genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79209556--79209721	27	6.1	27	79	7	149	28	10	22	37	1.88
79209713--79209991	27	10.3	27	86	1	353	39	8	24	28	1.84
79209713--79209991	81	3.4	81	91	1	434	39	8	24	28	1.84
79211906--79211939	11	3.0	11	87	8	50	79	0	0	20	0.73
79211906--79211939	17	2.0	17	94	0	59	79	0	0	20	0.73
79211907--79211939	6	5.7	6	89	7	50	81	0	0	18	0.68
79222659--79222832	52	3.2	52	72	13	179	31	17	24	27	1.97
79222711--79222885	59	3.1	59	71	15	197	32	17	21	29	1.96
79222572--79222889	111	2.9	111	94	1	532	30	17	22	29	1.97
79223201--79223366	79	2.1	77	88	2	251	34	20	18	27	1.95
79223374--79223825	74	6.0	74	79	12	397	34	21	15	28	1.94
79223613--79223988	75	4.9	75	74	11	318	32	22	17	27	1.96
79237935--79238153	48	4.6	48	82	2	244	24	18	29	27	1.98
79248923--79248962	21	1.9	21	84	0	53	42	7	15	35	1.75
79263709--79263804	23	4.2	22	75	7	84	38	20	21	18	1.93
79273052--79273103	23	2.3	23	100	0	104	30	7	11	50	1.67
79279931--79280134	46	4.4	45	78	11	196	22	30	19	26	1.98
79279931--79280140	94	2.2	92	81	8	246	22	30	19	27	1.98
79287476--79287690	46	4.6	46	75	12	181	22	28	19	29	1.98
79293488--79293659	93	1.8	93	93	0	299	27	29	20	22	1.99
79293481--79293656	46	3.8	46	77	12	198	28	28	20	21	1.98
79293530--79293668	47	3.0	46	73	16	135	29	28	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79303838--79304062	40	5.7	40	79	9	201	25	21	27	25	1.99
79312685--79312801	31	3.8	31	94	1	182	30	26	15	27	1.96
79313699--79313871	27	6.4	27	79	5	181	30	9	19	41	1.83
79313713--79313830	53	2.2	53	84	4	157	29	8	21	40	1.82
79313714--79313878	80	2.0	80	80	7	183	29	10	21	38	1.87
79313870--79314061	27	7.3	27	83	8	218	39	6	24	29	1.81
79316304--79316442	31	4.5	31	91	0	233	28	24	17	30	1.97
79316470--79316557	42	2.1	42	97	0	167	34	18	14	32	1.91
79316703--79316774	25	2.9	24	86	10	92	27	22	25	25	2.00
79317764--79317913	27	5.6	27	86	3	185	29	6	20	44	1.77
79317787--79317946	54	3.0	53	78	3	176	30	10	19	39	1.85
79317787--79317946	81	2.0	81	81	9	193	30	10	19	39	1.85
79317678--79317916	27	8.8	27	77	7	133	31	7	18	41	1.79
79317945--79318142	27	7.3	27	91	2	290	38	7	24	29	1.82
79319922--79319961	21	1.9	21	84	0	53	40	10	17	32	1.83
79321949--79322123	50	3.7	48	80	11	191	23	31	17	28	1.97
79321949--79322123	92	1.9	95	84	7	241	23	31	17	28	1.97
79325123--79325190	28	2.4	28	85	0	82	26	27	11	33	1.91
79331806--79331855	15	3.3	15	97	0	91	48	18	2	32	1.59
79331792--79331870	30	2.7	29	75	11	97	50	16	3	29	1.62
79338247--79338344	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
79342483--79342511	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79343762--79343850	27	3.3	27	85	6	117	35	15	12	35	1.85
79343802--79344168	27	13.7	27	83	5	417	34	11	17	36	1.86
79344498--79344576	28	2.8	28	92	0	131	30	35	13	20	1.92
79350515--79350768	39	6.5	39	80	9	234	26	20	27	24	1.99
79350588--79350768	79	2.3	79	82	6	199	26	20	27	24	1.99
79358424--79358647	40	5.7	40	82	7	242	25	21	27	25	1.99
79358424--79358647	79	2.8	78	82	6	254	25	21	27	25	1.99
79358504--79358680	79	2.3	79	82	4	198	25	22	28	24	1.99
79368764--79368820	21	2.8	21	76	5	64	61	1	3	33	1.23
79368812--79368844	15	2.1	16	88	5	50	63	3	0	33	1.10
79369840--79369897	28	2.1	28	96	0	107	29	5	24	41	1.76
79377909--79377970	26	2.5	24	85	12	74	48	1	3	46	1.28
79378208--79378241	16	2.1	16	89	10	52	29	2	0	67	1.05
79378995--79379035	17	2.4	17	95	0	73	39	14	0	46	1.45
79381887--79381921	18	2.0	18	88	5	54	40	5	2	51	1.40
79383098--79383309	63	3.4	62	87	1	280	22	25	28	23	1.99
79390365--79390413	19	2.8	17	70	11	53	59	4	4	32	1.35
79390645--79390696	16	3.2	16	78	5	52	55	11	0	32	1.36
79390667--79390707	6	7.2	6	81	10	50	56	14	0	29	1.39
79390641--79390683	20	2.2	20	83	8	52	58	6	0	34	1.25
79390656--79390708	18	2.9	18	77	5	54	54	13	0	32	1.39
79391485--79391546	27	2.3	27	97	0	115	29	6	3	61	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79392629--79392874	89	2.8	90	85	5	331	37	18	16	27	1.92
79392784--79393332	77	7.0	75	74	14	244	34	19	16	29	1.94
79392854--79393122	85	3.1	85	82	9	319	38	18	15	26	1.91
79393017--79393045	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
79392730--79393276	246	2.2	240	85	8	755	35	19	16	28	1.93
79393025--79393330	77	4.0	77	94	3	512	32	19	16	31	1.95
79392788--79393330	153	3.4	150	81	13	596	34	19	16	29	1.94
79401503--79401534	4	8.0	4	92	0	55	53	0	21	25	1.46
79405873--79405916	19	2.3	19	80	7	54	59	6	0	34	1.24
79405945--79406000	27	2.1	28	83	6	71	60	3	7	28	1.40
79406652--79406735	21	3.8	20	71	17	60	60	3	4	30	1.34
79408599--79408633	17	2.1	17	94	0	61	71	0	8	20	1.11
79408688--79408722	14	2.5	14	95	0	61	62	2	8	25	1.38
79408560--79408869	95	3.4	92	89	6	474	37	16	15	30	1.90
79408781--79408820	14	2.8	14	92	3	62	60	5	7	27	1.45
79408379--79408869	89	5.5	87	78	12	494	37	18	14	29	1.91
79408560--79408893	185	1.8	184	90	3	546	38	15	15	30	1.89
79408795--79409095	78	4.0	76	83	8	355	32	20	16	31	1.94
79408799--79409103	73	4.1	73	83	7	364	33	20	16	30	1.94
79408799--79409103	148	2.0	147	85	4	414	33	20	16	30	1.94
79423464--79423507	19	2.3	19	80	7	54	59	6	0	34	1.24
79423536--79423591	27	2.1	28	83	6	71	60	3	7	28	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79423940--79423977	19	2.0	19	100	0	76	52	5	10	31	1.58
79423971--79424040	24	2.9	25	73	23	69	57	4	5	32	1.42
79424285--79424319	18	1.9	18	88	0	52	65	5	2	25	1.28
79425710--79425748	21	1.9	20	89	5	60	53	7	10	28	1.62
79425893--79426004	37	3.1	37	79	6	120	57	3	5	33	1.39
79425940--79425988	19	2.7	19	75	6	57	59	4	4	32	1.35
79426202--79426226	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
79426203--79426251	16	3.1	16	82	11	55	63	4	0	32	1.13
79427775--79427880	28	3.7	28	73	19	92	25	27	20	26	1.99
79430494--79430536	21	2.0	21	82	8	52	48	2	0	48	1.14
79434856--79434884	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
79435526--79435574	23	2.0	26	84	11	68	34	4	2	59	1.28
79435531--79435585	23	2.3	24	81	12	60	32	3	3	60	1.32
79435595--79435632	18	2.1	19	85	9	53	57	2	5	34	1.35
79438794--79438835	21	2.0	22	90	4	68	38	23	28	9	1.86
79442117--79442168	26	2.1	26	83	16	67	30	21	0	48	1.51
79442839--79442999	42	3.7	42	80	8	162	29	24	14	31	1.95
79442923--79443165	47	5.0	49	77	12	198	30	26	15	27	1.96
79445296--79445371	38	2.0	38	97	0	143	48	5	9	36	1.58
79445885--79445934	25	2.0	25	100	0	100	36	12	4	48	1.59
79446239--79446269	16	1.9	16	93	0	53	25	9	48	16	1.76
79451679--79451948	146	1.9	145	83	6	359	44	6	12	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79453556--79453598	19	2.4	19	88	7	63	37	13	11	37	1.82
79453564--79453600	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
79453564--79453623	19	2.8	22	85	9	72	36	8	16	38	1.79
79462433--79462741	78	4.0	78	89	2	478	33	19	22	24	1.97
79462683--79463397	220	3.3	219	90	2	1096	32	18	22	27	1.97
79463369--79463555	78	2.4	78	92	0	320	33	19	23	23	1.97
79463579--79463768	45	4.2	45	85	6	233	32	14	28	24	1.95
79463569--79463768	89	2.2	90	86	5	289	32	15	28	24	1.95
79463964--79464009	19	2.4	20	75	10	51	69	15	6	8	1.34
79464118--79464227	19	5.9	19	91	6	190	37	11	14	36	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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