genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2335144--2335218	28	2.7	28	83	6	82	33	0	1	65	1.01
2335802--2335845	23	1.9	23	86	9	63	61	4	0	34	1.16
2339146--2339170	13	1.9	13	100	0	50	0	0	12	88	0.53
2341683--2341730	23	2.1	23	100	0	96	4	8	18	68	1.31
2347238--2347277	16	2.5	17	80	12	57	52	17	0	30	1.45
2357601--2357684	42	2.0	42	88	0	123	19	13	47	20	1.82
2364281--2364312	15	2.1	15	94	0	55	65	0	3	31	1.08
2364502--2364555	28	1.9	28	84	0	72	61	1	7	29	1.34
2364773--2364823	25	2.0	25	85	7	68	54	3	9	31	1.51
2364816--2364886	35	2.0	37	86	5	101	59	4	4	32	1.36
2367271--2367295	9	2.8	9	100	0	50	68	12	12	8	1.40
2377859--2377886	14	2.0	14	100	0	56	35	7	21	35	1.81
2379094--2379134	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2381938--2382231	72	4.1	72	84	3	342	37	16	20	24	1.93
2400534--2400566	16	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
2401899--2401933	6	5.8	6	96	0	52	80	0	5	14	0.89
2403740--2403879	39	3.6	39	92	0	226	37	22	25	13	1.91
2410547--2410593	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
2416718--2416852	70	1.9	70	87	0	198	30	11	20	37	1.89
2417682--2417762	42	1.9	42	84	0	108	27	17	30	24	1.97
2417726--2417820	41	2.3	42	81	7	104	29	21	28	21	1.98
2422442--2423091	224	2.9	224	87	4	907	41	17	16	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2427736--2427792	19	3.1	18	75	7	51	59	3	0	36	1.14
2442863--2442890	3	9.3	3	100	0	56	32	32	0	35	1.58
2443842--2443886	23	2.0	23	90	0	72	22	2	6	68	1.24
2446741--2446810	28	2.4	28	78	4	68	42	0	1	55	1.08
2446955--2447037	29	2.9	28	68	22	66	40	2	8	48	1.47
2449685--2449738	23	2.3	24	87	3	74	35	0	0	64	0.94
2451965--2451996	9	3.4	10	87	12	50	65	9	0	25	1.22
2454029--2454063	18	1.9	18	88	0	52	57	0	5	37	1.23
2460255--2460298	21	2.0	22	95	4	81	27	9	4	59	1.48
2460878--2460915	19	2.1	19	85	14	53	68	2	0	28	1.03
2468103--2468143	21	2.0	21	85	0	55	24	4	7	63	1.40
2472267--2472324	25	2.3	25	75	0	62	37	1	5	55	1.33
2476013--2476068	24	2.5	22	80	11	67	60	5	7	26	1.44
2476324--2476409	26	3.2	25	76	15	75	55	4	2	37	1.33
2476447--2476497	9	5.8	9	76	4	50	58	3	1	35	1.28
2478427--2478460	14	2.4	14	95	0	59	70	2	8	17	1.25
2478639--2478874	54	4.4	54	94	2	406	39	17	13	28	1.88
2478639--2478874	107	2.2	108	93	3	406	39	17	13	28	1.88
2478821--2479138	87	3.7	85	79	9	324	38	18	16	26	1.92
2486127--2486153	6	4.5	6	100	0	54	18	51	0	29	1.46
2486648--2486675	4	7.0	4	100	0	56	50	0	25	25	1.50
2490987--2491070	27	3.2	25	76	14	73	55	4	2	36	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2492120--2492153	15	2.3	15	94	0	59	26	8	50	14	1.72
2493099--2493140	21	2.0	21	90	0	66	64	2	0	33	1.07
2498277--2498331	28	2.0	28	96	0	101	20	27	20	32	1.97
2501426--2501473	18	2.6	17	75	12	51	27	0	6	66	1.15
2503447--2503473	14	1.9	14	100	0	54	14	3	0	81	0.82
2506474--2506520	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
2508036--2508077	20	2.0	21	90	4	68	35	2	2	59	1.23
2508036--2508136	25	4.1	24	77	16	84	34	4	4	55	1.43
2508066--2508130	27	2.3	28	82	12	80	35	6	6	52	1.51
2508260--2508317	24	2.5	22	71	15	53	27	5	12	55	1.58
2510711--2510745	18	1.9	18	88	0	52	40	40	2	17	1.64
2511103--2511147	21	2.1	22	87	4	65	15	8	0	75	1.03
2511828--2511863	15	2.4	14	86	13	54	38	2	2	55	1.29
2512178--2512240	17	3.5	17	72	10	54	30	4	6	58	1.43
2512277--2512323	23	2.0	24	83	8	60	21	8	4	65	1.37
2512505--2512552	3	16.3	3	84	4	53	33	8	0	58	1.28
2512765--2512818	3	18.3	3	78	17	60	33	3	0	62	1.12
2515448--2515493	17	2.6	18	79	6	58	41	2	4	52	1.33
2516760--2517325	133	4.3	132	81	2	625	18	13	17	50	1.78
2516856--2517320	131	3.5	131	81	4	378	19	13	17	49	1.79
2516769--2517353	267	2.2	264	82	3	656	17	13	17	50	1.78
2521900--2521956	30	1.9	29	82	10	71	45	5	1	47	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2522452--2522691	102	2.3	106	80	7	267	21	15	37	25	1.93
2522592--2522809	117	1.8	121	81	9	279	23	15	36	24	1.93
2523607--2523655	24	2.1	24	88	3	73	44	0	0	55	0.99
2527055--2527089	16	2.2	16	90	10	54	51	0	0	48	1.00
2527070--2527095	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2538332--2538385	23	2.5	22	85	8	67	42	0	1	55	1.10
2538354--2538393	20	2.0	20	85	0	53	47	0	0	52	1.00
2546363--2546458	27	3.5	27	86	1	129	32	29	13	25	1.94
2556976--2557153	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
2556977--2557132	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
2556973--2557153	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
2559963--2560007	16	2.8	16	96	3	81	75	0	0	24	0.80
2559963--2560096	9	14.6	9	67	18	62	63	0	5	31	1.16
2562595--2562630	18	2.0	18	100	0	72	33	11	5	50	1.61
2567790--2567846	15	3.7	16	78	19	59	61	1	5	31	1.28
2567792--2567842	8	6.5	8	81	4	59	62	1	3	31	1.24
2567792--2567846	23	2.3	23	81	3	65	63	1	3	30	1.22
2567796--2567842	15	3.1	15	90	3	67	61	2	4	31	1.27
2567993--2568037	22	2.0	23	91	8	74	48	4	8	37	1.55
2567996--2568053	22	2.6	22	81	13	66	51	3	8	36	1.49
2568074--2568203	25	5.5	24	71	15	85	56	3	5	34	1.37
2568724--2568852	30	4.4	29	91	3	188	18	4	48	27	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2569614--2569649	13	2.8	13	86	0	54	69	8	13	8	1.36
2569640--2569883	75	3.2	76	83	8	277	36	19	19	25	1.95
2569827--2569937	54	2.1	54	91	0	177	41	15	12	30	1.84
2569943--2570181	75	3.2	73	81	9	275	34	19	19	26	1.96
2570335--2570470	69	2.0	70	88	7	206	37	25	16	21	1.93
2570375--2570727	121	3.0	121	88	7	510	39	22	13	24	1.90
2570613--2570778	64	2.5	64	80	12	167	36	21	13	28	1.92
2579033--2579068	12	3.0	12	91	0	63	41	2	25	30	1.69
2580591--2580635	16	2.8	16	90	6	65	64	2	2	31	1.18
2580591--2580635	8	5.6	8	84	7	56	64	2	2	31	1.18
2580791--2580846	22	2.5	22	83	13	71	50	5	8	35	1.57
2580948--2580993	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
2581480--2581624	30	4.8	30	87	1	186	20	4	48	26	1.68
2583485--2583580	30	3.2	29	75	8	77	32	9	6	52	1.59
2583894--2583966	31	2.5	30	82	6	87	32	8	9	49	1.65
2586299--2586342	20	2.2	20	84	8	54	52	4	2	40	1.34
2587846--2587876	9	3.3	9	95	4	53	67	0	0	32	0.91
2589364--2589434	19	3.9	19	89	10	121	36	11	15	36	1.83
2589366--2589421	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
2589364--2589434	35	1.9	37	91	8	119	36	11	15	36	1.83
2593824--2593963	39	3.6	39	93	0	235	13	26	22	37	1.92
2598217--2598250	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2599539--2599647	24	4.5	24	83	3	112	22	14	31	31	1.94
2604819--2605269	78	5.8	78	88	2	681	32	19	23	24	1.98
2605209--2605482	45	6.1	44	74	9	230	31	16	27	25	1.96
2605301--2605468	89	1.9	89	87	2	248	29	14	29	26	1.95
2605823--2605872	17	2.9	18	91	5	70	38	10	16	36	1.82
2619819--2619854	18	1.9	19	88	5	56	30	0	0	69	0.89
2623646--2623672	6	4.5	6	100	0	54	33	18	33	14	1.92
2628765--2628810	20	2.3	20	100	0	92	34	13	10	41	1.79
2630733--2630786	26	2.1	26	82	6	65	33	0	1	64	1.04
2631836--2631874	18	2.2	18	85	0	51	12	12	2	71	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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