genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99499162--99499224	21	2.8	22	78	7	65	66	1	4	26	1.20
99500708--99500754	24	1.9	25	83	12	62	44	4	4	46	1.42
99502707--99502860	39	3.9	39	93	0	263	35	18	14	31	1.91
99503975--99504048	36	2.1	36	86	0	103	24	10	22	41	1.86
99504071--99504121	16	3.3	16	81	5	52	68	0	13	17	1.21
99507272--99507314	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
99507295--99507327	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
99507306--99507399	45	2.1	44	88	2	134	35	5	27	31	1.79
99507562--99507596	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
99507520--99507592	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
99507481--99507752	144	1.9	147	92	3	469	47	2	3	46	1.34
99507706--99507740	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
99533574--99533635	28	2.2	28	85	0	79	32	19	17	30	1.95
99535043--99535101	19	2.9	21	85	10	59	38	13	10	37	1.79
99535055--99535152	19	5.2	19	84	12	130	34	14	10	40	1.79
99535066--99535152	36	2.4	37	86	11	133	35	13	11	39	1.81
99539675--99539746	20	3.7	19	87	7	101	37	1	6	54	1.36
99540911--99540980	33	2.1	33	82	15	83	44	4	1	50	1.30
99540911--99540979	32	2.1	33	82	12	81	44	4	1	49	1.31
99541149--99541187	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
99558805--99558915	40	2.8	40	79	8	109	31	19	22	26	1.98
99558514--99558940	156	2.8	156	84	2	522	31	18	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99558514--99559032	156	3.3	154	81	4	517	31	18	24	26	1.97
99559316--99559360	19	2.3	20	78	17	51	42	4	6	46	1.50
99559783--99559814	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
99559804--99559857	27	2.0	27	82	7	65	53	1	0	44	1.11
99562339--99562416	19	4.4	19	87	10	94	37	12	12	37	1.82
99562347--99562418	19	3.9	19	91	8	123	37	11	15	36	1.83
99566623--99566731	26	4.2	26	91	0	182	33	7	22	35	1.82
99568347--99568459	27	4.2	26	85	5	129	17	24	23	33	1.96
99569443--99569475	17	2.0	17	88	5	50	63	9	3	24	1.38
99572042--99572070	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
99572093--99572128	5	7.4	5	93	6	65	41	0	0	58	0.98
99573400--99573456	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
99573827--99573892	23	3.0	23	80	6	82	13	19	24	42	1.87
99576089--99576196	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
99577815--99577971	27	5.9	26	84	7	192	18	23	22	35	1.96
99577815--99577971	54	3.0	53	90	4	230	18	23	22	35	1.96
99579172--99579598	99	4.1	99	80	12	464	36	7	4	51	1.48
99579262--99579305	19	2.4	19	92	3	72	31	2	0	65	1.05
99579176--99579403	118	1.9	117	91	2	368	36	6	3	53	1.46
99579176--99579360	62	3.1	59	72	12	180	35	6	3	54	1.44
99579286--99579598	99	3.2	98	96	1	572	37	7	4	50	1.50
99579676--99579833	9	17.6	9	72	19	107	45	14	2	37	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99579683--99579795	16	7.1	16	78	7	113	45	15	2	37	1.60
99579683--99579833	80	1.9	80	92	0	257	45	14	2	37	1.59
99579966--99580037	9	8.2	9	80	9	69	47	16	0	36	1.47
99579959--99580033	34	2.2	34	85	4	98	49	16	0	34	1.46
99588757--99588826	31	2.3	31	92	0	113	15	11	21	51	1.75
99591362--99591482	42	2.9	42	80	6	138	29	31	16	22	1.96
99593492--99593579	30	2.9	30	77	13	90	42	5	1	51	1.33
99595774--99595955	40	4.5	41	78	2	188	23	20	17	38	1.93
99595774--99595925	81	1.9	81	84	2	207	24	19	17	38	1.93
99596425--99596486	11	5.8	10	81	12	70	27	29	0	43	1.55
99597644--99597669	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
99597641--99597675	14	2.5	13	86	13	52	25	0	14	60	1.35
99598169--99598227	30	2.0	30	86	0	82	35	38	11	13	1.82
99598287--99598329	18	2.4	18	96	0	77	23	27	6	41	1.80
99598585--99598631	21	2.2	21	88	0	67	29	42	21	6	1.77
99601905--99602456	125	4.4	126	88	0	748	28	17	17	37	1.92
99601905--99602469	252	2.2	251	87	2	776	28	16	16	37	1.92
99602635--99602680	7	6.4	7	80	14	58	43	36	0	19	1.51
99603943--99603995	21	2.5	22	75	6	54	37	5	3	52	1.43
99605515--99605565	17	3.2	16	73	18	52	49	0	1	49	1.12
99605534--99605558	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
99605515--99605565	27	1.9	26	84	4	66	49	0	1	49	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99606452--99606496	20	2.2	20	84	0	54	62	2	4	31	1.27
99608701--99608739	20	2.0	20	100	0	78	20	25	28	25	1.99
99609144--99609196	10	5.2	10	79	2	52	50	20	18	9	1.74
99609827--99609870	20	2.2	20	83	0	52	13	22	22	40	1.89
99625394--99625611	108	2.0	108	85	4	296	33	18	19	28	1.95
99630916--99631367	129	3.5	130	75	6	369	34	18	19	27	1.95
99631918--99632494	132	4.4	131	75	8	414	33	18	20	27	1.96
99631918--99632547	131	4.8	131	77	7	444	33	17	19	29	1.95
99635188--99635491	132	2.3	132	91	1	484	27	25	19	28	1.98
99640023--99640096	37	2.0	37	100	0	148	37	5	24	32	1.78
99647371--99647743	132	2.8	131	83	3	435	32	17	19	30	1.95
99648723--99648752	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
99650424--99650723	132	2.3	132	92	1	485	27	25	19	28	1.98
99662578--99662802	39	5.8	39	85	4	174	28	28	21	21	1.98
99662610--99662802	78	2.5	78	85	4	230	26	29	21	21	1.99
99662648--99662810	39	4.2	39	93	0	263	27	29	20	22	1.98
99665142--99665291	46	3.1	46	71	12	138	25	16	28	30	1.97
99665164--99665268	53	2.0	53	83	5	131	24	17	26	31	1.97
99670938--99670962	7	3.6	7	100	0	50	88	0	12	0	0.53
99671902--99672333	44	9.9	43	68	13	177	29	15	25	28	1.96
99671919--99672333	220	1.9	219	88	2	636	29	15	26	29	1.96
99672436--99672469	16	2.1	16	88	0	50	50	38	8	2	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99675275--99675458	47	4.0	47	89	1	273	32	12	28	26	1.93
99675621--99675729	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
99677816--99677863	23	2.2	23	81	7	55	31	8	2	58	1.39
99686512--99686581	16	4.2	16	76	16	63	61	0	1	37	1.05
99686844--99687114	21	12.9	20	68	23	87	61	1	3	33	1.19
99686886--99687177	3	94.3	3	66	22	92	63	0	3	32	1.15
99686886--99687118	11	19.9	12	65	25	92	62	0	2	34	1.13
99686886--99687118	102	2.3	100	78	13	237	62	0	2	34	1.13
99686888--99687117	30	7.3	30	70	20	143	62	0	2	34	1.13
99686888--99687118	50	4.6	48	72	19	163	62	0	2	34	1.13
99692515--99692620	28	3.7	27	72	19	81	25	27	18	28	1.98
99692485--99692656	60	2.8	61	81	11	194	26	25	19	27	1.99
99692649--99692688	20	2.0	20	85	9	55	27	25	20	27	1.99
99700877--99700933	22	2.6	22	94	0	96	38	21	15	24	1.92
99700981--99701143	19	8.9	19	88	9	250	36	15	11	36	1.83
99700981--99701143	35	4.5	36	93	3	258	36	15	11	36	1.83
99701970--99702704	207	3.6	207	94	0	1310	29	22	18	29	1.97
99702577--99702817	131	1.9	125	83	7	315	27	24	18	29	1.98
99702518--99702817	131	2.4	118	79	9	312	27	24	18	29	1.98
99703895--99703971	8	9.8	8	78	12	79	2	12	1	83	0.82
99703896--99703969	23	3.2	23	85	14	100	2	13	1	82	0.84
99709693--99709818	19	6.9	18	85	10	170	36	14	11	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99709693--99709810	35	3.3	35	93	3	191	36	13	11	38	1.82
99724147--99724355	106	1.9	108	84	2	278	30	18	21	30	1.96
99724773--99724823	25	2.0	25	96	0	93	19	25	13	41	1.88
99735293--99735407	27	4.1	29	81	5	123	36	20	23	19	1.95
99735318--99735407	28	3.2	28	82	7	112	34	22	23	20	1.97
99735293--99735407	55	2.1	56	85	8	155	36	20	23	19	1.95
99742900--99743014	55	2.1	56	85	8	155	36	20	23	19	1.95
99742900--99743014	27	4.1	29	81	5	123	36	20	23	19	1.95
99742925--99743014	28	3.2	28	81	7	112	34	22	23	20	1.97
99743120--99743184	28	2.3	28	89	5	96	29	6	29	35	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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