genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51183116--51183386	94	2.8	92	79	7	240	24	29	19	26	1.98
51189695--51190012	49	6.7	49	75	14	224	24	29	18	27	1.98
51189697--51190018	96	3.4	96	74	15	274	24	29	18	27	1.98
51189697--51190058	46	7.7	47	72	15	216	24	29	18	27	1.98
51189697--51190061	95	3.9	95	75	12	290	24	29	18	27	1.98
51192820--51192886	9	7.0	9	75	12	62	34	11	19	34	1.88
51192826--51192892	20	3.3	20	93	0	116	34	13	19	32	1.91
51192826--51192906	40	2.0	39	86	9	110	34	13	18	33	1.90
51192938--51193047	25	4.4	25	82	11	127	29	22	18	30	1.97
51192938--51193044	51	2.2	48	83	8	126	29	22	17	29	1.97
51192954--51193059	49	2.1	51	81	6	119	28	23	17	30	1.97
51197113--51197164	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
51201473--51201624	40	3.8	40	88	2	198	26	28	21	24	1.99
51201444--51201624	80	2.3	80	81	2	213	27	27	20	24	1.99
51205963--51206140	27	6.6	27	79	10	121	28	28	16	26	1.97
51205984--51206139	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
51205963--51206140	54	3.3	54	80	8	175	28	28	16	26	1.97
51211623--51211846	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
51212175--51212238	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
51212182--51212238	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
51215593--51215722	46	2.8	46	78	9	149	30	29	18	22	1.97
51225914--51225941	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51227361--51227802	40	11.1	40	94	0	735	23	21	26	28	1.99
51233290--51233317	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
51234733--51235098	40	9.2	40	91	0	583	23	21	27	28	1.99
51243497--51243604	26	4.2	26	95	0	189	31	6	25	37	1.81
51245326--51245373	21	2.3	21	85	7	62	12	2	54	31	1.49
51249071--51249105	12	2.8	12	91	4	52	60	0	22	17	1.37
51252713--51252761	8	6.0	8	78	4	53	12	4	4	79	1.01
51253163--51253197	12	2.8	12	91	4	52	60	0	22	17	1.37
51254863--51254911	25	2.0	25	91	0	80	20	6	4	69	1.27
51257744--51257815	30	2.5	28	76	14	74	55	8	16	19	1.66
51260051--51260173	43	2.9	42	76	7	131	24	17	25	33	1.96
51273259--51273357	42	2.3	44	80	13	109	27	17	21	34	1.95
51276018--51276067	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
51276102--51276218	27	4.3	27	80	6	112	20	16	19	43	1.88
51284357--51284486	56	2.3	56	98	0	251	33	25	14	26	1.94
51285377--51285680	27	11.3	27	86	1	394	27	22	9	41	1.84
51285685--51285880	27	7.3	27	84	0	239	35	18	19	26	1.95
51285685--51285880	54	3.6	54	86	2	277	35	18	19	26	1.95
51286099--51286161	27	2.4	26	92	5	108	22	19	17	41	1.90
51286249--51286307	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
51286472--51286544	27	2.8	27	83	8	80	17	24	21	35	1.95
51286662--51286763	6	16.8	6	71	20	79	21	15	13	49	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51286662--51286763	30	3.4	30	81	9	127	21	15	13	49	1.79
51294577--51295131	43	13.0	43	83	3	627	31	27	15	26	1.95
51304990--51305115	43	3.0	43	82	3	141	23	30	19	26	1.98
51306925--51307100	46	3.8	46	79	12	216	21	21	28	28	1.98
51306922--51307092	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99
51309595--51309624	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
51314172--51314318	47	3.1	47	87	0	204	32	10	28	28	1.90
51314524--51314631	36	3.0	36	94	2	189	22	19	31	26	1.98
51314524--51314635	37	3.1	37	96	1	199	21	19	31	27	1.97
51316866--51317075	27	7.7	27	86	1	285	39	20	8	30	1.83
51316866--51317045	82	2.2	82	87	4	256	40	20	8	31	1.82
51316873--51317074	109	1.8	110	90	1	325	38	21	8	31	1.83
51316866--51317171	27	11.3	27	81	4	242	38	20	9	31	1.84
51316866--51317208	27	12.7	27	78	5	230	38	20	9	32	1.84
51317192--51317493	27	11.2	27	87	3	360	35	19	20	24	1.96
51317921--51317985	22	3.0	21	78	13	60	20	24	23	32	1.98
51318159--51318227	27	2.5	27	88	6	95	18	21	21	37	1.94
51318166--51318244	27	3.0	26	86	3	95	22	24	17	35	1.95
51318406--51318491	6	14.2	6	80	11	95	19	16	15	48	1.81
51318394--51318491	31	3.2	30	87	7	135	19	16	15	48	1.80
51320712--51320870	43	3.7	44	76	12	168	24	19	26	29	1.98
51320712--51320852	42	3.3	43	78	10	137	25	19	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51323616--51323716	27	3.7	27	93	0	166	29	18	17	33	1.95
51323616--51323728	54	2.1	54	84	1	145	30	20	16	32	1.95
51323805--51323852	23	2.1	23	85	14	64	27	14	16	41	1.87
51324656--51324834	39	4.6	39	83	4	150	28	28	21	21	1.99
51324688--51324851	78	2.1	78	85	3	215	26	29	21	21	1.99
51324708--51324851	39	3.7	39	93	0	216	26	29	22	21	1.99
51331361--51331476	39	3.0	39	96	0	205	28	30	19	21	1.98
51332577--51332684	34	3.2	33	75	7	110	23	23	23	30	1.99
51332560--51332689	67	2.0	66	86	7	183	23	23	23	30	1.99
51335115--51335167	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
51335478--51335571	32	2.9	30	73	12	71	25	21	25	27	1.99
51337869--51338015	41	3.6	40	83	4	161	34	22	16	27	1.95
51339386--51339410	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
51341699--51341881	79	2.3	81	82	7	214	26	27	21	23	1.99
51341697--51341881	40	4.7	40	78	10	191	27	28	21	23	1.99
51343925--51344090	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99
51343889--51344057	40	4.3	40	90	5	233	25	21	27	25	1.99
51351847--51351934	35	2.4	36	85	12	117	26	22	26	25	2.00
51356821--51356863	22	2.0	21	81	4	50	37	6	13	41	1.72
51355971--51357898	963	2.0	965	96	3	3593	29	11	22	35	1.90
51357783--51357825	22	2.0	21	81	4	50	37	6	13	41	1.72
51359519--51359580	25	2.3	26	86	8	81	33	27	6	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51359686--51359774	26	3.2	28	84	10	121	19	24	23	32	1.97
51359686--51359799	26	4.1	28	82	7	119	18	24	21	35	1.96
51360850--51360883	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
51367358--51367422	28	2.3	28	91	0	103	33	27	6	32	1.82
51367528--51367646	28	4.2	28	93	1	184	20	24	22	32	1.98
51367538--51367671	56	2.4	55	86	5	162	20	24	20	35	1.96
51368109--51368147	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
51378564--51378698	49	2.8	47	82	8	130	28	17	28	26	1.97
51378563--51378651	24	3.7	24	78	3	88	29	16	25	28	1.97
51378613--51378698	24	3.6	23	79	16	86	29	16	27	26	1.97
51391764--51391804	20	2.0	20	90	0	64	31	12	34	21	1.91
51396410--51396584	46	3.8	45	78	14	169	29	29	20	21	1.98
51396417--51396589	93	1.9	93	90	0	274	28	29	20	21	1.98
51403043--51403298	104	2.4	105	91	4	428	30	29	21	19	1.97
51405352--51405471	50	2.3	52	84	4	154	37	13	15	34	1.86
51405497--51405577	39	2.1	39	92	0	135	48	14	8	28	1.74
51407312--51407354	18	2.4	17	82	17	52	6	16	2	74	1.14
51412619--51412671	5	10.6	5	76	15	56	35	7	20	35	1.81
51412624--51412679	11	5.5	11	75	16	66	35	10	19	33	1.87
51412623--51412679	20	2.8	20	100	0	114	35	10	19	35	1.86
51415971--51416027	30	1.9	30	89	7	89	57	17	14	10	1.64
51415971--51416027	15	3.8	15	83	4	71	57	17	14	10	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51419426--51419510	31	2.8	31	89	1	136	24	25	17	31	1.97
51419716--51419800	26	3.4	25	82	9	93	28	22	20	29	1.98
51419729--51419800	26	2.8	27	85	8	96	29	22	22	26	1.99
51419847--51419894	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
51419931--51419978	25	1.9	25	91	0	78	29	14	22	33	1.94
51425944--51426096	79	2.0	76	86	8	211	26	28	20	24	1.99
51425944--51426096	40	3.9	39	89	6	215	26	28	20	24	1.99
51433770--51433991	40	5.7	40	86	7	276	25	27	22	24	1.99
51433770--51433991	76	2.8	80	83	7	285	25	27	22	24	1.99
51433772--51433991	116	1.9	118	83	5	295	25	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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