genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92624907--92625409	96	5.3	96	95	0	861	33	8	29	29	1.86
92627707--92627908	107	1.9	107	94	0	359	30	19	10	39	1.86
92629985--92630045	26	2.3	27	83	10	74	57	1	4	36	1.30
92630581--92630614	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
92633277--92633321	22	2.0	22	91	0	72	53	6	17	22	1.67
92635616--92635747	29	4.6	29	93	1	203	25	32	16	25	1.96
92643589--92643691	29	3.6	29	93	2	154	25	33	16	25	1.96
92649434--92649559	36	3.5	36	76	14	109	17	11	28	42	1.83
92652746--92652794	16	3.0	16	87	3	62	57	14	14	14	1.66
92652753--92652802	17	3.0	17	91	2	75	56	16	12	16	1.68
92653731--92653927	29	6.8	29	82	6	193	27	12	22	37	1.91
92653727--92653925	87	2.3	87	81	5	231	27	12	22	37	1.90
92656089--92656302	46	4.5	47	79	12	217	28	15	31	23	1.95
92656131--92656403	96	2.9	98	79	9	289	28	18	30	23	1.97
92664934--92665338	47	8.6	47	92	1	632	32	7	29	29	1.86
92666750--92667101	40	8.8	40	89	0	506	23	21	28	26	1.99
92671906--92672077	39	4.4	39	86	4	197	25	19	27	26	1.99
92680039--92680114	38	2.0	38	97	0	143	32	10	5	51	1.59
92684821--92684852	14	2.1	16	88	11	50	46	0	15	37	1.46
92687421--92688106	343	2.0	343	93	0	1176	30	11	22	36	1.90
92694306--92694430	47	2.7	46	80	7	137	21	28	21	28	1.99
92696368--92696401	18	1.9	18	88	5	52	32	5	0	61	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92699835--92700059	49	4.7	49	73	10	198	25	19	32	23	1.97
92700028--92700098	34	2.1	34	81	5	81	26	18	29	25	1.98
92699980--92700132	83	1.9	82	81	4	191	30	17	28	23	1.97
92701188--92701283	40	2.4	41	89	1	140	18	21	42	16	1.89
92705742--92705773	16	2.0	16	93	0	55	40	40	6	12	1.68
92706295--92706341	20	2.3	20	83	16	62	34	0	2	63	1.06
92706296--92706341	21	2.3	21	85	14	62	34	0	2	63	1.07
92706380--92706410	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
92706492--92706523	12	2.7	12	95	0	55	37	0	0	62	0.95
92706539--92706658	26	4.7	24	75	14	89	34	1	6	57	1.35
92719065--92719558	73	6.9	70	77	7	438	28	16	22	32	1.96
92719072--92719908	145	5.7	142	74	13	643	27	17	22	33	1.96
92719065--92719557	213	2.3	216	82	6	574	28	16	22	32	1.96
92719549--92719583	14	2.5	14	90	0	52	20	22	2	54	1.58
92719638--92719671	13	2.5	13	90	4	50	23	11	8	55	1.63
92719725--92719908	72	2.5	73	84	0	244	28	16	23	30	1.97
92721883--92721929	20	2.3	20	83	16	62	34	0	2	63	1.06
92721884--92721929	21	2.3	21	85	14	62	34	0	2	63	1.07
92721968--92721998	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
92721985--92722036	24	2.2	24	83	13	63	32	9	3	53	1.51
92722080--92722111	12	2.7	12	95	0	55	37	0	0	62	0.95
92722127--92722246	26	4.7	24	75	14	89	34	1	6	57	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92722258--92722300	21	2.1	20	86	4	59	34	11	4	48	1.60
92723545--92723706	38	4.3	38	90	0	252	22	22	25	29	1.99
92723699--92723823	43	2.9	43	92	0	196	15	25	30	28	1.96
92727891--92728045	42	3.7	42	84	5	168	29	15	25	29	1.96
92728217--92728246	15	1.9	16	93	6	53	33	0	26	40	1.57
92734357--92734400	6	7.2	6	92	2	52	15	25	0	59	1.37
92734358--92734400	12	3.5	12	87	3	59	16	25	0	58	1.38
92734357--92734399	18	2.3	19	88	4	61	16	25	0	58	1.38
92738751--92738852	29	3.5	29	91	2	152	26	33	15	24	1.95
92747967--92748067	29	3.5	29	89	1	141	30	28	13	26	1.94
92755091--92755193	29	3.6	29	90	2	145	24	16	33	25	1.96
92763003--92763134	29	4.6	29	93	1	203	24	16	34	25	1.96
92767342--92767502	29	5.6	29	93	1	243	24	35	16	23	1.95
92769611--92769656	22	2.1	22	87	0	65	39	2	13	45	1.55
92776503--92776596	32	2.9	32	77	1	98	35	22	9	32	1.87
92776589--92776684	29	3.3	29	88	0	129	27	28	9	35	1.88
92776589--92776842	62	4.2	58	79	11	163	27	26	14	31	1.95
92776662--92776839	31	5.7	31	87	0	257	27	26	17	28	1.98
92776633--92776839	62	3.4	62	87	4	260	27	26	16	29	1.97
92783193--92783237	18	2.8	17	77	16	51	40	0	0	60	0.97
92786058--92786092	16	2.1	18	89	10	56	5	11	0	82	0.82
92790259--92790466	86	2.4	86	93	0	353	20	12	19	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92790548--92790654	44	2.4	44	82	3	153	36	13	19	30	1.90
92805529--92805554	12	2.2	12	100	0	52	34	15	23	26	1.94
92806390--92806418	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
92807557--92807665	56	1.9	56	81	7	132	24	14	27	33	1.95
92825632--92825699	21	3.2	21	95	0	118	16	32	22	29	1.95
92826730--92826765	17	2.1	17	94	0	63	61	0	8	30	1.26
92833512--92833543	3	10.3	3	93	6	55	65	0	0	34	0.93
92833617--92833663	21	2.2	22	78	17	55	65	0	8	25	1.20
92835451--92835535	44	2.0	43	83	6	109	23	24	23	28	2.00
92835645--92835843	83	2.3	82	83	10	231	33	19	16	30	1.94
92835719--92836008	141	2.1	138	89	5	442	37	20	15	26	1.92
92835959--92836099	46	2.8	50	87	9	200	41	12	15	30	1.83
92836079--92836258	87	2.1	87	90	2	281	36	17	17	28	1.93
92836177--92836327	73	2.1	74	93	1	259	33	21	15	29	1.95
92837896--92837933	19	2.0	20	89	5	60	0	21	0	78	0.74
92837895--92837946	8	6.5	8	78	8	52	1	15	0	82	0.75
92837909--92837955	12	3.9	12	82	0	58	2	10	2	85	0.78
92838536--92838566	9	3.4	9	95	0	53	0	3	6	90	0.55
92840896--92840932	15	2.3	17	81	9	51	40	18	2	37	1.65
92845148--92845197	3	16.7	3	83	8	66	64	0	2	34	1.05
92846235--92846316	26	3.2	26	92	0	146	32	7	24	35	1.83
92852725--92852796	35	2.1	35	86	0	99	27	2	25	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92852846--92853001	34	4.8	33	76	14	146	37	0	18	43	1.55
92852874--92852923	25	2.0	24	88	3	73	32	2	24	42	1.66
92852849--92853001	66	2.4	66	85	7	206	35	0	18	44	1.55
92852984--92853030	24	2.0	24	82	0	58	29	4	10	55	1.53
92855703--92855736	15	2.4	14	90	5	50	20	0	32	47	1.51
92855716--92855836	7	17.0	7	68	10	57	23	0	33	42	1.54
92856466--92856504	15	2.6	16	80	12	55	74	2	0	23	0.94
92860856--92860987	46	2.9	46	88	2	176	33	4	25	36	1.77
92860856--92860985	23	5.7	23	78	10	131	33	4	25	36	1.77
92862120--92862296	56	3.2	56	64	25	147	50	6	6	36	1.54
92862094--92862323	112	2.1	112	99	0	451	50	5	6	36	1.53
92864493--92864548	24	2.3	25	82	14	64	30	3	8	57	1.47
92864605--92864641	19	1.9	19	94	0	65	32	13	2	51	1.55
92864804--92864849	24	1.9	24	86	0	65	41	8	4	45	1.55
92864975--92865043	36	1.9	36	85	11	97	30	13	0	56	1.37
92865150--92865205	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
92875339--92875855	72	7.0	72	82	7	493	30	15	19	34	1.93
92875344--92876186	149	5.6	146	79	8	834	30	15	19	34	1.93
92875356--92876182	221	3.6	221	82	7	996	31	15	19	33	1.93
92875887--92876182	74	4.0	74	87	1	376	31	17	19	31	1.95
92876107--92876363	93	2.9	89	80	9	281	29	19	18	32	1.96
92878139--92878205	14	5.3	13	70	23	54	35	0	7	56	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92878153--92878205	23	2.2	24	86	3	81	35	0	5	58	1.22
92878502--92878541	9	4.2	9	81	12	53	32	0	5	62	1.17
92878436--92878541	20	5.2	20	67	26	62	33	1	7	56	1.38
92878937--92878992	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
92881872--92881896	12	2.1	12	100	0	50	52	0	16	32	1.44
92882193--92882258	12	5.6	12	72	16	50	56	4	3	36	1.35
92883636--92883763	42	3.1	42	86	2	195	28	22	17	31	1.96
92884409--92884490	42	1.9	43	82	2	103	21	21	18	37	1.94
92894828--92894852	12	2.1	12	100	0	50	52	0	16	32	1.44
92895016--92895057	3	14.0	3	89	0	66	61	0	4	33	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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