genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82678880--82679102	27	8.3	27	84	4	272	26	20	18	35	1.95
82678882--82679103	80	2.7	81	85	3	304	26	20	17	35	1.95
82678881--82679101	107	2.1	108	87	2	320	26	20	18	35	1.95
82678898--82679128	54	4.3	54	79	6	213	25	18	19	36	1.94
82679086--82679158	27	2.7	27	89	0	110	26	6	24	42	1.79
82679113--82679225	27	4.2	27	79	0	109	27	7	23	41	1.80
82679113--82679453	54	6.3	54	75	6	170	32	7	21	39	1.81
82679204--82679290	27	3.2	27	91	0	147	39	4	22	33	1.75
82679304--82679453	27	5.6	27	79	6	169	32	8	19	40	1.82
82679300--82679453	81	1.9	82	82	6	197	32	8	20	38	1.82
82686825--82686926	51	2.0	51	94	0	177	21	10	25	42	1.85
82690113--82690193	27	3.0	27	75	7	83	37	19	20	22	1.95
82690335--82690665	27	12.3	27	87	3	425	25	21	18	34	1.96
82697383--82697424	19	2.2	20	91	4	68	19	0	42	38	1.51
82698389--82698426	18	2.0	20	85	10	53	31	18	15	34	1.92
82707512--82707741	51	4.6	50	76	5	153	26	14	28	31	1.95
82707806--82707835	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
82709831--82709883	22	2.4	22	84	6	63	37	26	24	11	1.89
82710117--82710175	26	2.2	27	82	8	68	23	22	20	33	1.97
82710132--82710207	27	2.8	27	80	4	82	23	18	23	34	1.96
82727108--82727171	31	2.1	31	100	0	128	48	10	6	34	1.64
82732273--82732354	6	13.3	6	72	19	62	47	14	18	19	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82732273--82732354	19	4.4	18	73	19	62	47	14	18	19	1.82
82732287--82732354	25	2.7	25	88	0	100	47	14	19	19	1.83
82732473--82732532	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
82732868--82733115	27	9.2	27	90	0	336	25	20	18	36	1.95
82733154--82733415	27	9.7	27	82	3	188	30	8	20	39	1.83
82733207--82733510	54	5.8	53	81	10	308	31	9	20	39	1.84
82733154--82733510	81	4.6	79	75	10	261	31	9	20	38	1.85
82733208--82733430	27	8.3	27	85	0	266	31	8	19	39	1.82
82733416--82733446	16	1.9	16	93	0	53	35	16	22	25	1.94
82733390--82733476	43	2.0	43	97	0	165	31	11	21	35	1.89
82733362--82733500	70	2.0	70	86	0	197	31	11	20	35	1.89
82733336--82733536	97	2.1	96	88	1	296	32	10	20	36	1.87
82733432--82733510	27	2.9	27	84	0	113	30	10	21	37	1.86
82742729--82742935	53	3.8	54	77	4	202	20	24	16	38	1.93
82754635--82754698	33	2.0	33	84	9	87	28	23	20	28	1.99
82755014--82755070	26	2.2	26	83	3	69	28	19	17	35	1.94
82757072--82757115	15	3.1	15	87	12	58	52	4	0	43	1.22
82757129--82757172	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
82762733--82762994	40	6.6	40	91	1	411	24	22	26	27	2.00
82770711--82770972	40	6.6	40	91	1	420	24	22	26	27	2.00
82778010--82778045	18	2.0	18	100	0	72	38	5	27	27	1.79
82778028--82778707	48	14.6	48	88	6	1024	35	5	27	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82778517--82778573	17	3.4	17	68	18	55	35	0	24	40	1.56
82778508--82778578	34	2.1	34	100	0	142	36	0	25	38	1.56
82778460--82778626	82	2.0	82	98	0	325	36	3	25	34	1.74
82778849--82778950	37	2.8	37	96	0	186	24	19	32	23	1.98
82780224--82780542	40	8.0	40	93	0	530	19	21	30	27	1.98
82780706--82780756	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
82783911--82784309	48	8.3	48	95	0	681	36	6	26	31	1.81
82784450--82784552	37	2.8	37	92	0	170	25	20	30	24	1.99
82790413--82790450	18	2.2	18	90	4	60	60	7	7	23	1.51
82790805--82790884	32	2.4	33	85	10	101	28	3	2	65	1.23
82817428--82817468	20	2.0	20	85	4	55	41	2	0	56	1.13
82817417--82817473	29	2.0	29	82	6	71	43	1	0	54	1.10
82817655--82817689	18	1.9	18	88	0	52	71	2	5	20	1.19
82818507--82818566	28	2.1	28	100	0	120	46	18	13	21	1.83
82820653--82820736	30	2.8	30	92	0	132	35	10	26	27	1.89
82823195--82823285	40	2.3	40	84	0	119	21	15	28	34	1.94
82823272--82823340	28	2.5	28	95	0	120	24	15	30	28	1.96
82827780--82827837	30	2.0	29	96	3	107	31	25	17	25	1.97
82835695--82835779	43	2.0	43	90	0	134	17	37	29	15	1.91
82835945--82836044	49	2.0	49	100	0	200	31	29	10	30	1.89
82836678--82836995	47	6.7	47	78	12	278	22	30	20	26	1.98
82836677--82836992	94	3.3	95	80	9	355	22	30	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82846512--82846693	40	4.5	40	79	6	206	24	24	27	23	2.00
82854592--82854776	40	4.6	40	80	7	205	24	24	27	23	2.00
82854594--82854776	80	2.3	81	84	4	228	24	24	27	22	2.00
82859180--82859206	13	2.1	13	100	0	54	22	37	25	14	1.93
82865418--82865552	45	3.0	44	83	2	162	28	13	22	36	1.92
82865423--82865552	44	2.9	44	81	2	152	28	13	22	36	1.91
82890207--82890322	44	2.5	46	81	12	141	27	18	29	25	1.98
82897607--82897771	47	3.6	44	76	12	136	27	18	29	24	1.98
82904434--82904461	12	2.3	12	100	0	56	25	42	25	7	1.80
82922354--82922407	21	2.5	22	87	3	74	14	35	35	14	1.88
82926543--82926595	22	2.4	22	96	0	97	45	22	0	32	1.53
82926543--82926580	11	3.3	12	78	14	53	47	23	0	28	1.52
82942676--82942775	29	3.4	29	90	0	155	19	19	30	32	1.96
82943022--82943070	24	2.0	24	88	7	73	28	4	26	40	1.74
82945991--82946191	108	1.8	110	88	4	309	22	24	18	34	1.96
82945944--82946198	55	4.8	52	79	10	211	21	24	18	36	1.95
82956587--82956684	45	2.2	45	86	0	142	27	16	22	33	1.95
82958674--82959022	173	2.0	173	97	0	662	30	15	21	32	1.94
82962400--82962605	27	7.6	27	78	6	175	39	18	10	32	1.84
82962865--82962987	41	3.0	41	87	2	185	21	21	30	26	1.98
82964148--82964187	19	2.1	19	100	0	80	30	10	25	35	1.88
82966012--82966050	19	2.1	19	95	0	69	53	2	7	35	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82974678--82974712	17	2.1	17	100	0	70	37	17	5	40	1.73
82976168--82976216	3	16.3	3	100	0	98	0	32	0	67	0.91
82976302--82976341	21	1.9	21	89	0	62	32	25	15	27	1.95
82980638--82980686	24	2.0	24	100	0	98	36	12	28	22	1.90
82981878--82982004	40	3.2	40	84	4	166	33	23	13	29	1.93
82984871--82984910	18	2.2	19	90	4	64	37	0	12	50	1.41
82987390--82987498	54	2.0	54	96	0	200	35	11	18	33	1.87
82989083--82989183	50	2.0	50	98	0	193	39	8	10	40	1.72
82989406--82989517	35	3.2	35	82	2	118	18	11	32	37	1.87
82991195--82991250	21	2.7	21	74	0	58	12	37	32	17	1.88
82994215--82994274	30	2.0	30	86	0	84	40	8	23	28	1.83
82999413--82999452	21	1.9	21	89	0	62	45	10	7	37	1.66
83002170--83002392	40	5.6	40	86	5	308	25	26	23	24	2.00
83002170--83002392	82	2.8	80	88	3	315	25	26	23	24	2.00
83009582--83009711	51	2.6	49	75	11	122	50	4	6	38	1.50
83016482--83016691	101	2.1	101	85	1	278	27	23	16	33	1.95
83021267--83021318	26	2.0	26	88	7	79	40	15	21	23	1.91
83024316--83024362	17	2.6	17	83	6	58	68	6	2	23	1.24
83024366--83024522	78	2.0	78	94	0	278	29	21	13	35	1.91
83029966--83030021	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
83036263--83036394	47	2.8	48	90	1	203	32	28	17	21	1.96
83039458--83039642	45	4.2	45	77	11	168	32	24	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83041004--83041028	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
83042152--83042200	23	2.1	24	84	3	64	44	2	20	32	1.63
83042159--83042200	17	2.5	17	88	0	66	47	2	21	28	1.63
83042294--83042323	13	2.2	14	94	5	53	23	3	36	36	1.71
83042364--83042447	28	3.0	28	82	5	89	21	2	28	47	1.63
83042364--83042434	28	2.5	29	83	2	90	16	2	29	50	1.60
83046966--83047139	46	3.8	46	77	8	183	21	20	29	28	1.98
83051667--83051939	50	5.4	50	85	5	336	26	13	26	33	1.93
83051693--83051913	25	8.8	25	71	18	165	26	13	26	33	1.93
83051876--83051951	26	3.0	25	75	21	68	25	11	30	32	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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