genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34976059--34976110	15	3.5	15	71	7	52	13	13	13	59	1.61
34978384--34978608	47	4.8	46	77	9	131	23	19	26	31	1.98
34978436--34978554	47	2.5	47	94	0	193	23	18	28	29	1.98
34984540--34984577	14	2.7	14	88	8	51	21	0	21	57	1.40
34990891--34990950	28	2.2	27	85	5	77	43	18	21	16	1.88
34991126--34991177	27	1.9	27	88	0	77	26	11	19	42	1.85
34996370--34996414	23	2.0	23	95	0	81	42	15	2	40	1.59
35007423--35007545	40	3.1	40	84	5	151	29	17	23	29	1.97
35007439--35007653	40	5.4	40	88	4	265	26	18	26	28	1.98
35015635--35015744	39	2.8	39	86	4	141	28	19	24	28	1.98
35015690--35015865	75	2.3	79	87	6	254	23	18	28	30	1.97
35015684--35015865	40	4.7	39	91	6	255	24	17	28	30	1.97
35023831--35023953	40	3.1	40	84	5	151	29	17	23	30	1.97
35023847--35024061	40	5.4	40	88	4	265	25	18	26	29	1.98
35028193--35028506	27	11.7	27	84	3	364	39	20	9	30	1.84
35028187--35028562	54	7.0	54	80	2	344	38	21	9	31	1.85
35028551--35028846	27	11.0	27	86	0	358	37	18	17	25	1.93
35029222--35029280	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
35029438--35029519	27	3.0	26	80	15	94	19	19	23	37	1.94
35029442--35029519	28	2.9	27	78	14	81	20	20	20	38	1.94
35029634--35029724	6	14.8	6	78	13	96	17	17	15	49	1.80
35029634--35029713	31	2.6	31	91	0	124	17	17	16	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35031759--35031809	26	2.0	26	92	0	84	25	23	23	27	2.00
35032638--35032745	57	1.9	57	84	3	146	28	25	22	24	1.99
35033246--35033275	12	2.5	12	94	0	51	26	3	36	33	1.73
35038575--35038600	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
35045107--35045156	20	2.5	20	83	0	64	18	36	30	16	1.92
35056437--35056494	18	3.3	17	76	7	62	39	3	0	56	1.16
35056434--35056477	9	5.1	9	83	8	56	34	2	0	63	1.07
35056936--35056989	19	2.8	19	80	8	65	40	12	7	38	1.72
35056924--35057010	19	4.5	20	72	7	63	41	17	5	35	1.73
35057073--35057142	17	3.8	18	77	19	72	40	7	10	42	1.66
35057163--35057201	20	1.9	21	89	5	62	35	15	10	38	1.81
35066743--35066936	47	4.1	47	90	0	289	33	11	28	26	1.91
35067143--35067251	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
35083224--35083248	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
35084433--35084624	40	4.8	40	90	1	217	27	27	21	23	1.99
35084413--35084623	80	2.7	80	81	5	239	28	27	20	23	1.99
35092196--35092404	40	5.3	40	86	4	230	28	27	20	23	1.99
35094815--35094974	56	2.9	56	89	0	232	33	23	15	28	1.94
35112601--35112677	27	2.9	26	77	13	77	33	20	24	20	1.97
35122173--35122270	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
35122201--35122283	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
35122173--35122284	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35126551--35126665	29	4.0	29	82	6	119	26	13	30	29	1.94
35130173--35130454	130	2.2	132	79	3	309	33	17	17	31	1.93
35132886--35132929	19	2.3	19	92	0	70	18	6	31	43	1.76
35133271--35133703	44	9.8	44	82	0	515	26	28	15	29	1.96
35137255--35137287	10	3.3	10	100	0	66	39	27	12	21	1.88
35165489--35165532	23	1.9	23	86	9	63	38	18	6	36	1.77
35171617--35171792	27	6.6	27	84	3	203	30	28	14	26	1.95
35171638--35171791	81	1.9	80	90	1	245	29	28	14	26	1.96
35178503--35178536	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
35184972--35185036	28	2.3	28	89	0	94	33	26	9	30	1.88
35185142--35185231	27	3.2	27	80	10	94	17	23	24	34	1.96
35185142--35185231	28	3.2	28	80	10	105	17	23	24	34	1.96
35185182--35185256	27	2.7	28	80	8	73	20	24	18	37	1.94
35196351--35196410	30	2.0	30	86	0	84	38	8	23	30	1.84
35210345--35210489	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
35216951--35217123	46	3.7	46	77	13	201	20	19	30	30	1.97
35216945--35217116	93	1.8	93	96	0	317	20	20	29	29	1.98
35230449--35230621	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
35230446--35230616	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
35230846--35230883	19	2.0	20	85	15	53	39	0	21	39	1.53
35238300--35238337	19	2.0	20	85	15	53	39	0	21	39	1.53
35248208--35248266	29	2.1	27	81	15	66	32	16	3	47	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35250559--35250596	20	1.9	20	100	0	76	42	10	5	42	1.62
35251498--35251606	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
35251753--35251889	50	2.8	49	87	6	215	30	27	7	35	1.84
35251753--35251988	47	4.9	50	82	11	210	27	27	10	34	1.89
35251905--35252023	23	5.1	22	62	28	59	23	30	14	31	1.94
35251859--35252052	47	4.1	47	90	0	289	26	28	11	33	1.91
35265589--35265716	45	2.9	45	84	4	163	22	17	28	30	1.97
35285611--35285695	43	2.0	43	83	0	107	22	17	30	29	1.97
35287168--35287219	20	2.6	20	93	0	95	21	32	32	13	1.92
35288026--35288075	23	2.2	24	85	7	68	28	10	30	32	1.89
35290491--35290931	47	9.4	47	90	0	675	28	30	8	32	1.87
35290635--35290713	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
35297934--35298070	43	3.0	45	74	14	143	22	16	29	31	1.96
35297981--35298080	51	2.0	51	84	4	130	23	15	26	36	1.93
35300714--35300905	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
35300685--35300904	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
35308516--35308629	48	2.4	48	81	8	135	35	14	19	31	1.91
35312175--35312281	28	3.8	28	92	0	160	34	10	25	29	1.89
35323344--35323385	17	2.5	17	80	7	50	9	28	40	21	1.84
35323606--35323665	27	2.2	26	85	8	93	30	25	15	30	1.95
35361157--35361274	55	2.1	55	87	3	175	22	29	22	24	1.99
35361157--35361290	55	2.5	55	84	6	166	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35362100--35362316	47	4.7	45	78	10	199	24	30	18	25	1.98
35362051--35362317	94	2.9	91	76	11	265	24	29	18	27	1.98
35364376--35364494	55	2.2	55	76	3	123	30	31	17	20	1.96
35365297--35365608	47	6.6	47	71	9	199	23	29	19	26	1.98
35374914--35375031	43	2.8	43	76	6	141	28	26	16	28	1.97
35380118--35380276	68	2.3	68	84	8	191	35	18	21	24	1.95
35380513--35380611	50	2.1	47	86	7	137	44	14	18	23	1.86
35388499--35388593	42	2.2	43	81	9	115	33	24	15	26	1.95
35391439--35391497	22	2.6	22	92	7	93	28	16	8	45	1.77
35396286--35396543	40	6.5	40	89	3	335	22	23	27	25	2.00
35401248--35401291	23	2.0	22	86	4	61	54	20	0	25	1.45
35409882--35409987	18	5.9	18	78	0	86	33	16	15	34	1.90
35409896--35409984	36	2.5	36	83	3	108	31	17	15	34	1.92
35415087--35415199	54	2.1	53	83	1	136	32	15	15	36	1.89
35415087--35415170	18	4.7	18	75	5	71	33	15	14	36	1.88
35416087--35416116	15	1.9	16	93	6	53	0	20	6	73	1.05
35416141--35416174	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25
35417030--35417076	20	2.3	20	100	0	94	17	34	27	21	1.95
35438414--35438448	17	2.0	18	88	5	54	17	45	22	14	1.84
35446204--35446233	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
35448703--35448832	60	2.2	60	79	8	140	28	18	26	26	1.98
35452461--35452502	20	2.2	19	86	4	57	2	45	0	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35453779--35453970	60	3.2	58	87	7	237	29	19	23	27	1.98
35453836--35453927	26	3.2	26	69	26	78	29	20	21	28	1.98
35453831--35453948	32	3.8	32	73	20	115	28	20	23	27	1.99
35453875--35453968	28	3.2	28	70	21	84	28	18	24	28	1.98
35457532--35457709	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
35457553--35457708	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
35463994--35464199	40	5.2	40	92	1	299	22	20	27	29	1.99
35470121--35470158	17	2.2	17	90	0	58	60	2	0	36	1.11
35473817--35473861	22	2.0	22	100	0	90	44	8	13	33	1.75
35478140--35478184	23	2.0	23	86	0	63	46	6	11	35	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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