genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72914514--72914711	43	4.6	44	80	7	158	27	14	24	33	1.94
72915633--72915671	19	2.0	20	85	5	53	30	5	23	41	1.76
72916409--72916587	85	2.1	85	97	0	340	37	8	27	25	1.86
72917850--72918403	47	11.6	47	93	3	756	32	7	29	29	1.86
72917850--72918403	98	5.8	94	90	3	756	32	7	29	29	1.86
72918301--72918375	22	3.3	22	65	17	62	32	10	30	26	1.90
72922293--72922404	27	4.2	26	83	7	134	16	24	22	37	1.93
72922293--72922404	54	2.1	54	88	3	163	16	24	22	37	1.93
72929515--72929627	27	4.2	26	83	7	136	15	23	23	38	1.92
72929515--72929627	54	2.1	54	88	3	165	15	23	23	38	1.92
72932846--72932870	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
72937164--72937396	50	4.7	49	76	3	178	30	26	16	27	1.97
72937213--72937394	101	1.8	101	85	0	256	29	25	17	27	1.97
72940247--72940282	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
72940686--72940869	67	2.8	63	76	8	183	29	16	30	23	1.96
72944828--72944867	20	2.0	20	100	0	80	50	10	15	25	1.74
72945706--72945733	12	2.3	12	100	0	56	7	25	42	25	1.80
72953359--72953507	39	3.8	39	99	0	289	20	20	31	26	1.98
72953359--72953561	78	2.6	78	87	3	241	21	20	30	28	1.98
72953359--72953587	117	2.0	117	80	6	259	20	20	29	29	1.98
72958745--72958850	44	2.5	43	87	3	151	29	13	25	32	1.93
72960327--72960423	30	3.2	30	85	2	133	23	26	31	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72964448--72964529	39	2.1	39	90	0	128	20	30	24	24	1.99
72965488--72965593	50	2.1	50	80	3	124	42	21	7	28	1.80
72972278--72972400	39	3.2	39	91	0	192	23	29	22	24	1.99
72974296--72974457	24	6.8	24	65	6	87	27	14	26	32	1.94
72975567--72975617	24	2.1	24	100	0	102	37	25	3	33	1.74
72989966--72990085	46	2.6	46	89	0	186	20	21	27	30	1.98
72995856--72995983	46	2.8	46	89	2	195	21	20	28	29	1.98
72997408--72997519	27	4.1	27	80	7	120	37	24	23	15	1.93
72997408--72997519	54	2.1	54	83	3	136	37	24	23	15	1.93
73004184--73004218	10	3.4	10	84	7	52	54	8	8	28	1.60
73005273--73005384	27	4.1	27	82	7	93	36	23	23	16	1.94
73015111--73015166	29	2.0	29	89	10	89	32	28	21	17	1.96
73015781--73015822	21	2.0	21	86	4	59	47	23	2	26	1.64
73016910--73016953	23	2.0	23	86	4	63	45	18	6	29	1.75
73020607--73020676	24	3.0	24	68	19	60	25	22	17	34	1.96
73022231--73022263	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
73025156--73025245	6	16.8	5	69	24	51	75	1	5	17	1.05
73025176--73025240	6	11.0	6	80	5	62	76	1	6	15	1.05
73025176--73025227	11	4.5	11	86	11	61	78	1	5	13	1.01
73025187--73025246	22	2.7	22	87	7	77	78	1	3	16	0.97
73028985--73029058	37	2.0	37	100	0	148	21	10	21	45	1.82
73030584--73030608	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73033419--73033591	45	3.8	46	78	17	198	21	21	28	27	1.99
73033419--73033588	93	1.8	92	94	1	304	21	21	29	27	1.99
73040950--73041122	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
73040947--73041117	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
73041983--73042025	20	2.2	20	82	0	50	51	2	2	44	1.27
73047703--73047732	15	2.0	15	93	0	51	40	10	20	30	1.85
73054359--73054414	24	2.3	24	100	0	112	33	0	35	30	1.58
73054359--73054426	24	2.8	24	93	4	102	35	1	35	27	1.66
73055845--73055957	27	4.2	26	81	7	118	15	25	23	36	1.93
73055845--73055957	54	2.1	53	85	6	147	15	25	23	36	1.93
73062124--73062180	24	2.4	24	100	0	114	33	0	36	29	1.58
73062124--73062192	24	2.9	24	93	4	104	34	1	36	27	1.66
73063606--73063659	27	2.0	28	85	3	74	20	25	20	33	1.97
73066103--73066133	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
73066100--73066139	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
73066323--73066579	55	4.9	54	78	12	232	21	26	17	34	1.96
73071169--73071313	40	3.6	40	83	4	175	24	26	23	25	2.00
73076542--73076591	26	1.9	26	83	0	64	32	0	20	48	1.50
73079843--73079929	43	2.0	43	100	0	174	36	13	20	28	1.91
73080360--73080472	22	5.1	22	82	12	133	33	18	23	24	1.97
73080360--73080472	44	2.5	45	90	4	176	33	18	23	24	1.97
73083990--73084058	28	2.5	28	82	0	84	27	5	31	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73086504--73086581	28	2.8	28	84	0	102	25	12	33	28	1.93
73095929--73096092	85	1.9	86	83	1	213	26	18	24	30	1.98
73098226--73098261	17	2.1	17	100	0	72	38	5	30	25	1.78
73106670--73106786	15	8.1	14	72	17	62	26	8	0	64	1.22
73106658--73106765	29	3.8	28	73	22	82	26	8	0	63	1.28
73106733--73106778	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
73106701--73106822	52	2.4	54	74	18	125	27	7	0	64	1.20
73106851--73106875	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
73106927--73107018	25	3.6	25	72	8	76	30	8	1	59	1.34
73113653--73114028	177	2.1	177	89	1	583	31	18	21	28	1.97
73113886--73114183	133	2.2	132	91	1	355	30	16	21	30	1.96
73113709--73114366	311	2.1	310	85	3	833	31	17	21	28	1.97
73114551--73114848	133	2.2	133	90	0	470	30	18	21	29	1.96
73114019--73114695	177	3.8	177	88	1	955	31	18	22	28	1.97
73113653--73115208	665	2.3	665	92	0	2603	31	18	22	27	1.97
73113709--73115179	488	3.0	483	84	5	1781	30	18	22	28	1.97
73114684--73115206	177	2.9	177	89	0	787	30	18	22	27	1.98
73115173--73115688	44	11.6	44	66	16	215	31	21	25	22	1.98
73115149--73115734	88	6.6	88	87	2	782	32	20	24	22	1.98
73116644--73116754	17	6.0	18	66	30	56	26	8	0	64	1.27
73116670--73116732	29	2.2	28	81	13	74	28	9	0	61	1.27
73116639--73116783	43	3.3	43	78	9	125	26	8	0	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73116699--73116744	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
73119859--73120020	44	3.8	42	76	8	157	31	25	17	25	1.97
73121562--73121617	28	2.0	28	85	0	76	30	23	21	25	1.99
73123878--73123938	28	2.2	28	87	0	86	29	27	19	22	1.98
73124089--73124153	27	2.4	27	82	2	78	40	21	21	16	1.92
73124289--73124379	27	3.4	27	76	11	96	25	18	19	36	1.95
73124301--73124380	27	3.0	27	84	0	115	25	20	20	35	1.96
73132753--73132818	28	2.4	28	86	0	105	33	24	16	25	1.96
73147311--73147426	43	2.7	43	80	0	142	35	25	14	24	1.94
73148861--73148891	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44
73152177--73152215	18	2.2	18	90	4	62	23	2	0	74	0.94
73152322--73152363	8	5.4	8	82	5	50	16	0	2	80	0.81
73152321--73152370	15	3.3	15	88	0	64	22	0	2	76	0.89
73153152--73153198	21	2.2	21	84	3	58	38	44	2	14	1.58
73153159--73153191	14	2.3	15	89	5	50	36	45	3	15	1.61
73153186--73153246	14	4.3	14	81	4	68	50	27	0	21	1.49
73153388--73153501	7	16.0	7	74	10	63	43	35	1	19	1.61
73153441--73153516	21	3.6	21	74	13	66	43	39	1	15	1.55
73152972--73153699	324	2.3	307	83	7	847	45	23	1	29	1.63
73153772--73153920	41	3.7	40	77	7	140	30	20	22	27	1.98
73153865--73154106	132	1.8	133	90	2	389	31	20	20	28	1.97
73171389--73171413	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73175444--73175472	12	2.4	12	100	0	58	27	6	6	58	1.50
73178711--73178740	12	2.6	12	94	5	53	33	3	0	63	1.11
73178742--73178781	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
73183547--73183630	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66
73183551--73183644	28	3.6	24	78	18	91	15	4	34	45	1.66
73183834--73183920	21	4.0	23	75	13	85	14	22	26	35	1.94
73188966--73189012	18	2.6	19	77	19	55	70	4	19	6	1.26
73189082--73189129	18	2.5	20	80	12	66	66	0	25	8	1.19
73205141--73205182	21	1.9	22	85	9	59	66	21	0	11	1.23
73205664--73205729	18	3.6	18	69	27	50	39	6	0	54	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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