42	1.45
98526284--98526361	28	2.9	27	86	9	79	43	15	1	39	1.55
98528187--98528243	30	1.9	30	85	7	80	14	22	38	24	1.91
98532637--98532737	37	2.7	40	77	19	112	41	2	3	51	1.35
98541543--98541701	27	5.9	27	82	11	184	35	22	23	18	1.96
98541543--98541701	54	3.0	54	90	4	243	35	22	23	18	1.96
98548608--98548765	27	5.9	27	83	11	191	34	22	24	18	1.96
98548626--98548765	54	2.6	54	94	2	246	35	24	23	17	1.95
98550942--98550988	19	2.5	20	79	6	53	46	6	17	29	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98552268--98552298	7	4.4	7	100	0	62	45	41	0	12	1.42
98553864--98554013	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
98553888--98554070	67	2.8	63	77	9	192	30	17	29	22	1.97
98561948--98561980	17	1.9	17	93	0	57	21	18	18	42	1.89
98564168--98564216	22	2.2	22	85	7	64	69	4	2	24	1.17
98564268--98564304	18	2.1	18	94	0	65	62	2	5	29	1.31
98564273--98564304	9	3.6	9	91	0	55	65	0	6	28	1.16
98564300--98564335	16	2.2	16	90	9	56	69	0	0	30	0.89
98568012--98568107	37	2.6	37	79	0	102	28	19	14	37	1.91
98568170--98568209	18	2.2	18	86	4	53	52	7	12	27	1.66
98571106--98571251	73	2.0	73	95	0	265	33	15	14	36	1.87
98573153--98573191	19	2.1	18	85	4	51	28	0	5	66	1.12
98596248--98596291	20	2.2	20	100	0	88	45	25	4	25	1.72
98598274--98598308	18	1.9	18	94	0	61	80	5	2	11	1.00
98599071--98599380	45	6.9	44	74	6	196	41	16	20	22	1.90
98599258--98599373	21	5.2	22	66	22	71	43	12	19	24	1.86
98600967--98601084	40	3.0	40	87	7	177	27	11	22	38	1.89
98601075--98601152	41	1.9	41	89	5	122	26	16	23	33	1.96
98602945--98603016	13	5.5	13	75	9	65	43	2	15	38	1.61
98602945--98603016	26	2.7	27	77	10	76	43	2	15	38	1.61
98609516--98609553	17	2.1	18	85	9	51	50	10	0	39	1.37
98609853--98609943	43	2.1	42	91	2	146	26	28	25	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98613234--98613329	20	4.8	20	76	5	88	40	21	28	9	1.84
98613233--98613329	39	2.5	40	84	1	124	41	21	27	9	1.84
98616795--98616838	20	2.2	20	83	0	52	4	27	2	65	1.23
98616831--98616865	17	2.0	18	88	5	54	11	11	0	77	1.00
98620276--98620426	38	3.9	38	78	6	133	21	21	24	32	1.98
98622125--98622235	57	1.9	58	88	1	170	23	18	28	28	1.98
98626515--98626649	38	3.5	38	77	6	128	21	22	23	32	1.98
98627682--98627732	25	2.0	25	92	0	84	39	15	15	29	1.89
98627687--98627739	25	2.2	25	82	3	63	39	16	13	30	1.87
98628410--98628451	9	4.7	9	84	0	57	38	2	7	52	1.42
98628418--98628456	18	2.2	18	95	0	69	43	2	5	48	1.38
98628437--98628687	27	9.3	28	91	1	313	31	9	19	40	1.83
98632533--98632563	6	5.2	6	100	0	62	64	0	19	16	1.29
98637120--98637158	19	2.1	19	100	0	78	23	5	25	46	1.73
98658191--98658313	53	2.3	53	83	8	162	26	7	28	37	1.83
98659024--98659099	25	3.2	24	75	22	79	59	2	0	38	1.12
98659005--98659087	42	2.0	42	83	9	107	56	2	1	39	1.20
98660677--98660746	27	2.6	27	86	4	88	17	27	17	38	1.91
98663468--98663498	14	2.2	14	94	0	53	45	0	0	54	0.99
98668546--98668610	7	9.7	7	74	15	57	24	1	3	70	1.10
98668547--98668597	20	2.6	19	82	14	59	23	0	3	72	1.01
98668546--98668597	12	4.0	13	76	16	54	23	0	3	73	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98675856--98675894	20	1.9	20	89	5	60	10	25	15	48	1.76
98679823--98679884	18	3.5	18	78	10	74	43	12	8	35	1.73
98680805--98680845	12	3.5	11	90	6	55	26	17	0	56	1.41
98681234--98681267	17	2.1	15	89	10	50	0	35	0	64	0.94
98682141--98682184	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
98682472--98682599	63	2.0	63	100	0	256	35	10	22	30	1.89
98683051--98683154	41	2.5	41	81	6	120	28	17	25	28	1.97
98702183--98702242	21	2.9	21	78	14	70	31	25	31	11	1.91
98704231--98704316	42	2.0	42	86	8	122	31	24	22	22	1.98
98714520--98714670	5	30.2	5	100	0	302	39	0	0	60	0.97
98714693--98714776	11	7.7	10	69	17	51	67	2	22	7	1.26
98717562--98717615	26	2.0	29	85	10	78	25	5	1	66	1.23
98717649--98717709	9	6.2	9	75	16	50	27	1	4	65	1.22
98719428--98719460	11	2.8	12	86	9	50	39	0	0	60	0.97
98719435--98719471	19	1.9	19	94	0	65	40	0	0	59	0.97
98722405--98722454	21	2.3	22	83	13	59	44	2	0	54	1.11
98724202--98724241	19	2.1	19	85	4	53	37	0	2	60	1.11
98724263--98724297	14	2.6	14	90	4	54	28	2	0	68	1.04
98736678--98737181	206	2.5	206	93	1	841	32	18	19	29	1.96
98738710--98738738	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
98738765--98738822	25	2.5	23	81	13	57	36	1	1	60	1.17
98738780--98738822	22	2.0	22	82	8	54	37	0	2	60	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98738786--98738830	20	2.5	17	82	13	54	31	2	0	66	1.04
98738844--98738877	14	2.5	14	90	4	52	29	2	0	67	1.05
98740506--98740536	16	1.9	16	93	0	53	51	0	9	38	1.35
98740502--98740566	28	2.3	27	76	10	67	40	0	10	49	1.38
98746924--98746965	21	2.0	22	90	4	68	26	4	0	69	1.08
98746934--98746975	12	3.8	12	78	15	54	21	4	0	73	1.01
98746952--98747009	15	3.7	16	79	9	66	20	3	1	74	1.06
98750250--98750280	16	1.9	16	93	0	53	51	0	9	38	1.35
98750246--98750310	28	2.3	27	76	10	67	40	0	10	49	1.38
98752127--98752162	18	2.0	18	100	0	72	16	38	11	33	1.84
98759104--98759133	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
98759291--98759332	16	2.7	16	78	14	52	42	0	0	57	0.99
98759656--98759700	23	1.9	23	82	13	56	48	4	4	42	1.43
98761517--98761603	41	2.1	41	97	0	165	35	2	19	42	1.64
98763837--98764123	137	2.1	137	95	0	511	32	24	18	25	1.97
98765909--98765966	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
98781544--98781607	21	3.2	20	77	6	76	32	3	1	62	1.20
98784389--98784603	48	4.6	48	80	5	226	23	27	18	30	1.97
98784389--98784603	46	4.6	46	79	4	180	23	27	18	30	1.97
98784389--98784603	94	2.3	94	85	1	288	23	27	18	30	1.97
98786509--98786544	18	2.0	18	88	0	54	25	22	13	38	1.91
98787796--98787853	25	2.3	25	100	0	116	13	29	6	50	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98790056--98790153	46	2.3	40	79	16	108	34	15	12	37	1.85
98792429--98792588	32	5.0	32	91	0	266	32	12	10	45	1.75
98792429--98792588	64	2.5	64	95	0	293	32	12	10	45	1.75
98794587--98794641	21	2.6	21	88	0	83	30	36	9	23	1.86
98798537--98798669	49	2.8	48	77	5	126	29	26	18	25	1.98
98798765--98798865	48	2.1	48	81	3	114	27	26	16	28	1.97
98800103--98800169	18	3.5	18	74	11	53	59	2	2	34	1.28
98800752--98800785	18	1.9	18	88	5	52	38	8	17	35	1.81
98803172--98803226	27	2.0	27	82	0	65	18	14	16	50	1.77
98807266--98807320	27	2.0	27	89	0	83	32	14	27	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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