genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29155959--29155989	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
29155956--29155995	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
29156228--29156425	108	1.8	110	82	4	258	23	24	17	34	1.95
29156197--29156435	55	4.5	53	73	13	181	21	24	17	36	1.95
29163528--29163558	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
29163525--29163564	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
29163796--29164004	55	3.8	53	78	6	204	22	24	17	34	1.96
29166412--29166741	50	6.5	50	82	3	313	24	17	27	30	1.97
29166514--29166742	51	4.5	51	84	5	225	25	19	27	28	1.99
29166408--29166741	101	3.3	100	78	3	310	25	17	27	29	1.97
29167329--29167370	21	2.0	21	100	0	84	42	9	14	33	1.78
29170964--29171115	74	2.0	75	94	1	270	28	18	8	44	1.79
29175548--29175878	48	6.9	48	74	4	247	24	29	18	27	1.98
29175599--29175780	95	1.9	95	84	3	240	25	30	17	26	1.97
29182221--29182502	48	5.9	48	74	5	228	23	29	20	27	1.98
29185000--29185194	48	4.2	44	87	5	171	29	25	18	26	1.98
29185025--29185204	48	3.8	48	90	0	272	29	26	18	25	1.98
29185187--29185268	37	2.2	37	86	0	110	26	25	20	26	1.99
29188212--29188272	30	2.0	30	93	0	104	44	11	9	34	1.74
29195795--29196066	40	6.8	40	93	0	440	26	27	23	22	2.00
29200273--29200745	48	9.9	48	94	0	802	35	7	27	29	1.84
29200886--29200986	37	2.7	37	95	0	175	23	20	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29207610--29207835	40	5.8	39	89	7	345	26	27	23	23	2.00
29207610--29207835	76	2.9	77	92	5	357	26	27	23	23	2.00
29207617--29207835	116	1.9	115	93	2	377	26	26	23	22	2.00
29212310--29212555	49	5.0	50	80	4	266	26	17	26	30	1.97
29219336--29219557	49	4.5	50	77	4	227	26	17	26	30	1.97
29222001--29222057	29	2.0	28	96	3	105	17	19	28	35	1.94
29224514--29224724	56	3.8	56	87	1	298	26	14	23	35	1.93
29224508--29224721	112	1.9	111	89	2	331	27	13	23	35	1.92
29224507--29224755	112	2.2	111	83	7	324	26	14	24	34	1.93
29230194--29230431	47	5.1	47	93	2	383	32	12	29	26	1.92
29230219--29230341	22	5.3	22	65	24	74	31	13	30	25	1.93
29230194--29230481	141	2.0	139	84	6	366	33	11	28	27	1.91
29230402--29230536	50	2.7	50	96	2	245	37	6	25	31	1.82
29230596--29230703	37	2.9	37	94	1	182	23	18	31	26	1.97
29231972--29232363	40	9.8	40	90	1	606	25	21	27	25	1.99
29233868--29234050	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
29233847--29234050	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
29239887--29240078	47	4.1	47	91	1	298	32	11	29	26	1.92
29239912--29239987	22	3.3	22	67	22	66	31	13	30	25	1.93
29239961--29240036	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
29242413--29242551	37	3.8	37	91	4	230	26	31	17	23	1.97
29242414--29242551	71	1.9	74	92	4	237	26	31	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29242704--29242850	50	3.0	50	93	3	244	29	24	8	37	1.84
29242809--29242997	45	4.1	47	89	5	280	26	29	11	32	1.91
29242855--29242971	23	5.1	23	63	25	68	25	31	11	30	1.92
29242809--29242997	91	2.1	91	88	5	274	26	29	11	32	1.91
29242899--29242972	22	3.3	22	71	17	80	25	29	12	32	1.92
29253524--29253555	16	1.9	17	93	6	57	43	15	9	31	1.78
29253723--29253871	42	3.5	44	79	9	166	29	24	18	27	1.98
29262534--29262569	13	2.7	13	95	4	63	41	0	11	47	1.39
29272698--29272740	15	2.9	15	86	10	54	4	18	6	69	1.29
29276401--29277139	47	15.6	47	91	1	1118	29	29	8	32	1.86
29276401--29277139	143	5.2	143	92	1	1211	29	29	8	32	1.86
29277001--29277076	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
29294424--29294591	43	3.9	43	93	0	273	13	25	32	29	1.93
29294908--29295021	45	2.6	44	81	10	126	24	21	27	26	2.00
29300012--29300058	14	3.1	16	79	17	55	2	27	2	68	1.13
29300012--29300059	9	4.9	9	78	16	51	2	27	2	68	1.11
29308840--29308922	41	2.0	41	97	0	157	36	14	13	36	1.85
29310911--29310947	18	2.1	18	90	5	58	27	13	5	54	1.61
29313418--29313444	9	3.0	9	100	0	54	22	11	11	55	1.66
29326264--29326414	43	3.5	42	81	4	167	26	15	24	33	1.95
29328095--29328126	12	2.7	12	95	0	55	15	31	31	21	1.95
29332550--29332588	21	1.9	20	89	5	60	46	23	2	28	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29335993--29336052	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
29336796--29336914	54	2.2	54	83	3	150	22	19	19	38	1.93
29336796--29336914	27	4.4	27	78	2	114	22	19	19	38	1.93
29343561--29343621	31	1.9	32	90	3	97	36	18	26	19	1.94
29344338--29344455	27	4.4	27	80	2	139	24	21	20	33	1.97
29345591--29345635	23	2.0	23	100	0	90	44	22	0	33	1.53
29347032--29347061	14	2.1	14	100	0	60	53	20	13	13	1.72
29352429--29352454	12	2.2	12	100	0	52	23	7	15	53	1.67
29366443--29366487	18	2.5	18	96	0	81	28	20	11	40	1.86
29374887--29375060	51	3.5	47	80	9	195	25	18	25	31	1.98
29376981--29377069	45	2.0	45	100	0	178	43	15	4	35	1.67
29385172--29385234	18	3.6	18	80	4	74	47	7	19	25	1.76
29385175--29385210	17	2.1	17	94	0	63	47	5	19	27	1.72
29385555--29385963	27	15.1	27	83	4	371	42	20	11	26	1.86
29392848--29393165	46	6.7	48	73	15	207	27	20	29	23	1.99
29405465--29405504	6	6.7	6	94	0	71	17	0	17	65	1.28
29411943--29411989	24	2.0	24	83	8	60	6	4	36	53	1.46
29412384--29412614	95	2.4	94	85	0	309	32	20	16	31	1.94
29412628--29412898	94	2.9	93	82	4	321	31	20	16	31	1.95
29412491--29412759	144	1.9	144	88	1	405	31	20	17	30	1.96
29412396--29412855	238	1.9	238	83	5	599	31	20	16	31	1.95
29415418--29415442	13	1.9	13	100	0	50	12	16	40	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29424900--29424947	21	2.2	21	88	3	69	20	16	10	52	1.73
29426510--29426534	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
29430895--29430980	40	2.2	39	85	6	111	27	15	27	29	1.96
29436394--29436418	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
29440343--29440402	27	2.3	26	88	2	84	35	18	23	23	1.96
29440370--29440511	67	2.1	67	84	7	178	32	21	26	19	1.97
29441143--29441285	53	2.7	53	81	4	171	23	20	18	37	1.94
29441141--29441285	27	5.4	27	81	4	159	23	20	19	36	1.95
29444648--29444828	40	4.6	40	83	5	206	23	20	26	28	1.99
29452734--29452841	40	2.7	40	85	2	128	22	23	28	25	1.99
29458815--29458938	38	3.2	38	86	2	149	27	26	22	23	2.00
29463825--29463878	27	2.0	27	85	3	74	35	18	22	24	1.96
29463880--29463956	27	2.9	27	88	3	111	27	22	16	33	1.95
29463883--29463997	27	4.3	27	83	6	110	26	21	15	35	1.94
29463883--29463997	54	2.1	54	80	4	126	26	21	15	35	1.94
29475996--29476156	40	4.1	39	88	5	200	22	23	28	25	1.99
29488022--29488055	17	2.0	17	94	0	59	58	8	11	20	1.59
29497104--29497361	40	6.5	40	91	3	380	25	27	24	22	2.00
29498617--29498650	17	2.0	17	88	0	50	0	23	0	76	0.79
29505177--29505367	40	4.8	40	85	2	242	26	27	23	23	2.00
29505186--29505367	79	2.3	80	86	2	251	26	26	23	22	2.00
29506623--29506661	10	3.9	10	83	9	53	0	17	0	82	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29507259--29507507	117	2.1	117	93	0	426	41	12	18	28	1.86
29512073--29512190	57	2.1	58	85	4	159	47	5	16	29	1.71
29521144--29521260	58	2.0	58	100	0	234	27	11	18	41	1.86
29521375--29521559	40	4.7	40	82	6	198	24	21	27	25	1.99
29521412--29521592	79	2.3	78	77	12	181	27	19	26	25	1.99
29523330--29523362	17	1.9	17	93	0	57	33	3	9	54	1.47
29524024--29524075	17	3.0	17	82	2	59	34	19	11	34	1.88
29524024--29524063	18	2.3	18	86	4	55	32	15	12	40	1.84
29524507--29524594	23	3.8	24	76	3	65	40	27	13	18	1.88
29524516--29524594	23	3.4	23	78	0	86	39	30	13	16	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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