genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  181  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59798943--59798982	21	2.0	21	90	5	64	17	35	22	25	1.95
59801148--59801175	11	2.5	11	100	0	56	46	0	46	7	1.30
59807531--59807650	46	2.6	44	87	7	161	25	20	30	23	1.98
59808208--59808247	21	2.0	21	90	5	64	12	35	27	25	1.92
59812846--59813066	49	4.7	48	75	14	208	28	27	18	25	1.98
59817410--59817605	10	20.8	9	67	21	73	33	3	4	59	1.31
59817418--59817517	28	3.5	28	77	11	87	34	3	4	59	1.32
59817410--59817471	19	3.3	19	72	17	58	33	1	3	61	1.22
59817465--59817518	18	2.9	18	79	12	65	33	3	3	59	1.33
59817465--59817509	19	2.3	20	88	7	67	35	2	4	57	1.31
59817628--59817668	20	2.0	20	85	4	55	24	2	9	63	1.37
59823712--59823849	42	3.2	42	77	12	129	29	26	16	26	1.97
59824190--59824222	14	2.4	14	100	0	66	24	27	6	42	1.78
59830470--59830545	25	3.0	25	75	7	73	22	21	22	34	1.97
59836343--59836457	38	3.0	38	83	0	140	34	28	20	15	1.94
59844270--59844316	21	2.2	21	85	7	60	31	12	2	53	1.51
59845369--59845426	24	2.4	24	88	5	82	55	0	31	13	1.39
59848499--59848636	42	3.2	43	79	9	129	30	25	17	26	1.97
59854601--59854659	30	1.9	31	82	3	75	37	20	25	16	1.93
59854622--59854669	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
59861731--59861772	17	2.3	18	84	8	50	45	21	0	33	1.52
59868446--59868484	20	2.0	20	85	10	53	53	20	2	23	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59869402--59869452	20	2.5	20	93	6	86	41	15	0	43	1.47
59874856--59875060	53	3.8	54	80	1	196	23	22	17	35	1.95
59874867--59875063	55	3.6	54	80	4	209	22	22	17	36	1.95
59875042--59875163	47	2.6	47	94	0	208	25	23	13	36	1.92
59875302--59875386	44	1.9	44	85	4	118	24	23	14	37	1.92
59879202--59879353	42	3.6	42	78	3	162	28	23	17	30	1.97
59882744--59882873	45	2.9	45	88	3	174	24	23	26	25	2.00
59882805--59882909	41	2.4	44	81	6	117	28	24	25	20	1.99
59891177--59891384	46	4.4	46	80	11	201	25	29	16	27	1.97
59891169--59891384	93	2.3	94	82	8	253	26	29	16	27	1.97
59892799--59893018	4	55.0	4	100	0	440	25	0	25	50	1.50
59909034--59909060	12	2.2	12	100	0	54	33	0	11	55	1.35
59918265--59918321	29	2.0	29	89	3	89	19	0	28	52	1.46
59918574--59918625	21	2.5	21	77	0	68	13	28	28	28	1.94
59926671--59926700	11	2.8	11	95	5	53	36	0	0	63	0.95
59926948--59927025	29	2.6	29	80	13	86	38	11	11	38	1.78
59927173--59927240	17	3.5	19	77	20	61	26	1	1	70	1.04
59927174--59927233	20	2.8	20	82	12	59	25	1	1	71	1.04
59927185--59927236	21	2.6	19	78	21	54	26	1	1	69	1.10
59934045--59934070	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
59935613--59935650	15	2.4	16	82	4	51	36	2	5	55	1.37
59950975--59951233	47	5.6	45	72	14	170	23	30	18	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59950975--59951236	46	5.6	46	73	11	178	22	30	18	27	1.97
59951600--59951660	30	2.0	30	87	0	86	36	21	11	31	1.89
59958731--59958857	46	2.7	46	79	12	143	22	26	21	29	1.99
59969495--59969768	50	5.6	49	75	10	213	24	28	20	26	1.99
59969495--59969784	96	3.0	96	81	2	330	24	28	20	25	1.99
59978671--59978721	23	2.2	23	100	0	102	25	13	11	49	1.76
59978680--59978729	23	2.2	23	88	0	73	28	14	14	44	1.83
59991229--59991396	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
59991252--59991396	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
59998677--59998802	46	2.7	46	85	2	155	26	20	30	21	1.98
59998675--59998842	46	3.6	46	77	8	137	29	19	29	21	1.98
59998769--59998983	49	4.5	47	71	10	152	27	19	28	24	1.98
60000737--60000794	28	2.1	28	100	0	116	36	25	6	31	1.83
60011707--60012025	50	6.6	49	72	9	267	26	28	18	26	1.98
60011755--60012046	96	3.0	94	82	4	316	27	28	19	25	1.98
60011707--60012025	146	2.2	145	81	4	365	26	28	18	26	1.98
60014734--60014769	16	2.3	16	90	4	56	61	2	19	16	1.47
60016746--60016826	26	3.2	26	64	22	73	49	6	13	30	1.67
60016738--60016836	49	2.0	49	100	0	198	47	6	14	32	1.68
60035372--60035527	43	3.7	43	72	13	108	28	26	17	27	1.98
60038679--60038901	40	5.7	40	85	7	262	25	27	22	24	2.00
60038679--60038901	117	1.9	119	83	7	294	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60059942--60060024	41	2.0	41	97	0	157	34	6	16	42	1.73
60060392--60060443	20	2.6	20	85	11	79	26	32	28	11	1.91
60062018--60062091	26	2.9	26	77	4	78	24	37	20	17	1.93
60062099--60062156	27	2.1	27	87	0	80	34	37	8	18	1.82
60064788--60064845	30	1.9	30	86	6	82	22	32	25	18	1.97
60067303--60067338	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39
60070379--60070745	103	3.5	103	91	1	583	30	29	20	19	1.97
60071076--60071139	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
60071083--60071139	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
60168770--60168958	40	4.8	40	88	5	199	27	28	20	23	1.99
60171206--60171364	27	5.9	27	82	10	182	35	22	23	18	1.95
60171206--60171364	54	3.0	54	89	2	232	35	22	23	18	1.95
60172960--60173067	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
60179509--60180079	47	12.1	47	93	1	919	32	9	29	28	1.88
60180198--60180276	37	2.1	37	86	4	106	25	18	29	26	1.98
60186041--60186178	69	2.0	69	100	0	276	36	21	13	28	1.91
60195658--60195708	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
60195581--60195801	103	2.2	102	93	2	372	18	18	31	31	1.95
60195721--60195870	70	2.1	71	92	1	248	23	16	30	30	1.96
60195831--60195882	26	2.0	26	92	0	86	15	21	34	28	1.94
60203211--60203261	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
60203135--60203353	102	2.2	102	90	5	347	18	18	31	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60203273--60203423	71	2.1	71	91	2	241	23	17	29	30	1.97
60218259--60218304	23	2.0	23	100	0	92	13	43	4	39	1.63
60222231--60222262	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
60226619--60226656	19	2.0	19	100	0	76	26	5	26	42	1.76
60229320--60229397	28	2.8	28	77	9	72	17	3	35	42	1.68
60229382--60229450	7	9.6	7	79	6	66	15	0	47	36	1.46
60229329--60229423	28	3.4	28	80	4	93	16	2	40	41	1.61
60229389--60229450	22	2.8	22	82	0	79	16	0	48	35	1.46
60229364--60229450	14	6.1	14	81	7	77	17	0	44	37	1.49
60233073--60233432	9	40.3	9	79	4	381	46	22	0	30	1.56
60233073--60233429	53	6.7	54	81	6	397	46	22	0	30	1.56
60233073--60233432	62	5.8	62	84	4	377	46	22	0	30	1.56
60233255--60233296	21	2.0	21	86	9	59	50	28	0	21	1.49
60233073--60233432	44	8.3	44	79	5	340	46	22	0	30	1.56
60238664--60238708	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
60238737--60238850	28	3.9	28	71	19	81	28	21	25	25	1.99
60241212--60241240	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
60241658--60241730	21	3.5	21	82	0	92	27	17	50	4	1.64
60242082--60242250	86	2.0	86	88	2	250	25	18	26	30	1.98
60242065--60242225	43	3.7	43	80	4	191	26	18	26	27	1.98
60254641--60254693	28	2.0	27	85	7	72	50	5	13	30	1.64
60266388--60266420	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60269868--60269908	6	6.8	6	88	0	64	14	2	2	80	0.92
60271729--60271760	11	2.9	11	95	0	55	56	18	18	6	1.62
60272799--60272831	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
60276246--60276297	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
60276350--60276401	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
60276111--60276479	103	3.6	102	93	2	596	30	30	19	19	1.97
60276808--60276871	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
60276815--60276871	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
60291460--60291532	30	2.4	30	93	0	119	19	28	35	16	1.93
60292129--60292197	13	5.4	13	75	19	65	20	8	4	66	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362