genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85173960--85174015	20	2.8	20	80	0	67	37	17	8	35	1.82
85174177--85174245	22	3.1	22	79	8	68	31	17	26	24	1.97
85175722--85175768	22	2.1	22	100	0	94	34	23	8	34	1.85
85176610--85176666	29	2.0	29	92	0	96	29	28	5	36	1.79
85179759--85179802	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
85180074--85180125	26	2.0	26	100	0	104	26	19	3	50	1.65
85186188--85186243	5	11.0	5	83	7	60	19	3	0	76	0.93
85186188--85186243	25	2.2	25	84	15	71	19	3	0	76	0.93
85186685--85186857	3	57.7	3	72	6	118	28	7	4	59	1.45
85186719--85186754	19	1.9	18	88	5	54	27	5	8	58	1.50
85186996--85187034	15	2.6	14	84	8	51	28	15	0	56	1.40
85193638--85193745	43	2.4	45	80	3	121	29	15	23	31	1.95
85193638--85194074	45	9.8	45	66	11	116	30	17	25	27	1.97
85193814--85193917	44	2.3	45	80	4	122	27	18	25	27	1.98
85193546--85194044	178	2.8	178	84	3	614	30	17	24	27	1.97
85193871--85194178	134	2.3	134	86	1	420	31	17	25	26	1.97
85193947--85194401	223	2.0	223	88	1	671	31	19	23	26	1.98
85194127--85194274	45	3.3	45	64	9	122	28	18	25	27	1.98
85194095--85194291	89	2.2	89	86	8	285	30	17	26	24	1.97
85194196--85194558	134	2.7	134	81	6	373	31	17	23	26	1.97
85193870--85194535	357	1.9	357	84	3	903	31	17	24	26	1.97
85194483--85194781	45	6.7	45	73	5	212	30	16	24	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85194530--85194823	134	2.2	135	86	1	421	30	17	23	28	1.97
85194664--85194833	90	1.9	90	79	7	193	31	17	22	28	1.96
85196737--85196766	5	6.0	5	92	0	51	23	0	0	76	0.78
85197259--85197394	3	46.0	3	77	2	87	29	8	4	58	1.47
85197463--85197513	25	2.0	25	100	0	102	35	11	7	45	1.70
85197566--85197604	15	2.6	14	84	8	51	28	15	0	56	1.40
85219855--85220059	69	3.0	69	78	2	187	37	19	20	22	1.95
85219882--85220320	70	6.3	70	69	8	230	34	18	21	25	1.96
85222515--85222636	47	2.6	47	94	0	208	36	13	23	26	1.93
85222623--85222808	55	3.5	53	82	7	207	35	18	23	22	1.96
85229050--85229183	27	4.9	28	84	5	143	38	18	23	18	1.93
85229027--85229186	54	2.9	55	80	7	184	37	18	23	20	1.94
85229066--85229285	121	1.8	121	80	7	268	40	17	23	18	1.91
85229371--85229437	26	2.5	27	75	4	73	43	19	19	17	1.89
85240171--85240267	27	3.6	27	77	1	95	26	23	14	35	1.93
85258830--85258937	26	4.2	26	90	0	171	32	7	24	36	1.83
85265120--85265171	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
85270658--85270688	16	1.9	16	93	0	53	51	0	9	38	1.35
85271448--85271482	18	1.9	18	88	11	54	28	17	5	48	1.69
85284625--85284696	20	3.6	20	96	0	126	11	33	33	22	1.89
85287875--85288026	42	3.5	42	80	5	151	30	14	26	27	1.95
85287875--85287971	48	2.0	48	95	0	176	30	15	25	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85292267--85292538	47	5.8	46	76	12	211	29	18	29	22	1.97
85292272--85292535	140	1.9	141	83	5	347	29	18	28	23	1.97
85293984--85294111	47	2.7	47	78	4	143	32	18	26	22	1.97
85303859--85303947	44	2.0	44	93	0	151	23	46	7	22	1.78
85306440--85307621	600	2.0	597	96	0	2186	33	16	17	32	1.92
85317053--85317532	47	10.1	49	91	5	772	32	8	29	29	1.88
85317651--85317729	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
85324798--85324922	47	2.7	47	78	16	134	29	18	29	22	1.97
85324797--85324976	94	1.9	93	84	3	236	30	16	28	25	1.96
85324838--85325010	47	3.7	46	72	11	136	29	15	30	24	1.96
85341274--85341388	42	2.7	42	83	0	158	29	12	26	31	1.92
85368597--85368628	16	1.9	17	93	6	57	56	9	15	18	1.66
85370976--85371120	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
85374244--85374284	20	2.0	20	95	0	73	21	9	19	48	1.77
85384710--85384758	19	2.6	18	81	12	53	30	6	4	59	1.41
85385897--85385925	15	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
85387461--85387520	27	2.2	27	78	0	66	26	18	33	21	1.96
85393742--85393782	4	9.8	4	92	7	64	78	0	0	21	0.76
85395760--85395797	20	1.9	20	94	0	67	18	21	23	36	1.95
85397918--85397965	24	2.0	24	95	0	87	50	10	29	10	1.70
85398372--85398445	27	2.7	27	85	0	94	40	16	17	25	1.90
85398439--85398682	27	9.0	27	82	3	237	26	13	20	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85398441--85398684	81	3.0	80	82	1	290	27	13	19	40	1.89
85399006--85399080	18	4.1	18	75	6	80	21	18	13	46	1.83
85401035--85401083	22	2.3	22	92	3	82	57	4	0	38	1.18
85403108--85403135	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
85410825--85410883	30	2.0	30	93	0	100	54	11	3	30	1.53
85413477--85413501	6	4.2	6	100	0	50	16	36	32	16	1.90
85431863--85431977	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
85431888--85431977	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
85432083--85432150	28	2.4	28	95	0	118	32	7	26	33	1.84
85440785--85440815	15	2.1	15	93	0	53	19	3	0	77	0.90
85442021--85442051	16	1.9	16	93	0	53	29	12	12	45	1.80
85453061--85453235	51	3.5	50	83	7	212	28	14	29	28	1.96
85454943--85455034	40	2.3	40	84	3	114	34	27	14	23	1.93
85455440--85455505	29	2.3	29	81	5	71	30	25	1	42	1.64
85458589--85458645	27	2.1	28	83	3	71	28	19	26	26	1.99
85468181--85468252	29	2.5	29	86	4	92	30	30	12	26	1.93
85468480--85468522	16	2.7	16	92	0	77	13	20	18	46	1.83
85469691--85469726	16	2.2	17	90	5	56	13	2	27	55	1.52
85472535--85472568	16	2.1	16	100	0	68	26	0	23	50	1.50
85472643--85472686	18	2.3	19	84	11	63	25	34	13	27	1.93
85472654--85472688	18	1.9	18	100	0	70	22	34	11	31	1.90
85472615--85472713	47	2.1	47	98	0	189	24	33	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85472672--85472759	29	3.0	29	84	0	104	28	29	13	28	1.94
85476458--85476540	21	3.8	21	68	14	69	22	14	22	39	1.91
85476463--85476554	45	2.0	45	85	0	121	25	15	23	35	1.94
85482471--85482526	28	2.0	28	100	0	112	28	17	21	32	1.96
85486000--85486128	46	2.8	45	84	10	172	26	23	28	21	1.99
85490245--85490282	17	2.1	19	85	9	53	0	26	0	73	0.83
85490253--85490296	20	2.2	20	84	8	54	0	29	2	68	1.02
85503530--85503568	18	2.2	18	90	0	60	7	10	0	82	0.86
85503530--85503582	6	8.8	6	85	0	52	9	11	0	79	0.94
85515156--85515184	15	2.0	15	93	6	51	55	20	13	10	1.68
85515863--85515906	15	2.9	15	79	0	52	56	18	11	13	1.66
85519736--85519803	35	1.9	35	82	5	84	32	22	17	27	1.96
85528151--85528194	20	2.2	20	95	0	79	40	0	11	47	1.39
85528397--85528433	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
85531551--85531584	3	11.0	3	87	6	50	61	0	2	35	1.11
85531593--85531634	20	2.2	19	86	4	57	59	2	7	30	1.37
85533255--85533814	210	2.7	209	84	4	668	29	22	17	30	1.97
85541934--85541963	14	2.1	14	93	0	51	46	3	6	43	1.46
85545651--85545701	24	2.1	24	82	7	59	58	3	3	33	1.35
85545873--85545962	7	13.1	7	72	23	59	65	2	4	27	1.23
85545926--85545977	23	2.3	23	83	12	63	67	1	7	23	1.27
85546059--85546125	12	4.9	14	77	15	61	64	0	1	34	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85546055--85546121	16	3.9	16	83	16	73	64	0	1	34	1.03
85546063--85546125	6	10.3	6	73	20	51	65	0	1	33	1.03
85546063--85546125	9	6.9	9	75	17	51	65	0	1	33	1.03
85546134--85546175	20	2.2	19	86	4	57	59	2	7	30	1.37
85546204--85546228	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
85549614--85549676	29	2.2	29	97	0	117	38	20	9	31	1.85
85550769--85550816	21	2.3	21	92	0	78	22	4	14	58	1.54
85554167--85554206	21	1.9	21	85	10	55	52	0	2	45	1.14
85562134--85562183	22	2.3	22	89	0	73	60	6	2	32	1.32
85562484--85562633	53	2.7	55	83	10	207	46	14	7	32	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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