genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13861144--13861323	55	3.3	54	80	8	181	35	18	23	22	1.95
13861144--13861326	54	3.4	55	79	8	173	36	18	23	21	1.95
13868941--13869012	33	2.2	33	92	0	117	29	26	19	25	1.99
13875864--13875902	15	2.5	15	91	4	60	51	0	5	43	1.24
13877080--13877165	43	2.0	43	88	0	127	51	1	23	24	1.56
13879515--13879639	59	2.1	59	98	0	241	48	11	16	24	1.78
13881107--13881157	22	2.3	22	93	0	84	58	7	3	29	1.44
13883885--13884000	17	6.5	17	87	7	151	37	12	13	37	1.82
13883885--13884000	35	3.2	35	95	3	196	37	12	13	37	1.82
13885350--13885424	26	2.9	26	97	0	141	30	5	29	34	1.80
13892808--13892882	1	75.0	1	70	0	51	85	1	12	1	0.73
13892808--13892882	7	10.4	7	81	17	75	85	1	12	1	0.73
13892810--13892882	9	7.6	9	76	14	74	84	1	12	1	0.74
13892811--13892882	30	2.4	29	86	8	94	84	1	12	1	0.75
13893829--13894191	166	2.2	165	84	6	473	31	22	20	24	1.98
13893830--13894191	84	4.3	85	82	7	438	32	22	20	24	1.98
13894006--13894143	41	3.3	41	67	20	106	31	19	21	26	1.97
13894202--13894780	206	2.8	206	90	0	890	30	17	21	30	1.97
13895184--13895314	18	7.3	18	88	4	194	35	10	16	37	1.84
13895184--13895325	35	3.9	35	93	4	221	36	11	15	36	1.83
13897124--13897168	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
13899513--13899552	20	1.9	22	85	10	57	47	0	10	42	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13901367--13901411	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
13901435--13901576	61	2.3	61	82	8	155	27	20	26	25	1.99
13902383--13902421	18	2.2	18	100	0	78	17	28	33	20	1.96
13905001--13905185	40	4.6	39	78	9	167	25	21	28	25	1.99
13905084--13905185	39	2.6	40	90	1	152	24	21	28	25	1.99
13907822--13907860	19	2.1	19	100	0	78	20	17	51	10	1.74
13912901--13913085	40	4.7	40	80	7	198	24	21	28	25	1.99
13929190--13929330	27	5.2	27	79	11	164	35	22	23	18	1.96
13929208--13929330	54	2.3	54	95	0	219	34	22	24	17	1.96
13930958--13931058	26	3.9	26	93	0	175	36	24	5	32	1.80
13944510--13945085	119	4.8	119	93	0	938	32	15	19	32	1.93
13945028--13945414	201	1.9	201	86	2	553	31	18	20	29	1.97
13947043--13947082	10	4.1	10	83	6	55	30	0	2	67	1.04
13947319--13947365	18	2.5	20	76	16	55	23	4	4	68	1.26
13949787--13949850	31	2.1	31	96	0	119	40	12	7	39	1.72
13950097--13950140	19	2.2	21	84	8	56	79	6	9	4	1.04
13951512--13951556	23	2.0	23	86	8	65	75	4	4	15	1.12
13951667--13951731	12	5.2	12	83	12	71	70	1	4	23	1.14
13951667--13951714	13	3.7	14	83	13	59	68	0	6	25	1.12
13951667--13951721	12	4.4	12	88	6	74	70	0	5	23	1.07
13953634--13953706	25	2.9	25	87	0	110	32	16	20	30	1.95
13955425--13955490	30	2.2	30	83	5	80	12	19	31	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13960243--13960386	46	3.3	46	85	6	167	34	25	13	26	1.93
13962205--13962267	30	2.1	30	100	0	126	30	25	17	26	1.97
13968049--13968231	40	4.6	39	80	7	190	25	27	21	25	1.99
13975929--13976111	40	4.6	39	80	7	190	25	27	21	25	1.99
13978870--13978908	15	2.6	15	95	0	69	28	17	25	28	1.98
13981441--13981529	27	3.3	26	80	7	70	40	21	7	30	1.81
13981436--13981747	54	5.8	54	84	1	142	31	21	8	38	1.83
13981511--13981817	27	11.4	27	90	0	452	28	21	8	41	1.83
13981511--13981817	81	3.8	81	94	0	524	28	21	8	41	1.83
13981846--13981974	27	4.8	27	85	1	152	42	21	7	27	1.80
13981819--13981974	81	1.9	81	84	2	206	42	20	7	29	1.78
13981956--13982267	27	11.6	27	87	1	428	33	20	21	24	1.97
13981819--13982000	81	2.2	81	81	3	197	41	20	9	29	1.83
13981871--13982285	81	5.1	81	80	9	422	35	19	18	26	1.95
13982687--13982774	6	14.3	6	73	17	74	19	18	14	47	1.82
13982687--13982765	31	2.5	31	91	0	122	18	18	13	48	1.81
13984733--13984821	27	3.3	26	80	7	70	40	21	7	30	1.81
13984803--13985109	27	11.4	27	91	0	434	28	21	8	40	1.83
13985119--13985267	27	5.5	26	80	5	127	40	21	8	30	1.82
13985100--13985264	54	3.1	54	77	6	156	40	21	7	30	1.81
13985138--13985293	54	2.9	54	83	1	188	40	21	10	28	1.85
13985119--13985361	81	3.0	79	78	9	199	38	20	13	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13985248--13985532	27	10.6	27	88	1	410	33	20	22	24	1.97
13985952--13986039	6	14.3	6	73	17	74	19	18	14	47	1.82
13985952--13986030	31	2.5	31	91	0	122	18	18	13	48	1.81
13987992--13988080	27	3.3	26	80	7	70	40	21	7	30	1.81
13988062--13988368	27	11.4	27	92	0	461	28	22	8	40	1.82
13988397--13988525	27	4.8	27	84	3	145	41	21	8	27	1.82
13988370--13988525	81	1.9	81	83	7	201	42	20	7	29	1.80
13988370--13988521	54	2.8	54	83	0	178	43	19	7	29	1.78
13988507--13988818	27	11.6	27	92	0	507	33	20	22	24	1.97
13988397--13988810	81	5.1	80	84	5	374	35	20	18	26	1.95
13989238--13989316	31	2.5	31	87	0	113	20	18	12	48	1.81
13989238--13989325	6	14.3	6	71	17	65	20	18	13	47	1.82
13990097--13990230	22	6.0	22	80	11	130	37	22	18	21	1.94
13990095--13990232	44	3.1	43	81	9	152	36	21	19	21	1.95
13991777--13991826	20	2.5	20	80	3	64	28	0	4	68	1.08
13995638--13995688	18	2.8	18	78	0	57	43	5	31	19	1.75
13997496--13997540	22	2.0	22	86	4	63	4	8	8	77	1.10
13998432--13998506	30	2.5	30	84	0	105	34	6	24	34	1.81
13998831--13999092	46	5.6	46	75	11	212	28	18	30	22	1.97
14007012--14007055	21	2.3	18	88	11	61	20	0	22	56	1.42
14012437--14012477	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
14012440--14012479	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14012498--14012573	9	8.4	9	89	5	100	27	10	21	40	1.86
14014297--14014339	17	2.5	17	85	11	52	4	6	4	83	0.89
14014313--14014356	22	2.1	22	87	8	65	6	9	6	77	1.13
14016872--14016976	43	2.4	43	85	4	140	26	11	21	40	1.87
14021239--14021362	48	2.6	48	80	11	123	29	19	28	23	1.98
14021376--14021483	49	2.3	47	83	6	128	30	17	28	23	1.97
14022963--14023229	49	5.7	47	72	14	164	26	19	30	23	1.98
14028966--14029030	32	2.1	32	94	2	114	56	15	7	20	1.63
14036870--14036983	27	4.2	26	82	11	104	34	20	24	21	1.97
14036894--14036984	28	3.3	28	86	7	116	34	20	24	20	1.97
14038665--14038764	27	3.7	28	82	9	109	40	20	10	30	1.85
14038665--14038771	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
14038749--14038809	27	2.3	27	85	0	77	32	29	8	29	1.86
14038760--14038963	27	7.6	27	89	2	257	27	24	8	39	1.84
14038841--14039088	27	9.2	27	83	1	95	34	21	8	36	1.83
14038749--14038999	54	4.6	54	84	1	171	30	23	8	38	1.84
14038895--14039171	54	5.1	53	70	11	157	36	18	8	36	1.82
14039095--14039150	27	2.1	26	87	9	78	39	10	10	39	1.75
14039191--14039268	27	2.9	27	80	14	81	33	19	21	25	1.97
14040426--14040473	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
14040517--14040555	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
14040606--14040772	24	7.0	23	87	6	219	30	22	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14040607--14040750	47	3.1	46	91	2	225	30	22	19	27	1.98
14040606--14040771	71	2.3	71	90	3	253	30	22	20	27	1.98
14040965--14041028	31	2.1	31	84	0	83	40	14	21	23	1.90
14049079--14049194	27	4.3	26	80	11	99	35	20	24	19	1.96
14049119--14049193	28	2.7	28	87	6	100	32	20	26	21	1.97
14049457--14049494	20	1.9	20	94	0	67	26	34	13	26	1.93
14065880--14065970	45	2.0	45	95	0	164	38	18	13	29	1.89
14069040--14069132	43	2.2	43	82	5	109	34	24	13	26	1.93
14069105--14069159	27	2.0	27	89	0	83	43	21	10	23	1.84
14074908--14074945	18	2.1	18	95	0	67	31	5	5	57	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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