genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  57  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17195187--17195323	60	2.3	59	85	8	170	28	20	25	25	1.99
17195964--17195996	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
17197274--17197329	28	2.1	28	90	6	89	19	1	8	69	1.24
17197344--17197406	23	2.8	21	75	17	56	31	4	4	58	1.39
17202948--17202973	13	2.0	13	100	0	52	53	23	0	23	1.46
17203942--17203995	26	2.0	27	85	3	74	40	16	24	18	1.90
17211695--17211719	5	5.0	5	100	0	50	20	0	20	60	1.37
17216250--17216283	15	2.3	15	89	0	50	70	5	0	23	1.09
17227887--17228187	2	147.0	2	72	14	222	43	6	5	44	1.53
17227887--17228177	13	22.9	13	75	16	172	43	6	5	45	1.52
17227887--17228187	9	36.8	8	76	11	222	43	6	5	44	1.53
17230411--17230451	14	2.9	14	96	0	73	53	0	0	46	1.00
17230950--17231003	27	2.0	27	85	10	74	35	0	3	61	1.14
17235143--17235176	12	2.8	12	86	0	50	23	0	5	70	1.09
17237520--17237627	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
17242704--17242733	15	1.9	16	93	6	53	36	13	0	50	1.42
17248567--17248822	44	5.9	43	76	5	205	28	21	23	27	1.99
17248656--17248816	86	1.8	86	84	5	216	27	22	22	26	2.00
17248567--17248822	130	2.0	130	88	0	386	28	21	23	27	1.99
17248827--17249519	88	7.8	88	85	3	913	27	24	20	27	1.99
17248854--17249519	44	15.0	44	66	14	287	27	24	20	26	1.99
17249550--17249705	44	3.5	44	82	4	186	25	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17251548--17251581	12	2.8	12	86	0	50	23	0	5	70	1.09
17257800--17257843	22	2.0	22	86	0	61	70	15	0	13	1.17
17258433--17258523	3	30.0	3	74	12	71	32	2	2	62	1.19
17258718--17258788	24	2.9	24	77	10	72	36	7	5	50	1.53
17258785--17258843	3	19.7	3	77	6	57	32	3	5	59	1.36
17259133--17259183	27	2.0	27	84	7	70	29	5	0	64	1.17
17264419--17264443	12	2.1	12	100	0	50	60	0	16	24	1.36
17264885--17265000	61	1.9	59	86	6	162	51	5	2	40	1.38
17264979--17265027	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
17267735--17267866	27	4.9	27	82	10	146	34	21	25	19	1.97
17267761--17267869	54	2.0	53	94	1	191	33	22	25	18	1.96
17269467--17269574	26	4.2	26	91	0	180	35	24	8	32	1.85
17273627--17273708	25	3.3	24	78	10	85	32	21	18	26	1.97
17273641--17273720	25	3.2	25	76	3	90	31	22	20	26	1.98
17274226--17274271	22	2.1	22	100	0	92	30	4	21	43	1.72
17274776--17274880	52	2.0	52	100	0	210	39	11	20	28	1.88
17276195--17276229	17	2.1	17	89	5	54	48	0	11	40	1.39
17279242--17279352	42	2.6	42	84	2	152	19	30	26	23	1.98
17285002--17285026	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
17287233--17287393	79	2.0	79	89	2	243	36	10	16	37	1.83
17288007--17288035	14	2.0	15	93	6	51	72	0	0	27	0.85
17288538--17288592	28	2.0	27	89	3	83	34	0	3	61	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17290084--17290116	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
17291540--17291720	97	1.9	96	84	1	245	28	21	16	33	1.95
17291637--17291768	45	3.0	45	77	4	151	27	21	19	31	1.97
17291637--17291765	44	2.9	45	80	2	152	27	20	20	31	1.98
17291925--17292337	44	8.8	45	68	13	172	28	21	19	30	1.98
17291971--17292150	99	1.8	98	84	3	245	27	21	19	31	1.97
17291594--17292436	429	2.0	427	87	2	1210	29	21	18	30	1.97
17291594--17292438	143	5.9	143	85	1	1038	29	21	18	30	1.97
17292959--17293082	65	1.9	65	88	3	187	50	9	20	20	1.76
17296326--17296518	47	3.9	53	80	9	155	27	15	25	31	1.95
17296397--17296518	47	2.6	46	86	1	163	29	15	25	29	1.96
17296490--17296603	42	2.7	43	89	4	169	30	14	26	28	1.95
17301406--17301665	131	2.0	130	80	8	296	34	13	14	38	1.85
17301957--17302021	32	2.1	31	82	8	78	69	1	9	20	1.24
17303419--17303469	20	2.7	18	82	14	59	43	0	19	37	1.51
17304188--17304273	43	2.0	44	84	4	113	25	18	25	30	1.98
17306282--17306334	19	2.5	22	82	8	67	11	28	37	22	1.89
17307987--17308024	14	2.7	14	91	0	58	44	7	10	36	1.68
17308008--17308051	19	2.2	20	92	4	72	27	11	11	50	1.72
17310868--17310913	15	3.2	15	71	22	53	28	2	41	28	1.68
17316307--17316530	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
17316449--17316600	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17323867--17324089	104	2.2	103	92	2	367	17	18	31	31	1.95
17324009--17324158	70	2.1	71	92	1	248	23	16	30	30	1.96
17324119--17324170	26	2.0	26	92	0	86	15	21	34	28	1.94
17327573--17327642	33	2.1	33	82	15	83	40	0	5	54	1.24
17328897--17328996	45	2.2	45	92	3	166	21	21	19	39	1.93
17334291--17334360	33	2.1	33	82	15	83	40	0	5	54	1.24
17335633--17335733	45	2.2	45	87	3	141	21	21	18	37	1.94
17335717--17335751	18	1.9	18	94	0	61	17	28	17	37	1.92
17338864--17338891	13	2.2	13	100	0	56	21	28	7	42	1.79
17342761--17342801	22	1.9	21	85	5	55	21	29	39	9	1.86
17344459--17344596	40	3.5	40	89	3	199	23	23	28	23	1.99
17356154--17356256	24	4.2	24	78	2	89	17	31	20	31	1.96
17356126--17356207	24	3.3	26	70	14	66	18	26	18	36	1.94
17356140--17356241	24	4.2	25	77	6	93	18	29	20	31	1.97
17356113--17356233	49	2.4	50	79	8	131	16	27	20	35	1.94
17356237--17356356	25	4.9	24	69	12	73	21	26	19	32	1.97
17356618--17356663	15	2.9	17	78	12	53	47	0	19	32	1.50
17362309--17362357	23	2.3	22	83	13	59	67	0	0	32	0.91
17362623--17362672	24	2.0	25	84	3	66	46	0	0	54	1.00
17362631--17362686	24	2.2	27	84	9	73	42	0	0	57	0.99
17362642--17362713	38	1.9	37	82	2	90	41	2	0	55	1.14
17367718--17367764	26	1.9	23	87	12	67	68	2	0	29	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17374352--17374394	21	2.0	21	90	0	68	18	18	39	23	1.92
17374842--17374879	16	2.2	18	86	13	62	31	13	0	55	1.38
17374897--17374948	12	4.5	12	77	13	56	7	13	1	76	1.07
17382026--17382055	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
17382080--17382111	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
17383606--17383635	13	2.3	13	100	0	60	30	23	23	23	1.99
17386218--17386348	64	2.0	64	98	0	253	37	7	8	46	1.63
17390403--17390442	21	1.9	21	85	10	55	55	5	15	25	1.60
17390600--17390629	12	2.5	12	94	0	51	10	26	36	26	1.88
17391342--17391591	41	6.1	41	77	2	216	36	16	24	22	1.94
17394434--17394666	34	6.9	34	69	15	162	30	13	13	43	1.82
17394435--17394666	68	3.4	68	85	3	265	30	13	13	43	1.82
17397317--17397448	29	4.6	29	83	2	106	29	29	12	28	1.93
17397315--17397448	57	2.3	58	80	2	137	29	29	14	27	1.95
17398899--17398924	7	3.7	7	100	0	52	42	46	11	0	1.40
17403143--17403296	78	2.0	78	93	0	263	33	25	15	25	1.95
17404510--17404700	42	4.5	42	88	3	267	30	27	15	27	1.96
17409032--17409090	30	2.0	30	86	0	82	35	5	23	35	1.77
17414505--17414737	49	4.9	49	74	11	182	27	19	28	24	1.99
17414554--17414733	98	1.8	97	84	8	249	28	20	27	23	1.99
17415093--17415148	28	2.0	28	96	0	103	50	1	25	23	1.59
17415348--17415408	30	2.0	30	100	0	122	29	21	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17420020--17420204	48	3.9	47	84	2	237	27	21	24	27	1.99
17420008--17420204	96	2.1	95	86	3	270	26	20	23	28	1.99
17421257--17421281	12	2.1	12	100	0	50	32	32	12	24	1.91
17424098--17424150	16	3.4	15	75	15	54	39	3	0	56	1.17
17424097--17424212	31	3.8	29	72	20	96	39	3	3	53	1.35
17429513--17429567	27	2.0	27	100	0	110	43	14	0	41	1.45
17450668--17450834	46	3.6	46	77	7	160	20	17	23	38	1.93
17455287--17455546	46	5.6	45	82	8	269	24	30	19	25	1.98
17455292--17455546	140	1.8	137	82	10	331	24	30	18	25	1.98
17455287--17455549	94	2.8	92	78	11	295	24	30	19	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362