genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25172352--25172493	46	3.1	45	71	24	111	28	28	20	22	1.98
25175363--25175460	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
25179012--25179182	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
25179004--25179179	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
25182915--25183084	92	1.8	93	93	1	297	27	30	21	21	1.98
25182907--25183081	46	3.8	46	79	11	205	28	29	20	21	1.98
25182912--25183100	46	4.1	46	71	20	135	28	29	20	21	1.98
25183329--25183357	13	2.2	13	100	0	58	31	13	6	48	1.69
25185557--25185665	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
25185812--25186398	48	12.1	48	88	5	835	32	25	6	36	1.81
25185815--25186391	98	5.9	98	86	6	843	31	25	6	36	1.81
25185812--25186398	148	4.0	146	87	6	877	32	25	6	36	1.81
25201628--25201768	40	3.5	40	85	4	160	25	14	26	33	1.94
25201696--25201820	41	3.0	41	81	6	130	32	16	22	29	1.95
25203957--25204158	44	4.7	43	78	7	196	26	16	24	32	1.96
25210523--25210573	25	2.0	25	92	0	84	31	23	17	27	1.97
25210614--25210653	10	3.9	10	93	6	71	32	17	20	30	1.95
25210613--25210653	21	2.0	21	100	0	82	34	17	19	29	1.94
25216562--25216612	25	2.0	25	84	0	66	29	21	19	29	1.98
25216653--25216691	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
25216652--25216691	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
25225619--25225862	56	4.4	55	85	3	292	34	20	13	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25225819--25225903	41	2.1	41	95	0	152	30	22	15	31	1.95
25227043--25227067	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
25237301--25237523	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	24	2.00
25237299--25237523	40	5.7	40	84	6	278	25	27	22	24	2.00
25245182--25245404	40	5.7	40	80	7	233	26	26	21	25	1.99
25248023--25248096	30	2.5	30	78	10	80	31	33	12	22	1.91
25248161--25248232	36	2.0	37	89	8	112	23	29	25	22	1.99
25248179--25248523	119	2.9	117	80	12	348	28	30	22	19	1.98
25248160--25248523	39	9.2	40	81	12	382	28	29	21	20	1.98
25248160--25248521	81	4.6	78	80	13	361	28	30	21	20	1.98
25250098--25250314	46	4.5	49	76	16	197	32	25	6	35	1.83
25250254--25250379	61	2.0	65	83	16	167	31	23	6	38	1.80
25259485--25259614	40	3.3	39	82	12	151	24	21	28	25	1.99
25261208--25261415	44	4.9	42	77	8	161	33	24	15	25	1.95
25261265--25261413	44	3.5	44	82	4	162	32	26	16	25	1.96
25261208--25261413	84	2.4	84	80	8	220	33	24	16	26	1.96
25263552--25263672	41	2.9	42	81	6	129	28	23	16	31	1.96
25263600--25263746	40	3.6	41	84	2	172	33	27	14	25	1.94
25278353--25278443	27	3.4	27	77	6	96	26	20	10	41	1.86
25278395--25278455	26	2.4	26	91	2	97	29	16	13	40	1.86
25278472--25278588	27	4.3	27	79	6	121	43	19	5	30	1.75
25278447--25278573	54	2.3	53	78	7	123	43	20	7	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25278715--25278806	27	3.4	26	79	5	103	36	20	22	19	1.95
25278678--25278807	54	2.4	53	79	11	122	36	20	20	21	1.95
25279608--25279756	26	5.8	26	90	0	203	26	21	21	30	1.98
25279907--25279989	42	2.0	42	87	0	121	30	15	16	37	1.90
25280016--25280125	31	3.5	31	93	0	193	29	16	26	28	1.97
25282366--25282439	27	2.7	27	80	0	67	31	22	10	35	1.89
25282391--25282481	27	3.4	27	87	4	123	24	20	10	43	1.84
25282407--25282493	26	3.3	25	82	7	102	25	18	12	43	1.85
25282511--25282718	27	7.6	27	74	8	143	41	20	8	30	1.81
25282480--25282608	54	2.4	54	81	10	140	41	19	10	29	1.84
25282532--25282722	54	3.5	53	78	6	184	40	18	8	32	1.81
25282536--25282693	56	2.9	55	82	1	183	43	18	6	31	1.77
25282739--25282816	27	2.9	27	79	11	79	34	20	20	24	1.96
25283545--25283575	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
25283609--25283783	26	6.8	26	88	0	255	27	23	22	26	1.99
25283609--25283783	78	2.3	77	92	2	289	27	23	22	26	1.99
25283928--25284015	42	2.1	42	89	0	131	34	13	15	36	1.87
25284043--25284121	31	2.5	31	93	0	131	30	17	25	26	1.97
25286149--25286218	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
25286149--25286246	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
25294296--25294365	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
25294296--25294393	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25297921--25298215	38	7.8	38	91	0	428	17	21	25	36	1.94
25300006--25300063	27	2.1	27	87	0	80	39	18	12	29	1.87
25300835--25300875	20	2.0	20	95	0	73	29	24	12	34	1.91
25304891--25305035	37	3.9	37	92	0	236	24	31	20	23	1.98
25305197--25305612	93	4.3	93	83	8	414	26	29	12	31	1.92
25305246--25305634	47	8.1	47	86	7	494	26	29	12	30	1.93
25305246--25305634	140	2.7	142	86	5	505	26	29	12	30	1.93
25305422--25305612	101	1.8	103	88	5	296	28	28	12	30	1.93
25305520--25305634	51	2.4	47	88	5	158	26	30	12	30	1.92
25305374--25305655	152	1.9	146	83	7	347	30	28	11	29	1.92
25309396--25309469	29	2.5	30	78	6	80	29	28	17	24	1.97
25309681--25309911	40	5.8	40	91	1	365	24	29	22	23	1.99
25309681--25309911	79	2.9	79	92	1	372	24	29	22	23	1.99
25309681--25309911	119	1.9	120	91	0	383	24	29	22	23	1.99
25311180--25311323	37	3.9	37	92	1	236	26	31	18	23	1.98
25311180--25311323	73	2.0	74	91	1	236	26	31	18	23	1.98
25311532--25312017	47	10.1	47	85	5	639	26	30	12	30	1.93
25311532--25312017	94	5.0	97	90	4	743	26	30	12	30	1.93
25311563--25312019	244	1.9	237	86	5	594	26	29	12	30	1.93
25319095--25319197	28	3.7	28	81	0	107	28	30	15	26	1.96
25319078--25319197	56	2.1	57	82	1	143	25	30	15	29	1.95
25324816--25325037	46	4.8	44	76	8	176	24	20	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25331600--25331638	15	2.6	15	95	0	69	15	38	12	33	1.85
25333009--25333060	27	1.9	27	84	0	68	44	17	11	26	1.83
25345940--25345966	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
25353454--25353490	19	1.9	19	94	0	65	27	24	16	32	1.96
25358797--25358926	47	2.8	47	90	0	188	33	30	14	21	1.93
25373554--25373652	42	2.3	43	81	6	112	30	22	17	30	1.96
25383231--25383285	27	2.0	27	82	0	65	40	5	14	40	1.69
25383534--25383778	49	4.9	49	81	4	294	26	17	26	29	1.98
25383536--25383776	101	2.4	98	84	4	304	26	18	25	29	1.98
25383533--25383809	150	1.8	150	86	3	396	27	17	26	28	1.98
25386903--25386951	15	3.3	15	79	0	62	12	12	14	61	1.58
25386895--25386951	30	1.9	30	88	0	87	10	10	17	61	1.56
25387923--25387982	31	1.9	31	89	0	93	35	21	11	31	1.90
25388835--25388888	27	2.0	27	85	0	72	40	5	14	38	1.70
25389138--25389369	49	4.7	49	79	5	207	25	17	27	30	1.97
25391227--25391363	43	3.2	43	78	8	118	26	23	21	29	1.99
25398716--25398802	19	4.5	19	77	8	77	58	3	2	35	1.27
25398747--25398854	29	3.7	28	69	21	71	56	3	1	37	1.28
25399346--25399370	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
25402981--25403157	27	6.6	27	84	2	203	27	15	28	29	1.96
25402981--25403157	54	3.3	55	84	4	225	27	15	28	29	1.96
25402982--25403136	81	1.9	81	88	2	231	27	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25402978--25403157	81	2.2	81	83	2	227	27	15	27	29	1.96
25410992--25411169	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
25410992--25411169	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
25413132--25413179	24	2.0	24	100	0	96	54	0	16	29	1.43
25420975--25421192	40	5.5	40	91	3	325	25	27	22	23	2.00
25424501--25424746	49	4.9	50	77	4	237	26	19	26	28	1.99
25429252--25429365	54	2.1	54	100	0	228	37	7	27	28	1.82
25429588--25429815	101	2.3	98	84	3	287	26	17	27	29	1.97
25429586--25429830	49	4.9	49	79	4	267	26	17	27	28	1.97
25432247--25432446	27	7.5	27	84	1	242	33	18	22	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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