genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  58  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17459146--17459201	28	2.0	28	82	6	69	25	5	5	64	1.36
17460772--17460822	20	2.5	20	83	3	66	35	5	0	58	1.22
17465141--17465182	11	3.9	11	87	6	59	0	0	11	88	0.53
17468522--17468943	209	2.0	206	84	5	537	25	13	16	44	1.84
17468906--17469033	52	2.5	52	86	6	172	37	10	23	28	1.89
17477793--17477818	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
17484671--17484729	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
17484700--17484749	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
17484715--17484767	26	2.0	26	82	7	63	33	0	1	64	1.05
17485297--17485406	55	2.0	55	96	0	202	21	18	21	38	1.94
17498266--17498320	24	2.2	25	87	6	76	63	1	0	34	1.05
17499067--17499125	30	2.0	30	86	6	84	49	11	6	32	1.66
17501973--17502161	38	4.9	38	86	5	220	30	25	22	21	1.98
17501987--17502161	75	2.3	77	85	6	230	28	25	23	22	1.99
17506435--17506464	14	2.1	14	93	0	51	33	0	46	20	1.51
17514678--17514947	47	5.8	46	73	10	208	28	21	30	20	1.98
17514678--17514936	94	2.8	91	76	11	231	28	21	29	20	1.98
17516384--17516430	24	2.0	24	91	0	76	38	19	21	21	1.94
17526844--17527010	46	3.6	46	78	7	142	24	26	19	29	1.99
17545413--17545491	35	2.2	36	86	6	108	53	30	2	13	1.54
17545736--17545774	20	2.0	20	89	0	60	71	5	7	15	1.26
17560103--17560573	89	5.3	89	81	4	495	30	17	22	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17560010--17560570	134	4.2	134	87	2	589	31	17	22	29	1.96
17560011--17560568	223	2.5	223	87	2	773	31	17	22	29	1.96
17560234--17560630	134	3.0	133	88	2	456	31	18	23	27	1.97
17560734--17560818	42	2.0	42	97	0	161	43	16	24	15	1.86
17563893--17563924	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
17575764--17575889	55	2.3	54	80	4	135	26	26	29	18	1.98
17587378--17587412	18	1.9	18	94	0	61	22	11	11	54	1.68
17591805--17591923	46	2.5	47	80	5	132	26	24	14	35	1.93
17592249--17592309	30	2.0	30	84	6	79	29	24	4	40	1.76
17598258--17598298	22	1.9	21	85	5	55	68	0	19	12	1.21
17605749--17605950	53	3.8	53	80	2	233	37	19	23	19	1.94
17613182--17613387	53	3.8	53	79	2	223	37	17	24	20	1.94
17620988--17621070	40	2.1	40	93	0	139	31	12	25	31	1.92
17623020--17623051	16	2.0	17	88	11	50	50	37	6	6	1.53
17623457--17623514	25	2.4	24	85	8	73	31	5	3	60	1.35
17623503--17623528	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
17626034--17626144	57	2.0	57	83	5	145	26	30	15	27	1.96
17626031--17626142	28	4.0	28	84	2	127	26	30	15	27	1.96
17627607--17627764	68	2.3	70	81	7	180	20	28	16	34	1.94
17630226--17630262	16	2.2	17	95	4	67	13	5	29	51	1.63
17639394--17639497	27	3.9	27	73	5	75	42	20	18	19	1.90
17639824--17639966	54	2.6	54	86	6	202	31	12	15	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17639838--17639966	27	4.8	28	87	1	176	31	11	16	40	1.84
17644513--17644544	16	2.0	16	100	0	64	31	37	12	18	1.88
17649131--17649191	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
17654391--17654423	14	2.4	14	90	10	50	78	3	15	3	0.99
17654488--17654513	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
17656178--17656256	31	2.5	31	93	0	140	29	25	16	29	1.97
17656280--17656371	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
17656519--17656588	25	2.8	25	89	4	97	24	25	27	22	2.00
17657402--17657478	27	2.9	27	77	11	77	22	20	19	37	1.94
17657523--17657667	27	5.3	27	78	12	134	31	7	20	40	1.80
17657516--17657664	56	2.7	54	83	10	171	32	8	18	39	1.82
17657647--17657802	27	5.8	27	82	8	158	39	7	22	30	1.81
17657516--17657936	54	7.8	54	75	6	206	34	9	20	35	1.84
17657618--17657827	81	2.6	81	80	3	226	37	7	22	32	1.82
17657617--17657802	27	6.9	27	83	0	156	38	6	22	32	1.81
17657791--17657950	27	6.0	27	77	5	164	31	10	18	38	1.85
17657798--17657956	80	2.0	82	88	2	241	31	10	19	38	1.86
17660974--17661016	23	1.9	23	81	13	54	20	6	30	41	1.79
17667729--17667756	12	2.3	12	100	0	56	28	46	0	25	1.53
17668587--17668642	28	1.9	29	85	7	78	44	32	3	19	1.68
17681867--17681928	27	2.3	27	78	13	74	62	0	6	30	1.20
17682450--17682489	21	1.9	21	89	0	62	57	0	12	30	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17682497--17682537	21	2.0	21	85	0	55	41	9	12	36	1.76
17683720--17683752	17	1.9	17	100	0	66	30	3	12	54	1.52
17683813--17683858	15	3.1	15	73	17	51	34	0	2	63	1.07
17693022--17693069	24	2.0	24	91	0	78	25	14	6	54	1.63
17697233--17697289	30	1.9	30	88	0	87	14	24	29	31	1.94
17703779--17703999	40	5.6	40	91	2	340	24	22	25	28	1.99
17710132--17710294	42	3.8	42	73	8	114	29	26	19	24	1.98
17713528--17713583	5	11.6	5	75	21	57	39	0	1	58	1.08
17713526--17713591	14	4.6	14	80	12	80	39	0	1	59	1.07
17713523--17713596	34	2.2	32	88	7	103	36	0	1	62	1.04
17723273--17724035	87	8.7	87	75	11	686	33	17	20	28	1.95
17723241--17724019	262	3.0	262	92	1	1280	33	17	20	28	1.96
17724128--17724602	87	5.4	87	78	8	534	31	18	21	28	1.97
17723566--17724807	567	2.2	567	96	1	2302	32	17	21	28	1.96
17726792--17726848	5	11.6	5	74	10	55	40	1	0	57	1.09
17726791--17726817	14	1.9	14	100	0	54	44	3	0	51	1.19
17726796--17726848	14	3.6	14	83	14	63	39	1	0	58	1.09
17738360--17738598	121	2.0	121	90	0	379	29	23	21	25	1.99
17739718--17739830	43	2.7	43	81	1	138	34	27	15	22	1.95
17760851--17760943	32	2.9	32	100	0	186	29	9	20	40	1.84
17762909--17763370	233	2.0	233	98	0	888	30	21	10	38	1.86
17767918--17767961	21	2.2	21	84	11	58	43	15	9	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17771116--17771275	44	3.5	45	75	12	139	29	21	18	30	1.97
17779718--17779761	19	2.2	20	88	4	63	47	6	18	27	1.73
17783520--17783571	21	2.5	20	78	6	59	61	5	3	28	1.37
17806108--17806190	40	2.1	40	95	0	148	24	21	19	34	1.96
17806600--17806636	18	2.1	18	94	0	65	24	10	27	37	1.88
17820882--17820944	31	2.0	31	100	0	126	44	9	19	26	1.81
17824528--17824567	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
17826583--17826626	22	2.0	22	100	0	88	59	4	13	22	1.53
17829126--17829214	42	2.1	42	89	4	135	51	11	5	31	1.60
17829145--17829236	42	2.2	42	80	9	98	56	9	4	29	1.51
17833591--17833772	97	1.9	97	94	0	319	36	15	10	37	1.82
17840446--17840549	34	3.1	34	97	0	190	20	26	17	35	1.94
17841868--17841928	30	2.0	30	100	0	122	29	9	18	42	1.82
17844407--17844516	49	2.3	47	85	3	148	30	20	28	20	1.97
17846923--17847016	49	1.9	49	82	6	120	28	30	15	24	1.96
17847396--17847432	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
17853627--17853671	19	2.4	19	100	0	90	33	44	15	6	1.73
17853931--17853956	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
17867048--17867375	43	7.6	43	84	2	435	27	27	17	26	1.98
17867337--17867468	56	2.4	56	89	0	192	32	27	15	25	1.95
17876672--17876727	28	2.0	28	96	0	103	44	7	19	28	1.77
17877513--17877569	27	2.1	27	100	0	114	26	19	14	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17881313--17881366	23	2.3	23	93	0	90	22	20	18	38	1.93
17881325--17881380	23	2.4	23	90	0	85	25	19	17	37	1.94
17881415--17881457	21	2.0	21	82	8	52	9	2	48	39	1.48
17884932--17884990	27	2.2	27	81	0	64	23	11	20	44	1.85
17891054--17891121	34	2.0	34	97	0	127	41	16	20	22	1.90
17910338--17910491	42	3.6	42	82	5	186	31	16	23	28	1.96
17914194--17914376	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
17914195--17914378	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
17914247--17914411	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
17917314--17917366	26	2.0	26	100	0	106	37	15	20	26	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362