genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89641235--89641271	19	1.9	19	88	0	56	40	2	5	51	1.39
89643312--89643419	10	10.6	10	73	16	80	34	3	0	61	1.20
89643355--89643408	9	5.7	9	81	18	65	31	3	0	64	1.11
89643356--89643408	19	2.7	20	83	13	74	30	3	0	66	1.10
89645267--89645302	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
89645987--89646014	12	2.3	12	100	0	56	25	14	25	35	1.93
89651223--89651260	19	2.0	20	84	5	51	57	7	18	15	1.62
89660452--89660497	20	2.2	20	84	3	56	50	6	8	34	1.59
89660459--89660504	20	2.2	20	92	3	74	43	4	13	39	1.63
89661316--89661422	40	2.7	40	94	0	178	30	21	28	19	1.98
89669848--89669954	40	2.7	40	94	0	178	30	21	28	19	1.98
89672510--89672607	44	2.3	42	87	8	144	21	18	27	32	1.96
89678467--89678644	85	2.1	85	97	0	338	38	8	26	26	1.85
89679913--89680507	47	12.6	46	90	2	803	33	9	29	27	1.89
89684209--89684238	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
89688699--89688801	49	2.1	48	83	5	127	24	19	30	26	1.98
89692902--89693003	43	2.4	43	93	0	177	24	15	33	26	1.95
89692991--89693061	29	2.4	29	88	4	99	26	16	30	25	1.97
89693455--89693568	40	2.8	40	82	5	140	26	20	26	27	1.99
89696761--89696885	47	2.7	47	94	2	216	32	8	29	30	1.86
89697054--89697132	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
89698792--89698831	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89700799--89701663	40	21.6	40	95	0	1462	25	27	18	28	1.98
89706714--89706758	24	1.9	24	81	4	56	17	22	17	42	1.89
89708133--89708384	55	4.7	55	80	8	258	35	18	25	21	1.95
89708137--89708337	108	1.8	110	90	6	329	32	18	26	22	1.97
89714983--89715051	28	2.4	28	85	2	84	23	33	14	28	1.94
89715547--89715586	21	1.9	21	89	0	62	35	22	10	32	1.87
89720173--89720356	40	4.6	41	83	11	206	24	22	27	25	2.00
89720173--89720356	79	2.3	81	83	8	227	24	22	27	25	2.00
89720174--89720389	79	2.7	78	79	9	190	25	22	27	24	2.00
89728819--89728858	21	1.9	21	84	0	53	35	25	10	30	1.88
89731146--89731191	13	3.7	13	75	19	53	19	0	15	65	1.28
89731792--89732048	55	4.8	55	75	10	207	36	15	25	22	1.93
89732238--89732268	16	1.9	16	100	0	62	45	0	19	35	1.51
89734164--89734206	23	1.9	23	85	4	61	46	23	4	25	1.71
89742421--89742496	40	1.9	40	84	15	104	26	23	15	34	1.95
89745532--89745729	39	5.1	39	91	0	279	24	29	20	25	1.99
89753431--89753625	39	5.0	39	87	0	239	25	27	18	28	1.98
89764254--89764288	9	3.9	9	88	11	54	34	11	11	42	1.77
89767087--89767232	40	3.7	40	87	7	208	23	28	24	23	2.00
89769287--89769509	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
89769441--89769518	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
89777141--89777361	40	5.6	40	85	5	236	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89777139--89777308	79	2.2	78	86	3	234	25	28	21	24	1.99
89777139--89777361	79	2.8	78	81	5	225	26	27	21	25	1.99
89777293--89777370	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
89783892--89784314	215	2.0	216	84	2	555	22	24	16	36	1.94
89783892--89784314	54	7.9	54	87	2	537	22	24	16	36	1.94
89784272--89784500	45	5.0	45	66	8	136	22	23	17	36	1.94
89785124--89785181	30	1.9	31	82	3	73	31	24	6	37	1.82
89789161--89789189	3	9.7	3	100	0	58	34	65	0	0	0.93
89789891--89789944	28	1.9	28	84	0	72	24	27	25	22	2.00
89790098--89790179	27	3.0	26	82	7	92	36	20	20	21	1.95
89791289--89791464	46	3.8	46	73	7	149	28	28	21	21	1.98
89795805--89795870	33	2.0	33	96	0	123	25	24	21	28	1.99
89796056--89796134	27	2.9	27	78	0	68	34	17	24	24	1.96
89796275--89796364	27	3.4	26	78	4	99	24	24	16	34	1.95
89804942--89805117	46	3.8	45	74	12	169	22	18	27	31	1.97
89804939--89805110	93	1.8	93	88	0	263	23	18	27	30	1.98
89816821--89816971	40	3.8	40	92	0	250	23	21	26	28	1.99
89816820--89816991	80	2.2	79	87	4	249	23	20	27	28	1.99
89819822--89820382	280	2.0	280	97	0	1061	24	17	21	36	1.94
89826642--89826783	40	3.6	40	84	2	189	24	23	26	25	2.00
89828442--89828493	24	2.2	24	89	0	77	44	3	40	11	1.59
89832575--89832754	39	4.6	39	90	2	281	13	25	22	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89836035--89836158	39	3.2	38	90	2	194	14	26	20	37	1.92
89836051--89836174	39	3.2	39	83	3	162	14	25	20	38	1.91
89837485--89837603	31	3.8	31	80	10	143	27	18	27	26	1.98
89840872--89840990	31	3.8	31	83	6	159	30	16	26	26	1.97
89844272--89844390	31	3.8	31	83	6	159	30	16	26	26	1.97
89844413--89844506	46	2.0	47	83	4	118	22	15	30	30	1.95
89844664--89844734	20	3.5	20	74	0	61	40	22	25	11	1.87
89845763--89845799	15	2.5	15	90	0	56	21	0	2	75	0.92
89845763--89845799	19	1.9	19	89	10	58	21	0	2	75	0.92
89851377--89851581	27	7.6	26	82	8	180	26	15	29	28	1.96
89851378--89851581	54	3.7	54	82	5	207	25	15	29	28	1.96
89851376--89851556	82	2.2	82	82	4	215	26	16	29	27	1.97
89851378--89851581	109	1.9	109	81	4	250	25	15	29	28	1.96
89859515--89859718	27	7.6	26	83	7	187	26	15	28	28	1.96
89869207--89869411	27	7.6	26	82	8	180	26	15	29	28	1.96
89869208--89869411	54	3.7	54	82	5	207	25	15	29	28	1.96
89869206--89869386	82	2.2	82	82	4	215	26	16	29	27	1.97
89869208--89869411	109	1.9	109	81	4	250	25	15	29	28	1.96
89880407--89880562	42	3.6	44	73	10	135	23	16	26	33	1.95
89891395--89891709	54	5.8	54	87	2	418	21	25	17	35	1.95
89891574--89891661	29	3.2	29	64	23	80	17	26	18	38	1.92
89891728--89891788	29	2.1	29	93	0	104	21	19	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89892599--89892656	30	1.9	31	82	3	73	31	24	8	36	1.85
89894301--89894343	22	1.9	23	90	4	70	23	51	4	20	1.66
89894707--89894740	18	1.9	18	88	5	52	11	41	29	17	1.85
89897544--89897625	27	3.0	26	84	7	101	36	20	21	20	1.95
89900325--89900415	27	3.4	26	80	6	101	27	20	14	37	1.92
89907048--89907112	33	2.0	32	93	3	112	26	23	21	29	1.99
89907297--89907375	27	2.9	27	78	0	68	34	17	24	24	1.96
89907517--89907606	27	3.4	26	81	4	108	23	23	16	36	1.94
89918171--89918216	17	2.7	17	93	0	83	21	39	26	13	1.90
89921667--89921743	26	3.0	26	78	5	84	19	16	22	41	1.90
89923858--89923909	24	2.2	24	85	0	68	44	3	38	13	1.62
89928078--89928257	39	4.6	39	90	2	281	12	24	23	39	1.90
89929569--89929685	31	3.8	31	83	6	157	29	19	27	23	1.98
89929714--89929806	46	2.0	46	83	6	116	23	15	30	31	1.95
89931596--89931775	39	4.6	39	90	2	281	15	25	21	38	1.92
89933025--89933142	31	3.8	31	85	4	157	28	20	27	23	1.99
89935048--89935227	39	4.6	39	87	2	263	13	26	22	37	1.91
89936591--89936766	46	3.8	46	78	10	196	22	20	28	28	1.98
89936587--89936759	93	1.9	93	90	0	274	22	20	28	27	1.99
89938609--89938640	15	2.1	15	94	0	55	43	21	25	9	1.82
89938777--89938838	28	2.2	28	85	2	79	29	12	32	25	1.93
89949032--89949203	39	4.5	39	83	11	207	23	21	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89949032--89949203	76	2.3	76	86	8	226	23	21	27	27	1.99
89965381--89965590	40	5.3	40	92	0	305	26	27	20	24	1.99
89965384--89965643	80	3.3	80	85	2	256	25	27	21	25	1.99
89965379--89965643	120	2.2	118	80	4	298	26	27	21	24	1.99
89968543--89968725	40	4.6	40	95	0	330	25	29	22	22	1.99
89979298--89979398	42	2.4	43	83	5	125	32	20	18	27	1.96
89981205--89981374	47	3.6	47	75	10	195	29	30	18	21	1.97
89981253--89981420	46	3.6	46	78	10	198	31	29	17	21	1.96
89981198--89981424	93	2.4	93	94	0	400	29	30	18	21	1.97
89983348--89983427	30	2.7	30	82	7	99	56	15	17	11	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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