genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14079065--14079134	28	2.5	28	90	0	113	30	34	10	25	1.89
14079350--14079381	16	2.0	16	93	0	55	12	15	18	53	1.73
14081824--14081848	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
14090020--14090046	13	2.1	13	100	0	54	44	0	7	48	1.31
14093075--14093171	27	3.6	27	76	6	90	39	23	9	27	1.85
14093154--14093211	27	2.1	27	81	12	66	46	17	8	27	1.77
14093194--14093334	27	5.2	27	90	2	194	31	24	6	38	1.80
14093194--14093334	54	2.6	54	90	3	221	31	24	6	38	1.80
14093836--14093912	6	12.5	6	76	15	77	19	18	14	48	1.82
14093836--14093912	31	2.5	31	91	0	118	19	18	14	48	1.82
14095850--14096073	27	8.3	27	78	7	123	37	20	8	32	1.84
14095996--14096136	27	5.2	27	86	5	187	31	23	6	39	1.80
14095996--14096136	54	2.6	54	91	5	214	31	23	6	39	1.80
14096638--14096714	6	12.5	6	76	15	77	18	18	15	48	1.82
14096638--14096714	31	2.5	31	93	0	127	18	18	15	48	1.82
14099090--14099251	38	4.2	38	82	7	150	24	22	23	29	1.99
14111914--14112043	50	2.6	49	90	1	188	30	29	16	24	1.96
14117282--14117411	50	2.6	49	90	3	190	29	29	17	23	1.97
14117282--14117468	101	1.9	99	84	4	250	27	28	18	25	1.98
14123026--14123183	38	4.1	38	87	8	196	22	22	24	29	1.99
14123026--14123183	76	2.1	78	87	4	232	22	22	24	29	1.99
14125520--14126048	47	11.1	47	93	1	851	32	9	30	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14126167--14126245	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
14139328--14139383	21	2.7	21	85	0	76	35	10	21	32	1.88
14139333--14139397	11	6.1	11	75	5	62	36	13	16	32	1.89
14139335--14139395	32	1.9	31	83	3	77	36	11	18	34	1.86
14141654--14141723	29	2.4	29	82	0	77	25	10	25	38	1.87
14141680--14141737	29	1.9	29	86	6	80	25	8	27	37	1.85
14141756--14141879	55	2.3	55	88	1	178	23	13	26	36	1.92
14147007--14147312	133	2.3	133	93	2	524	38	12	3	45	1.59
14151279--14151432	83	1.9	83	98	0	299	34	12	24	28	1.92
14151555--14151859	133	2.3	132	92	4	513	38	12	4	44	1.63
14155631--14155676	23	1.9	24	91	8	76	32	13	41	13	1.82
14156181--14156301	58	2.1	59	92	1	199	23	21	23	30	1.99
14156961--14157021	5	12.2	5	96	0	113	21	21	39	18	1.93
14156961--14157031	15	4.7	15	94	0	97	21	22	39	16	1.92
14164247--14165558	43	30.9	43	81	4	1359	18	32	32	16	1.94
14164247--14165558	85	15.5	84	81	6	1319	18	32	32	16	1.94
14165756--14165813	24	2.4	24	85	5	73	22	32	32	12	1.91
14165755--14165832	24	3.2	24	81	0	66	21	33	32	12	1.91
14166194--14166312	58	2.0	59	88	1	177	23	21	23	31	1.98
14166974--14167014	5	8.2	5	94	0	73	21	21	39	17	1.93
14166976--14167024	15	3.3	15	91	0	71	20	24	40	14	1.89
14170779--14170947	46	3.7	46	75	13	175	29	26	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14170784--14170954	93	1.8	93	93	0	297	28	26	21	23	1.99
14171372--14171430	29	2.0	30	86	3	84	30	25	6	37	1.82
14173812--14173986	46	3.8	46	79	7	219	28	26	21	22	1.99
14173817--14173987	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
14174405--14174464	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
14185006--14186401	85	16.5	85	81	7	856	18	32	32	16	1.93
14185031--14186360	128	10.5	129	84	4	1573	18	32	32	16	1.93
14185031--14186360	43	31.4	43	83	4	1573	18	32	32	16	1.93
14186559--14186636	24	3.2	24	77	0	93	20	34	35	8	1.84
14187042--14187157	58	2.0	59	86	1	162	25	19	21	33	1.97
14194808--14196016	43	28.4	43	80	4	1247	18	32	32	15	1.93
14194808--14196016	298	4.1	296	82	4	1229	18	32	32	15	1.93
14194808--14196016	85	14.2	85	80	4	1235	18	32	32	15	1.93
14195189--14196055	128	6.8	127	79	5	306	18	32	32	15	1.92
14196241--14196287	24	2.0	24	82	0	58	23	31	31	12	1.92
14196690--14196805	58	2.0	58	87	0	169	24	20	21	33	1.97
14197472--14197503	15	2.1	15	94	0	55	21	31	37	9	1.85
14199197--14199416	42	5.2	43	78	6	200	20	31	31	15	1.94
14199192--14199403	85	2.5	84	79	7	223	19	31	32	16	1.94
14200082--14200202	58	2.1	59	85	1	163	25	19	23	30	1.98
14211706--14211823	46	2.6	46	80	1	139	23	22	22	30	1.99
14211921--14212835	132	6.9	132	89	0	1312	29	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14212278--14212737	44	10.5	44	68	10	163	31	24	15	28	1.95
14212273--14212646	87	4.3	86	70	9	247	31	24	15	28	1.95
14226145--14226196	22	2.5	20	73	14	52	73	7	11	7	1.26
14226619--14226669	13	3.9	13	89	0	75	27	37	27	7	1.84
14226737--14229047	43	54.4	43	82	3	2343	18	32	32	17	1.94
14226705--14229047	128	18.4	127	79	7	1746	18	32	32	17	1.94
14226859--14228964	594	3.5	593	82	5	2466	17	31	33	17	1.93
14228949--14229064	42	2.8	42	92	7	200	24	37	24	13	1.91
14229094--14229263	43	4.0	43	86	3	132	21	34	25	18	1.96
14229154--14229284	43	3.1	43	91	1	210	21	35	25	18	1.96
14229529--14229601	23	3.1	23	92	2	119	10	38	41	9	1.73
14230031--14230151	58	2.1	59	84	1	154	25	19	22	33	1.97
14233110--14233429	46	7.0	46	92	0	489	38	15	23	22	1.92
14234375--14234400	5	5.2	5	100	0	52	23	19	38	19	1.93
14234184--14234521	187	1.8	187	92	1	570	26	28	26	18	1.98
14244837--14246402	43	37.0	42	78	8	401	18	31	32	17	1.94
14244826--14246402	85	18.6	83	76	9	698	18	31	32	17	1.94
14244820--14245847	127	8.1	127	78	8	371	18	31	32	17	1.94
14244904--14246314	170	8.3	169	81	5	1421	17	31	33	17	1.93
14246434--14246575	43	3.3	43	90	3	216	20	33	28	17	1.95
14247267--14247387	58	2.1	59	87	1	172	25	19	23	31	1.98
14248732--14248826	48	2.0	48	100	0	190	35	25	12	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14251531--14251571	5	8.2	5	88	0	55	24	21	39	14	1.91
14251293--14251682	192	2.0	190	87	3	559	28	25	26	20	1.99
14254351--14254417	35	1.9	35	90	0	107	38	10	25	25	1.87
14259717--14259745	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
14268113--14268137	13	1.9	13	100	0	50	0	8	0	92	0.40
14268302--14268350	22	2.3	21	82	3	62	61	2	0	36	1.08
14268943--14268992	21	2.4	22	86	6	68	36	14	2	48	1.55
14269567--14269679	60	1.9	60	88	0	172	47	7	1	43	1.41
14280528--14280552	13	1.9	13	100	0	50	16	28	32	24	1.96
14281666--14281719	17	3.1	18	73	21	53	29	1	1	66	1.12
14281816--14281932	19	6.2	19	66	25	61	30	3	3	62	1.28
14284557--14284661	54	1.9	54	100	0	210	31	13	24	30	1.93
14285856--14285885	14	2.1	14	93	0	51	36	6	10	46	1.64
14293986--14294305	44	7.3	44	70	11	217	29	16	25	27	1.97
14293986--14294297	132	2.4	132	91	2	493	29	16	25	27	1.97
14294241--14294333	44	2.1	44	90	4	143	31	16	27	24	1.96
14294320--14294828	205	2.5	205	89	2	765	30	19	22	27	1.98
14295523--14295547	13	1.9	13	100	0	50	16	28	32	24	1.96
14298259--14298294	15	2.3	15	90	4	54	22	8	8	61	1.51
14299026--14299054	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
14300465--14300622	43	3.7	44	81	5	189	27	15	25	31	1.95
14305076--14305107	14	2.3	14	100	0	64	53	15	6	25	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14313262--14313316	19	3.0	20	77	20	57	18	36	0	45	1.49
14327124--14327409	64	4.4	64	78	7	238	24	28	14	32	1.94
14327902--14327962	30	2.0	30	83	0	77	31	22	4	40	1.75
14335108--14335139	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
14337151--14337175	13	1.9	13	100	0	50	12	32	40	16	1.84
14348613--14348652	21	1.9	21	94	0	71	52	10	22	15	1.71
14353955--14354022	25	2.7	25	97	0	127	42	16	2	38	1.63
14354331--14354397	34	1.9	34	82	8	82	47	7	2	41	1.47
14360827--14360921	47	2.0	47	100	0	190	30	14	23	31	1.94
14379634--14379908	48	5.7	48	78	2	266	26	20	29	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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