genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  233  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78830257--78830512	27	9.5	27	83	0	291	39	19	8	31	1.83
78830282--78830539	81	3.2	80	82	5	286	40	19	8	31	1.82
78830277--78830539	27	9.7	27	77	11	143	39	19	8	31	1.82
78830544--78830632	27	3.3	26	84	7	124	32	22	6	38	1.80
78830544--78830661	54	2.2	54	87	0	164	34	22	6	36	1.80
78830557--78830723	27	6.2	27	80	2	120	38	23	6	31	1.80
78830557--78830751	54	3.6	54	80	1	176	37	22	7	32	1.83
78830652--78830750	27	3.7	27	80	2	101	43	21	8	27	1.80
78830735--78830848	27	4.3	26	84	5	138	35	18	21	25	1.96
78830733--78830847	54	2.1	55	88	6	182	35	17	21	25	1.95
78831254--78831348	25	3.6	25	84	8	100	18	16	15	48	1.81
78831250--78831320	31	2.3	31	95	0	124	19	14	15	50	1.77
78836736--78836888	42	3.7	41	73	10	121	28	22	18	31	1.97
78836736--78836900	84	2.0	83	80	4	188	29	22	17	30	1.97
78839069--78839227	27	5.9	27	82	11	175	34	20	24	20	1.96
78839087--78839227	54	2.6	54	93	2	230	34	21	24	19	1.96
78840853--78840957	26	4.0	26	93	0	183	36	23	7	32	1.83
78846636--78846847	39	5.4	39	90	5	295	23	22	27	26	1.99
78846628--78846847	79	2.8	79	88	6	313	24	22	27	26	2.00
78854721--78854942	40	5.6	39	86	6	270	24	22	26	26	2.00
78868456--78868625	65	2.6	66	79	9	181	21	27	30	21	1.98
78869652--78869701	23	2.2	23	85	7	66	34	14	24	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78877725--78877840	40	2.9	40	87	5	171	25	22	27	24	2.00
78884332--78884514	41	4.5	41	76	9	135	31	25	16	26	1.96
78884378--78884512	40	3.3	40	75	12	116	28	25	17	27	1.98
78901895--78901929	16	2.2	16	89	0	52	82	0	17	0	0.66
78903188--78903405	40	5.5	40	91	2	316	22	23	28	24	1.99
78909962--78909995	11	3.1	11	82	0	50	85	0	14	0	0.60
78911257--78911339	40	2.1	40	86	4	114	21	22	30	25	1.99
78913147--78913180	18	1.9	17	88	5	50	44	0	5	50	1.26
78914076--78914267	56	3.4	56	91	1	287	28	14	25	32	1.94
78914076--78914298	112	2.0	112	81	5	263	27	14	25	32	1.94
78914498--78914533	18	1.9	19	88	5	56	47	0	16	36	1.47
78924818--78924867	21	2.4	21	93	3	84	40	0	18	42	1.50
78932270--78932295	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
78934612--78934645	16	2.1	16	100	0	68	44	29	14	11	1.81
78943004--78943111	51	2.1	51	91	1	171	26	4	19	49	1.68
78944532--78944584	16	3.3	16	76	10	54	20	15	1	62	1.42
78945703--78945739	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
78949828--78949930	37	2.8	37	95	0	179	23	20	31	25	1.98
78957020--78957134	55	2.1	56	82	8	137	33	21	24	20	1.97
78957045--78957134	27	3.2	27	83	13	112	31	23	24	21	1.98
78957240--78957332	28	3.3	28	95	3	161	30	7	27	34	1.85
78958924--78959057	40	3.4	40	82	5	112	22	27	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78958960--78959057	40	2.4	41	86	5	137	21	27	25	25	1.99
78962861--78962911	24	2.1	24	96	0	93	45	5	5	43	1.52
78963522--78963578	29	2.0	27	83	12	71	36	5	0	57	1.21
78963522--78963576	19	2.9	19	72	17	53	38	3	0	58	1.16
78963518--78963574	10	6.1	10	75	20	52	38	3	0	57	1.16
78964078--78964146	23	3.2	22	75	20	67	57	13	1	27	1.44
78970605--78971099	131	3.8	132	77	5	398	27	20	18	33	1.96
78985292--78985338	10	4.5	10	79	15	51	85	2	4	8	0.81
78985292--78985338	20	2.3	20	88	0	67	85	2	4	8	0.81
78985303--78985342	20	2.0	20	100	0	80	85	0	5	10	0.75
78986449--78986640	64	3.0	64	89	1	305	30	18	14	36	1.91
78986957--78987593	177	3.6	176	84	4	809	29	18	24	27	1.98
78987422--78987508	44	2.0	44	82	8	106	27	13	28	29	1.94
78987750--78987779	15	2.0	15	93	0	51	70	13	3	13	1.30
78995721--78995870	48	3.1	48	83	0	165	24	28	18	28	1.98
78996285--78996319	3	11.7	3	93	0	61	34	2	0	62	1.10
79004774--79004816	21	2.0	21	82	8	52	37	0	27	34	1.57
79006970--79007068	51	2.0	50	89	2	153	24	14	26	35	1.93
79012310--79012624	48	6.7	48	76	12	214	28	18	28	23	1.98
79012310--79012582	96	2.9	94	89	3	399	29	18	28	23	1.98
79013030--79013084	28	1.9	29	85	3	76	18	40	21	20	1.92
79014094--79014209	46	2.5	46	84	6	137	23	30	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79022338--79022364	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
79030708--79030890	40	4.6	39	81	6	199	24	21	28	26	1.99
79030708--79030888	79	2.3	81	82	5	226	24	21	28	25	1.99
79030743--79030923	79	2.3	78	81	7	204	26	19	27	27	1.99
79034923--79035001	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
79035120--79035916	49	16.6	49	93	3	1338	29	29	8	32	1.86
79035120--79035916	96	8.3	98	94	2	1338	29	29	8	32	1.86
79035120--79035916	194	4.1	194	94	2	1353	29	29	8	32	1.86
79036120--79036283	40	4.1	40	76	12	133	23	28	22	25	2.00
79043700--79043884	40	4.7	40	81	6	207	24	22	27	25	2.00
79063795--79063856	31	2.0	31	100	0	124	45	16	6	32	1.72
79074464--79074602	44	3.1	45	81	6	160	28	14	12	43	1.82
79083900--79083950	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
79083822--79084044	103	2.2	104	92	2	369	17	18	31	31	1.95
79084074--79084125	26	2.0	26	92	0	86	15	21	34	28	1.94
79083963--79084113	72	2.1	72	91	2	243	23	16	29	30	1.96
79091429--79091479	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
79091352--79091572	103	2.2	102	92	2	363	18	18	32	31	1.94
79100112--79100294	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
79100091--79100294	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
79108225--79108407	40	4.6	40	76	10	178	26	26	21	25	2.00
79111580--79111611	15	2.0	17	88	11	50	31	3	18	46	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79111822--79112125	47	6.5	47	69	13	175	28	19	28	22	1.98
79111822--79112128	91	3.3	91	76	10	359	28	19	28	22	1.98
79111722--79112129	187	2.2	186	91	2	658	29	19	28	23	1.98
79114645--79114670	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
79117418--79117465	22	2.1	24	85	14	66	54	0	6	39	1.26
79122840--79123019	28	6.5	28	93	2	285	26	13	28	31	1.94
79122840--79123019	55	3.3	55	93	1	299	26	13	28	31	1.94
79122840--79123019	83	2.2	82	94	1	315	26	13	28	31	1.94
79130042--79130131	42	2.1	43	85	2	119	34	27	11	26	1.90
79131939--79132177	27	8.9	27	89	1	345	28	23	8	39	1.84
79132192--79132443	27	9.4	27	82	5	235	38	21	11	28	1.87
79132182--79132495	81	3.9	81	78	6	235	39	20	12	28	1.89
79132378--79132567	27	7.0	27	87	1	247	35	20	20	24	1.96
79132772--79132891	25	4.8	25	92	0	195	25	25	22	26	2.00
79132772--79132916	75	1.9	75	86	5	204	26	24	22	26	2.00
79148567--79148785	40	5.6	40	81	5	241	25	23	25	25	2.00
79148567--79148776	79	2.7	79	82	3	237	25	23	25	25	2.00
79156550--79156751	40	5.2	40	85	7	283	23	22	27	26	2.00
79169363--79169504	40	3.6	40	85	9	184	23	21	27	26	1.99
79169762--79169805	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
79185159--79185259	41	2.4	43	81	6	109	24	13	25	35	1.93
79189045--79189269	40	5.6	40	85	2	290	25	24	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79189045--79189305	80	3.3	80	83	3	303	25	24	26	23	2.00
79192683--79192767	42	2.0	42	100	0	170	43	11	16	28	1.83
79197664--79197728	27	2.4	27	84	5	87	16	23	20	40	1.92
79199416--79199502	44	2.0	44	86	6	126	35	14	16	33	1.89
79203665--79203711	18	2.6	20	75	21	50	12	21	40	25	1.89
79208172--79208250	31	2.5	31	95	0	149	27	26	18	26	1.98
79208471--79208536	25	2.6	25	83	4	80	28	25	25	19	1.99
79209445--79209681	27	8.7	27	79	5	199	30	8	20	40	1.82
79209531--79209714	54	3.4	53	80	3	188	28	9	20	41	1.83
79209531--79209714	81	2.3	81	82	5	212	28	9	20	41	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362