genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70515886--70515976	27	3.4	25	76	13	83	35	20	18	25	1.96
70515886--70515992	27	4.0	27	80	4	81	36	18	20	24	1.95
70516335--70516392	18	3.2	18	71	9	55	27	20	12	39	1.88
70516383--70516509	34	3.7	34	86	2	148	31	22	18	27	1.97
70526755--70526827	27	2.7	27	78	6	67	36	23	10	28	1.89
70529900--70530060	27	6.0	27	67	13	89	31	19	12	36	1.89
70531550--70531759	104	2.0	105	92	2	352	38	14	14	32	1.87
70536693--70536823	51	2.6	51	86	2	183	24	26	12	35	1.92
70540193--70540513	46	7.0	46	87	2	394	23	24	14	38	1.91
70542597--70542648	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
70546618--70546678	18	3.6	18	66	29	53	22	8	9	59	1.56
70546622--70546689	33	2.1	33	97	0	127	20	7	10	61	1.51
70549586--70549760	49	3.7	48	73	13	157	26	19	30	23	1.98
70552539--70552633	23	4.3	23	74	16	78	60	1	5	33	1.26
70552590--70552791	7	29.1	7	66	23	90	60	0	2	35	1.15
70552546--70552789	21	11.6	21	68	22	108	60	0	4	34	1.21
70552613--70552784	16	10.8	16	67	19	51	61	0	3	34	1.18
70552568--70552798	11	19.4	12	66	24	75	61	0	3	33	1.18
70552710--70552757	20	2.4	21	76	16	57	60	0	8	31	1.26
70552568--70552734	24	7.0	25	64	26	60	62	1	3	32	1.20
70552587--70552716	30	4.6	28	70	19	76	62	0	1	35	1.10
70555744--70555768	9	2.8	9	100	0	50	32	36	0	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70556383--70556479	48	2.0	48	100	0	194	24	16	8	50	1.72
70568952--70568993	18	2.3	18	84	8	59	14	7	0	78	0.95
70568959--70569031	30	2.3	32	86	4	105	13	15	0	71	1.15
70568989--70569023	18	1.9	18	88	0	52	8	20	0	71	1.11
70571684--70571738	23	2.4	22	81	9	56	61	12	5	20	1.50
70579526--70579605	25	3.2	26	73	18	80	31	20	23	25	1.98
70597846--70597891	19	2.4	19	85	3	56	28	4	4	63	1.33
70612425--70612518	40	2.3	40	89	3	136	24	29	22	23	1.99
70612453--70612585	67	2.0	67	82	5	162	24	27	21	26	1.99
70616927--70617061	35	3.7	37	79	10	152	31	11	22	34	1.89
70625495--70625716	40	5.6	40	93	2	342	22	22	27	26	2.00
70627171--70627305	35	3.7	37	81	12	163	31	9	24	34	1.88
70633705--70633759	19	2.9	19	77	0	65	21	1	7	69	1.23
70634428--70634492	33	1.9	34	84	3	87	56	1	16	24	1.49
70639779--70639846	23	3.2	23	60	20	56	35	25	10	29	1.89
70639772--70639854	41	2.0	41	100	0	166	33	24	9	32	1.88
70640258--70640329	29	2.3	32	77	15	80	54	6	0	38	1.28
70640258--70640329	31	2.4	30	86	6	92	54	6	0	38	1.28
70640651--70640679	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
70643615--70643675	30	2.0	30	96	0	113	19	29	14	36	1.92
70645789--70645966	58	3.1	58	82	4	216	30	13	14	42	1.83
70655599--70655803	42	4.9	42	80	1	223	31	23	14	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70659842--70659879	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
70663535--70663578	20	2.2	20	100	0	88	38	25	13	22	1.91
70671699--70672180	241	2.0	241	81	4	569	35	18	10	35	1.86
70682103--70682139	19	1.9	19	88	0	56	35	10	13	40	1.80
70684023--70684067	23	2.0	23	86	0	63	31	4	0	64	1.13
70684984--70685088	24	4.2	25	80	8	99	35	17	20	26	1.95
70686895--70686922	13	2.2	13	100	0	56	7	25	35	32	1.83
70689147--70689213	28	2.3	29	80	12	84	29	11	28	29	1.92
70693354--70693444	29	3.2	29	62	20	75	20	17	23	38	1.93
70693339--70693448	55	2.0	55	98	0	211	22	17	21	38	1.93
70694207--70694461	55	4.8	54	80	9	278	35	17	25	21	1.95
70694214--70694463	108	2.4	110	82	9	322	34	18	25	22	1.96
70694653--70694683	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
70696470--70696565	28	3.3	29	84	5	124	27	13	29	30	1.94
70698648--70698831	40	4.6	40	85	4	237	25	26	22	26	2.00
70707683--70707858	40	4.4	40	83	7	182	24	23	27	24	2.00
70707685--70707832	80	1.9	79	87	7	219	22	22	29	25	1.99
70707685--70707858	80	2.2	79	83	8	212	24	22	28	24	2.00
70730041--70730205	46	3.5	47	82	9	171	23	30	18	26	1.98
70738619--70738742	43	2.9	43	78	1	133	28	15	24	32	1.95
70740878--70740963	43	2.0	44	86	2	120	37	24	12	25	1.91
70741798--70741871	33	2.2	33	90	6	123	36	20	17	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70747236--70747286	18	2.9	18	82	11	61	37	1	3	56	1.29
70748249--70748310	31	2.0	31	100	0	124	35	16	12	35	1.87
70750510--70750537	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
70755295--70755456	43	3.8	42	79	9	166	30	26	15	27	1.96
70755295--70755455	86	1.9	85	81	3	198	31	26	15	27	1.96
70760662--70760708	23	2.0	23	100	0	94	31	25	17	25	1.97
70766259--70766383	42	2.9	42	80	9	137	30	28	17	23	1.97
70769170--70769851	140	4.9	140	85	1	904	27	20	21	30	1.98
70769029--70769856	278	3.0	277	85	4	1108	27	20	21	30	1.98
70769031--70769851	418	2.0	406	84	5	1060	27	20	21	30	1.98
70772839--70772892	16	3.4	16	81	0	72	20	5	7	66	1.37
70773873--70774014	38	3.9	35	75	15	121	28	14	11	44	1.81
70774852--70775224	187	2.0	187	97	0	710	35	16	16	31	1.91
70781009--70781059	25	2.0	25	96	0	93	27	9	21	41	1.84
70782328--70782471	66	2.2	65	80	3	155	25	27	26	20	1.99
70782521--70782579	30	2.0	28	84	12	75	20	33	25	20	1.97
70783492--70783551	26	2.3	26	88	0	84	28	21	21	28	1.99
70783590--70783658	24	2.7	26	76	8	72	34	18	21	24	1.96
70783802--70783880	27	3.2	27	62	32	68	40	18	5	35	1.73
70783793--70783889	46	2.1	46	98	0	185	42	17	6	34	1.74
70785112--70785178	30	2.2	30	91	0	107	52	8	1	37	1.42
70786844--70786967	63	2.0	64	87	4	180	31	11	13	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70787891--70787944	27	2.0	26	85	3	72	31	11	12	44	1.78
70788056--70788120	31	2.1	31	94	0	112	26	23	21	29	1.99
70792590--70792807	40	5.5	40	90	2	289	24	22	27	25	2.00
70798467--70798532	24	2.7	23	84	13	71	7	6	16	69	1.32
70807564--70807622	30	2.0	30	82	0	73	28	25	8	37	1.85
70817048--70817182	67	2.0	67	98	0	261	28	28	18	25	1.98
70846507--70846616	55	2.0	55	87	3	159	32	17	19	30	1.94
70847250--70847289	20	2.0	20	100	0	80	30	25	10	35	1.88
70854345--70854408	26	2.4	26	81	5	74	34	23	10	31	1.89
70856097--70856131	17	2.1	17	100	0	70	28	25	22	22	1.99
70863904--70863969	31	2.1	31	88	0	96	51	19	10	18	1.75
70864217--70864256	21	1.9	21	84	0	53	10	47	12	30	1.74
70864709--70864737	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
70869743--70869874	9	14.7	9	68	19	62	37	2	14	46	1.57
70869994--70872021	106	19.2	106	92	2	3337	54	4	6	34	1.47
70870246--70870401	37	4.4	35	63	15	86	57	1	5	35	1.34
70870987--70871142	37	4.4	35	63	15	86	57	1	5	35	1.34
70869994--70872021	741	2.7	741	96	0	3728	54	4	6	34	1.47
70879335--70879375	20	2.0	20	100	0	82	34	31	4	29	1.79
70884522--70884585	19	3.4	19	68	12	60	37	3	0	59	1.13
70884506--70884586	37	2.2	37	95	0	144	39	2	0	58	1.12
70884618--70884673	14	4.0	14	81	9	60	44	33	1	19	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70884618--70884673	7	8.0	7	77	13	53	44	33	1	19	1.61
70898512--70898605	44	2.1	44	92	0	152	39	7	26	26	1.82
70909198--70909226	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
70910320--70910579	45	5.9	45	79	7	248	25	16	25	31	1.97
70917070--70917099	14	2.1	15	93	6	53	30	0	20	50	1.49
70918156--70918264	45	2.4	45	85	0	137	23	17	29	29	1.97
70918614--70918671	28	2.1	28	96	0	107	36	1	20	41	1.63
70918619--70918671	16	3.6	16	75	19	60	35	1	20	41	1.64
70926712--70926870	39	4.1	39	95	0	273	22	30	23	23	1.99
70930061--70930129	27	2.6	27	85	0	84	46	17	14	21	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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