genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1705614--1705686	9	9.0	9	69	20	54	57	0	9	32	1.31
1705947--1705998	3	17.0	3	84	4	68	63	1	1	32	1.16
1705876--1706291	143	2.9	141	81	9	504	59	5	2	32	1.34
1706168--1706374	3	66.0	3	66	17	59	61	4	3	29	1.35
1706275--1706351	22	3.5	21	71	13	66	63	5	5	25	1.36
1706361--1706408	24	2.0	24	91	4	78	68	0	2	29	1.01
1713297--1713352	3	18.7	3	84	14	71	26	1	1	69	1.08
1713829--1713859	16	1.9	16	93	0	53	35	6	3	54	1.42
1722795--1722893	49	2.0	49	98	0	189	47	9	16	27	1.76
1725628--1725870	109	2.2	109	97	0	450	38	6	18	36	1.76
1725834--1725908	38	2.0	38	100	0	150	34	8	17	40	1.79
1725725--1726019	147	2.0	147	98	0	572	38	7	18	36	1.78
1725872--1726214	109	3.1	109	91	3	544	39	6	19	35	1.76
1731455--1731480	6	4.3	6	100	0	52	30	0	0	69	0.89
1731592--1731711	59	2.0	59	96	0	222	33	14	16	35	1.89
1740657--1740921	94	2.9	91	80	4	275	27	19	29	24	1.98
1740657--1740916	46	5.7	46	78	6	233	27	19	28	24	1.99
1741653--1742135	255	1.9	256	95	1	880	34	10	19	35	1.86
1754863--1754903	20	2.0	20	85	4	55	12	29	2	56	1.49
1754921--1754979	29	2.0	29	96	0	109	37	16	8	37	1.80
1756355--1756437	34	2.5	34	82	3	107	31	20	7	40	1.79
1759320--1759586	114	2.3	114	91	0	426	30	8	18	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1761051--1761103	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
1771064--1771100	13	2.8	13	95	4	65	43	8	13	35	1.74
1771742--1771789	23	2.1	23	84	7	62	56	2	0	41	1.11
1771748--1771796	23	2.1	24	88	7	75	55	2	0	42	1.11
1779821--1779861	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1782742--1782825	27	3.2	27	67	16	86	35	28	16	19	1.93
1782742--1782845	51	2.0	51	98	0	199	33	28	19	18	1.95
1786472--1786525	26	2.1	26	89	0	81	22	22	22	33	1.97
1791856--1792614	405	1.9	401	80	7	903	32	14	21	31	1.93
1797257--1797309	26	2.0	26	100	0	106	47	15	7	30	1.73
1797716--1797748	11	2.9	11	95	4	57	12	6	0	81	0.85
1806783--1806838	29	1.9	29	89	7	87	62	8	5	23	1.45
1808761--1808800	18	2.3	17	87	12	55	60	2	5	32	1.32
1808811--1808877	20	3.3	20	76	0	71	59	1	7	31	1.34
1809007--1809048	13	3.1	13	83	10	57	54	7	0	38	1.28
1809008--1809053	15	3.1	15	84	9	60	52	8	0	39	1.33
1809008--1809053	17	2.8	16	87	9	65	52	8	0	39	1.33
1809147--1809192	17	2.5	19	75	10	51	52	2	4	41	1.33
1809321--1809367	12	4.0	12	78	13	53	55	6	2	36	1.37
1811311--1811345	17	2.1	17	94	0	61	68	5	8	17	1.35
1811185--1811769	183	3.2	181	90	4	885	35	18	17	28	1.94
1812635--1812738	39	2.5	40	83	13	124	16	24	15	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1814793--1814856	32	2.0	32	100	0	128	31	6	25	37	1.81
1827331--1827378	15	3.4	14	80	11	53	54	6	2	37	1.38
1827637--1827688	19	2.7	19	85	8	61	57	1	1	38	1.21
1827652--1827706	12	4.5	13	80	17	64	56	7	0	36	1.27
1827652--1827706	25	2.3	25	84	6	69	56	7	0	36	1.27
1827669--1827720	25	2.2	25	82	6	63	55	9	1	32	1.43
1827785--1827833	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
1829609--1829648	19	2.1	19	90	0	62	65	10	12	12	1.49
1833792--1833846	28	2.0	28	85	7	76	69	0	0	30	0.89
1839233--1839267	16	2.2	16	89	0	52	71	0	0	28	0.86
1839386--1839448	31	2.0	31	87	0	90	36	14	17	31	1.90
1842937--1842975	21	1.9	20	89	5	60	64	10	2	23	1.37
1843018--1843065	24	1.9	26	84	16	66	58	6	0	35	1.23
1843268--1843327	22	2.7	22	79	5	68	55	5	5	35	1.44
1843386--1843432	14	3.4	14	79	2	51	59	2	0	38	1.09
1843386--1843463	35	2.2	36	81	6	88	57	3	2	35	1.30
1845485--1845953	54	8.7	54	93	0	778	37	19	14	27	1.92
1845969--1846208	75	3.0	75	72	19	227	33	20	17	29	1.95
1845917--1846133	87	2.5	87	93	4	359	34	19	17	28	1.95
1845964--1846542	162	3.5	160	86	6	735	34	19	16	29	1.94
1846053--1846386	75	4.3	75	73	14	298	34	18	16	30	1.93
1846290--1846542	88	2.8	89	85	3	348	35	20	15	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1846456--1846488	15	2.2	15	94	0	57	66	6	9	18	1.40
1863111--1863172	31	2.0	32	87	3	90	46	9	9	33	1.69
1867659--1867718	30	2.0	29	87	3	84	41	10	8	40	1.69
1867659--1867738	29	2.7	29	82	7	81	43	8	7	40	1.64
1870600--1870624	3	8.3	3	100	0	50	36	0	32	32	1.58
1870826--1870851	6	4.3	6	100	0	52	30	0	0	69	0.89
1870933--1870967	11	3.2	11	95	0	61	14	0	0	85	0.59
1891704--1891786	43	2.0	42	95	2	148	45	15	7	31	1.73
1895352--1895394	18	2.4	18	88	11	70	46	13	2	37	1.57
1901165--1901248	24	3.2	26	68	15	82	36	30	11	20	1.89
1901156--1901259	53	2.0	53	100	0	208	33	29	11	25	1.91
1901156--1901242	29	3.2	29	68	15	94	34	31	10	24	1.89
1901735--1901774	19	2.2	18	90	4	62	42	17	2	37	1.63
1905399--1905491	43	2.2	44	92	3	154	52	11	6	29	1.62
1905513--1905552	19	2.2	18	86	4	53	42	15	2	40	1.60
1906484--1906616	66	2.0	67	95	1	241	35	21	9	33	1.85
1911626--1912069	48	9.2	48	81	1	334	31	33	22	12	1.92
1911792--1912127	144	2.3	143	75	4	307	30	35	21	12	1.91
1912205--1912299	39	2.4	39	82	3	111	41	33	18	6	1.76
1912288--1912441	48	3.2	48	79	0	137	28	35	20	14	1.93
1912609--1912701	48	1.9	48	86	4	134	33	38	17	10	1.84
1912610--1912750	48	2.9	48	80	2	122	33	37	17	11	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1920866--1920923	26	2.2	26	96	0	107	43	0	1	55	1.10
1920866--1920923	13	4.5	13	79	14	66	43	0	1	55	1.10
1920866--1920934	26	2.6	27	86	11	88	46	0	4	49	1.21
1921467--1921494	14	2.0	14	100	0	56	35	7	21	35	1.81
1925771--1925842	32	2.2	32	85	4	92	48	29	11	11	1.73
1931000--1931038	19	2.1	19	100	0	78	48	10	0	41	1.37
1932560--1932589	15	2.0	15	100	0	60	33	20	20	26	1.97
1933560--1933593	16	2.1	16	89	10	52	58	2	0	38	1.13
1934013--1934059	6	7.5	6	77	17	51	21	0	2	76	0.89
1934009--1934058	20	2.7	19	80	17	52	22	0	2	76	0.89
1937775--1937854	39	2.1	39	88	4	117	33	21	15	30	1.94
1939604--1939649	20	2.3	21	81	7	60	60	8	0	30	1.26
1944816--1944854	14	2.8	14	88	0	60	35	7	15	41	1.76
1953216--1953265	8	6.6	8	78	19	54	66	0	2	32	1.03
1953218--1953260	22	2.0	22	90	4	70	72	0	2	25	0.97
1966322--1966462	70	2.0	70	100	0	282	36	17	18	28	1.93
1967071--1967132	4	14.2	4	78	21	63	24	0	75	0	0.80
1967074--1967132	9	6.7	9	96	1	102	23	0	76	0	0.79
1967078--1967129	5	11.2	5	82	15	67	23	0	76	0	0.78
1970698--1970758	31	2.0	31	90	0	95	55	1	13	29	1.47
1971490--1971535	22	2.0	22	83	8	56	56	0	6	36	1.25
1971531--1971566	15	2.3	15	90	4	54	58	5	0	36	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1971624--1971672	22	2.3	22	79	10	57	22	8	2	67	1.28
1971625--1971666	22	1.9	22	85	9	59	26	4	2	66	1.23
1973195--1973238	18	2.4	18	84	3	61	59	0	0	40	0.98
1973194--1973250	19	3.1	19	82	7	64	56	1	0	42	1.10
1973515--1973589	26	2.6	31	76	24	99	25	22	12	40	1.88
1973527--1973587	26	2.3	26	97	0	113	26	24	13	36	1.92
1974302--1974402	53	1.9	53	93	0	175	44	24	4	25	1.74
1983181--1983207	13	2.1	13	100	0	54	22	18	7	51	1.70
2001904--2001982	39	2.0	39	100	0	158	37	13	17	30	1.89
2005631--2005673	21	2.0	22	82	13	54	37	11	6	44	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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