genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79466079--79466103	6	4.2	6	100	0	50	52	0	32	16	1.44
79469025--79469080	25	2.2	25	78	6	60	41	5	3	50	1.43
79469180--79469221	14	3.0	14	79	10	50	30	0	7	61	1.22
79470960--79470995	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
79474056--79474099	21	2.1	21	100	0	88	38	15	36	9	1.80
79479311--79479485	71	2.5	70	85	1	226	29	14	22	33	1.94
79479514--79479650	72	1.9	71	90	1	220	20	15	25	38	1.92
79479900--79480040	72	2.0	72	100	0	282	32	16	18	32	1.93
79480138--79480408	138	2.0	138	88	4	404	29	17	24	28	1.97
79480273--79480414	74	1.9	74	91	5	232	30	17	23	28	1.97
79480439--79480585	76	1.9	77	88	2	224	32	18	22	26	1.97
79480271--79480918	170	3.8	169	91	2	923	29	18	20	31	1.97
79480589--79480765	77	2.3	77	84	3	212	27	19	18	34	1.95
79480668--79480858	93	2.1	91	86	3	258	26	20	17	35	1.94
79480759--79481351	88	7.2	77	72	17	383	27	16	18	36	1.93
79480758--79481142	79	4.8	77	77	12	283	28	17	18	35	1.94
79481122--79481183	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
79480838--79481252	164	2.5	166	77	11	415	28	15	18	37	1.92
79480610--79481351	252	3.0	245	84	6	874	28	17	19	35	1.94
79486045--79486188	40	3.5	41	84	9	197	24	23	27	25	2.00
79488510--79488540	16	1.9	16	93	0	53	67	6	3	22	1.28
79489096--79489550	148	3.0	149	86	7	575	42	10	4	43	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79489407--79489512	49	2.1	50	76	8	110	49	8	5	36	1.57
79492134--79492354	40	5.6	39	89	7	329	23	23	28	25	2.00
79492134--79492354	81	2.8	80	93	5	385	23	23	28	25	2.00
79497966--79498230	40	6.6	40	85	3	343	23	23	27	25	2.00
79497970--79498230	123	2.2	120	84	5	339	22	24	27	24	2.00
79497966--79498230	80	3.3	80	87	3	388	23	23	27	25	2.00
79511783--79511819	18	2.1	18	94	0	65	21	21	8	48	1.76
79513043--79513290	46	5.4	46	77	7	163	23	30	19	26	1.98
79513135--79513251	46	2.6	44	84	7	164	23	33	19	23	1.97
79513130--79513340	94	2.3	90	81	8	230	23	30	19	26	1.98
79519227--79519525	46	6.5	46	72	17	196	23	30	20	25	1.99
79519314--79519524	94	2.3	90	83	8	257	23	31	19	25	1.98
79522518--79522673	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
79522517--79522670	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
79522518--79522673	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
79522510--79522694	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
79522510--79522694	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
79530628--79530783	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
79530627--79530780	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
79530628--79530783	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
79530620--79530804	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
79530620--79530804	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79536920--79537218	46	6.5	46	72	17	196	23	30	20	25	1.99
79537007--79537217	94	2.3	90	83	8	257	23	31	19	25	1.98
79549049--79549615	278	2.0	279	88	1	850	26	17	22	33	1.96
79550105--79550242	42	3.3	41	78	2	141	39	19	16	23	1.91
79550255--79550434	42	4.3	42	85	0	245	35	18	20	26	1.95
79550131--79550354	112	2.0	112	85	1	306	37	19	17	25	1.94
79550105--79550396	154	1.9	154	85	1	406	37	19	18	24	1.94
79557672--79557821	67	2.2	67	81	8	171	33	17	28	21	1.96
79557696--79557879	67	2.8	64	76	8	176	30	18	29	21	1.97
79564263--79564321	30	2.0	30	100	0	118	33	22	13	30	1.92
79573310--79573406	49	2.0	49	97	0	185	62	13	3	20	1.43
79574671--79574914	101	2.4	100	86	8	327	20	20	28	30	1.98
79582045--79582311	104	2.6	104	92	1	437	18	19	31	30	1.96
79583853--79583988	67	2.0	67	85	2	182	30	22	28	19	1.98
79583922--79583973	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
79584615--79584756	27	5.3	27	87	3	205	24	19	19	36	1.95
79590517--79590566	20	2.3	20	80	10	55	56	14	6	24	1.60
79596358--79596477	24	5.0	23	72	13	82	27	20	20	31	1.97
79596418--79596474	23	2.3	25	79	8	64	28	19	22	29	1.98
79602838--79602953	24	4.8	24	76	7	101	24	20	19	35	1.96
79603142--79603366	110	2.0	110	100	0	450	38	5	19	37	1.74
79607716--79607843	67	1.9	67	93	0	220	24	32	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79607798--79608015	48	4.5	48	85	0	283	28	28	17	25	1.98
79611711--79611880	40	4.3	39	85	6	200	27	27	19	26	1.99
79613073--79613248	56	3.1	56	99	0	343	22	23	9	44	1.81
79618873--79619141	48	5.6	48	81	1	297	26	28	18	26	1.98
79622771--79622823	26	2.0	26	92	0	88	33	26	22	16	1.96
79622776--79622831	26	2.2	26	83	0	67	35	26	23	14	1.93
79623743--79623846	48	2.2	48	94	0	181	32	16	27	23	1.96
79629212--79629431	46	4.8	46	78	9	193	28	18	27	25	1.98
79629215--79629482	92	2.9	91	78	8	256	29	18	26	24	1.98
79629208--79629480	139	2.0	138	80	6	309	29	18	27	24	1.98
79635558--79635624	32	2.1	32	97	0	125	46	20	7	25	1.77
79635570--79635626	19	3.3	19	68	27	54	45	22	7	24	1.77
79641292--79641477	98	1.9	98	85	2	257	33	19	10	36	1.86
79646856--79646901	4	11.5	4	85	0	56	43	0	30	26	1.55
79649088--79649125	17	2.2	18	90	4	60	68	7	10	13	1.39
79651208--79651255	19	2.5	20	80	16	57	64	4	2	29	1.23
79651730--79651777	22	2.2	22	85	7	62	47	10	2	39	1.49
79651730--79651799	24	3.0	23	75	17	65	47	11	2	38	1.55
79651740--79652217	156	3.0	154	80	10	552	41	10	3	43	1.57
79653018--79653149	34	3.9	34	89	0	174	25	21	21	31	1.98
79653139--79653197	18	3.3	18	74	9	66	38	15	20	25	1.91
79653456--79653514	23	2.5	23	81	13	59	45	15	11	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79653540--79653661	27	4.5	26	82	10	104	19	22	18	39	1.93
79653568--79653667	27	3.7	27	84	7	132	20	21	21	38	1.94
79653648--79653764	27	4.3	27	76	2	94	35	17	11	35	1.86
79653568--79653681	54	2.1	54	80	9	126	22	21	18	37	1.94
79653664--79653965	81	3.7	81	88	2	419	36	12	16	34	1.87
79653664--79653965	27	11.2	27	85	2	374	36	12	16	34	1.87
79671130--79671277	67	2.2	66	82	10	167	31	17	29	21	1.96
79678773--79678817	20	2.2	20	84	0	54	35	13	4	46	1.63
79682196--79682381	27	7.0	27	81	5	182	38	17	11	32	1.85
79682189--79682379	53	3.6	52	80	8	204	38	18	11	31	1.87
79682189--79682381	80	2.4	80	78	7	221	37	19	11	31	1.87
79683751--79683876	47	2.7	45	78	9	128	30	21	27	20	1.98
79690903--79690960	30	1.9	30	96	0	107	32	15	25	25	1.95
79691330--79691451	46	2.7	46	79	12	144	27	20	29	22	1.99
79692376--79692469	28	3.4	28	90	0	152	20	18	41	20	1.91
79717797--79717833	8	4.6	8	86	0	56	45	24	21	8	1.78
79717797--79717841	16	2.8	16	89	0	63	46	22	22	8	1.79
79717791--79717841	8	6.4	8	77	8	50	49	19	21	9	1.77
79718065--79718175	57	1.9	57	85	1	150	28	15	28	27	1.96
79718052--79718166	29	4.0	29	82	6	128	29	14	27	27	1.95
79719727--79719753	11	2.5	11	100	0	54	18	33	40	7	1.78
79722583--79722693	57	1.9	57	88	1	168	27	16	29	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79722570--79722684	29	4.0	29	85	6	146	26	15	29	27	1.96
79732681--79732719	21	1.9	20	94	5	69	15	30	41	12	1.85
79732869--79732933	28	2.3	28	94	0	112	16	43	23	16	1.88
79733921--79734230	46	6.6	45	74	11	209	23	30	18	28	1.97
79733920--79734049	50	2.7	48	85	5	165	25	30	17	26	1.97
79734062--79734233	94	1.8	92	88	2	263	22	29	18	29	1.98
79740427--79740465	21	1.9	20	94	5	69	15	30	41	12	1.85
79741617--79741922	46	6.5	47	76	10	220	23	28	18	29	1.98
79741755--79741925	94	1.8	92	86	7	247	23	28	19	29	1.98
79744779--79744832	22	2.4	23	87	3	74	46	3	37	12	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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