genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12313159--12313198	19	2.1	19	95	0	71	40	2	10	47	1.50
12316628--12316678	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
12316446--12316913	102	4.6	103	92	4	754	19	19	30	30	1.97
12316833--12316878	24	1.9	24	95	0	83	13	21	32	32	1.92
12323933--12323977	23	1.9	24	90	4	74	31	33	22	13	1.92
12323898--12324367	103	4.6	104	95	2	801	30	30	20	19	1.97
12323898--12324367	207	2.3	206	94	3	815	30	30	20	19	1.97
12324695--12324758	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
12324702--12324758	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
12327636--12327675	19	2.1	19	95	0	71	47	10	2	40	1.50
12330538--12330617	35	2.3	35	91	2	126	35	27	10	27	1.89
12331690--12331745	27	2.1	27	96	0	103	25	23	3	48	1.67
12333648--12333701	25	2.2	25	80	12	58	14	11	9	64	1.48
12340788--12340828	21	1.9	22	85	5	57	34	39	7	19	1.80
12343436--12343619	96	1.9	98	79	4	212	42	3	5	48	1.42
12347610--12347657	24	2.0	24	100	0	96	29	8	25	37	1.85
12348283--12348608	163	2.0	163	92	1	537	21	21	15	40	1.91
12349187--12349276	29	3.2	30	80	12	102	25	15	31	27	1.96
12349204--12349271	27	2.4	29	85	7	95	26	14	30	27	1.95
12350580--12350612	18	1.9	17	88	11	50	45	12	15	27	1.81
12353361--12353395	14	2.6	14	90	4	54	60	0	0	40	0.97
12357496--12357623	46	2.7	46	83	4	150	22	32	18	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12366209--12366255	6	7.5	6	86	9	67	78	4	0	17	0.90
12366209--12366259	20	2.5	20	81	6	59	78	3	0	17	0.90
12366274--12366332	9	6.6	9	88	0	55	27	8	20	44	1.80
12366274--12366332	27	2.2	27	84	0	73	27	8	20	44	1.80
12367479--12367515	7	5.3	7	90	0	56	27	29	5	37	1.79
12367438--12367568	58	2.3	58	100	0	262	29	24	11	34	1.90
12367537--12367568	7	4.6	7	96	0	55	25	31	3	40	1.71
12369269--12369320	21	2.5	21	73	17	54	42	13	5	38	1.68
12372379--12372417	20	2.0	20	85	10	53	46	2	2	48	1.29
12376863--12376918	24	2.3	24	76	11	69	44	0	1	53	1.11
12377118--12377170	13	4.1	13	73	9	54	39	16	7	35	1.78
12377105--12377167	26	2.4	26	78	0	72	41	17	4	36	1.71
12378189--12378247	30	2.0	30	89	0	91	27	3	11	57	1.50
12387206--12387267	32	1.9	32	90	0	97	20	25	32	20	1.98
12393992--12394828	96	8.8	94	91	3	1282	32	9	29	28	1.88
12393992--12394828	47	17.5	47	92	2	1282	32	9	29	28	1.88
12394947--12395025	37	2.1	37	85	0	104	25	20	30	24	1.98
12396228--12396577	40	8.8	40	91	1	569	26	21	26	25	1.99
12400165--12401336	47	24.5	47	93	2	1862	32	9	29	29	1.88
12400165--12401336	96	12.3	96	91	4	1881	32	9	29	29	1.88
12401455--12401533	37	2.1	37	85	0	104	25	20	30	24	1.98
12408095--12408127	16	2.0	17	88	5	50	51	0	21	27	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12408620--12408654	17	2.1	17	89	10	54	20	2	8	68	1.29
12416118--12416159	21	2.0	21	86	9	59	33	4	2	59	1.31
12420607--12420676	27	2.5	28	95	2	124	31	28	12	27	1.93
12421140--12421180	18	2.3	18	91	0	64	41	14	4	39	1.67
12431844--12432646	210	3.9	209	88	3	1086	30	18	21	29	1.97
12434320--12434402	34	2.6	31	78	12	89	30	6	2	61	1.33
12434318--12434430	34	3.6	31	75	15	76	30	5	3	60	1.36
12446369--12446485	53	2.2	53	86	6	155	28	34	18	18	1.95
12455926--12455976	24	2.1	24	81	0	57	27	19	1	50	1.58
12459616--12459648	13	2.5	13	90	0	57	45	0	0	54	0.99
12462534--12462564	15	2.1	15	93	0	53	83	0	16	0	0.64
12468457--12468576	43	2.7	45	85	6	165	25	29	16	28	1.97
12476536--12476729	40	4.9	40	93	0	327	26	22	28	22	1.99
12476536--12476756	80	2.8	80	88	2	331	27	23	27	21	1.99
12480537--12480570	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
12484086--12484128	19	2.3	19	87	0	68	32	27	16	23	1.96
12485195--12485422	114	2.0	114	98	0	438	32	18	26	22	1.97
12486109--12486248	27	5.2	28	87	5	166	35	22	23	18	1.95
12486109--12486248	54	2.6	55	86	2	185	35	22	23	18	1.95
12487868--12487977	26	4.2	26	96	0	193	37	24	4	33	1.76
12491005--12491317	46	6.6	48	74	11	204	22	29	20	28	1.98
12491007--12491271	138	1.9	144	82	7	346	22	29	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12502419--12502481	21	2.7	23	77	22	60	36	3	0	60	1.13
12502496--12502573	27	3.1	26	80	12	76	35	2	1	60	1.19
12502509--12502562	13	4.3	13	75	15	51	37	0	1	61	1.07
12502424--12502661	20	12.2	19	66	20	77	35	5	1	57	1.31
12502496--12502612	50	2.4	49	76	13	116	36	3	0	58	1.21
12506604--12506633	14	2.1	14	93	0	51	36	6	10	46	1.64
12514698--12515247	205	2.7	206	87	3	768	31	16	21	30	1.96
12517079--12517220	40	3.3	42	71	21	107	38	2	0	58	1.18
12517088--12517213	27	4.6	27	72	22	77	37	3	0	58	1.20
12517065--12517222	36	4.4	35	71	19	103	36	3	1	58	1.22
12517079--12517142	3	20.3	3	73	20	51	37	1	0	60	1.06
12517152--12517221	13	5.5	13	72	13	56	37	1	1	60	1.15
12517084--12517269	79	2.4	75	74	16	175	37	3	0	58	1.20
12517085--12517271	50	3.9	49	72	16	126	37	3	0	57	1.21
12517568--12517610	19	2.4	18	80	7	52	25	2	2	69	1.12
12524761--12524798	19	2.1	19	85	5	51	26	18	10	44	1.82
12537308--12537365	26	2.2	26	96	0	107	37	24	3	34	1.72
12543845--12544038	40	4.9	40	92	0	318	26	22	27	22	1.99
12543845--12544065	80	2.8	80	88	2	322	27	23	27	21	1.99
12556395--12556519	65	1.9	65	90	0	196	32	16	13	38	1.87
12556624--12556889	133	2.0	133	90	0	415	26	18	26	28	1.98
12556923--12557057	44	3.2	44	72	18	142	32	16	30	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12560114--12560366	132	1.9	131	81	10	302	29	20	16	33	1.94
12560096--12560439	132	2.6	129	77	12	299	29	18	17	33	1.95
12561674--12561714	6	6.8	6	82	0	55	31	19	31	17	1.95
12564073--12564115	18	2.4	17	85	14	52	46	0	2	51	1.13
12564288--12564746	156	3.0	156	86	4	610	38	10	10	40	1.74
12564522--12564569	18	2.6	18	87	9	62	52	2	4	41	1.32
12565772--12565814	18	2.4	18	80	0	50	39	16	20	23	1.92
12572738--12572768	13	2.4	13	100	0	62	45	6	16	32	1.72
12574468--12574497	14	2.1	14	93	0	51	30	6	26	36	1.82
12577066--12577121	28	2.0	28	96	0	103	55	14	12	17	1.69
12589701--12589737	17	2.2	18	85	9	51	10	13	0	75	1.04
12593431--12593496	27	2.4	27	82	12	82	24	16	15	43	1.86
12593610--12593715	45	2.4	43	81	9	122	25	24	12	37	1.90
12594993--12595052	17	3.5	17	74	21	63	65	0	1	33	1.03
12595537--12595680	18	7.9	18	89	4	211	37	14	11	36	1.82
12595537--12595680	35	4.0	36	86	9	213	37	14	11	36	1.82
12595537--12595680	53	2.7	54	93	3	254	37	14	11	36	1.82
12598204--12598311	18	5.9	18	92	4	173	37	11	14	37	1.82
12598204--12598311	35	3.0	35	93	5	171	37	11	14	37	1.82
12598653--12598758	7	15.7	7	69	20	50	37	4	0	57	1.20
12598661--12598794	21	6.7	21	67	19	65	35	5	0	58	1.23
12600335--12600518	43	4.2	45	82	4	205	24	22	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12600335--12600518	88	2.1	88	85	0	242	24	22	20	32	1.98
12605264--12605319	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
12611938--12611996	25	2.3	26	86	11	79	54	1	1	42	1.20
12613471--12613510	17	2.4	17	86	0	53	57	2	10	30	1.45
12615501--12615655	44	3.5	44	89	0	220	28	29	14	28	1.95
12615608--12616274	88	7.6	88	91	0	1027	31	25	16	27	1.96
12615781--12616318	47	12.2	46	63	24	153	31	24	15	28	1.96
12615741--12615965	41	5.2	41	64	21	127	32	24	15	27	1.95
12625029--12625201	46	3.8	45	74	10	143	22	18	28	30	1.97
12625022--12625193	93	1.8	93	87	0	254	22	19	29	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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