genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24116339--24116386	21	2.2	22	81	3	53	22	2	14	60	1.45
24121754--24121782	14	2.0	15	93	6	51	20	6	17	55	1.65
24121898--24122026	50	2.5	51	88	5	190	35	14	22	27	1.93
24122002--24122181	31	5.8	31	91	2	272	27	20	27	25	1.99
24122207--24122329	47	2.6	48	85	3	162	28	15	26	29	1.96
24122301--24122414	42	2.7	42	81	9	142	31	14	25	28	1.94
24129208--24129535	50	6.5	49	78	5	280	27	17	24	30	1.97
24129208--24129535	101	3.3	98	75	6	307	27	17	24	30	1.97
24129208--24129543	151	2.2	151	88	2	487	27	18	24	30	1.98
24129749--24129780	16	2.0	16	93	0	55	53	0	12	34	1.39
24130104--24130454	180	2.0	179	88	1	524	38	7	18	34	1.80
24133683--24133800	42	2.8	42	79	2	112	27	23	19	29	1.98
24139979--24140005	13	2.1	13	100	0	54	55	0	7	37	1.28
24166474--24166607	46	2.9	45	84	7	155	23	29	17	29	1.97
24175448--24175805	46	7.6	49	73	11	162	28	18	27	25	1.98
24176980--24177020	22	1.9	22	95	5	75	9	46	29	14	1.77
24184103--24184197	44	2.2	44	88	0	145	27	12	21	38	1.89
24190082--24190118	20	1.9	18	89	10	56	37	16	21	24	1.93
24199515--24199539	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
24202173--24202212	18	2.2	19	86	4	55	60	10	2	27	1.42
24204704--24205073	156	2.4	159	85	6	497	34	20	16	28	1.94
24204987--24205046	30	2.0	30	90	6	95	38	30	11	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24207403--24207442	12	3.2	12	83	16	55	22	0	5	72	1.04
24214810--24214854	20	2.3	20	84	3	56	73	0	11	15	1.10
24216071--24216103	15	2.1	17	88	11	52	39	0	3	57	1.14
24218746--24218782	17	2.2	18	90	9	60	48	0	0	51	1.00
24219027--24219066	21	2.0	21	95	5	73	27	0	30	42	1.56
24219325--24219440	32	3.6	32	91	0	178	42	8	9	39	1.68
24228503--24228632	44	2.8	46	78	11	151	23	30	18	26	1.98
24232895--24233209	48	6.5	48	79	5	255	26	27	18	27	1.98
24233103--24233225	48	2.6	47	85	5	149	22	25	21	30	1.98
24233278--24233307	6	5.0	6	100	0	60	50	16	0	33	1.46
24240786--24240815	14	2.2	13	94	5	51	20	6	13	60	1.55
24250510--24250539	14	2.2	13	94	5	51	20	6	13	60	1.55
24255044--24255069	10	2.6	10	100	0	52	42	23	7	26	1.81
24255600--24255724	40	3.1	40	81	5	137	36	25	14	24	1.93
24257164--24257242	42	1.9	41	89	7	124	34	21	13	30	1.92
24257164--24257321	41	3.9	40	81	5	147	32	24	15	27	1.96
24257169--24257352	40	4.5	40	79	6	156	32	24	15	27	1.95
24264542--24265281	47	15.6	47	94	1	1246	29	29	8	32	1.86
24264592--24264670	25	3.3	25	69	16	85	32	27	5	34	1.79
24264542--24265281	143	5.2	141	94	1	1246	29	29	8	32	1.86
24264542--24265281	190	3.9	190	97	0	1358	29	29	8	32	1.86
24275217--24275315	49	2.0	48	96	1	180	34	22	13	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24275217--24275292	23	3.2	23	63	23	57	34	19	14	31	1.92
24278342--24278370	14	2.0	15	93	6	51	51	20	6	20	1.70
24288888--24289068	40	4.6	40	81	3	197	25	23	25	24	2.00
24296431--24296482	24	2.1	25	92	3	88	11	19	13	55	1.68
24299012--24299132	43	2.8	45	80	5	133	33	25	14	26	1.95
24299618--24299682	29	2.3	29	83	2	78	29	26	1	43	1.64
24307252--24307371	60	2.0	60	88	3	179	32	21	16	29	1.95
24312578--24312678	31	3.3	31	94	0	175	30	25	14	28	1.95
24312702--24312793	42	2.2	42	96	0	166	32	19	15	32	1.93
24312928--24312986	25	2.4	25	73	15	61	27	22	20	30	1.98
24313983--24314081	27	3.7	27	89	4	155	28	7	24	40	1.81
24313982--24314123	54	2.7	53	80	8	153	28	11	23	37	1.89
24313979--24314121	27	5.3	26	75	15	96	28	11	23	37	1.89
24314113--24314310	27	7.3	27	86	2	245	39	9	23	27	1.86
24314113--24314310	81	2.4	81	86	1	272	39	9	23	27	1.86
24314156--24314330	81	2.2	81	85	0	224	38	10	22	29	1.87
24316562--24316769	31	6.7	31	93	0	355	28	25	15	29	1.96
24316793--24316884	42	2.2	42	92	0	148	31	21	16	30	1.95
24317032--24317100	25	2.8	25	86	0	84	26	23	26	24	2.00
24317912--24317975	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
24318030--24318125	27	3.6	25	73	20	79	32	10	16	40	1.83
24318112--24318240	27	4.8	26	84	4	177	29	8	21	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24318112--24318282	54	3.2	52	81	8	177	28	10	21	39	1.87
24318092--24318268	80	2.2	80	81	7	218	27	9	20	42	1.82
24318272--24318469	27	7.3	27	90	0	279	38	7	24	29	1.82
24328846--24328890	23	1.9	24	86	4	65	31	20	0	48	1.49
24329296--24329410	44	2.7	43	85	6	153	33	25	17	23	1.96
24331876--24331933	27	2.1	27	81	6	64	25	17	24	32	1.96
24361651--24361715	34	1.9	33	87	3	94	21	27	24	26	1.99
24362420--24362453	8	4.2	8	84	0	50	14	29	11	44	1.81
24364673--24364735	18	3.4	18	68	23	58	46	11	15	26	1.80
24364669--24364751	38	2.2	38	97	0	157	49	10	13	26	1.74
24365057--24365168	43	2.6	45	85	5	142	33	25	16	25	1.96
24365658--24365712	28	1.9	29	88	3	85	29	23	1	45	1.63
24379965--24380130	27	6.1	27	79	2	163	27	19	10	42	1.83
24379964--24380114	54	2.8	54	86	2	187	28	19	10	41	1.84
24379965--24380130	81	2.0	81	82	4	201	27	19	10	42	1.83
24380135--24380330	27	7.3	27	84	0	239	36	19	18	25	1.94
24380135--24380328	81	2.4	81	88	0	280	37	18	19	25	1.94
24380529--24380611	27	3.1	26	83	8	96	20	21	21	36	1.96
24380922--24380995	27	2.8	27	84	10	82	17	22	22	36	1.95
24381138--24381305	6	27.8	6	78	14	177	20	17	13	48	1.80
24381136--24381305	30	5.8	30	82	10	210	20	17	13	48	1.80
24381113--24381300	85	2.2	84	89	4	288	19	17	14	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24383677--24383721	23	1.9	24	90	4	74	33	20	2	44	1.63
24384097--24384252	42	3.6	42	82	10	156	33	26	17	21	1.96
24384083--24384252	43	4.0	42	81	9	166	35	27	16	21	1.94
24384083--24384252	86	2.0	85	82	5	209	35	27	16	21	1.94
24386690--24386750	27	2.3	27	85	5	79	24	14	26	34	1.94
24391597--24391733	39	3.5	40	87	5	190	26	19	27	26	1.99
24391567--24391733	40	4.2	39	83	6	169	25	19	28	26	1.98
24395452--24395511	30	2.0	30	100	0	120	20	26	23	30	1.98
24395490--24395592	37	2.8	37	89	0	161	25	30	19	25	1.98
24395765--24396073	48	6.4	48	95	0	555	31	27	6	34	1.83
24400073--24400281	40	5.2	40	80	8	137	24	27	23	24	2.00
24400092--24400281	80	2.4	81	85	0	247	24	27	24	23	2.00
24408730--24408899	45	3.7	46	77	14	179	22	21	28	28	1.99
24412770--24412809	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
24414002--24414130	64	2.0	64	93	0	222	32	16	20	31	1.94
24426024--24426207	47	3.8	48	73	7	158	25	30	16	27	1.97
24427533--24427704	46	3.8	46	77	18	189	20	21	29	29	1.98
24430339--24430368	10	3.0	10	90	0	51	43	0	26	30	1.55
24430579--24430647	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
24430570--24430649	30	2.7	30	82	7	99	11	17	15	56	1.67
24431667--24431839	46	3.7	46	79	10	199	21	20	29	28	1.98
24431660--24431831	93	1.8	93	91	0	281	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24435816--24435993	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24435837--24435992	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24438581--24438627	21	2.4	19	82	10	58	27	2	23	46	1.63
24453813--24453842	15	1.9	16	93	6	53	33	0	23	43	1.54
24454127--24454206	25	3.2	25	80	3	72	22	23	18	35	1.96
24454161--24454211	25	2.0	25	92	0	84	19	19	29	31	1.97
24463337--24463405	19	3.6	19	90	0	111	23	33	30	13	1.92
24465769--24465812	15	2.8	17	74	19	51	22	22	0	54	1.45
24465754--24465839	43	2.0	43	88	4	129	23	22	1	53	1.53
24467037--24467070	3	11.3	3	87	0	50	35	2	0	61	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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