genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11984015--11984627	204	3.0	204	99	0	1208	41	21	12	24	1.88
11991829--11991867	19	2.1	19	85	0	51	41	2	5	51	1.38
11993425--11993468	21	2.2	20	95	4	79	50	0	0	50	1.00
11993425--11993477	21	2.5	21	87	6	63	49	0	0	50	1.00
11994894--11995004	43	2.6	43	94	0	186	23	20	27	27	1.99
11995083--11995163	31	2.5	31	82	4	90	60	18	4	16	1.53
11995885--11995913	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
12001086--12001416	97	3.4	97	87	3	452	37	2	13	47	1.56
12001086--12001418	53	6.6	53	75	15	312	36	2	13	47	1.56
12001137--12001416	44	6.2	44	84	8	364	37	2	12	46	1.57
12001528--12001583	15	3.8	15	77	13	71	57	0	1	41	1.09
12001757--12001827	24	3.0	24	93	0	124	43	8	19	28	1.80
12001875--12002071	64	3.1	64	97	0	367	47	3	11	37	1.57
12002860--12002885	7	3.7	7	100	0	52	69	15	15	0	1.20
12007750--12007863	22	5.1	21	75	16	88	38	17	24	19	1.93
12007752--12007926	25	7.4	24	81	8	173	35	17	25	21	1.95
12007752--12007926	47	3.7	46	86	6	201	35	17	25	21	1.95
12011118--12011162	18	2.5	18	88	0	72	44	8	28	17	1.79
12011173--12011234	31	2.0	31	87	0	88	59	4	20	14	1.53
12011491--12011519	13	2.2	13	100	0	58	51	27	6	13	1.66
12013504--12013530	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
12018723--12018779	28	2.0	28	93	0	96	45	5	12	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12020366--12020583	48	4.6	47	78	10	200	25	31	18	24	1.98
12027058--12027111	27	2.0	27	92	0	90	18	37	22	22	1.95
12028178--12028296	45	2.5	47	77	13	120	26	27	17	28	1.98
12034935--12034989	27	2.0	27	96	0	101	32	10	34	21	1.89
12047940--12047989	26	1.9	26	92	8	84	60	2	30	8	1.37
12050079--12050106	13	2.2	13	100	0	56	53	21	0	25	1.46
12053092--12053160	30	2.3	31	85	7	88	49	20	8	21	1.76
12053336--12053383	3	16.0	3	95	0	87	68	0	31	0	0.90
12056382--12056485	26	4.0	26	94	0	190	35	25	6	31	1.82
12062041--12062200	26	6.2	26	98	0	302	35	25	7	31	1.84
12063888--12063918	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
12071492--12071599	49	2.2	49	98	0	207	31	18	16	33	1.93
12080766--12080795	6	5.0	6	95	0	51	36	0	0	63	0.95
12092628--12092681	25	2.1	26	86	10	76	62	1	3	31	1.23
12093314--12093345	14	2.2	15	94	5	57	59	0	0	40	0.97
12093389--12093422	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
12093490--12093547	30	1.9	30	82	10	73	46	13	6	32	1.70
12098854--12098962	33	3.3	33	78	6	123	33	22	11	33	1.89
12106224--12106332	33	3.3	33	78	6	123	34	22	11	32	1.89
12112202--12112350	57	2.6	57	83	7	169	30	15	22	32	1.95
12112202--12112315	58	2.0	58	87	5	169	29	14	21	33	1.94
12112877--12112935	29	2.0	29	93	0	100	33	13	18	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12114017--12114111	46	2.1	46	95	0	172	40	18	5	35	1.74
12114131--12114174	21	2.1	21	95	0	79	34	9	20	36	1.84
12115317--12115407	45	2.0	44	91	2	146	32	13	7	46	1.71
12115949--12115981	15	2.1	16	88	5	50	60	3	9	27	1.42
12117560--12117595	10	3.6	10	84	0	54	36	19	25	19	1.95
12119381--12119443	12	5.6	11	72	22	51	4	22	3	69	1.21
12119340--12119460	18	6.8	18	69	16	65	8	23	2	65	1.33
12119437--12119486	16	3.1	16	75	16	57	14	18	0	68	1.22
12124446--12124528	43	1.9	43	95	0	148	21	18	31	28	1.97
12125979--12126028	23	2.2	23	92	0	82	14	36	26	24	1.93
12125979--12126036	23	2.5	23	88	0	71	12	31	31	25	1.92
12136012--12136196	40	4.6	39	82	6	196	25	22	27	24	2.00
12136012--12136196	79	2.3	80	83	7	216	25	22	27	24	2.00
12136065--12136229	79	2.1	79	83	6	201	27	21	26	24	1.99
12143897--12144081	79	2.3	81	82	9	220	24	22	27	25	2.00
12143898--12144081	40	4.6	40	80	9	198	25	22	27	25	2.00
12143950--12144114	79	2.1	79	83	6	201	26	21	26	25	1.99
12151267--12151391	43	2.9	43	85	3	146	20	18	32	28	1.96
12152162--12152197	19	1.9	19	88	5	56	38	2	25	33	1.70
12158157--12158198	21	2.0	21	85	4	57	50	7	26	16	1.71
12165462--12165583	35	3.5	35	88	2	183	27	13	24	34	1.93
12167060--12167099	22	1.9	19	85	14	53	25	0	5	70	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12168914--12169037	45	2.8	45	81	2	142	38	15	19	26	1.91
12169060--12169158	46	2.2	46	81	1	119	46	16	19	18	1.84
12176743--12176892	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
12176767--12176950	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
12198670--12198784	55	2.1	55	81	0	131	18	25	28	27	1.98
12206014--12206047	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
12208811--12208938	28	4.5	28	84	4	150	29	11	25	33	1.91
12219241--12219371	50	2.8	44	83	11	131	26	26	17	29	1.98
12219254--12219508	46	5.4	47	74	14	174	23	27	19	29	1.98
12219238--12219512	94	2.9	93	78	13	262	24	27	19	28	1.98
12226314--12226402	44	2.0	44	95	0	160	26	11	19	42	1.84
12236877--12236901	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
12237617--12237932	44	6.8	46	74	11	234	29	20	29	21	1.98
12244057--12244090	4	8.5	4	86	0	50	20	0	2	76	0.92
12244487--12244511	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
12245208--12245469	44	5.7	44	72	11	168	31	19	26	22	1.98
12245255--12245519	47	5.6	48	71	13	210	32	20	26	21	1.97
12245206--12245522	93	3.4	90	79	11	361	30	19	27	21	1.98
12253950--12253974	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
12255448--12255476	13	2.1	14	93	6	51	31	6	0	62	1.22
12255418--12255481	18	3.6	19	80	12	66	31	7	1	59	1.35
12256450--12256489	21	1.9	21	90	10	64	30	0	25	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12258387--12258449	30	2.1	30	93	0	108	26	4	9	58	1.49
12263892--12263919	14	2.0	14	100	0	56	35	7	28	28	1.84
12264391--12264416	11	2.4	11	100	0	52	76	0	0	23	0.78
12264977--12265016	5	8.0	5	91	0	62	40	0	2	57	1.12
12265077--12265118	17	2.4	19	80	15	54	71	0	26	2	0.98
12265369--12265397	9	3.2	9	100	0	58	48	0	10	41	1.37
12267145--12267241	23	4.3	23	90	5	162	31	26	20	20	1.97
12267152--12267241	44	2.0	44	95	0	162	32	26	21	20	1.97
12274488--12274585	23	4.3	23	92	2	153	32	26	20	20	1.97
12274495--12274583	45	2.0	45	93	0	151	32	26	21	19	1.97
12278530--12278573	21	2.1	21	100	0	88	20	0	27	52	1.47
12282286--12282357	37	1.9	37	94	5	128	52	0	19	27	1.46
12284098--12284136	19	2.1	19	100	0	78	53	30	0	15	1.42
12284405--12284490	35	2.5	35	90	1	129	32	22	15	30	1.94
12286639--12286912	24	11.2	24	70	17	109	59	6	5	28	1.44
12286632--12286946	26	12.5	25	70	16	154	60	5	5	29	1.42
12286632--12287161	26	21.6	25	65	18	145	59	5	5	30	1.42
12287069--12287178	26	4.2	26	77	8	100	59	2	6	31	1.37
12288369--12288419	17	3.1	17	77	13	61	7	1	35	54	1.40
12288855--12289287	44	9.8	45	75	10	178	29	24	18	27	1.98
12288858--12289286	89	4.9	89	76	8	279	29	24	18	27	1.98
12288855--12289198	133	2.6	133	85	1	456	29	25	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12288855--12289271	133	3.1	133	83	1	444	28	25	18	28	1.98
12292203--12292274	37	1.9	37	94	5	128	52	0	19	27	1.46
12302164--12302215	24	2.2	23	93	3	86	61	3	7	26	1.41
12302170--12302221	24	2.2	24	89	6	79	59	3	5	30	1.39
12302250--12302359	26	4.2	26	82	8	118	60	2	4	32	1.31
12302250--12302359	54	2.1	54	85	9	149	60	2	4	32	1.31
12306210--12306527	104	3.1	104	97	0	595	29	29	21	20	1.98
12306923--12306986	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
12306930--12306986	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
12310250--12310329	35	2.3	35	86	2	117	27	10	26	36	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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