genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80501790--80501971	80	2.3	80	92	2	296	28	25	22	23	1.99
80509829--80510010	40	4.6	40	88	2	260	28	26	21	23	1.99
80509829--80510010	80	2.3	80	90	2	287	28	26	21	23	1.99
80526691--80526799	37	2.9	37	97	0	200	27	33	18	20	1.96
80526950--80527046	50	1.9	50	85	4	133	28	23	8	39	1.84
80527004--80527196	47	4.1	47	90	2	246	26	28	10	34	1.90
80527049--80527167	23	5.1	22	62	28	59	24	30	13	31	1.93
80531085--80531444	40	9.1	40	89	2	523	25	28	21	24	1.99
80531085--80531444	78	4.6	80	91	2	559	25	28	21	24	1.99
80531085--80531444	157	2.3	157	89	4	546	25	28	21	24	1.99
80532706--80532848	37	3.9	37	94	3	247	27	32	18	21	1.97
80532706--80532848	72	2.0	73	93	4	245	27	32	18	21	1.97
80532999--80533095	50	1.9	50	89	4	151	28	25	8	37	1.85
80533053--80533198	47	3.1	46	85	2	168	26	28	10	35	1.89
80537117--80537478	40	9.1	40	90	0	532	26	28	20	24	1.99
80538744--80538852	37	2.9	37	94	0	191	27	32	19	21	1.97
80539003--80539099	50	1.9	50	87	8	144	29	24	8	37	1.85
80539057--80539249	47	4.1	47	89	3	248	26	27	10	34	1.90
80539102--80539177	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
80543292--80543359	35	1.9	35	90	0	109	19	22	38	20	1.94
80544349--80544375	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
80546473--80546509	13	2.8	13	84	15	58	75	2	5	16	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80550533--80550626	28	3.2	27	70	21	73	26	26	19	27	1.99
80550530--80550662	60	2.2	61	82	9	166	27	25	17	30	1.97
80551323--80551349	8	3.4	8	100	0	54	0	22	22	55	1.44
80557844--80557919	31	2.5	31	97	0	143	23	32	28	14	1.94
80571233--80571314	26	3.2	26	92	0	146	31	6	26	35	1.81
80574550--80574935	48	8.0	48	96	0	682	34	6	27	31	1.82
80575078--80575180	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
80576473--80576799	40	8.2	40	97	0	600	24	19	29	26	1.99
80576831--80576987	28	5.6	27	77	8	143	21	18	29	30	1.97
80576859--80576987	29	4.5	28	78	8	118	21	17	30	31	1.96
80576827--80577015	57	3.3	57	86	2	247	22	17	30	29	1.97
80579805--80580190	48	8.0	48	92	3	625	34	5	27	31	1.81
80579814--80580192	98	4.0	96	93	3	633	34	6	27	31	1.81
80579814--80580190	146	2.6	145	94	2	663	34	6	27	31	1.81
80580330--80580468	37	3.8	37	95	1	244	24	20	30	24	1.98
80580330--80580468	73	1.9	74	93	1	244	24	20	30	24	1.98
80581746--80582037	40	7.3	40	94	0	487	25	19	28	27	1.99
80582069--80582223	28	5.5	28	75	9	116	21	18	28	30	1.97
80582097--80582225	29	4.5	28	76	8	109	22	17	29	31	1.96
80582067--80582253	57	3.3	57	84	2	234	22	18	29	29	1.97
80585832--80586118	48	5.9	48	92	0	475	35	5	26	31	1.81
80586248--80586395	37	4.0	37	95	1	244	26	18	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80594103--80594141	20	2.0	20	89	0	60	35	12	2	48	1.55
80609326--80609366	21	2.0	21	95	0	73	29	14	31	24	1.95
80615410--80615449	19	2.1	18	86	9	53	75	5	2	17	1.10
80617465--80617576	56	2.0	57	84	5	147	21	19	22	36	1.95
80625963--80626001	19	2.1	19	100	0	78	28	10	20	41	1.85
80627880--80627922	14	2.8	16	86	10	54	62	4	2	30	1.28
80628552--80628584	15	2.2	15	100	0	66	30	0	30	39	1.57
80628799--80628854	28	2.0	28	100	0	112	28	10	14	46	1.78
80629388--80629594	103	2.0	103	96	0	378	30	20	24	24	1.99
80633139--80633175	19	1.9	19	100	0	74	64	2	0	32	1.07
80633218--80633250	6	5.5	6	86	13	50	84	0	0	15	0.61
80633218--80633251	13	2.8	13	91	8	54	85	0	0	14	0.60
80644592--80644881	27	10.7	27	88	0	373	28	21	8	41	1.83
80644860--80645190	54	6.1	54	73	10	228	40	21	8	30	1.83
80644874--80645080	80	2.6	81	83	3	240	41	22	8	28	1.83
80645084--80645162	29	2.8	28	76	17	83	45	16	5	32	1.69
80644869--80645191	27	11.9	27	77	6	199	40	20	8	30	1.82
80645210--80645283	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
80645223--80645287	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
80645985--80646060	20	3.9	20	88	8	104	36	10	19	32	1.86
80646110--80646284	26	6.8	26	88	0	246	27	22	22	28	1.99
80646110--80646284	52	3.4	52	93	1	300	27	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80653010--80653042	14	2.3	15	89	5	50	54	6	15	24	1.63
80653676--80653918	119	2.0	119	97	0	459	34	4	18	41	1.71
80655958--80656002	20	2.3	19	85	11	63	33	13	35	17	1.89
80656422--80656451	14	2.1	14	100	0	60	26	16	13	43	1.85
80657037--80657100	33	2.0	33	87	3	94	53	7	15	23	1.68
80658163--80658259	45	2.2	45	88	0	140	39	15	20	24	1.91
80659162--80659194	16	2.1	16	88	11	50	9	6	27	57	1.53
80659191--80659245	27	2.0	27	100	0	110	25	7	21	45	1.77
80663387--80663679	41	7.1	42	84	4	134	35	21	22	20	1.96
80663460--80663679	41	5.4	41	90	1	334	33	23	23	20	1.97
80663460--80663679	83	2.7	83	87	2	329	33	23	23	20	1.97
80663842--80663895	7	7.7	7	80	0	54	27	0	25	46	1.53
80663837--80663895	14	4.2	14	77	0	64	28	0	23	47	1.52
80668358--80668391	15	2.3	15	94	0	59	14	11	20	52	1.73
80669598--80669704	43	2.5	43	84	3	144	26	17	26	29	1.98
80671786--80671920	67	2.0	67	92	0	225	34	12	24	28	1.92
80677515--80677595	42	1.9	42	100	0	162	45	13	4	35	1.65
80682129--80682521	18	21.1	18	71	11	220	38	15	11	34	1.83
80682159--80682277	62	1.9	61	84	1	157	40	15	10	34	1.80
80682142--80682379	97	2.4	97	95	1	422	39	15	10	34	1.82
80682690--80682799	45	2.4	45	86	0	157	40	19	20	20	1.91
80682685--80682822	45	2.9	49	78	11	151	39	20	21	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80682777--80682801	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
80684324--80684368	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
80686484--80686536	27	2.0	25	82	17	63	20	28	15	35	1.93
80687917--80688051	70	1.9	70	93	0	234	31	12	19	36	1.89
80688823--80688994	43	4.0	44	83	3	206	28	20	29	22	1.98
80701203--80701288	8	9.9	8	74	21	68	79	0	3	17	0.88
80701211--80701297	6	13.8	6	75	9	75	79	0	3	17	0.87
80703333--80703374	22	1.9	22	85	0	57	11	38	16	33	1.86
80708853--80708884	15	2.1	16	88	11	50	53	21	3	21	1.60
80716660--80716747	40	2.2	40	83	4	106	25	17	21	36	1.94
80718210--80718242	16	2.1	16	94	0	57	33	15	21	30	1.94
80722882--80723025	40	3.6	40	94	0	243	26	27	23	22	1.99
80733052--80733412	47	7.8	46	70	14	217	27	19	29	23	1.98
80733051--80733412	91	3.9	91	81	5	365	27	19	29	24	1.98
80734173--80734291	55	2.2	55	86	3	159	17	17	36	28	1.93
80740582--80740992	47	8.8	47	73	10	263	28	20	27	24	1.99
80740580--80740890	91	3.4	90	85	5	367	27	19	27	24	1.99
80742743--80742790	6	7.8	6	88	2	60	41	16	22	18	1.90
80742770--80742880	45	2.5	45	91	5	172	42	17	18	21	1.89
80748849--80748965	59	2.0	59	98	0	225	23	17	25	33	1.96
80757660--80757688	13	2.3	13	94	5	51	13	6	6	72	1.26
80758865--80758926	33	1.9	32	87	9	90	4	4	14	75	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80768841--80769273	215	2.0	215	92	0	722	27	21	19	31	1.97
80774117--80774337	47	4.7	47	81	10	224	23	28	19	28	1.98
80774216--80774385	46	3.7	46	77	15	129	24	29	17	28	1.97
80774120--80774386	140	1.9	140	80	6	317	23	28	18	29	1.98
80778052--80778096	23	2.0	23	100	0	90	11	26	13	48	1.75
80781743--80781810	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
80781912--80781990	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
80789910--80789977	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
80790079--80790157	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
80792074--80792194	55	2.2	55	79	5	129	21	36	23	18	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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