genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61072670--61072866	27	7.3	26	78	7	173	39	17	13	29	1.88
61072889--61072993	27	3.9	27	83	2	113	35	19	19	26	1.95
61075313--61075338	12	2.2	12	100	0	52	15	0	7	76	0.99
61076969--61077029	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
61077742--61077911	67	2.5	66	82	7	166	32	15	28	22	1.95
61082107--61082131	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
61082391--61082420	12	2.4	12	94	5	51	60	0	6	33	1.23
61089495--61089660	27	6.1	27	84	0	206	33	20	21	24	1.97
61099067--61099117	17	2.9	18	82	5	68	45	9	19	25	1.81
61099460--61099561	27	3.8	27	89	0	141	42	16	13	27	1.86
61101291--61101329	20	2.0	20	100	0	78	38	5	41	15	1.69
61110836--61110943	39	2.8	39	88	0	153	34	21	24	20	1.97
61110934--61111073	38	3.6	38	81	1	145	20	20	26	32	1.97
61112558--61112656	27	3.7	27	90	0	135	28	13	17	41	1.86
61112558--61112680	54	2.3	54	82	0	147	27	11	17	43	1.84
61112558--61112680	27	4.6	26	84	4	111	27	11	17	43	1.84
61114842--61114964	27	4.6	27	82	4	131	43	18	12	26	1.85
61114831--61114964	54	2.5	55	79	4	148	41	18	14	25	1.88
61116155--61116336	40	4.6	40	93	1	294	29	26	20	23	1.99
61117673--61117698	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
61122018--61122069	25	2.1	25	89	3	79	25	19	23	32	1.97
61122025--61122094	25	2.8	25	91	0	104	22	22	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61122297--61122510	27	8.0	27	84	2	261	24	20	18	36	1.94
61122297--61122515	80	2.7	80	86	4	289	24	19	18	36	1.94
61122297--61122544	80	3.1	80	82	7	229	25	18	18	37	1.93
61122316--61122523	107	2.0	106	82	1	256	24	18	18	38	1.93
61122505--61122706	27	7.6	27	78	7	112	31	8	17	42	1.79
61122311--61122571	80	3.2	80	81	8	205	26	17	18	37	1.93
61122540--61122720	54	3.4	52	80	3	164	32	8	19	40	1.81
61122554--61122711	27	5.9	27	83	3	131	31	6	19	41	1.78
61122699--61123014	27	11.7	27	87	2	393	40	8	21	29	1.82
61125492--61125636	43	3.4	44	76	3	116	29	13	22	33	1.93
61128215--61128382	43	3.9	44	75	6	157	27	13	23	34	1.93
61128223--61128381	86	1.9	85	81	6	196	27	13	24	34	1.93
61135416--61135562	43	3.4	43	79	5	154	27	14	25	32	1.94
61135415--61135581	43	3.9	42	79	6	149	29	13	25	32	1.93
61136964--61137025	31	2.0	31	100	0	124	35	3	22	38	1.71
61140082--61140122	20	2.0	20	100	0	82	14	24	19	41	1.89
61140668--61140787	28	4.2	28	75	10	118	27	15	33	24	1.95
61140678--61140800	28	4.4	28	69	13	99	28	13	31	26	1.94
61145107--61145149	16	2.7	16	92	0	68	51	13	20	13	1.76
61145382--61145505	29	4.4	28	83	8	146	29	16	29	25	1.96
61148749--61148840	46	2.0	46	100	0	184	39	10	21	28	1.87
61158201--61158537	43	8.0	43	81	6	375	25	16	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61158187--61158537	82	4.2	84	82	7	383	25	15	26	32	1.96
61158309--61158537	125	1.8	125	92	0	386	25	15	26	32	1.95
61158499--61158674	56	3.1	56	85	1	237	28	14	23	34	1.93
61158499--61158705	112	1.8	112	84	4	283	28	14	23	34	1.93
61162974--61163061	34	2.6	34	87	0	122	27	21	21	29	1.99
61163332--61163381	23	2.2	23	86	13	68	42	20	14	24	1.88
61163416--61163529	54	2.1	54	82	9	135	21	20	19	39	1.93
61163417--61163529	27	4.2	26	81	8	111	21	20	18	39	1.92
61163525--61163650	27	4.7	27	87	2	155	38	15	14	31	1.88
61164374--61164416	20	2.1	21	95	4	79	51	9	20	18	1.74
61164998--61165209	67	3.2	62	76	10	176	31	16	28	23	1.96
61166944--61167020	24	3.2	24	80	12	104	37	7	37	16	1.78
61168632--61168712	33	2.4	34	77	8	94	28	18	23	29	1.98
61168632--61168725	32	2.9	30	73	12	71	26	20	25	27	1.99
61170571--61170669	27	3.7	27	81	0	108	22	14	20	43	1.87
61170597--61170817	27	8.2	27	81	6	108	31	14	17	35	1.91
61170571--61170682	54	2.1	54	82	0	134	24	14	20	41	1.89
61170662--61170842	27	6.7	27	91	0	263	36	15	14	33	1.88
61186957--61186997	21	1.9	22	85	5	57	70	14	2	12	1.26
61188587--61188654	19	3.4	18	79	16	64	14	2	7	75	1.14
61188581--61188654	12	5.8	12	75	20	53	14	2	8	74	1.16
61188605--61188645	21	1.9	22	95	5	75	14	2	9	73	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61188606--61188663	28	2.1	27	81	9	64	15	1	6	75	1.09
61190887--61190994	45	2.4	45	81	6	123	42	19	20	17	1.89
61193414--61193539	48	2.6	49	82	6	150	27	20	27	23	1.99
61206972--61207017	20	2.3	20	92	0	74	19	36	17	26	1.94
61208452--61208538	27	3.3	27	84	6	99	31	12	17	39	1.87
61208464--61208600	27	5.1	27	84	4	136	29	10	22	37	1.87
61215459--61215641	40	4.6	40	80	9	196	24	26	22	25	2.00
61215459--61215641	79	2.3	80	81	7	212	24	26	22	25	2.00
61216244--61216327	37	2.3	37	100	0	168	34	22	13	29	1.92
61216919--61216964	25	1.9	23	86	8	65	6	17	2	73	1.14
61216917--61216969	23	2.3	22	81	15	63	9	18	1	69	1.25
61218410--61218442	16	2.0	17	94	5	59	36	24	3	36	1.71
61218545--61218752	53	3.9	54	82	4	240	22	25	16	35	1.95
61218558--61218744	55	3.5	53	81	7	216	21	25	17	35	1.95
61236555--61236731	27	6.6	27	81	5	187	27	15	27	29	1.96
61236556--61236705	81	1.9	81	88	5	232	27	16	28	28	1.97
61236552--61236731	81	2.2	81	82	3	220	27	15	27	29	1.96
61236663--61236739	27	2.9	27	84	3	75	28	15	25	29	1.96
61240448--61240473	12	2.2	12	100	0	52	76	7	0	15	0.99
61240856--61240948	48	1.9	48	86	4	134	39	26	15	18	1.90
61242932--61243162	40	5.8	40	91	1	340	24	24	28	22	1.99
61251047--61251347	40	7.8	40	84	8	383	24	24	28	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61251228--61251286	29	2.0	29	96	0	109	23	22	25	28	1.99
61251188--61251323	69	2.0	69	88	5	204	25	22	27	25	2.00
61251148--61251347	109	1.8	109	86	2	294	24	23	28	24	2.00
61256790--61256910	44	2.7	44	91	7	199	23	22	28	26	1.99
61258671--61258826	43	3.6	43	83	3	154	28	19	28	23	1.98
61258761--61258906	41	3.5	41	75	7	152	26	19	29	24	1.98
61260594--61260729	45	3.1	44	83	9	170	25	22	27	25	2.00
61262936--61263202	40	6.7	40	95	0	480	21	28	20	29	1.98
61270966--61271023	27	2.1	27	93	0	98	37	15	18	27	1.92
61271012--61271223	27	7.9	27	77	9	168	41	17	9	31	1.82
61271012--61271223	55	3.9	51	76	11	192	41	17	9	31	1.82
61271483--61271605	41	3.0	41	90	2	194	23	21	28	26	1.99
61271670--61271788	25	4.8	25	81	0	121	18	13	28	39	1.89
61271670--61271825	50	3.1	50	87	0	186	17	14	28	39	1.89
61271670--61271825	25	6.2	25	79	4	109	17	14	28	39	1.89
61276383--61276415	12	2.8	12	90	4	50	42	3	9	45	1.51
61276902--61277087	39	4.8	39	91	0	300	23	20	25	30	1.98
61279022--61279179	68	2.3	68	77	13	153	20	27	15	35	1.94
61282519--61282712	40	4.9	40	92	0	318	26	22	28	22	1.99
61290710--61290772	31	2.0	31	96	0	117	55	6	7	30	1.54
61297734--61297925	40	4.8	41	87	4	155	27	26	21	24	1.99
61297705--61297924	80	2.8	80	79	4	230	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61314090--61314162	35	2.1	35	97	0	137	39	17	5	36	1.73
61318052--61318240	58	3.3	59	88	4	262	28	30	18	22	1.97
61318054--61318208	29	5.4	29	71	11	113	28	30	18	22	1.97
61318082--61318237	29	5.4	28	71	12	111	30	26	19	23	1.98
61318394--61318615	43	5.2	43	91	0	354	31	33	22	11	1.90
61320012--61320084	35	2.1	35	94	0	128	41	17	4	36	1.69
61463419--61463491	29	2.6	29	86	2	94	27	28	16	27	1.97
61466607--61466641	18	2.0	18	88	5	54	28	14	20	37	1.91
61467694--61467807	29	4.0	29	82	6	126	28	29	14	27	1.95
61467687--61467795	29	3.8	29	83	6	132	28	29	14	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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