genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  213  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71979357--71979541	47	3.9	47	91	0	289	26	28	11	33	1.92
71979450--71979525	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93
71987009--71987225	40	5.5	40	84	6	255	23	23	28	24	1.99
71987009--71987225	79	2.7	80	80	10	250	23	23	28	24	1.99
71987009--71987225	119	1.8	119	83	7	289	23	23	28	24	1.99
71991053--71991209	43	3.7	42	78	5	147	29	17	22	29	1.97
71997982--71998042	32	1.9	33	83	6	81	57	1	1	39	1.18
72002299--72002357	30	2.0	30	86	6	84	40	5	23	30	1.76
72002793--72002874	43	1.9	43	89	0	128	24	19	28	28	1.99
72009625--72009672	24	2.0	24	100	0	96	41	4	29	25	1.74
72013810--72013973	46	3.5	45	73	12	152	28	19	30	21	1.97
72026402--72026701	160	1.9	161	80	7	351	43	26	10	21	1.83
72028091--72028115	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
72030524--72030609	29	3.0	29	70	11	77	36	0	5	58	1.22
72032262--72032291	11	2.7	11	100	0	60	20	20	36	23	1.95
72032308--72032436	38	3.4	38	89	4	183	32	13	26	27	1.94
72042668--72042840	49	3.6	49	78	9	162	24	26	19	29	1.98
72042720--72042944	47	4.8	46	73	11	156	26	28	17	27	1.98
72043604--72043642	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
72050437--72050480	17	2.6	18	82	10	56	47	4	0	47	1.22
72050772--72050833	31	2.0	31	100	0	124	41	25	16	16	1.88
72051406--72051466	19	3.0	20	77	20	56	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72051420--72051469	19	2.6	19	81	9	57	56	0	0	44	0.99
72059076--72059243	52	3.2	52	77	9	151	30	24	14	30	1.95
72072113--72072261	42	3.5	42	78	7	133	43	17	22	16	1.87
72072127--72072191	21	3.1	21	72	0	67	41	20	26	12	1.87
72072337--72072387	25	2.0	25	96	0	93	23	23	21	31	1.98
72075491--72075704	40	5.4	39	88	3	261	26	19	27	26	1.99
72075491--72075704	79	2.7	76	85	7	257	26	19	27	26	1.99
72075560--72075739	78	2.3	79	81	6	206	27	19	27	25	1.99
72075447--72075739	117	2.5	119	79	7	269	26	20	27	24	1.99
72083059--72083101	16	2.9	15	86	6	52	11	4	0	83	0.78
72083074--72083111	20	1.9	20	88	0	58	5	5	0	89	0.59
72087454--72087566	27	4.2	26	78	10	106	30	16	25	27	1.97
72087567--72087745	39	4.6	40	84	6	222	24	20	28	26	1.99
72087570--72087743	79	2.2	79	84	5	219	24	21	27	26	1.99
72087598--72087778	79	2.3	79	81	6	190	25	20	27	25	1.99
72097453--72097523	32	2.2	32	94	0	124	38	14	2	45	1.59
72106861--72106914	20	2.9	18	77	22	58	42	0	7	50	1.30
72107833--72107904	36	2.0	36	94	0	126	43	12	19	25	1.86
72120384--72120447	26	2.6	25	80	9	71	43	4	0	51	1.22
72121151--72121187	3	12.3	3	100	0	74	32	32	0	35	1.58
72121245--72121298	25	2.2	24	83	9	65	33	5	3	57	1.40
72122801--72122831	16	1.9	16	93	0	53	54	29	6	9	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72124321--72124432	29	3.9	29	77	5	120	26	16	32	25	1.96
72124313--72124421	58	1.9	57	86	5	157	28	14	32	24	1.95
72127104--72127134	15	2.0	15	93	6	53	38	3	0	58	1.15
72129087--72129120	18	1.9	18	88	5	52	11	11	17	58	1.62
72134160--72134220	30	2.0	30	83	0	77	42	1	24	31	1.64
72134713--72134934	67	3.4	63	78	9	230	32	15	27	23	1.95
72137041--72137070	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
72143456--72144029	288	2.0	288	87	0	826	35	10	23	30	1.89
72145248--72145284	16	2.4	16	90	4	58	78	0	0	21	0.75
72153592--72153621	6	5.2	6	96	4	53	83	0	0	16	0.65
72160838--72161106	46	5.8	46	75	13	155	24	28	18	27	1.98
72167483--72167650	83	2.0	83	88	0	246	23	28	17	29	1.97
72168573--72168698	50	2.7	46	83	9	150	25	27	17	29	1.97
72168528--72168698	50	3.6	46	79	11	145	26	28	16	28	1.97
72178002--72178043	21	2.0	21	86	4	59	23	23	38	14	1.92
72179005--72179059	27	2.0	27	100	0	110	38	14	14	32	1.87
72181834--72181858	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
72183339--72183363	12	2.1	12	100	0	50	8	28	40	24	1.83
72190698--72190868	43	4.0	43	81	6	195	22	28	19	28	1.98
72191640--72191774	70	1.9	70	92	0	225	37	19	12	31	1.89
72193535--72193712	27	6.6	27	83	3	178	29	27	15	27	1.96
72193556--72193711	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72200144--72200399	40	6.5	40	90	4	369	25	28	22	24	1.99
72200144--72200399	119	2.2	119	88	4	376	25	28	22	24	1.99
72207953--72208004	28	1.9	27	84	7	70	28	23	3	44	1.71
72215343--72215394	28	1.9	27	84	7	70	28	23	3	44	1.71
72217837--72217993	42	3.7	42	77	2	145	29	12	26	30	1.93
72217839--72217993	84	1.8	85	84	1	213	30	12	26	30	1.93
72225534--72225611	40	2.0	40	94	0	138	29	29	19	21	1.98
72234800--72234861	19	3.3	18	82	8	70	58	3	1	37	1.24
72234800--72234888	9	9.3	10	74	12	80	58	3	2	35	1.27
72234814--72234869	19	2.9	18	80	12	51	58	1	1	37	1.19
72245880--72245919	17	2.4	17	86	0	53	20	7	30	42	1.79
72248974--72249007	12	2.8	12	95	0	59	64	5	2	26	1.30
72250511--72250626	43	2.6	43	82	11	137	37	8	12	42	1.73
72254835--72254869	17	2.0	18	88	5	54	71	0	2	25	1.00
72254934--72255138	10	21.3	10	66	15	69	60	4	2	33	1.30
72254937--72255138	9	21.1	9	68	16	88	59	4	2	33	1.30
72254938--72255011	19	3.9	18	72	15	60	64	4	0	31	1.12
72255259--72255293	18	1.9	18	88	0	52	31	0	0	68	0.90
72255563--72255655	38	2.4	37	80	8	96	32	3	4	60	1.32
72255568--72255754	10	19.9	9	67	19	64	34	2	4	57	1.34
72255710--72255754	18	2.4	18	85	3	54	35	2	0	62	1.08
72255856--72255924	29	2.3	29	83	11	79	33	10	13	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72256077--72256164	31	2.9	29	80	8	95	43	10	10	36	1.73
72259320--72259423	26	4.0	26	91	0	163	33	6	23	36	1.81
72261016--72261154	27	5.1	27	82	8	167	17	22	23	35	1.95
72261011--72261154	54	2.7	54	90	2	209	17	23	23	35	1.95
72261024--72261172	27	5.5	26	81	6	120	19	23	20	36	1.95
72261024--72261172	81	1.9	80	83	7	194	19	23	20	36	1.95
72264154--72264196	17	2.6	17	81	3	52	32	4	20	41	1.73
72268331--72268444	39	2.9	39	93	0	183	17	24	31	26	1.97
72272453--72272484	14	2.3	14	100	0	64	6	15	12	65	1.44
72274108--72274160	24	2.2	24	93	0	88	11	13	13	62	1.55
72276051--72276230	26	6.9	26	76	7	123	35	22	13	28	1.93
72278348--72278391	23	1.9	22	86	9	61	56	11	0	31	1.35
72283358--72283475	40	2.9	39	80	7	139	21	26	18	33	1.96
72284783--72284844	28	2.2	29	79	2	72	35	20	16	27	1.94
72285424--72285474	25	2.0	25	100	0	102	41	15	3	39	1.66
72285538--72285574	18	2.1	18	100	0	74	32	10	0	56	1.34
72289421--72289481	28	2.2	28	78	0	68	32	19	18	29	1.95
72289666--72289723	23	2.5	23	88	0	89	20	18	18	41	1.91
72289666--72289731	23	2.9	23	86	0	69	21	21	19	37	1.94
72293516--72293559	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
72293652--72293676	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
72295119--72295178	26	2.3	27	80	11	70	31	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72295614--72295666	28	1.9	27	84	3	70	28	16	24	30	1.97
72303869--72303998	28	4.6	28	76	12	113	23	34	16	25	1.95
72303892--72304010	28	4.2	29	79	10	95	26	32	15	26	1.95
72305906--72305938	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
72305906--72305939	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
72306225--72306290	17	3.6	19	88	12	111	36	15	10	37	1.82
72306409--72306447	20	1.9	19	85	10	51	10	2	12	74	1.17
72306640--72306912	45	6.0	44	71	10	194	27	24	15	32	1.95
72306854--72307196	78	4.4	78	88	2	492	25	24	17	32	1.97
72307307--72307609	78	3.8	78	86	3	387	24	23	18	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362