genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90346858--90347118	40	6.6	40	86	4	298	26	27	20	24	1.99
90347050--90347127	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
90360310--90360432	47	2.6	47	87	1	158	21	16	27	34	1.95
90366595--90366627	17	2.0	17	88	5	50	54	18	0	27	1.44
90368396--90368520	42	3.0	42	83	6	130	32	25	15	27	1.95
90368526--90368701	48	3.7	48	88	0	271	28	31	16	23	1.96
90372627--90372675	22	2.3	22	92	3	82	42	22	12	22	1.86
90381711--90381829	28	4.2	29	87	4	129	23	12	33	30	1.92
90381729--90381824	28	3.4	28	91	1	147	22	13	34	29	1.93
90387554--90387581	13	2.2	13	100	0	56	14	25	35	25	1.93
90387669--90387695	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
90399195--90399306	27	4.2	26	83	10	127	35	23	25	16	1.94
90399195--90399306	54	2.1	54	85	6	147	35	23	25	16	1.94
90399720--90399761	8	5.2	8	85	0	57	9	26	21	42	1.83
90399720--90399763	16	2.8	16	89	0	70	11	25	22	40	1.87
90399720--90399768	24	2.0	24	84	0	62	10	22	20	46	1.80
90403892--90404066	46	3.8	45	79	7	190	28	29	21	21	1.99
90403899--90404071	93	1.9	93	92	0	292	27	29	21	21	1.99
90409312--90409359	20	2.4	20	96	0	87	25	27	20	27	1.99
90410799--90410843	23	2.0	23	86	0	63	57	24	8	8	1.57
90419462--90419497	17	2.2	16	90	5	54	75	5	8	11	1.19
90425177--90425354	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90425198--90425353	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
90433227--90433404	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
90433248--90433403	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
90438306--90438568	134	2.0	134	94	0	463	33	12	18	36	1.88
90438664--90438725	29	2.1	29	82	5	72	20	22	24	32	1.98
90441586--90441797	46	4.9	39	81	14	183	38	16	23	22	1.92
90441625--90441841	46	4.7	46	89	1	283	41	15	22	21	1.90
90441576--90441841	138	2.0	130	83	7	336	39	15	22	21	1.91
90442102--90442148	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
90446274--90446302	11	2.6	11	100	0	58	27	0	17	55	1.42
90446859--90447017	43	3.7	44	70	12	125	27	16	24	31	1.97
90454279--90454435	43	3.7	43	73	5	131	24	18	24	31	1.97
90456285--90456325	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
90463323--90463381	30	2.0	30	90	6	93	42	8	18	30	1.80
90463658--90463711	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
90463971--90464188	101	2.2	98	85	2	283	26	17	25	30	1.97
90463970--90464188	49	4.4	49	83	3	285	26	17	26	30	1.97
90467222--90467373	38	3.8	38	78	14	178	29	25	15	29	1.96
90469084--90469271	40	5.0	39	86	10	268	22	22	28	26	1.99
90469128--90469322	65	2.8	66	83	13	218	23	23	28	25	1.99
90477177--90477424	40	6.2	40	92	3	403	23	22	27	26	2.00
90481640--90481673	15	2.3	15	89	0	50	55	11	14	17	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90483515--90483550	14	2.6	14	100	0	72	5	16	50	27	1.68
90484809--90484870	11	5.5	11	75	9	54	58	24	12	4	1.54
90490753--90490913	38	4.2	38	89	1	243	21	22	25	30	1.99
90490907--90491019	46	2.5	45	80	10	117	23	22	28	26	1.99
90492104--90492142	14	2.6	15	92	8	62	58	10	23	7	1.56
90492301--90492332	10	3.4	10	83	16	50	71	0	0	28	0.86
90492295--90492343	18	2.8	18	75	3	55	67	0	0	32	0.91
90493159--90493233	38	2.0	38	94	0	132	28	28	17	26	1.98
90493204--90493370	47	3.5	47	89	0	253	32	22	13	30	1.93
90494929--90495106	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97
90494950--90495105	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
90498051--90498181	51	2.5	51	87	4	183	27	14	29	28	1.95
90501765--90501942	27	6.6	27	83	3	178	30	28	14	25	1.95
90501786--90501941	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
90511565--90511616	25	2.1	25	100	0	104	36	7	25	30	1.84
90527496--90527722	40	5.7	40	94	0	400	22	27	20	29	1.98
90535867--90536091	40	5.7	40	95	1	400	21	28	20	30	1.98
90535867--90536091	79	2.8	80	95	1	409	21	28	20	30	1.98
90535867--90536091	119	1.9	119	94	1	398	21	28	20	30	1.98
90541591--90541704	48	2.4	48	93	0	201	21	20	22	35	1.96
90543419--90543478	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
90543488--90543513	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90544182--90544430	27	9.2	27	85	1	311	26	20	17	35	1.94
90544450--90544695	27	9.1	27	79	7	212	30	9	20	38	1.85
90544580--90544718	27	5.2	26	77	6	116	31	7	18	42	1.78
90546346--90546451	27	3.9	28	87	2	137	33	19	23	22	1.97
90546339--90546452	55	2.1	53	84	7	149	35	20	22	21	1.96
90546561--90546618	27	2.2	26	87	3	80	27	6	25	39	1.81
90550290--90550392	27	3.8	28	84	3	124	32	18	24	25	1.97
90553805--90553843	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
90560542--90560612	26	2.8	26	89	4	101	26	21	26	25	1.99
90562996--90563183	83	2.3	80	85	2	241	23	22	27	26	2.00
90562992--90563216	40	5.6	40	80	5	247	24	22	27	26	2.00
90563959--90563995	19	2.1	18	85	14	51	54	0	16	29	1.43
90569814--90569851	13	3.0	13	82	17	53	28	23	0	47	1.52
90569801--90569841	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
90570003--90570087	21	3.9	22	80	7	93	38	24	20	16	1.92
90570003--90570090	44	2.0	42	84	4	113	38	23	20	17	1.93
90573792--90573868	28	2.8	28	85	0	100	31	31	11	25	1.92
90573879--90573961	39	2.1	40	86	2	114	34	24	15	25	1.95
90577661--90577709	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
90582949--90583100	40	3.8	40	86	2	189	26	26	21	25	2.00
90588560--90588694	56	2.4	56	84	0	171	31	13	22	33	1.92
90826966--90827031	29	2.3	28	79	10	71	28	31	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90826856--90827181	173	1.9	174	91	3	541	31	23	14	30	1.95
90827134--90827209	28	2.6	28	85	8	100	31	28	14	25	1.95
90829221--90829300	40	2.0	40	82	4	99	27	21	26	25	1.99
90830949--90831001	26	2.0	26	100	0	106	32	18	30	18	1.96
90842641--90842695	12	4.2	13	77	13	60	14	3	1	80	0.94
90847454--90847556	42	2.5	42	80	12	106	31	26	16	26	1.97
90849854--90849975	43	2.8	43	86	2	174	31	24	15	28	1.96
90850240--90850287	24	2.0	24	100	0	96	45	16	0	37	1.48
90859238--90859406	46	3.7	45	76	10	171	20	17	30	31	1.95
90861172--90861196	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
90875728--90875846	47	2.5	47	95	2	213	26	26	20	26	1.99
90876266--90876325	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
90883785--90883863	30	2.6	30	100	0	158	26	27	6	39	1.80
90883791--90883842	14	3.6	14	70	10	50	23	28	7	40	1.82
90883805--90883858	16	3.5	16	70	10	58	25	24	7	42	1.80
90893170--90893209	21	1.9	21	90	10	64	22	0	0	77	0.77
90896090--90896122	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
90910366--90910417	3	17.7	3	84	11	72	34	1	0	63	1.06
90911030--90911280	131	1.9	129	82	4	308	27	17	17	37	1.93
90918423--90918491	31	2.2	31	100	0	138	21	18	5	53	1.65
90926344--90926606	40	6.5	40	90	2	359	24	22	26	25	2.00
90928191--90928232	23	1.9	23	85	9	61	35	7	0	57	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90931424--90931607	79	2.3	80	89	4	284	29	29	22	17	1.97
90931425--90931607	40	4.6	39	91	4	278	30	29	22	18	1.97
90936917--90937110	39	4.9	39	86	4	248	31	27	21	19	1.97
90959844--90959945	35	2.9	35	85	5	143	16	21	31	30	1.96
90963647--90963761	50	2.3	50	84	3	142	40	20	17	22	1.92
90970523--90970634	50	2.2	50	80	3	127	39	16	16	28	1.89
90977564--90977738	46	3.8	45	74	13	167	22	19	28	29	1.98
90977561--90977732	93	1.8	93	87	0	254	23	19	27	29	1.98
90985107--90985279	46	3.7	46	78	13	203	21	19	28	30	1.98
90985102--90985272	93	1.8	93	93	2	299	21	19	28	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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