genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24717190--24717322	54	2.5	55	87	2	198	28	24	21	26	1.99
24718482--24718571	45	2.0	44	93	2	153	34	24	12	28	1.91
24722086--24722167	27	2.7	29	80	14	71	43	3	23	29	1.70
24724637--24724737	29	3.5	28	77	8	96	26	31	11	29	1.92
24724660--24724757	28	3.5	28	85	1	133	30	34	9	25	1.87
24730565--24730960	46	8.6	46	90	1	508	41	14	23	20	1.88
24731256--24731288	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
24734082--24734185	29	3.6	29	86	1	120	24	14	32	28	1.94
24734111--24734197	29	3.0	29	89	1	104	24	16	33	26	1.95
24739060--24739216	77	2.0	77	98	0	305	31	12	21	35	1.90
24744233--24744282	22	2.2	22	96	3	91	32	0	14	54	1.40
24748815--24748847	17	1.9	17	88	11	50	54	9	0	36	1.32
24751053--24751170	62	1.9	62	82	1	148	44	10	1	44	1.48
24762315--24762422	26	4.2	26	92	0	171	36	23	7	33	1.83
24762315--24762422	52	2.1	52	94	3	191	36	23	7	33	1.83
24769394--24769496	26	4.0	26	90	0	161	36	21	7	33	1.82
24769390--24769498	52	2.1	52	94	0	191	36	22	7	33	1.82
24776587--24776646	27	2.3	27	85	2	77	25	23	16	35	1.95
24777733--24777858	6	20.5	6	71	13	87	48	15	18	18	1.81
24777732--24777790	31	1.9	31	89	0	91	50	15	20	13	1.77
24777733--24777821	37	2.4	37	84	3	108	49	15	19	15	1.80
24777764--24777823	25	2.5	24	81	10	77	48	16	16	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24777770--24777873	31	3.4	31	93	2	174	49	15	16	19	1.80
24777746--24777873	62	2.1	62	85	11	174	49	14	17	18	1.80
24777748--24777872	31	3.7	36	81	12	110	48	15	17	19	1.82
24778018--24778091	27	2.8	27	89	2	105	36	21	24	17	1.95
24778250--24778314	22	3.0	22	77	8	69	33	23	21	21	1.97
24778767--24778962	27	7.3	27	89	0	257	26	19	19	35	1.95
24778766--24778962	81	2.4	81	87	0	295	25	19	19	35	1.96
24778984--24779287	27	11.3	27	82	2	315	31	9	18	39	1.83
24784039--24784838	266	3.0	265	89	1	1206	28	16	18	37	1.92
24799409--24799464	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
24799399--24799464	20	3.3	20	93	0	114	33	12	21	33	1.90
24799514--24799632	24	5.0	24	89	5	179	27	21	21	28	1.99
24799826--24799889	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
24807365--24807412	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
24807525--24807587	23	2.7	24	95	5	119	28	22	22	26	1.99
24807553--24807624	37	1.9	37	88	0	108	22	23	20	33	1.97
24807850--24807913	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
24809287--24809345	28	2.1	27	81	9	66	42	20	0	37	1.52
24810126--24810259	39	3.4	39	89	2	198	27	4	21	46	1.71
24820066--24820236	46	3.7	45	79	14	195	28	28	20	22	1.99
24820072--24820243	93	1.8	93	91	0	281	27	27	21	23	1.99
24820066--24820259	46	4.2	46	73	14	166	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24838770--24838925	35	4.5	35	77	1	161	44	17	9	28	1.80
24840039--24840124	25	3.4	25	93	0	145	27	23	23	25	2.00
24840171--24840209	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
24840171--24840210	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
24840250--24840300	25	2.0	25	88	0	75	27	19	23	29	1.98
24952242--24952466	40	5.7	40	83	5	260	25	21	26	26	2.00
24952371--24952486	40	2.9	40	86	7	112	24	21	27	26	1.99
24952329--24952499	80	2.2	79	83	8	206	26	20	27	25	1.99
24961364--24961498	56	2.4	56	91	0	207	36	23	11	28	1.90
24972386--24972559	45	3.8	45	79	13	203	20	21	29	28	1.98
24972383--24972552	92	1.8	92	93	2	297	21	21	29	27	1.99
24975478--24975527	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
24977896--24978071	46	3.8	46	76	10	178	21	19	27	31	1.97
24977893--24978063	93	1.8	93	89	0	270	21	19	28	30	1.98
24981795--24981901	55	1.9	55	82	0	133	18	23	28	28	1.98
24989063--24989105	22	2.0	22	85	0	59	11	16	25	46	1.80
24991569--24991746	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24991590--24991745	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24999726--24999903	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24999747--24999902	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25013761--25013878	43	2.8	42	75	2	119	33	24	17	24	1.97
25017352--25017378	12	2.2	12	100	0	54	7	14	40	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25021813--25021845	17	2.0	17	88	5	50	12	42	33	12	1.79
25035180--25035240	3	20.7	3	96	3	115	0	31	0	68	0.89
25040511--25040547	19	1.9	19	88	0	56	67	0	2	29	1.04
25043078--25043148	35	2.0	35	97	0	133	42	14	5	38	1.69
25045622--25045652	14	2.2	14	100	0	62	12	25	29	32	1.93
25047145--25047317	23	7.6	22	73	16	104	37	17	20	24	1.93
25047151--25047342	69	2.8	68	75	10	199	35	17	20	26	1.94
25047194--25047322	46	2.8	45	75	6	134	36	17	20	24	1.95
25053124--25053164	18	2.3	18	87	8	57	19	46	21	12	1.82
25055175--25055283	37	2.9	37	91	0	173	28	31	17	22	1.97
25055430--25055827	48	8.1	48	90	4	602	31	25	6	36	1.81
25055430--25056085	150	4.4	146	85	9	906	32	24	6	36	1.80
25055776--25055895	62	1.9	62	94	0	213	37	19	3	40	1.68
25055892--25056085	48	4.0	48	94	1	327	30	25	7	37	1.83
25055660--25056085	164	2.7	159	82	10	533	32	23	6	37	1.80
25055611--25056039	212	2.0	208	93	2	732	33	23	5	37	1.78
25055578--25056078	260	1.9	259	93	1	860	32	24	5	37	1.80
25059499--25059941	160	2.8	160	92	0	706	28	28	19	23	1.98
25059515--25059941	40	10.7	40	89	0	602	28	28	19	23	1.98
25061300--25061470	93	1.8	93	94	0	306	26	29	21	21	1.99
25061292--25061467	46	3.8	46	82	7	221	27	29	21	21	1.98
25065203--25065345	46	3.1	45	71	23	111	28	28	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25068212--25068308	28	3.5	28	87	6	119	31	28	13	25	1.94
25085845--25086016	40	4.3	40	88	3	233	25	20	26	26	1.99
25085921--25086036	40	2.9	40	86	7	112	25	21	26	26	1.99
25085879--25086049	80	2.2	79	83	8	206	26	20	26	25	1.99
25089994--25090214	119	1.9	120	83	6	297	25	28	21	24	1.99
25089992--25090216	79	2.8	79	83	5	256	25	28	21	24	1.99
25089992--25090216	40	5.7	40	84	6	278	25	28	21	24	1.99
25092858--25092987	43	3.0	44	76	6	140	23	16	27	32	1.96
25092858--25092979	44	2.8	43	76	7	129	24	16	27	31	1.96
25098270--25098360	27	3.0	32	62	15	84	38	14	25	21	1.91
25099814--25099857	20	2.2	20	88	8	63	43	13	6	36	1.71
25101114--25101175	20	3.1	20	80	0	79	37	25	20	16	1.93
25101165--25101251	20	4.3	20	80	0	102	42	17	20	19	1.89
25105891--25105933	21	2.0	21	82	8	52	37	0	6	55	1.27
25111147--25111206	27	2.2	27	82	14	70	48	1	6	43	1.39
25111262--25111295	16	2.2	15	89	5	50	73	0	26	0	0.83
25112355--25112453	41	2.5	41	74	8	107	22	17	31	29	1.96
25126411--25126589	85	2.1	85	96	0	331	37	8	27	26	1.85
25128780--25129173	47	8.1	47	84	8	509	30	12	30	26	1.93
25128854--25128929	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
25128780--25129139	98	3.7	98	97	0	666	30	12	30	26	1.93
25128952--25129027	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25129382--25129490	37	2.9	37	93	0	173	24	19	30	25	1.98
25131229--25131277	25	2.0	25	83	0	62	32	24	14	28	1.94
25131319--25131357	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
25131318--25131357	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
25149949--25150119	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
25149941--25150116	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
25153847--25153989	46	3.1	45	72	23	120	28	29	19	22	1.98
25156854--25156951	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
25164816--25164913	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
25168454--25168626	43	3.9	44	80	10	199	28	29	19	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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