genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86610928--86610984	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
86611480--86611520	19	2.0	22	86	13	61	51	19	4	24	1.66
86617958--86617995	19	2.0	19	94	0	67	34	26	7	31	1.85
86619987--86620050	31	2.1	31	100	0	128	18	15	12	53	1.73
86620858--86620933	35	2.2	35	90	0	116	43	13	15	27	1.84
86623218--86623258	17	2.5	17	84	11	50	70	2	4	21	1.18
86626188--86626365	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
86626209--86626364	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
86634383--86634560	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
86634404--86634559	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
86636797--86636838	21	2.0	21	86	9	59	52	0	0	47	1.00
86641464--86641519	28	2.0	28	100	0	112	42	25	17	14	1.87
86644026--86644591	47	12.1	47	91	0	857	26	31	10	31	1.89
86644158--86644235	25	3.2	25	63	17	65	29	26	7	35	1.84
86648813--86649275	40	11.6	40	90	2	709	25	27	22	25	2.00
86648884--86648990	23	5.2	23	60	25	67	25	27	22	25	2.00
86650669--86651234	47	12.1	47	91	0	857	26	31	10	31	1.89
86650801--86650878	25	3.2	25	63	17	65	29	26	7	35	1.84
86658237--86658287	24	2.1	24	100	0	102	19	23	17	39	1.92
86664580--86664635	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
86664569--86664635	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
86664686--86664781	23	4.1	23	90	2	156	29	20	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86664685--86664783	47	2.1	46	92	3	162	30	20	20	29	1.97
86664996--86665059	31	2.1	31	90	0	101	39	15	23	21	1.92
86671278--86671353	37	2.1	36	83	11	93	52	2	3	40	1.34
86672949--86672978	15	2.0	15	100	0	60	73	13	6	6	1.24
86693718--86693892	40	4.4	40	88	2	237	24	23	27	24	2.00
86695319--86695378	29	2.1	29	93	0	102	21	23	21	33	1.97
86698664--86698700	19	2.0	19	89	5	58	18	8	0	72	1.08
86704961--86705185	40	5.7	40	82	7	235	24	27	21	25	1.99
86705117--86705194	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
86721800--86721839	14	2.9	14	96	0	71	37	25	2	35	1.69
86723557--86723670	41	2.7	41	76	8	113	25	19	27	28	1.99
86725827--86725865	20	1.9	20	84	5	51	7	28	15	48	1.72
86733004--86733181	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
86733005--86733160	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
86733001--86733181	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
86741046--86741221	27	6.6	27	81	6	187	27	15	28	28	1.96
86743889--86744002	44	2.5	45	83	13	137	26	35	21	15	1.94
86744079--86744262	45	4.4	44	78	13	144	19	28	32	19	1.96
86743999--86745302	42	30.3	42	69	19	452	18	33	31	16	1.93
86743980--86745275	85	15.0	85	68	19	448	18	33	31	16	1.93
86744732--86745302	169	3.4	166	77	11	538	19	33	30	16	1.94
86745429--86745475	25	1.9	25	91	4	78	36	12	42	8	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86749368--86749461	48	1.9	49	89	6	147	27	29	15	26	1.96
86749777--86749848	35	2.1	35	91	0	117	26	25	12	36	1.91
86760529--86760773	40	6.5	40	79	12	243	26	27	23	22	2.00
86760529--86760772	79	3.2	80	78	13	232	26	27	22	22	1.99
86760669--86760725	28	2.0	28	96	0	105	28	26	22	22	1.99
86768721--86768978	40	6.5	40	92	2	387	25	28	23	22	1.99
86772678--86773521	42	19.9	42	83	3	887	18	32	33	15	1.92
86772893--86772962	23	3.2	23	64	15	67	18	27	31	22	1.97
86772678--86773521	127	6.6	128	84	4	935	18	32	33	15	1.92
86772678--86773521	85	10.0	85	84	4	906	18	32	33	15	1.92
86773649--86773696	25	1.9	25	91	0	78	33	8	45	12	1.72
86783327--86783357	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
86783514--86783552	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
86783807--86783906	49	2.0	49	100	0	200	32	16	31	21	1.95
86787367--86787397	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
86787554--86787592	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
86793023--86793143	58	2.1	59	87	1	172	23	19	24	32	1.98
86801065--86801963	42	21.2	42	84	5	890	19	34	30	15	1.92
86801065--86801963	170	5.3	170	88	4	1106	19	34	30	15	1.92
86801063--86801952	127	7.0	128	85	5	1015	19	34	30	15	1.93
86807718--86808070	177	2.0	176	87	4	512	26	26	26	20	1.99
86820092--86820733	85	7.6	83	79	9	381	19	34	30	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86820127--86821206	42	25.5	42	81	6	937	18	32	32	16	1.93
86820127--86821222	169	6.5	169	82	3	1127	19	32	32	16	1.93
86820127--86821222	127	8.6	128	80	4	1031	19	32	32	16	1.93
86821395--86821470	24	3.2	24	80	0	89	15	30	42	11	1.83
86821867--86821981	58	2.0	58	91	3	187	26	21	19	32	1.97
86822020--86822073	24	2.2	24	83	0	63	14	29	40	14	1.86
86830565--86830618	24	2.2	24	90	0	81	14	31	42	11	1.81
86833839--86833989	27	5.6	27	82	4	178	26	15	28	29	1.96
86833839--86833989	55	2.8	55	81	4	180	26	15	28	29	1.96
86833840--86833989	82	1.8	81	87	4	221	26	16	28	29	1.96
86841871--86842048	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
86841872--86842027	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
86841868--86842048	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
86844098--86844165	27	2.5	27	73	7	66	63	2	8	25	1.38
86848270--86848341	22	3.2	23	82	5	76	41	2	1	54	1.23
86849754--86849817	26	2.5	26	89	5	103	42	10	14	32	1.80
86868167--86868353	49	3.8	49	80	2	239	26	18	25	29	1.98
86868162--86868349	100	1.9	100	96	0	349	26	19	25	29	1.98
86870301--86870806	251	2.0	250	96	0	940	34	12	20	32	1.90
86871556--86871607	15	3.5	15	73	26	56	17	9	11	61	1.55
86874083--86874262	100	1.8	100	95	0	324	25	18	27	29	1.98
86874086--86874260	49	3.5	49	79	3	224	25	18	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86878100--86878324	40	5.7	40	85	5	287	24	22	27	25	2.00
86878107--86878357	79	3.2	79	81	8	226	26	21	27	25	1.99
86884068--86884101	16	2.1	17	88	5	52	0	32	0	67	0.91
86884121--86884159	4	9.5	4	86	5	51	5	17	0	76	0.96
86884124--86884166	12	3.6	12	81	9	52	6	16	0	76	0.99
86884128--86884170	21	2.1	20	86	4	59	9	13	0	76	1.01
86885967--86886012	22	2.1	22	87	0	65	30	23	21	23	1.99
86889758--86889839	39	2.2	39	88	4	123	35	13	3	47	1.60
86894265--86894304	19	2.1	19	100	0	80	42	10	0	47	1.37
86905882--86905992	27	4.2	26	89	5	159	16	24	22	36	1.94
86905882--86905992	54	2.1	53	91	1	177	16	24	22	36	1.94
86913735--86913846	27	4.2	26	88	5	152	16	23	22	38	1.93
86913735--86913846	54	2.1	53	89	1	170	16	23	22	38	1.93
86915096--86915147	27	2.0	27	88	3	79	40	21	21	17	1.91
86919415--86919461	19	2.6	18	76	6	58	23	6	0	70	1.10
86927172--86927207	18	2.0	18	100	0	72	38	0	16	44	1.48
86937172--86937211	7	5.7	7	84	0	53	50	2	0	47	1.14
86941859--86941904	23	1.9	23	86	8	65	63	2	2	32	1.19
86942236--86942270	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
86943504--86943555	17	3.1	17	75	2	52	32	1	1	63	1.16
86943535--86943586	19	2.8	20	82	11	65	28	0	1	69	0.99
86943525--86943585	28	2.1	30	81	6	72	24	1	3	70	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86943689--86943753	31	2.1	32	82	8	80	55	3	4	36	1.36
86944787--86944839	21	2.5	22	75	9	56	28	1	7	62	1.33
86944974--86945040	33	2.0	33	97	0	125	14	20	17	46	1.84
86945097--86945138	21	2.0	21	100	0	84	38	9	9	42	1.70
86947015--86947041	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
86947117--86947180	27	2.4	27	100	0	128	28	7	26	37	1.84
86948973--86949018	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
86948985--86949051	21	3.0	23	76	21	72	29	5	0	64	1.17
86949156--86949217	25	2.5	24	75	17	63	32	9	1	56	1.41
86963719--86963893	46	3.8	44	76	10	172	28	29	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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