genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4529034--4529069	18	2.0	18	100	0	72	38	5	16	38	1.72
4532943--4532983	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
4539326--4539389	29	2.2	30	85	2	85	39	9	14	37	1.78
4542474--4542540	31	2.1	32	81	8	75	41	8	14	34	1.78
4546040--4546081	13	3.2	13	80	6	57	47	9	7	35	1.64
4549854--4550167	75	4.3	75	77	9	285	39	12	23	24	1.90
4554234--4554281	13	3.5	13	72	10	51	50	8	6	35	1.58
4554232--4554287	28	2.0	28	100	0	112	46	7	10	35	1.66
4560613--4560667	20	2.8	20	78	10	62	52	1	0	45	1.11
4560608--4560667	18	3.4	17	79	20	61	51	1	0	46	1.10
4563127--4563169	6	7.0	6	89	5	68	51	30	0	18	1.47
4564012--4564060	14	3.4	14	77	8	53	44	0	10	44	1.37
4564024--4564061	20	1.9	20	88	0	58	44	0	10	44	1.38
4567774--4567824	24	2.1	24	88	0	75	33	0	0	66	0.92
4568117--4568176	22	2.6	24	77	17	65	68	5	0	26	1.10
4572409--4572458	25	2.0	26	88	4	75	18	10	10	62	1.54
4575258--4575305	24	2.0	25	91	4	80	33	4	22	39	1.74
4575301--4575351	24	2.1	23	86	13	68	56	9	19	13	1.65
4575839--4575921	30	2.8	30	79	17	84	24	10	2	62	1.39
4575987--4576038	25	2.2	23	89	6	77	28	5	0	65	1.16
4575987--4576039	23	2.3	23	83	6	63	30	5	0	64	1.17
4576204--4576465	125	2.1	127	85	5	352	34	12	16	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4576239--4576507	125	2.2	125	80	6	296	30	14	18	36	1.90
4577803--4578083	106	2.7	105	84	3	350	30	14	22	32	1.94
4578235--4578408	9	19.2	9	69	18	103	33	1	1	63	1.09
4578235--4578380	17	7.9	18	78	16	140	33	1	1	63	1.11
4578258--4578420	18	9.1	18	75	18	119	34	1	0	63	1.07
4578235--4578380	37	4.0	37	78	19	153	33	1	1	63	1.11
4578292--4578399	26	4.1	26	69	21	73	33	0	0	64	1.06
4583356--4583467	56	2.0	56	87	0	161	44	15	25	14	1.84
4584659--4584717	30	2.0	28	81	12	66	59	11	22	6	1.56
4589364--4589443	12	6.6	12	80	7	72	47	32	5	15	1.66
4589359--4589396	18	2.1	18	95	0	67	47	39	2	10	1.52
4589386--4589505	4	29.0	4	80	6	96	46	27	4	21	1.69
4591573--4591639	32	2.1	32	100	0	134	16	34	20	28	1.95
4596837--4596868	6	5.3	6	92	0	55	0	46	3	50	1.17
4597401--4597462	24	2.6	24	78	0	70	17	19	30	32	1.95
4601385--4601421	13	2.8	13	91	4	56	72	16	5	5	1.21
4602202--4602260	30	2.0	30	89	0	91	59	6	1	32	1.34
4602353--4602385	17	1.9	17	93	0	57	45	0	0	54	0.99
4610865--4610953	45	2.0	44	86	2	124	29	17	6	46	1.74
4612041--4612100	29	2.1	29	100	0	120	53	3	13	30	1.56
4612460--4612500	21	1.9	22	85	14	59	56	4	7	31	1.48
4613076--4613128	21	2.5	22	78	3	63	54	9	5	30	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4617401--4617432	5	6.4	5	96	0	55	37	0	0	62	0.95
4617457--4617485	13	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
4617454--4617539	21	4.0	21	80	15	79	40	0	2	56	1.12
4617454--4617557	22	4.8	21	78	14	86	43	0	1	54	1.11
4617486--4617556	21	3.3	21	82	9	81	45	0	0	54	0.99
4617607--4617646	21	1.9	21	85	10	55	35	0	2	62	1.09
4617630--4617662	14	2.3	15	94	5	59	42	0	0	57	0.98
4617760--4617787	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
4617767--4617809	18	2.3	18	84	8	59	46	0	6	46	1.30
4617815--4617864	20	2.5	20	80	0	64	62	2	0	36	1.07
4618066--4618190	62	2.0	62	90	0	196	40	15	13	31	1.86
4618586--4618663	31	2.6	29	77	16	88	62	2	0	34	1.09
4618597--4618657	31	1.9	33	93	6	108	62	1	0	36	1.05
4618714--4618745	14	2.4	14	94	5	57	65	0	0	34	0.93
4618701--4618783	43	1.9	43	83	13	109	62	0	1	36	1.03
4625190--4625238	20	2.5	20	89	0	80	48	0	28	22	1.50
4637676--4637716	16	2.4	17	84	16	57	51	2	2	43	1.28
4637867--4637891	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
4638680--4638822	74	1.9	74	92	0	241	28	7	35	27	1.85
4638904--4639007	35	3.0	35	80	10	122	16	15	27	40	1.88
4645769--4645884	43	2.7	42	80	7	117	26	19	27	25	1.99
4645978--4646057	31	2.5	32	79	4	81	63	16	5	15	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4646282--4646333	21	2.5	21	78	12	70	0	48	19	32	1.49
4646310--4646339	15	1.9	16	93	6	53	0	50	16	33	1.46
4648340--4648468	9	13.8	10	65	23	50	34	3	0	62	1.17
4648341--4648469	7	18.1	7	66	19	54	33	3	0	62	1.16
4648383--4648465	27	3.1	27	75	17	77	33	2	1	62	1.16
4648431--4648480	22	2.3	21	80	10	55	40	2	0	58	1.10
4648340--4648477	20	6.8	20	65	19	54	34	3	0	61	1.18
4648545--4648600	17	3.2	18	78	14	64	35	1	0	62	1.06
4657244--4657278	17	2.1	17	100	0	70	28	28	14	28	1.95
4660387--4660764	205	1.8	205	94	0	675	31	17	21	29	1.96
4662589--4662648	31	1.9	31	83	6	77	31	3	1	63	1.20
4662746--4662801	17	3.2	18	78	14	64	35	1	0	62	1.06
4662744--4662807	31	2.1	31	83	13	80	39	1	0	59	1.07
4668931--4669151	9	25.7	9	76	10	194	34	0	20	44	1.55
4669043--4669087	22	2.0	22	100	0	90	31	0	26	42	1.56
4669417--4669477	15	4.2	15	72	14	56	49	0	0	50	1.00
4669410--4669477	29	2.3	28	82	9	82	52	0	0	47	1.00
4669473--4669519	22	2.1	23	96	4	87	48	8	0	42	1.33
4669446--4669519	19	3.7	20	77	15	73	48	5	0	45	1.25
4673276--4673315	3	13.7	3	94	5	73	30	0	0	70	0.88
4673673--4673727	21	2.6	21	79	0	65	25	0	21	52	1.47
4674547--4674584	19	1.9	19	89	5	58	44	5	7	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4676018--4676104	27	3.2	27	77	6	79	35	37	19	6	1.79
4676216--4676274	24	2.5	24	97	0	109	25	32	10	32	1.89
4678374--4678741	183	2.0	183	100	0	736	35	11	23	29	1.90
4679978--4680030	25	2.1	25	100	0	106	50	20	7	20	1.72
4680087--4680112	13	2.0	13	100	0	52	38	15	23	23	1.92
4681800--4681829	13	2.2	14	94	5	53	50	0	3	46	1.18
4682696--4682733	20	1.9	20	94	0	67	39	10	2	47	1.52
4682768--4682820	20	2.7	20	78	0	61	43	16	1	37	1.60
4682834--4682965	70	1.9	70	82	3	167	36	9	8	46	1.66
4690622--4690832	91	2.3	88	81	14	221	42	16	17	24	1.89
4690664--4690832	91	1.9	89	85	9	236	39	17	18	25	1.92
4692410--4692470	30	2.0	30	87	0	86	37	6	24	31	1.81
4697960--4698031	36	2.0	36	94	0	126	44	16	4	34	1.67
4698182--4698260	39	2.0	39	92	0	131	37	25	25	11	1.89
4700006--4700030	12	2.1	12	100	0	50	20	40	8	32	1.81
4711691--4711730	19	2.1	19	100	0	80	40	10	15	35	1.80
4717817--4717872	29	1.9	29	100	0	112	39	12	12	35	1.81
4718916--4718949	11	2.9	12	86	8	52	50	20	17	11	1.77
4719548--4719590	18	2.4	18	88	7	61	48	0	0	51	1.00
4725332--4725436	40	2.7	40	83	7	117	25	26	23	23	2.00
4727872--4728047	46	3.8	45	78	10	203	21	21	28	28	1.98
4727868--4728039	93	1.8	93	93	0	299	21	21	29	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4730125--4730194	20	3.6	19	75	14	63	17	17	11	54	1.71
4731543--4731814	43	6.3	42	72	13	153	37	19	21	21	1.94
4731630--4731814	87	2.1	86	82	6	223	38	18	21	21	1.94
4731683--4731812	43	3.0	43	80	6	163	43	19	16	20	1.89
4732598--4732671	20	3.7	20	78	3	76	22	16	6	54	1.66
4732612--4732666	21	2.7	20	91	8	85	20	18	7	54	1.66
4732945--4732988	20	2.2	20	84	8	54	18	15	9	56	1.65
4733863--4733915	20	2.7	20	78	0	70	47	3	18	30	1.67
4743518--4743563	23	2.0	22	84	12	58	60	8	4	26	1.44
4744680--4744741	32	2.0	32	87	3	90	48	8	6	37	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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