genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81150769--81150802	3	11.3	3	100	0	68	0	0	32	67	0.91
81154043--81154095	28	2.0	27	85	7	72	26	3	3	66	1.26
81154064--81154115	18	2.7	19	74	17	54	30	5	3	59	1.39
81156433--81156464	15	2.1	15	94	0	55	25	15	6	53	1.65
81167318--81167356	16	2.3	17	91	8	62	35	23	17	23	1.95
81172436--81172480	19	2.4	19	96	3	83	22	17	22	37	1.94
81214983--81215056	36	2.1	36	97	0	139	35	17	5	41	1.72
81222010--81222133	27	4.6	27	87	0	167	39	20	9	30	1.84
81222010--81222206	54	3.6	54	74	4	191	39	21	9	29	1.85
81222117--81222191	27	2.8	27	85	4	98	40	24	9	26	1.85
81222156--81222576	54	7.6	54	81	5	428	29	22	8	40	1.82
81222145--81222485	81	4.1	81	79	8	234	31	22	7	39	1.81
81222183--81222350	27	6.2	27	91	0	255	27	23	8	39	1.83
81222315--81222394	38	2.1	39	88	2	117	25	22	6	46	1.75
81222352--81222576	27	8.3	27	86	0	270	30	20	7	41	1.80
81222183--81222520	173	2.0	173	91	2	554	28	22	7	40	1.81
81222206--81222496	146	2.0	146	90	0	456	28	22	6	41	1.79
81223081--81223155	6	12.3	6	75	13	73	18	16	14	50	1.78
81225023--81225081	27	2.2	27	87	0	82	35	16	18	28	1.93
81225076--81225227	27	5.7	26	84	4	153	41	21	7	30	1.80
81225057--81225171	54	2.1	54	82	3	133	40	20	10	27	1.85
81225222--81225424	27	7.5	27	84	2	264	28	23	7	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81225195--81225642	54	8.1	54	82	5	421	30	21	7	40	1.80
81225195--81225642	81	5.4	80	78	8	439	30	21	7	40	1.80
81225351--81225489	65	2.1	65	86	0	188	24	23	7	44	1.79
81225418--81225642	27	8.3	27	87	2	245	30	20	6	43	1.77
81225298--81225642	119	3.0	119	79	6	336	28	21	6	42	1.79
81225381--81225455	38	2.0	39	89	5	118	22	22	8	46	1.78
81225273--81225569	146	2.0	146	89	1	452	28	22	6	42	1.79
81225878--81225929	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
81225859--81226018	73	2.3	67	83	6	194	18	28	21	31	1.97
81226121--81226193	31	2.4	31	90	0	110	19	19	13	47	1.82
81226121--81226214	6	15.3	6	70	16	68	19	18	13	48	1.80
81248462--81248504	20	2.2	20	83	8	52	37	27	0	34	1.57
81249903--81249988	26	3.4	26	74	9	79	36	18	19	25	1.95
81252713--81252746	18	2.0	16	88	11	50	32	2	0	64	1.08
81257055--81257093	21	1.9	20	84	5	51	56	10	0	33	1.33
81263547--81263610	13	4.9	13	79	7	76	28	4	28	39	1.77
81263550--81263610	26	2.3	26	88	0	104	29	3	27	39	1.72
81265444--81265470	13	2.1	13	100	0	54	85	0	14	0	0.61
81266592--81266626	17	2.1	17	88	0	52	37	5	17	40	1.73
81268954--81269069	39	3.0	40	88	2	173	31	5	19	43	1.73
81268954--81269092	39	3.6	39	84	3	163	31	5	20	42	1.75
81273367--81273402	18	2.0	18	100	0	72	50	11	11	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81276562--81276739	40	4.5	40	90	3	245	25	23	26	25	2.00
81284636--81284813	40	4.5	40	90	3	245	25	23	26	24	2.00
81291089--81291168	40	2.0	40	97	0	151	38	22	23	15	1.92
81291477--81291532	20	2.7	19	75	22	51	23	7	1	67	1.24
81302101--81302247	73	2.0	73	90	0	231	34	23	16	25	1.95
81305444--81305601	79	2.0	79	94	0	280	32	19	15	32	1.94
81308233--81308280	25	1.9	25	95	0	87	33	16	10	39	1.83
81312368--81312425	30	1.9	30	89	0	89	27	3	12	56	1.51
81313172--81313296	50	2.4	51	82	5	153	25	2	12	60	1.44
81313191--81313277	24	3.5	25	70	10	70	26	1	9	63	1.32
81315723--81315940	40	5.5	40	90	2	307	22	21	28	27	1.99
81318530--81318562	16	2.1	16	94	0	57	45	24	3	27	1.68
81321981--81322005	12	2.1	12	100	0	50	16	28	16	40	1.89
81322633--81322660	12	2.3	12	100	0	56	14	7	0	78	0.95
81322945--81322983	16	2.3	16	86	8	51	58	0	0	41	0.98
81334225--81334375	51	3.0	51	86	0	185	39	9	25	26	1.86
81351870--81351968	42	2.3	42	72	5	101	18	28	30	23	1.97
81351882--81351960	42	1.9	40	87	5	113	18	31	26	22	1.97
81351880--81351970	42	2.2	41	80	5	112	16	29	28	25	1.97
81358776--81358802	13	2.1	13	100	0	54	25	7	22	44	1.79
81360661--81360762	22	4.5	23	80	7	111	36	18	22	22	1.95
81365281--81365382	42	2.4	42	81	3	116	19	33	24	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81369084--81369294	40	5.3	40	83	3	257	25	27	22	24	2.00
81380296--81380323	14	2.0	14	100	0	56	28	35	14	21	1.92
81387920--81388186	40	6.7	40	95	0	480	29	20	28	21	1.98
81396737--81397002	40	6.7	40	94	0	471	29	20	28	21	1.98
81396738--81397002	119	2.2	119	95	0	449	29	20	28	21	1.98
81404258--81404302	22	2.0	23	87	8	67	51	2	6	40	1.41
81405308--81405348	19	2.1	20	90	4	66	26	7	12	53	1.64
81411224--81411417	46	4.2	46	70	18	134	29	19	28	22	1.98
81418272--81418389	46	2.6	45	81	10	123	27	18	29	23	1.98
81420631--81420680	24	2.1	24	96	0	91	28	16	26	30	1.96
81423954--81423983	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
81427837--81427899	28	2.2	28	82	0	81	25	22	11	41	1.86
81432653--81432786	52	2.6	51	84	5	162	29	25	17	26	1.98
81438294--81438346	25	2.2	24	82	3	61	18	18	22	39	1.92
81442476--81442530	27	2.0	27	100	0	110	36	18	7	38	1.78
81442581--81442613	17	1.9	17	88	11	50	21	0	0	78	0.75
81442573--81442662	9	9.6	9	72	21	51	24	2	4	68	1.19
81442980--81443035	19	2.9	19	73	26	55	37	3	1	57	1.27
81446221--81446490	40	6.8	40	91	0	400	22	21	27	27	1.99
81454324--81454586	40	6.6	40	94	1	406	23	22	27	26	1.99
81462844--81462873	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
81466713--81466788	28	2.7	28	81	0	98	28	22	11	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81471548--81471664	51	2.3	49	80	12	121	29	24	17	28	1.98
81473827--81474085	39	6.6	40	93	4	379	23	22	27	27	2.00
81484814--81484856	19	2.2	19	83	4	50	32	34	0	32	1.58
81493224--81493486	40	6.6	40	95	1	415	23	22	27	26	2.00
81495326--81495353	6	4.7	6	100	0	56	0	14	0	85	0.59
81496880--81496945	18	3.3	18	68	22	51	33	0	4	62	1.16
81499925--81499950	13	2.0	13	100	0	52	7	15	0	76	0.99
81503819--81503857	11	3.5	11	78	0	51	58	2	12	25	1.47
81507607--81507684	41	1.9	39	89	5	120	24	12	1	61	1.39
81509201--81509273	33	2.2	32	85	2	92	42	20	10	26	1.85
81510671--81510737	5	14.2	5	83	16	90	35	0	0	64	0.94
81510670--81510746	15	5.1	16	85	7	83	33	1	0	64	1.01
81510670--81510746	8	10.3	7	76	23	61	33	1	0	64	1.01
81513543--81513578	3	12.0	3	87	0	54	69	2	0	27	1.02
81514502--81514582	40	2.0	40	100	0	162	22	24	17	35	1.95
81517398--81517468	28	2.6	29	86	6	94	47	8	5	38	1.57
81519057--81519119	32	2.0	32	100	0	126	55	3	6	34	1.41
81521432--81521470	5	8.0	5	83	16	55	58	0	0	41	0.98
81521463--81521501	20	2.0	20	94	0	69	66	2	7	23	1.30
81529024--81529068	8	5.4	8	82	10	54	62	0	0	37	0.96
81529022--81529068	18	2.8	16	81	12	58	61	0	0	38	0.96
81529024--81529067	13	3.4	13	78	12	54	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81540179--81540267	32	2.8	32	87	0	124	30	26	8	33	1.87
81540360--81540444	28	3.0	28	74	17	95	21	28	18	31	1.97
81542908--81543099	91	2.1	91	80	8	214	31	25	14	29	1.94
81544668--81544703	18	2.0	18	94	0	63	55	2	0	41	1.14
81546271--81546335	33	2.0	33	100	0	130	41	15	9	33	1.79
81547078--81547116	18	2.2	18	90	0	60	38	2	0	58	1.12
81548840--81548899	24	2.5	24	86	2	75	45	5	20	30	1.72
81548974--81549016	23	1.9	22	90	4	68	25	32	18	23	1.97
81559012--81559040	14	2.0	15	93	6	51	31	0	6	62	1.22
81562342--81562417	34	2.2	34	79	4	82	39	18	15	26	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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