Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  64  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19549126--19549211
9
9.6
9
93
0
109
44
22
8
25
1.80
19549231--19549283
6
8.5
6
83
8
70
16
0
5
77
0.96
19549309--19549346
18
2.1
18
100
0
76
10
0
47
42
1.38
19549308--19549332
13
1.9
13
100
0
50
12
0
48
40
1.40
19549436--19549470
18
1.9
18
94
0
61
28
17
8
45
1.77
19553417--19553457
21
2.0
21
85
9
57
31
0
2
65
1.05
19567850--19567885
5
7.4
5
96
3
65
61
0
0
38
0.96
19571678--19571734
19
2.9
18
76
10
51
38
1
3
56
1.27
19571734--19571934
104
1.9
107
85
5
284
41
7
7
42
1.62
19572322--19572394
30
2.5
29
80
12
78
56
5
5
32
1.45
19577381--19577419
20
2.0
20
84
0
51
74
5
2
17
1.12
19577436--19577512
9
8.6
9
81
5
59
28
10
16
44
1.81
19577436--19577512
18
4.3
18
79
12
95
28
10
16
44
1.81
19577436--19577512
27
2.9
27
82
7
93
28
10
16
44
1.81
19578377--19578406
14
2.1
14
93
0
51
46
36
0
16
1.47
19585364--19585406
15
2.9
15
83
16
63
53
0
0
46
1.00
19592390--19592457
33
2.0
34
97
2
129
41
17
8
32
1.80
19593277--19593319
21
2.0
21
95
0
77
27
0
37
34
1.57
19593300--19593332
16
2.1
16
94
0
57
33
0
36
30
1.58
19593311--19593405
45
2.1
44
88
1
136
34
5
27
32
1.79
19593567--19593601
18
2.0
17
88
5
52
54
0
0
45
0.99
19593525--19593597
27
2.7
27
76
8
76
52
2
0
45
1.15
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19593711--19593745
18
2.0
17
88
5
52
54
0
0
45
0.99
19593486--19593757
144
1.9
147
94
3
487
46
3
2
47
1.32
19593731--19593909
55
3.1
54
64
22
128
49
7
2
41
1.43
19593726--19593913
61
3.1
61
68
14
190
49
6
2
41
1.41
19593694--19593916
120
1.9
120
97
0
419
49
6
2
42
1.40
19593831--19593865
18
2.0
17
88
5
52
60
0
0
40
0.97
19593906--19593952
17
2.9
16
78
18
53
46
2
6
44
1.40
19593925--19593958
17
2.0
17
94
0
59
50
0
5
44
1.26
19593991--19594184
93
2.1
92
87
5
277
46
4
4
44
1.41
19602886--19602911
6
4.3
6
100
0
52
84
0
0
15
0.62
19604036--19604072
17
2.2
17
90
0
56
64
5
0
29
1.15
19605754--19605911
43
3.7
42
73
14
126
25
17
24
32
1.97
19607202--19607243
22
1.9
22
100
0
84
33
7
19
40
1.78
19607941--19607973
17
1.9
17
88
11
50
0
12
3
84
0.72
19607934--19607988
27
2.0
27
82
0
65
3
14
1
80
0.94
19611533--19611708
47
3.7
47
88
1
237
32
9
31
27
1.88
19611829--19611905
37
2.1
37
90
0
118
22
19
32
25
1.97
19620887--19620926
20
2.0
20
85
0
53
35
2
5
57
1.34
19623103--19623230
48
2.7
48
82
4
143
23
21
26
28
1.99
19623187--19623359
93
1.9
93
83
2
231
26
19
24
29
1.99
19623138--19623365
48
4.8
48
69
12
148
25
19
24
30
1.98
19630859--19630971
48
2.4
48
87
3
156
25
19
25
29
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19631658--19631691
16
2.1
15
89
10
50
70
5
2
20
1.21
19632182--19632295
13
8.8
13
68
20
51
66
0
0
31
1.03
19632191--19632308
3
39.0
3
71
25
81
64
0
0
33
1.05
19632182--19632308
10
12.0
11
75
18
94
65
0
0
33
1.04
19632177--19632305
35
3.6
35
74
19
108
64
1
0
33
1.09
19632187--19632308
43
2.9
41
77
20
135
64
0
0
33
1.05
19632295--19632333
21
2.0
21
85
10
55
46
2
2
48
1.29
19632340--19632396
29
2.0
29
89
0
87
64
0
1
33
1.04
19632558--19632615
30
1.9
30
85
0
80
58
6
13
20
1.58
19633977--19634600
45
14.0
45
65
19
254
26
27
15
29
1.96
19633977--19634557
90
6.5
90
94
0
1022
26
28
15
29
1.96
19640787--19640823
18
2.1
18
100
0
74
27
40
10
21
1.86
19642585--19642609
10
2.5
10
100
0
50
0
40
0
60
0.97
19646622--19646702
13
5.7
13
75
22
58
62
1
2
33
1.16
19646645--19646748
17
6.6
17
73
21
66
65
1
0
31
1.10
19646614--19646750
29
4.7
29
76
18
108
66
1
1
30
1.09
19646667--19646748
25
3.2
24
79
8
76
67
2
0
30
1.04
19646606--19646752
15
9.8
13
69
25
55
66
1
1
30
1.08
19646606--19646752
43
3.2
45
77
18
146
66
1
1
30
1.08
19646681--19646752
33
2.2
34
87
5
103
69
1
0
29
0.97
19646784--19646840
29
2.0
29
92
0
96
66
0
0
33
0.92
19647002--19647059
30
1.9
30
85
0
80
58
6
13
20
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19651318--19651355
20
1.9
20
84
10
51
36
10
2
50
1.51
19655821--19655890
20
3.6
19
76
1
68
47
12
4
35
1.62
19655812--19655899
40
2.2
40
87
4
124
47
13
6
31
1.69
19657413--19657473
14
4.4
14
76
0
68
57
4
18
19
1.58
19657413--19657473
28
2.2
28
85
5
79
57
4
18
19
1.58
19657777--19657817
21
1.9
22
85
14
59
48
12
4
34
1.62
19659623--19659678
26
2.2
26
83
6
69
60
5
0
33
1.19
19661473--19661690
88
2.5
87
87
2
285
29
22
18
29
1.97
19661478--19661706
87
2.6
88
86
2
291
29
21
17
30
1.97
19664799--19664883
40
2.2
39
85
4
116
24
27
22
25
2.00
19664822--19664902
40
2.1
39
92
2
135
27
27
20
24
1.99
19672520--19672562
15
2.9
15
80
16
54
39
11
25
23
1.88
19676657--19676712
26
2.2
26
83
6
69
60
5
0
33
1.19
19691988--19692115
44
2.9
44
85
0
175
20
17
28
33
1.96
19694175--19694297
65
1.9
65
89
1
192
29
26
12
32
1.92
19695565--19695609
12
3.6
12
88
8
63
71
0
8
20
1.12
19695654--19695934
3
95.3
3
73
11
118
56
1
9
31
1.41
19695736--19695786
13
3.8
13
80
12
50
58
1
9
29
1.41
19697018--19697056
14
2.7
14
92
4
60
2
2
43
51
1.29
19697779--19697934
45
3.5
45
87
1
190
30
27
16
26
1.96
19698546--19698571
13
2.0
13
100
0
52
38
7
23
30
1.83
19709870--19709933
26
2.5
26
82
10
85
73
4
3
18
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19709903--19709953
21
2.5
19
81
15
50
70
3
3
21
1.20
19709991--19710017
3
9.0
3
100
0
54
33
0
33
33
1.58
19710019--19710269
3
85.0
3
75
9
187
61
1
5
31
1.30
19710927--19710957
3
10.7
3
93
6
55
70
0
0
29
0.87
19713006--19713074
30
2.5
28
84
13
90
36
5
1
56
1.32
19713588--19713634
18
2.5
20
76
13
55
51
10
0
38
1.37
19715226--19715272
19
2.4
19
83
16
60
70
4
0
25
1.05
19718774--19718809
18
2.1
17
94
5
63
50
5
0
44
1.25
19722765--19722813
21
2.3
21
89
0
71
16
44
26
12
1.82
19724252--19724293
21
1.9
23
90
9
70
38
16
9
35
1.81
19727384--19727493
38
2.8
38
83
4
121
43
23
18
14
1.87
19729060--19729127
34
2.0
34
88
0
100
16
8
17
57
1.64
19732043--19732082
11
3.6
11
82
0
53
60
10
10
20
1.57
19735820--19735966
43
3.5
42
77
8
154
26
15
23
34
1.94
19738031--19738085
27
2.0
27
96
0
101
36
10
12
40
1.79
19743564--19743678
43
2.7
44
84
2
144
22
14
27
34
1.94
19743780--19743845
33
2.0
32
88
2
96
37
6
30
25
1.80
19747453--19747493
19
2.2
19
86
0
55
75
17
4
2
1.08
19749878--19749960
39
2.2
39
88
2
123
25
24
8
42
1.82
19751704--19751763
30
2.0
30
93
0
102
21
15
26
36
1.93
19756670--19756733
30
2.1
30
88
0
92
29
9
26
34
1.88
19757093--19757223
46
2.8
46
83
6
149
29
19
29
22
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19767231--19767281
21
2.4
21
100
0
102
19
35
29
15
1.93
19773393--19773520
57
2.2
58
91
1
204
26
16
17
39
1.91
19787702--19787762
24
2.5
25
81
7
72
65
0
0
34
0.93
19787722--19787756
16
2.2
16
90
5
54
71
0
0
28
0.86
19787999--19788038
13
3.3
13
76
20
50
37
7
0
55
1.29
19787997--19788047
23
2.2
23
85
0
66
35
9
1
52
1.46
19792184--19792244
29
2.1
28
85
8
79
47
0
0
52
1.00
19792753--19792804
14
3.8
14
78
14
63
55
3
0
40
1.18
19795041--19795087
21
2.3
21
85
3
60
53
6
6
34
1.52
19796576--19796609
18
1.9
17
94
5
59
55
0
0
44
0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362