genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.273.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92330362--92330532	47	3.6	47	89	0	261	26	28	11	34	1.90
92341805--92342033	47	4.9	47	80	6	200	22	28	19	29	1.98
92341813--92342024	46	4.6	45	81	7	176	22	28	18	29	1.98
92343319--92343412	40	2.3	40	87	7	120	27	28	13	29	1.94
92350703--92350797	40	2.4	40	84	8	122	26	29	16	27	1.97
92363465--92363651	101	1.9	101	89	2	295	31	24	14	29	1.95
92367356--92367499	42	3.4	42	75	11	132	32	27	15	25	1.95
92370495--92370534	13	3.1	13	88	0	62	15	27	37	20	1.92
92379692--92379718	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
92380522--92380562	18	2.3	18	91	4	66	29	0	19	51	1.47
92380583--92380678	47	2.0	47	100	0	192	35	12	18	33	1.89
92387512--92387558	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
92387913--92388301	50	7.7	50	76	7	349	26	16	26	30	1.97
92387908--92388292	101	3.8	101	76	7	300	26	16	26	30	1.97
92387906--92388280	151	2.5	150	92	0	606	26	16	26	30	1.96
92388480--92388511	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
92391019--92391272	55	4.8	53	80	7	259	36	17	25	20	1.94
92391337--92391381	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
92394786--92394956	93	1.8	93	87	0	252	29	28	19	22	1.98
92394778--92394953	46	3.8	44	78	10	156	30	27	19	22	1.98
92401521--92401774	55	4.8	53	80	7	250	37	16	24	21	1.93
92401528--92401728	108	1.8	110	89	2	316	35	16	24	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92401839--92401883	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
92405842--92405970	29	4.5	29	75	6	104	26	13	27	32	1.93
92405899--92406226	174	1.9	174	94	0	584	30	14	23	31	1.94
92408182--92408309	46	2.7	46	74	2	121	28	20	27	24	1.99
92418990--92419146	47	3.4	47	72	15	153	23	16	28	31	1.96
92418935--92419200	93	2.9	93	88	0	379	21	18	28	31	1.97
92418939--92419207	46	5.8	46	70	11	190	21	18	28	31	1.97
92427097--92427178	43	1.9	43	89	0	128	21	17	30	30	1.96
92439525--92439744	46	4.7	46	76	9	176	33	20	24	21	1.97
92439518--92439788	140	1.9	141	81	3	332	33	20	24	21	1.97
92443253--92443573	46	6.8	48	73	10	227	28	19	29	23	1.98
92443253--92443573	96	3.4	94	76	11	291	28	19	29	23	1.98
92444688--92444728	22	1.9	22	90	5	66	9	43	29	17	1.80
92460118--92460146	14	2.0	15	93	6	51	20	0	20	58	1.39
92461778--92461847	36	1.9	36	97	0	131	34	7	27	31	1.84
92469229--92469453	40	5.7	40	85	5	278	24	21	27	25	1.99
92469236--92469486	119	2.1	119	79	7	260	26	20	27	25	1.99
92472219--92472456	47	5.1	47	91	1	370	27	31	9	31	1.89
92472620--92473044	47	9.0	47	94	1	724	29	28	8	33	1.87
92476429--92476637	40	5.2	40	76	6	149	25	28	22	23	1.99
92476429--92476637	81	2.6	80	80	8	194	25	28	22	23	1.99
92476942--92477022	30	2.7	30	88	1	117	28	33	14	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92477004--92477106	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
92479114--92479351	47	5.1	47	91	1	361	28	31	9	31	1.89
92479615--92479644	14	2.1	14	100	0	60	36	23	0	40	1.55
92479568--92479691	61	2.0	61	93	0	212	33	26	5	34	1.80
92479518--92479956	202	2.2	190	90	6	684	30	28	7	33	1.85
92479467--92479956	47	10.1	47	86	6	638	29	29	8	32	1.87
92499347--92499394	24	2.0	25	87	4	71	52	0	2	45	1.12
92499347--92499395	20	2.5	19	81	15	55	51	0	2	46	1.12
92502906--92502977	31	2.3	31	80	4	83	18	11	48	22	1.79
92508531--92508593	22	2.9	22	85	2	92	12	42	23	20	1.86
92517285--92517377	43	2.2	43	88	1	134	40	9	17	32	1.82
92523127--92523197	18	3.9	18	70	9	63	42	15	9	32	1.80
92523322--92523424	47	2.2	47	92	0	170	41	25	18	14	1.88
92523618--92523665	19	2.5	20	74	16	55	33	8	0	58	1.28
92527497--92527621	42	2.9	42	81	10	121	34	24	14	27	1.94
92527484--92527637	43	3.6	42	80	10	161	32	24	17	25	1.97
92527476--92527633	44	3.7	41	75	13	133	31	25	17	25	1.97
92528475--92528539	32	2.1	32	91	2	105	30	10	1	56	1.42
92528534--92528585	26	2.0	25	82	10	61	42	17	0	40	1.49
92529567--92529698	34	3.9	34	84	2	167	27	24	19	28	1.99
92529567--92529699	68	2.0	68	87	3	196	27	24	19	28	1.98
92529697--92529746	18	2.8	18	78	0	64	40	16	16	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92529845--92529910	26	2.5	26	87	2	96	37	27	15	19	1.92
92530056--92530172	27	4.4	25	77	10	99	20	17	19	42	1.89
92530056--92530169	54	2.1	54	80	9	126	20	17	20	42	1.90
92530164--92530345	27	6.8	26	91	2	247	36	16	15	31	1.90
92530164--92530345	81	2.2	81	93	0	301	36	16	15	31	1.90
92538622--92538820	43	4.7	42	73	10	154	26	15	26	31	1.96
92538622--92538820	42	4.7	42	73	7	161	26	15	26	31	1.96
92543132--92543223	42	2.2	43	84	2	114	30	26	13	30	1.93
92550630--92550657	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
92551317--92551494	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
92551318--92551473	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
92551314--92551494	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
92566711--92566917	47	4.3	47	81	5	191	30	28	15	25	1.96
92569225--92569283	31	1.9	31	86	13	86	50	8	5	35	1.55
92570891--92570942	23	2.2	24	75	24	58	65	3	1	28	1.21
92576818--92576865	25	1.9	25	91	0	78	60	4	4	31	1.35
92580910--92580943	17	2.0	17	100	0	68	17	17	17	47	1.84
92581427--92581461	16	2.1	17	94	5	63	74	0	0	25	0.82
92582034--92582083	23	2.2	24	78	10	59	40	0	8	52	1.31
92582041--92582084	23	1.9	23	90	0	70	40	0	9	50	1.34
92582084--92582123	19	2.3	16	87	12	53	57	0	7	35	1.27
92582131--92582180	7	7.0	7	97	2	91	72	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92582268--92582320	19	2.8	19	81	16	65	16	7	0	75	1.02
92582276--92582338	18	3.4	18	77	12	56	17	6	1	74	1.10
92582268--92582321	20	2.8	21	75	16	62	18	7	0	74	1.05
92582363--92582411	23	2.2	22	81	3	53	40	2	6	51	1.38
92582421--92582660	36	7.0	35	70	18	141	44	2	1	52	1.23
92582525--92582550	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
92582561--92582598	19	2.0	20	94	5	69	47	2	0	50	1.15
92582650--92582679	13	2.3	13	100	0	60	46	0	0	53	1.00
92582639--92582702	20	3.1	21	75	18	64	45	0	0	54	0.99
92583086--92583157	28	2.6	28	82	12	87	52	2	0	44	1.15
92583122--92583176	21	2.6	22	85	5	69	54	3	1	40	1.28
92583133--92583200	34	2.0	34	91	5	111	57	2	1	38	1.23
92583172--92583240	23	2.9	23	82	14	86	53	1	0	44	1.09
92583161--92583237	23	3.2	22	75	21	75	55	2	0	41	1.13
92583161--92583259	48	2.1	49	84	7	132	55	2	1	41	1.18
92583254--92583292	4	9.5	4	88	5	60	74	0	2	23	0.94
92589322--92589361	16	2.4	17	91	4	64	82	0	0	17	0.67
92593777--92593818	17	2.4	17	88	11	59	80	2	2	14	0.90
92596605--92596667	25	2.4	26	80	17	76	60	1	4	33	1.27
92598919--92598960	21	2.0	20	90	4	66	30	28	19	21	1.97
92604843--92605021	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
92607152--92607608	47	9.6	47	91	2	700	33	8	28	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92609049--92609161	23	5.4	23	59	23	61	24	23	27	24	2.00
92609041--92609352	40	7.8	40	93	0	498	24	21	28	25	1.99
92609564--92609672	57	1.9	57	88	1	164	23	19	28	28	1.98
92612001--92612234	28	8.6	27	92	3	362	31	28	13	26	1.94
92612001--92612234	109	2.1	110	92	2	391	31	28	13	26	1.94
92612001--92612234	55	4.3	55	95	2	391	31	28	13	26	1.94
92620112--92620373	27	9.6	27	93	3	425	30	28	14	26	1.95
92620112--92620373	55	4.8	55	97	0	470	30	28	14	26	1.95
92622588--92622766	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
92624907--92625409	47	10.6	47	93	2	835	33	8	29	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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