genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65793655--65793891	42	5.7	42	79	7	243	33	25	16	24	1.96
65793656--65793891	82	2.8	82	86	3	312	33	25	16	25	1.96
65799716--65799760	23	2.0	23	81	0	54	71	0	2	26	0.98
65809034--65809094	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
65820460--65820520	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
65828499--65828527	14	2.0	15	93	6	51	48	20	3	27	1.66
65829060--65829101	20	2.2	20	95	4	77	26	30	11	30	1.92
65832482--65832600	29	4.2	29	82	2	143	30	26	13	29	1.94
65839809--65840020	40	5.3	39	83	3	201	28	26	21	23	1.99
65847906--65848113	39	5.3	39	85	7	219	28	27	20	23	1.99
65851022--65851165	6	23.3	6	67	18	73	46	13	20	20	1.83
65851048--65851165	25	4.7	25	84	0	155	44	13	21	20	1.85
65851048--65851165	50	2.4	50	94	0	209	44	13	21	20	1.85
65851283--65851390	27	4.0	27	75	5	85	37	18	23	21	1.95
65851278--65851383	54	2.0	53	83	1	131	34	16	25	22	1.95
65851549--65851612	22	2.9	22	75	9	76	31	21	25	21	1.98
65852001--65852195	27	7.2	27	87	2	257	26	19	17	36	1.94
65859935--65860111	37	4.8	37	96	0	318	24	31	19	24	1.98
65860284--65860553	48	5.6	48	96	0	486	29	26	8	35	1.86
65863326--65863492	43	3.9	42	80	10	171	32	26	16	24	1.96
65863326--65863492	86	2.0	85	82	10	207	32	26	16	24	1.96
65866734--65866891	43	3.7	43	71	10	126	24	17	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65871601--65871640	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
65872789--65872927	42	3.2	43	75	12	133	28	20	24	26	1.99
65872781--65872927	44	3.4	42	75	11	136	29	19	23	27	1.98
65880033--65880170	42	3.2	43	73	16	124	28	19	25	26	1.99
65880020--65880180	44	3.7	43	75	12	141	28	19	24	27	1.98
65880390--65880460	35	2.0	35	97	0	133	43	15	15	25	1.86
65882494--65882622	49	2.6	49	81	2	143	23	29	20	27	1.99
65882685--65882813	46	2.8	45	86	6	163	24	31	17	27	1.97
65884209--65884353	40	3.6	40	85	4	184	24	26	24	25	2.00
65885542--65885617	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
65889316--65889352	18	2.1	18	89	0	56	40	13	24	21	1.89
65894609--65894800	47	4.1	47	92	0	285	32	11	30	25	1.92
65894774--65894910	46	3.0	46	80	0	157	34	8	29	28	1.86
65903981--65904011	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
65903978--65904017	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
65904090--65904134	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
65904127--65904154	5	5.6	5	100	0	56	17	39	0	42	1.50
65904260--65904460	108	1.8	110	87	4	300	23	23	17	34	1.96
65904223--65904468	55	4.7	52	78	9	187	22	23	17	36	1.94
65911923--65911975	23	2.3	23	100	0	106	20	28	11	39	1.87
65912045--65912236	53	3.7	53	80	6	171	21	25	18	34	1.96
65912092--65912291	55	3.7	54	78	6	172	22	25	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65912092--65912292	108	1.8	110	84	4	273	22	24	17	34	1.96
65916270--65916294	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
65921943--65922098	43	3.7	41	78	6	152	25	17	24	33	1.96
65923066--65923127	28	2.3	26	83	8	79	20	20	22	35	1.96
65924188--65924217	13	2.3	13	100	0	60	46	0	6	46	1.29
65925281--65925550	27	10.0	27	85	0	333	35	18	21	24	1.95
65925274--65925550	81	3.4	81	86	0	392	36	18	20	25	1.95
65936648--65936672	13	1.9	13	100	0	50	16	28	40	16	1.89
65942519--65942555	18	2.1	18	90	10	58	10	24	43	21	1.84
65942668--65942759	26	3.5	26	71	11	89	39	17	13	30	1.87
65954021--65954101	12	6.9	11	75	12	65	16	6	1	76	1.05
65954021--65954081	6	10.5	6	83	3	63	13	6	1	78	1.01
65954030--65954091	17	3.7	16	79	10	61	16	6	1	75	1.08
65965445--65965622	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
65965446--65965601	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
65965442--65965622	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
65973488--65973665	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
65973489--65973644	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
65973485--65973665	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
65981883--65981990	43	2.5	42	77	2	108	41	26	9	22	1.84
65984440--65984589	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
65984464--65984647	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65991640--65991673	17	1.9	18	88	5	52	44	5	0	50	1.26
65993075--65993205	48	2.8	48	85	1	192	30	14	22	32	1.94
65993169--65993245	38	2.0	38	84	0	100	31	14	23	31	1.94
65999968--66000073	50	2.1	50	81	6	126	41	18	8	31	1.81
66000042--66000204	70	2.3	72	84	6	208	42	17	9	30	1.81
66000042--66000194	35	4.3	35	82	2	189	43	18	8	30	1.80
66009238--66009330	43	2.2	43	83	9	111	32	29	15	23	1.95
66013660--66013704	23	1.9	24	82	13	58	35	17	13	33	1.89
66013767--66013862	24	4.0	24	87	0	129	31	23	19	25	1.98
66019489--66019616	42	3.0	43	74	8	120	27	17	26	28	1.98
66021073--66021374	40	7.6	40	93	1	500	28	24	22	24	1.99
66033579--66033635	27	2.1	27	100	0	114	35	7	21	36	1.80
66035134--66035191	30	2.0	30	96	3	109	25	17	25	31	1.97
66039246--66039415	81	2.1	81	82	6	202	38	21	8	31	1.83
66039237--66039415	27	6.6	27	73	8	105	39	21	7	31	1.82
66039400--66039514	27	4.3	27	82	3	133	34	14	20	29	1.93
66039406--66039510	54	2.0	54	88	5	160	34	15	22	27	1.94
66040180--66040261	27	3.1	27	80	5	78	20	23	18	37	1.94
66040377--66040462	25	3.4	25	80	0	100	24	20	13	40	1.89
66042171--66042347	40	4.4	40	82	4	198	24	22	25	27	2.00
66049546--66049890	47	7.4	47	90	1	523	33	8	30	28	1.86
66049546--66049890	140	2.5	141	91	0	532	33	8	30	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66049546--66049889	187	1.8	187	89	0	535	33	8	30	28	1.86
66051741--66052012	40	6.8	40	88	0	411	22	22	30	25	1.99
66055941--66056287	47	7.4	47	91	0	541	32	8	30	28	1.86
66055971--66056049	25	3.3	25	67	22	69	32	6	30	30	1.82
66059592--66059626	17	2.1	17	100	0	70	31	17	17	34	1.93
66060643--66060819	40	4.4	40	83	4	216	24	22	26	26	2.00
66062169--66062243	33	2.2	34	88	2	116	25	21	24	29	1.99
66065762--66065920	39	4.1	39	91	0	255	25	30	23	20	1.98
66067481--66067521	20	2.0	20	100	0	82	24	41	0	34	1.55
66070519--66070576	30	2.0	30	93	3	100	25	17	24	32	1.96
66077712--66077957	49	4.9	50	81	2	280	25	18	27	28	1.98
66083252--66083304	20	2.7	20	87	0	79	11	28	33	26	1.91
66087321--66087411	40	2.3	40	83	7	105	28	14	28	28	1.95
66095522--66095546	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
66096183--66096353	43	4.0	43	74	10	145	22	16	29	30	1.96
66100105--66100229	43	2.9	43	83	1	153	20	18	31	30	1.96
66106250--66106299	26	1.9	26	100	0	100	16	20	26	38	1.92
66112424--66112641	40	5.5	40	88	2	289	25	27	23	23	2.00
66120443--66120666	40	5.6	40	91	2	337	26	27	22	23	1.99
66122645--66122689	19	2.4	19	96	0	81	20	4	40	35	1.72
66127907--66128021	43	2.7	43	85	4	142	20	20	29	30	1.97
66127946--66128029	43	1.9	44	92	2	143	22	21	29	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66134420--66134683	48	5.7	48	80	12	329	28	30	16	24	1.97
66134486--66134563	37	2.1	37	95	0	138	28	30	17	23	1.97
66134438--66134683	85	2.8	85	85	8	296	28	30	16	24	1.97
66142075--66142342	47	5.7	46	79	11	219	24	29	17	28	1.97
66149857--66150078	47	4.7	48	74	13	185	21	30	19	27	1.98
66153378--66153594	40	5.5	40	88	4	298	26	23	28	22	1.99
66156750--66156782	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
66162097--66162143	6	7.8	6	90	0	67	14	4	2	78	0.99
66165044--66165076	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
66171078--66171141	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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