genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30251018--30251321	143	2.1	142	93	3	522	27	31	7	33	1.85
30255367--30255560	40	4.9	40	92	0	309	25	29	22	22	1.99
30257378--30257667	47	6.1	47	92	4	474	27	30	7	33	1.85
30257378--30257667	96	3.0	96	95	2	505	27	30	7	33	1.85
30257378--30257667	143	2.0	142	95	2	519	27	30	7	33	1.85
30263653--30263677	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
30268101--30268181	42	1.9	42	85	9	112	32	12	22	33	1.91
30269304--30269401	50	2.0	50	91	0	160	17	21	27	33	1.96
30278727--30278772	24	1.9	24	81	0	56	30	15	23	30	1.95
30278924--30278985	25	2.5	24	78	19	65	35	17	24	22	1.95
30299499--30299550	25	2.1	24	82	3	59	15	21	25	38	1.92
30310585--30310696	27	4.1	27	85	3	136	35	20	23	20	1.96
30313777--30313839	30	2.1	30	82	5	74	17	19	14	49	1.80
30319192--30319257	30	2.2	30	100	0	132	28	31	21	18	1.96
30320176--30320264	23	3.9	23	79	8	92	34	15	23	25	1.95
30320170--30320263	45	2.1	45	84	4	118	35	14	23	26	1.94
30323543--30323898	178	2.0	178	98	0	694	33	10	29	26	1.90
30326362--30326542	40	4.6	39	82	7	215	25	28	21	24	1.99
30332662--30332702	15	2.7	16	79	20	52	60	4	0	34	1.18
30332669--30332704	17	2.2	16	90	9	56	63	5	0	30	1.17
30332688--30332959	99	2.9	93	78	11	289	54	15	1	28	1.50
30333122--30333171	4	12.5	4	87	8	75	0	24	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30333775--30333814	16	2.5	16	87	0	62	47	0	0	52	1.00
30333949--30333993	17	2.6	18	82	3	56	37	0	0	62	0.96
30334319--30334352	14	2.4	14	90	0	50	73	0	26	0	0.83
30334501--30334532	11	2.8	12	90	9	50	37	0	0	62	0.95
30334604--30334635	12	2.7	12	90	0	55	34	0	6	59	1.23
30334602--30335018	107	4.0	103	85	7	563	30	0	13	55	1.41
30334601--30335033	208	2.1	207	87	6	615	31	0	13	55	1.41
30334997--30335031	16	2.2	16	90	5	54	28	0	8	62	1.24
30336860--30336980	33	3.7	33	72	4	100	19	42	9	27	1.83
30340455--30340515	27	2.3	27	85	0	77	32	26	22	18	1.97
30354750--30354789	20	2.0	20	85	0	53	37	15	0	47	1.45
30362997--30363262	40	6.5	40	85	9	340	25	24	27	22	2.00
30362997--30363262	89	3.2	80	83	11	349	25	24	27	22	2.00
30363113--30363213	49	2.1	49	98	0	193	27	24	27	19	1.99
30371134--30371384	40	6.3	40	89	1	364	27	22	26	24	2.00
30380938--30381476	171	3.2	171	82	6	620	36	18	8	36	1.82
30390078--30390109	6	5.2	6	96	3	55	31	0	65	3	1.08
30394239--30394278	21	2.0	21	85	5	55	22	27	37	12	1.90
30397916--30397984	30	2.3	30	92	0	111	20	23	31	24	1.98
30400777--30400869	40	2.3	39	82	10	100	29	21	18	31	1.97
30408668--30408709	21	2.0	21	100	0	84	33	23	23	19	1.97
30413420--30413498	25	3.3	25	64	10	74	32	5	27	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30413360--30413631	47	5.7	47	97	1	472	30	8	30	30	1.88
30413749--30413827	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
30423834--30423957	63	2.0	63	88	0	185	27	18	21	32	1.97
30430877--30430949	15	4.9	15	80	6	85	57	15	15	12	1.65
30434282--30434338	29	2.0	28	90	6	89	42	14	5	38	1.68
30440145--30440230	42	2.0	42	84	0	109	29	17	30	23	1.97
30443932--30444051	43	2.8	41	81	7	150	30	23	15	30	1.96
30449985--30450060	27	2.8	27	100	0	152	46	3	15	34	1.65
30459432--30459487	26	2.2	26	90	0	85	32	26	17	23	1.97
30460997--30461027	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
30460994--30461033	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
30461220--30461474	55	4.8	54	81	7	265	22	25	16	35	1.95
30461267--30461467	108	1.8	110	88	4	309	23	25	17	33	1.96
30464538--30464712	46	3.8	45	75	15	153	28	18	31	21	1.97
30467169--30467285	59	2.0	59	94	0	207	49	10	12	27	1.73
30469325--30469508	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	25	2.00
30469325--30469508	80	2.3	80	87	3	255	25	23	26	25	2.00
30472645--30472706	18	3.4	17	77	6	52	14	16	3	66	1.38
30472696--30472751	21	2.7	20	78	8	58	7	25	1	66	1.27
30472737--30472772	17	2.1	17	89	5	54	11	16	0	72	1.12
30472702--30472772	33	2.1	35	82	12	85	9	22	1	66	1.29
30475191--30475248	27	2.1	27	81	12	66	37	8	1	51	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30475096--30475391	152	2.0	150	80	8	341	42	10	3	43	1.57
30475096--30475402	151	2.0	150	79	8	320	43	10	3	42	1.56
30475388--30475418	15	2.1	15	100	0	62	64	0	0	35	0.94
30475754--30475817	3	21.0	3	87	3	65	56	0	7	35	1.28
30485787--30485815	11	2.6	11	100	0	58	82	0	0	17	0.66
30496193--30496246	24	2.2	24	87	12	76	14	14	38	31	1.87
30498336--30498392	6	8.8	6	78	14	51	73	0	1	24	0.92
30498336--30498392	13	4.4	12	79	14	51	73	0	1	24	0.92
30498336--30498395	11	5.4	10	81	14	57	73	0	1	25	0.93
30498336--30498392	19	2.9	18	82	10	60	73	0	1	24	0.92
30515756--30515881	55	2.3	55	79	2	137	25	30	28	15	1.96
30517830--30518040	40	5.3	40	88	4	230	23	20	27	28	1.99
30519597--30519634	20	2.0	19	90	10	60	18	18	0	63	1.32
30531895--30531991	34	2.9	34	92	3	153	31	7	18	42	1.78
30532003--30532077	9	7.9	9	81	11	87	25	0	20	54	1.44
30532028--30532065	20	1.9	20	94	0	67	26	0	23	50	1.50
30532003--30532077	19	3.9	19	80	11	91	25	0	20	54	1.44
30533368--30533418	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
30534015--30534068	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
30534071--30534268	27	7.3	27	85	4	229	26	21	16	35	1.94
30534069--30534268	54	3.7	53	85	2	256	26	21	17	35	1.95
30534069--30534268	81	2.5	80	86	1	274	26	21	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30541219--30541277	27	2.2	27	81	6	66	38	20	20	20	1.93
30541257--30541456	27	7.4	27	82	0	202	25	18	18	38	1.93
30541256--30541456	54	3.7	54	82	0	231	24	18	18	38	1.93
30541273--30541456	81	2.3	81	84	1	244	25	17	19	38	1.92
30548845--30548967	34	3.6	34	97	0	228	32	8	17	41	1.79
30548979--30549040	9	6.4	9	80	12	70	22	0	19	58	1.40
30548982--30549040	19	3.0	19	76	16	66	22	0	18	59	1.38
30548980--30549040	30	2.0	30	90	6	97	21	0	19	59	1.39
30552722--30552803	40	2.0	40	95	0	146	30	26	9	32	1.89
30566375--30566518	35	4.1	36	77	6	152	28	12	18	40	1.87
30566481--30566582	50	2.0	50	82	0	123	31	8	19	40	1.82
30571147--30571260	6	18.5	6	74	15	99	48	15	17	18	1.82
30571180--30571282	31	3.3	31	94	1	170	52	14	13	19	1.74
30571152--30571247	25	3.8	25	82	6	106	47	16	17	17	1.82
30571183--30571240	19	3.4	19	67	30	58	48	17	15	18	1.82
30571422--30571492	26	2.7	26	88	2	97	36	21	23	18	1.95
30571651--30571715	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
30572169--30572740	27	21.2	26	85	7	616	25	19	21	33	1.97
30572142--30572713	54	10.6	53	87	3	716	25	20	20	33	1.97
30572141--30572740	81	7.4	81	87	2	769	25	20	21	33	1.97
30574693--30574783	6	14.8	6	72	17	62	46	16	18	18	1.85
30574695--30574793	31	3.2	31	91	0	144	46	16	19	18	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30574956--30575009	26	2.0	27	89	3	83	37	20	25	16	1.93
30575186--30575239	22	2.5	22	76	11	65	35	22	22	20	1.96
30575666--30576265	27	22.3	27	89	0	819	24	21	21	32	1.98
30576247--30576320	27	2.7	27	93	0	121	27	10	22	39	1.87
30577577--30577654	41	1.9	41	81	5	95	16	20	30	32	1.95
30577840--30577960	35	3.5	35	78	4	145	28	10	17	42	1.83
30578457--30578511	24	2.3	24	96	0	101	34	9	12	43	1.74
30580399--30580502	51	2.0	51	96	0	190	33	17	15	33	1.91
30582430--30582474	24	1.9	23	86	4	63	37	0	17	44	1.49
30582907--30583008	48	2.1	48	83	0	123	38	8	15	37	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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