genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  292  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98066017--98066194	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
98066018--98066173	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
98066014--98066194	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
98069479--98069556	15	5.6	13	72	21	54	29	3	1	65	1.18
98069899--98069939	21	1.9	21	85	5	55	34	2	0	63	1.08
98071774--98071990	40	5.5	40	87	7	277	25	26	23	24	2.00
98078546--98078627	29	2.8	29	90	0	128	39	13	21	25	1.90
98085627--98085652	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
98086219--98086300	29	2.8	29	92	0	137	39	14	21	24	1.91
98088372--98088504	55	2.4	53	79	6	140	27	28	21	21	1.99
98096306--98096582	50	5.5	50	92	0	455	26	22	15	35	1.94
98099270--98099343	37	2.0	37	100	0	148	40	24	16	18	1.90
98101433--98101502	31	2.3	31	79	0	77	30	25	18	25	1.98
98101503--98101561	31	1.9	31	100	0	118	25	25	20	28	1.99
98101541--98101867	50	6.5	50	92	0	528	26	22	15	35	1.94
98117082--98117106	13	1.9	13	100	0	50	40	0	16	44	1.47
98122950--98123015	27	2.3	27	84	7	87	22	34	27	15	1.94
98127157--98127267	38	2.9	38	86	2	152	13	18	31	36	1.90
98127169--98127262	37	2.5	38	85	3	127	13	20	30	35	1.91
98127518--98127641	62	2.0	62	100	0	248	35	11	12	40	1.80
98132383--98132444	16	3.5	16	75	23	61	11	24	29	35	1.90
98132434--98132486	22	2.4	22	90	0	88	13	18	32	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98132375--98132466	38	2.4	38	85	0	121	13	22	29	34	1.92
98132396--98132519	60	2.1	60	84	3	160	14	19	31	34	1.92
98132466--98132539	38	1.9	38	91	0	121	16	16	28	39	1.90
98134457--98134498	9	4.7	9	100	0	84	9	9	23	57	1.60
98134608--98134632	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
98144337--98144371	3	11.7	3	87	0	52	71	0	28	0	0.86
98144337--98144371	12	2.9	12	95	0	61	71	0	28	0	0.86
98158692--98158824	46	2.9	46	87	0	176	28	25	19	26	1.99
98172473--98172506	17	2.0	17	100	0	68	41	11	23	23	1.87
98173752--98173801	17	2.8	17	80	20	57	36	14	2	48	1.55
98183537--98183579	18	2.3	18	84	11	52	34	4	2	58	1.32
98206771--98206799	13	2.2	13	100	0	58	13	27	37	20	1.91
98220119--98220214	43	2.3	42	83	5	122	29	22	15	32	1.95
98225670--98225745	36	2.1	36	95	0	134	21	18	18	42	1.90
98232616--98232658	20	2.2	20	82	0	50	46	6	23	23	1.76
98237893--98238050	30	5.3	30	82	0	163	20	33	30	15	1.94
98239033--98239167	3	45.0	3	71	19	79	27	3	5	62	1.35
98239030--98239169	57	2.4	57	92	4	228	26	4	6	62	1.38
98239079--98239166	38	2.4	37	83	14	101	27	4	5	62	1.37
98240789--98240815	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
98245200--98245241	17	2.5	17	84	3	59	14	2	4	78	1.01
98245186--98245239	21	2.6	21	80	14	58	16	3	7	72	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98254357--98254381	10	2.5	10	100	0	50	40	0	0	60	0.97
98269636--98269665	15	2.0	15	100	0	60	53	6	6	33	1.53
98272333--98272388	21	2.7	20	81	8	67	30	30	25	14	1.95
98275936--98275969	13	2.6	13	100	0	68	44	0	5	50	1.26
98276234--98276267	13	2.6	13	95	0	59	41	0	8	50	1.34
98275696--98276297	298	2.0	301	92	2	994	43	4	15	36	1.67
98278347--98278398	24	2.2	24	89	0	77	51	9	5	32	1.58
98282586--98282663	40	2.0	40	84	0	102	21	15	30	32	1.94
98289694--98289787	40	2.4	38	76	8	100	20	15	29	34	1.94
98295000--98295027	14	2.0	14	100	0	56	21	7	7	64	1.43
98295728--98295888	80	2.0	80	98	0	313	26	9	4	59	1.49
98295970--98296027	30	1.9	30	100	0	116	55	18	20	5	1.62
98300761--98301496	47	15.6	47	93	1	1240	29	29	7	33	1.86
98300811--98300889	25	3.3	25	69	16	85	32	29	3	34	1.75
98300761--98301496	190	3.9	188	96	1	1312	29	29	7	33	1.86
98316350--98316496	30	5.0	30	73	13	126	24	23	12	39	1.90
98330330--98330362	17	1.9	17	88	11	50	30	0	0	69	0.88
98330648--98330704	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
98330648--98330726	36	2.1	38	90	9	126	37	10	16	35	1.82
98330648--98330726	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
98338191--98338305	38	2.8	43	71	12	132	33	19	20	26	1.97
98338390--98339244	175	4.9	174	86	4	1001	33	20	20	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98338995--98339314	87	3.7	87	83	5	439	31	18	22	27	1.97
98338964--98339360	174	2.3	174	90	1	582	32	18	21	27	1.97
98338995--98339360	87	4.2	87	82	5	436	32	18	22	27	1.97
98339910--98339966	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
98339910--98339988	36	2.1	38	90	9	126	37	10	16	35	1.82
98339910--98339988	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
98343730--98343879	79	1.9	79	98	0	291	22	14	22	41	1.89
98343741--98343915	79	2.2	79	84	4	201	25	13	21	40	1.90
98346704--98348448	872	2.0	872	100	0	3490	35	13	19	32	1.90
98349202--98349276	20	4.1	19	75	14	68	46	0	2	50	1.15
98349203--98349307	11	9.8	11	69	19	55	44	0	1	52	1.18
98349254--98349305	24	2.2	24	82	6	61	42	1	0	55	1.10
98350194--98350254	33	1.9	31	83	12	79	36	8	11	44	1.71
98353865--98353944	38	2.2	36	85	12	103	33	0	23	42	1.55
98353886--98353958	20	3.8	20	71	18	73	31	0	24	43	1.54
98354515--98354883	126	2.9	126	90	0	549	36	19	17	26	1.94
98358082--98358121	21	1.9	21	89	0	62	7	12	42	37	1.71
98359988--98360115	48	2.7	46	84	9	168	53	6	9	30	1.57
98360256--98360287	11	2.9	11	95	0	55	40	0	18	40	1.51
98375191--98375498	46	6.6	44	72	12	165	25	29	18	26	1.98
98375285--98375498	94	2.3	92	81	5	243	25	29	18	27	1.98
98377319--98377362	23	2.0	22	86	4	61	54	20	0	25	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98377947--98378053	43	2.5	43	79	10	130	30	24	19	25	1.98
98381815--98382034	47	4.7	47	79	8	225	22	31	19	26	1.97
98381823--98382037	94	2.3	93	86	3	288	23	31	18	26	1.97
98393876--98393924	20	2.5	19	87	9	64	14	6	2	77	1.05
98393906--98393966	17	3.6	17	75	14	54	21	4	0	73	1.01
98393876--98393965	6	15.0	6	70	17	53	18	5	1	74	1.07
98396844--98396886	17	2.6	16	82	10	50	51	4	2	41	1.35
98399256--98399369	47	2.4	48	82	5	126	25	29	19	25	1.98
98400658--98400720	26	2.3	27	89	5	92	30	28	9	31	1.89
98420233--98420262	16	1.9	15	93	6	51	66	3	10	20	1.35
98421844--98421882	21	1.9	21	94	5	71	20	30	38	10	1.86
98423018--98423239	46	4.7	46	80	8	227	22	29	19	28	1.98
98423018--98423239	94	2.4	92	82	8	245	22	29	19	28	1.98
98428967--98429008	19	2.2	19	91	0	66	40	4	14	40	1.67
98432407--98432497	35	2.6	35	85	1	121	23	14	30	31	1.94
98432551--98432813	68	3.9	68	85	2	341	38	15	20	25	1.92
98438505--98438561	30	1.9	30	92	0	96	33	15	19	31	1.93
98441227--98441252	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78
98453261--98453290	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
98453394--98453474	39	2.1	39	100	0	162	34	24	14	25	1.94
98453979--98454059	42	1.9	42	87	0	117	20	19	35	23	1.96
98459092--98459171	27	3.0	28	72	7	76	57	3	3	35	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98459219--98459264	21	2.2	21	85	14	60	58	4	6	30	1.43
98459227--98459276	21	2.5	18	79	20	55	62	2	4	32	1.25
98459260--98459321	16	3.9	16	76	2	54	58	1	3	37	1.24
98461012--98461043	16	2.0	16	100	0	64	25	6	25	43	1.77
98469539--98469695	85	1.9	84	85	6	219	40	14	8	35	1.78
98469894--98470015	9	12.9	9	72	14	50	60	3	2	33	1.26
98469876--98469923	19	2.5	20	86	6	71	60	2	0	37	1.09
98469876--98469931	19	2.8	20	77	20	64	62	1	0	35	1.06
98469918--98469959	20	2.1	20	86	0	57	71	4	4	19	1.22
98469988--98470116	21	6.4	20	65	19	63	60	1	6	31	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362