genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.342.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113632311--113632355	22	2.0	24	83	16	60	42	4	2	51	1.34
113641347--113641378	13	2.5	13	94	0	55	81	0	3	15	0.82
113642131--113642212	19	4.1	19	78	13	69	37	6	0	56	1.24
113642288--113642354	30	2.3	29	84	2	80	37	2	2	56	1.30
113642288--113642371	29	2.9	28	82	7	80	38	2	2	57	1.25
113642355--113642403	19	2.5	19	78	15	55	32	6	2	59	1.34
113643417--113643462	17	2.6	17	79	3	56	45	0	2	52	1.13
113643652--113643723	35	2.1	35	97	0	135	33	11	12	43	1.78
113645786--113645953	86	1.9	87	92	3	286	35	13	14	36	1.85
113648952--113649012	24	2.5	24	83	2	77	37	1	0	60	1.07
113653437--113653484	20	2.3	21	92	3	80	50	4	0	45	1.21
113654029--113654075	19	2.4	21	82	13	64	51	4	0	44	1.21
113654545--113654599	17	3.2	17	68	31	53	36	14	14	34	1.87
113654529--113654599	35	2.0	36	91	8	119	39	14	15	30	1.87
113655061--113655107	24	1.9	25	91	4	78	40	23	21	14	1.90
113657124--113657177	15	3.3	15	74	18	54	46	0	0	53	1.00
113657139--113657175	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
113657215--113657244	16	1.9	16	93	6	53	40	3	0	56	1.16
113672745--113672818	29	2.6	29	86	6	105	52	0	0	47	1.00
113672783--113672824	22	2.0	22	86	9	61	54	0	0	45	0.99
113673290--113673323	8	4.1	8	85	7	50	67	5	0	26	1.13
113676325--113676364	20	2.0	20	85	9	55	20	7	5	67	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113676518--113676566	26	1.9	25	84	12	64	20	2	2	75	1.00
113678280--113678413	66	2.0	67	86	4	191	31	28	16	23	1.96
113678482--113678626	58	2.5	58	83	1	164	22	22	20	34	1.97
113681070--113681125	20	2.9	20	82	12	64	53	5	1	39	1.34
113681103--113681143	21	2.0	21	90	0	64	63	4	0	31	1.15
113689992--113690060	34	2.0	34	97	0	129	43	2	27	26	1.69
113694058--113694143	38	2.3	38	82	11	97	67	5	1	25	1.20
113696924--113696958	18	1.9	18	94	0	61	65	2	0	31	1.07
113698243--113699387	164	7.2	162	76	16	733	33	19	16	31	1.94
113698467--113698700	75	3.1	74	83	3	290	32	18	15	32	1.93
113698694--113698934	74	3.3	74	82	9	296	34	18	16	30	1.93
113698698--113698934	71	3.2	73	83	6	284	35	18	16	30	1.93
113699013--113699166	84	1.8	84	88	5	240	33	19	16	29	1.94
113698929--113699466	73	7.1	73	70	14	333	33	19	16	30	1.94
113698541--113699723	384	3.0	390	90	5	1742	33	19	16	30	1.93
113698292--113699779	473	3.2	460	80	13	1516	33	19	16	31	1.93
113698530--113699790	542	2.3	536	84	8	1587	33	18	16	30	1.93
113699163--113699777	158	3.9	159	85	5	747	33	19	16	30	1.93
113699471--113699777	73	4.0	73	80	12	312	33	19	16	30	1.94
113699637--113699783	75	2.0	75	90	0	231	32	16	16	34	1.91
113708038--113708073	12	3.0	12	91	0	54	47	5	22	25	1.73
113711276--113711385	55	2.0	55	100	0	220	27	7	23	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113712051--113712088	18	2.2	18	86	9	53	68	0	7	23	1.16
113714983--113715103	30	4.0	30	89	0	188	27	45	4	23	1.71
113714988--113715147	60	2.7	60	84	3	189	28	45	3	22	1.69
113715640--113715762	23	5.2	24	72	11	92	38	4	3	53	1.39
113715640--113715836	25	8.0	25	71	11	111	35	5	4	54	1.44
113715659--113715865	48	4.3	47	74	14	129	33	6	4	55	1.46
113715822--113715880	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
113715992--113716026	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
113726015--113726168	73	2.1	72	93	1	263	27	17	21	33	1.96
113726157--113726203	13	3.5	13	85	5	58	17	10	4	68	1.35
113726091--113726366	99	2.8	100	90	2	425	25	18	19	37	1.93
113726173--113726862	86	8.1	85	72	19	382	27	16	19	36	1.93
113726098--113726366	98	2.7	99	91	2	409	24	18	19	37	1.94
113726390--113726684	76	4.0	74	86	6	366	29	17	21	31	1.97
113726798--113726933	71	1.9	71	93	0	236	33	16	19	30	1.94
113726707--113727060	156	2.3	155	84	6	457	29	16	19	33	1.94
113726938--113727308	75	5.1	74	81	11	426	26	17	22	33	1.96
113727246--113727539	88	3.4	87	79	8	273	30	14	19	36	1.91
113727246--113727561	175	1.8	175	82	6	408	30	15	19	34	1.93
113728192--113728277	30	3.0	29	82	12	108	27	47	5	18	1.71
113728231--113728305	25	3.0	25	84	7	109	29	49	6	14	1.69
113728227--113728332	54	2.0	51	84	12	135	29	48	4	17	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113728890--113729036	25	5.8	25	75	10	111	32	6	4	55	1.47
113729189--113729223	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
113732948--113733032	37	2.3	37	91	0	134	28	17	23	30	1.97
113734823--113734861	9	4.4	9	84	15	55	23	0	0	76	0.78
113735346--113735382	19	1.9	19	89	10	58	45	8	5	40	1.56
113735747--113735776	12	2.5	12	88	0	51	50	0	0	50	1.00
113736805--113736831	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
113741159--113741245	15	6.0	14	74	19	63	24	10	1	64	1.32
113741166--113741199	14	2.3	15	90	5	52	26	5	0	67	1.13
113741381--113741429	25	2.0	25	83	0	62	32	6	2	59	1.34
113743282--113743322	20	2.1	20	90	4	66	48	0	26	24	1.51
113744115--113744169	29	2.0	28	82	7	67	36	3	0	60	1.15
113752147--113752204	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
113752416--113752447	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
113752542--113752783	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
113752542--113752791	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
113759738--113759795	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
113760007--113760038	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
113760133--113760374	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
113760133--113760382	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
113781011--113781047	17	2.2	17	100	0	74	43	0	5	51	1.24
113785435--113785484	25	1.9	25	84	8	64	54	0	4	42	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113785456--113785524	30	2.4	27	80	17	70	56	0	1	42	1.08
113785484--113785538	20	2.5	21	81	16	67	58	0	0	41	0.98
113785460--113785536	27	3.0	27	80	10	81	57	0	1	41	1.07
113796123--113796193	35	2.0	35	100	0	142	28	5	22	43	1.76
113804720--113804756	17	2.1	18	85	14	51	40	0	2	56	1.13
113808388--113808412	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
113809224--113809250	11	2.5	11	100	0	54	55	0	0	44	0.99
113815853--113815922	31	2.3	31	85	5	88	41	11	15	31	1.83
113818650--113818687	19	2.1	19	90	5	60	23	10	10	55	1.65
113824259--113824373	56	2.1	56	100	0	230	36	13	17	32	1.89
113833698--113833743	18	2.5	18	80	16	58	28	10	0	60	1.30
113842551--113842575	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
113842985--113843009	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
113847196--113847283	42	2.1	42	95	0	158	56	5	11	26	1.56
113856003--113856039	18	2.1	18	89	0	56	54	13	5	27	1.61
113856775--113856826	17	3.1	17	85	0	68	48	3	7	40	1.50
113857030--113857324	91	3.1	97	85	7	435	31	9	9	50	1.65
113858206--113858499	90	3.1	93	86	8	405	49	9	10	30	1.68
113858702--113858753	17	3.1	17	91	0	86	38	9	1	50	1.46
113866534--113866836	41	7.4	42	82	4	257	39	21	19	19	1.92
113866535--113866836	82	3.7	81	81	3	329	39	21	19	19	1.93
113866535--113866836	123	2.5	122	83	5	358	39	21	19	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113866999--113867043	14	3.0	14	79	17	54	22	0	33	44	1.53
113867096--113867207	7	15.7	7	71	15	61	19	0	41	39	1.52
113873622--113873653	14	2.4	13	94	5	55	81	12	6	0	0.87
113887770--113887803	17	2.0	17	88	0	50	82	0	17	0	0.67
113899670--113899754	39	2.2	40	79	10	95	41	3	0	55	1.17
113912671--113912716	23	2.0	22	88	12	67	47	10	4	36	1.58
113912677--113912728	23	2.2	24	83	10	63	44	15	5	34	1.70
113915027--113915064	15	2.5	15	87	12	51	81	2	2	13	0.90
113915027--113915064	16	2.4	16	86	4	51	81	2	2	13	0.90
113920665--113920699	18	1.9	18	88	0	52	34	0	11	54	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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