genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93917835--93917990	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
93921365--93921399	18	1.9	18	88	0	52	74	5	2	17	1.14
93928193--93928239	18	2.5	18	74	19	51	19	8	0	72	1.10
93929229--93929263	4	8.8	4	100	0	70	51	22	0	25	1.48
93934268--93934394	35	3.6	35	81	0	146	29	11	24	34	1.90
93937968--93938023	28	2.0	28	89	0	85	37	16	5	41	1.71
93941835--93942019	43	4.3	43	78	2	194	30	26	16	25	1.97
93941886--93942008	42	2.9	43	79	3	142	30	26	17	25	1.97
93942546--93942573	11	2.5	11	100	0	56	39	17	7	35	1.78
93945817--93945854	3	12.3	3	88	5	58	0	34	2	63	1.09
93946157--93946213	30	1.9	30	92	0	96	40	24	5	29	1.77
93946394--93946443	18	2.8	17	80	14	55	34	0	2	64	1.05
93947070--93947121	21	2.6	20	82	8	61	48	30	1	19	1.60
93947495--93947662	7	23.7	7	76	4	95	44	31	1	23	1.61
93947494--93947667	14	12.3	14	75	7	118	44	30	1	23	1.61
93947495--93947662	21	7.9	21	75	7	115	44	31	1	23	1.61
93947953--93948061	40	2.8	39	83	5	130	25	21	22	31	1.98
93948111--93948211	39	2.6	39	79	3	114	30	20	18	29	1.97
93948111--93948234	39	3.2	37	78	4	113	28	20	19	32	1.97
93948538--93948572	16	2.2	16	94	0	61	45	2	22	28	1.67
93948554--93948647	44	2.1	44	86	7	127	34	5	24	36	1.78
93951536--93951609	21	3.6	19	77	17	60	1	22	4	71	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93952922--93953031	54	2.0	54	91	0	175	33	17	23	25	1.96
93954127--93954155	15	1.9	15	100	0	58	37	20	0	41	1.53
93959072--93959182	27	4.2	26	85	7	125	36	22	23	18	1.95
93959073--93959179	53	2.0	53	87	3	153	36	21	23	18	1.95
93960779--93960886	26	4.2	26	96	0	198	37	26	6	29	1.82
93970065--93970253	24	8.0	24	89	4	278	29	21	20	29	1.98
93970086--93970252	23	7.1	23	93	2	262	29	20	20	29	1.97
93970086--93970253	47	3.6	47	92	3	275	29	20	20	29	1.97
93970331--93970368	20	1.9	20	88	0	58	36	23	10	28	1.88
93973169--93973225	30	1.9	30	85	0	78	43	8	21	26	1.81
93973644--93973819	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
93973641--93973812	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
93978476--93978595	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
93985008--93985232	40	5.7	40	86	5	278	25	28	22	24	2.00
93985010--93985232	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
93986359--93986478	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
93999234--93999297	31	2.1	31	90	0	101	28	10	15	45	1.80
94003471--94003562	36	2.6	36	78	0	103	40	7	20	31	1.81
94003895--94003985	29	3.1	29	80	3	112	21	23	31	23	1.98
94005646--94005774	63	2.0	63	91	2	206	35	16	13	34	1.87
94006903--94006942	16	2.5	16	91	0	71	30	30	5	35	1.79
94007373--94007405	16	2.1	16	100	0	66	24	18	12	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94014232--94014309	21	3.9	20	77	15	74	65	0	5	29	1.14
94015863--94016444	45	12.9	45	64	14	200	27	27	13	30	1.95
94015863--94016445	90	6.5	90	89	0	889	27	27	14	30	1.95
94024415--94024453	18	2.1	18	90	9	60	7	41	0	51	1.31
94028299--94028353	24	2.3	24	84	6	67	52	1	1	43	1.22
94028473--94028545	20	3.7	20	76	10	78	65	0	5	28	1.14
94028466--94028527	27	2.3	27	83	8	83	67	0	4	27	1.10
94032765--94032799	15	2.3	15	100	0	70	42	5	17	34	1.73
94036050--94036094	16	2.7	17	83	13	58	20	8	0	71	1.12
94050470--94050508	18	2.2	18	85	0	51	15	38	0	46	1.46
94061679--94061708	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
94066953--94067016	31	2.1	31	100	0	128	18	21	20	39	1.93
94073033--94073084	23	2.3	23	87	9	72	21	9	3	65	1.38
94080692--94080733	19	2.2	20	82	4	50	76	0	4	19	0.96
94080721--94080777	26	2.2	26	83	0	78	56	8	5	29	1.52
94090778--94090812	17	2.1	17	88	0	52	60	5	5	28	1.43
94095113--94095199	42	2.1	42	93	0	147	25	20	21	32	1.98
94098066--94098109	22	2.0	22	100	0	88	50	9	18	22	1.75
94103582--94103636	27	2.0	27	96	0	101	50	7	20	21	1.71
94110591--94110698	26	4.2	26	92	2	173	33	7	23	36	1.83
94116792--94116899	26	4.2	26	84	0	144	31	7	24	37	1.83
94124185--94124210	11	2.4	11	100	0	52	19	42	0	38	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94124846--94124935	45	2.0	45	95	0	162	26	10	12	51	1.71
94128701--94128804	52	2.0	52	86	0	145	29	25	9	35	1.88
94134440--94134559	41	2.8	42	78	8	127	30	25	19	25	1.98
94134440--94134572	45	3.0	44	77	9	130	31	24	18	24	1.98
94136117--94136248	47	2.8	47	86	2	176	25	15	28	31	1.95
94136118--94136299	47	3.9	46	82	3	168	22	14	30	32	1.94
94138381--94138409	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
94143091--94143157	28	2.4	28	89	0	98	31	25	8	34	1.87
94143262--94143351	28	3.2	28	88	4	128	22	22	23	32	1.98
94143262--94143376	56	2.1	55	80	9	126	20	22	21	34	1.97
94143805--94143845	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
94149791--94149924	72	1.9	71	84	7	182	22	16	29	31	1.96
94163095--94163193	40	2.5	40	86	5	128	21	18	40	20	1.92
94164272--94164304	13	2.6	13	90	4	50	60	9	6	24	1.49
94165283--94165369	27	3.3	27	79	4	97	22	25	13	37	1.91
94168703--94168787	23	3.7	23	76	9	84	42	40	1	16	1.56
94170227--94170269	13	3.2	13	81	15	52	32	6	0	60	1.23
94176460--94176574	24	4.4	27	82	15	152	33	14	24	26	1.94
94176460--94176574	52	2.2	52	95	0	203	33	14	24	26	1.94
94176599--94176848	51	4.9	51	92	1	378	32	12	24	30	1.93
94178493--94178620	28	4.6	28	75	6	100	17	27	17	36	1.93
94197280--94197356	35	2.2	35	78	0	82	20	25	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94207411--94207587	40	4.4	40	91	2	277	22	23	28	25	1.99
94209169--94209275	55	1.9	55	100	0	214	32	16	20	29	1.95
94210421--94210454	18	1.9	17	88	5	50	67	0	2	29	1.05
94222320--94222345	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
94224764--94225042	54	5.1	54	74	5	193	34	19	8	37	1.83
94224871--94225222	27	13.0	27	74	5	169	36	19	9	33	1.85
94224857--94224990	55	2.4	55	80	3	153	38	20	8	32	1.84
94224776--94225070	27	10.9	27	80	4	173	32	20	9	38	1.84
94224830--94225080	137	1.8	135	81	3	306	33	19	8	37	1.83
94225090--94225240	81	1.9	80	80	12	175	39	23	8	28	1.84
94225090--94225242	27	5.7	27	75	9	125	38	23	9	28	1.85
94226120--94226217	26	3.8	26	93	1	153	27	22	23	26	1.99
94226363--94226454	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
94226478--94226556	31	2.5	31	89	0	122	31	17	24	26	1.97
94231295--94231388	27	3.5	27	78	5	91	22	25	14	37	1.93
94236157--94236187	13	2.3	14	94	5	55	67	6	3	22	1.28
94240053--94240095	21	2.0	21	100	0	86	46	9	9	34	1.68
94240361--94240387	12	2.2	12	100	0	54	29	14	0	55	1.40
94248901--94248930	6	4.8	6	95	4	51	46	0	16	36	1.47
94249263--94249295	10	3.3	10	91	0	57	36	42	3	18	1.66
94258003--94258108	54	2.0	54	88	0	158	33	17	14	34	1.90
94261437--94261505	34	2.0	34	100	0	138	37	11	23	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94273345--94273401	20	2.8	21	67	2	53	43	3	8	43	1.52
94275442--94275466	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
94277905--94277951	21	2.1	22	84	7	60	25	31	31	10	1.90
94283809--94283848	20	2.0	20	100	0	80	40	15	15	30	1.87
94286735--94286849	56	2.1	56	93	0	194	40	14	17	27	1.89
94288199--94288541	122	2.8	121	91	1	544	36	16	7	39	1.77
94290976--94291000	13	1.9	13	100	0	50	28	24	24	24	2.00
94291920--94291987	24	2.8	24	97	0	127	32	13	25	29	1.93
94291918--94292045	24	5.5	22	80	9	80	33	17	21	28	1.95
94291991--94292053	23	2.7	23	76	7	74	33	20	19	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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