genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.300.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100767186--100767213	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
100768486--100768539	24	2.3	23	83	3	63	42	11	0	46	1.39
100773850--100773964	30	3.8	30	86	2	144	27	47	4	20	1.68
100774486--100774536	23	2.2	24	85	3	68	39	1	5	52	1.37
100774520--100774649	25	5.0	27	73	11	92	33	6	3	56	1.41
100774599--100774684	25	3.6	25	80	7	83	31	6	5	55	1.50
100774601--100774691	23	3.9	24	75	11	73	32	6	5	54	1.49
100774813--100774860	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
100774813--100774864	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
100779215--100779256	16	2.7	15	82	17	50	42	0	2	54	1.13
100786813--100786846	17	2.0	17	100	0	68	52	5	5	35	1.50
100787610--100787658	20	2.6	18	78	15	62	46	0	0	53	1.00
100788426--100788457	6	5.2	6	96	3	55	0	62	0	37	0.95
100789708--100789744	17	2.1	18	90	5	58	29	10	35	24	1.89
100795623--100795667	23	1.9	24	86	4	65	62	0	8	28	1.25
100804240--100804268	12	2.5	12	94	5	51	41	20	0	37	1.53
100808384--100808436	19	2.9	19	78	15	58	69	0	3	26	1.05
100808384--100808436	13	4.3	13	79	13	51	69	0	3	26	1.05
100808381--100808437	24	2.3	24	85	8	71	71	0	3	24	1.01
100812070--100812115	22	2.1	22	91	0	74	41	19	8	30	1.82
100813640--100813741	51	2.0	51	100	0	204	33	15	25	25	1.95
100838370--100838415	22	2.1	22	100	0	92	26	13	30	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100841095--100841244	43	3.5	43	78	8	153	28	14	24	34	1.93
100842304--100842345	22	1.9	22	95	0	75	28	4	26	40	1.76
100843863--100843912	21	2.4	21	86	0	64	24	28	32	16	1.96
100845800--100845862	27	2.3	28	81	8	85	34	0	3	61	1.12
100854501--100854543	22	2.0	22	86	4	61	32	13	23	30	1.93
100857771--100857850	39	2.1	39	95	0	142	33	11	27	27	1.91
100874034--100874079	23	2.0	23	87	8	67	36	15	6	41	1.73
100878078--100878122	24	1.9	23	86	4	63	48	0	40	11	1.39
100885411--100885448	20	1.9	19	94	5	67	39	5	0	55	1.23
100895411--100895456	15	2.9	15	90	6	65	65	2	8	23	1.32
100895405--100895483	15	5.4	14	79	11	63	65	1	8	24	1.28
100895378--100895494	44	2.7	43	77	13	107	62	0	9	27	1.32
100898056--100898097	5	8.2	5	91	2	57	38	0	23	38	1.55
100898506--100898698	45	4.3	45	91	0	296	19	19	20	40	1.92
100898874--100899064	18	10.6	18	77	8	156	35	12	15	37	1.84
100898862--100899144	72	3.8	73	75	11	200	36	12	14	36	1.84
100900266--100900323	17	3.2	16	79	16	53	51	0	24	24	1.48
100905731--100905800	35	2.0	35	100	0	140	31	2	17	48	1.61
100905742--100905798	18	3.2	18	65	5	53	29	3	19	47	1.66
100912754--100912882	27	4.8	28	82	10	160	20	25	20	34	1.96
100912751--100912894	54	2.7	54	90	4	211	18	24	21	35	1.96
100921157--100921225	34	2.0	34	91	0	111	27	20	7	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100922295--100922369	32	2.3	32	86	4	107	26	41	5	26	1.77
100922453--100922543	42	2.2	42	85	0	128	37	27	1	34	1.64
100922471--100922558	42	2.2	40	86	13	121	31	29	0	38	1.58
100925005--100925064	29	2.0	30	87	3	86	33	1	1	63	1.14
100925009--100925076	30	2.3	28	80	9	73	30	4	1	63	1.23
100925086--100925161	19	4.3	19	69	16	63	30	1	3	64	1.20
100925177--100925217	13	2.9	15	75	10	50	41	4	0	53	1.22
100925466--100925523	22	2.5	23	81	16	66	18	1	8	70	1.21
100925533--100925567	18	1.9	18	88	0	52	17	0	8	74	1.06
100934103--100934144	22	1.9	22	85	9	59	50	2	4	42	1.36
100934344--100934406	22	2.8	24	81	13	73	46	20	19	14	1.84
100939294--100939350	22	2.6	22	97	0	105	21	15	0	63	1.31
100940211--100940268	30	1.9	30	86	6	82	22	31	27	18	1.97
100941324--100941349	3	8.7	3	100	0	52	65	34	0	0	0.93
100941437--100941471	3	11.7	3	93	0	61	31	68	0	0	0.90
100943879--100943984	26	4.1	26	93	0	185	32	7	24	35	1.84
100945427--100945490	26	2.4	26	84	5	74	32	25	12	29	1.92
100945595--100945735	27	5.2	27	80	10	146	18	20	23	37	1.94
100945595--100945753	54	3.0	54	87	2	214	19	21	22	37	1.95
100958147--100958175	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
100964487--100964528	20	2.1	20	86	0	57	35	11	2	50	1.52
100967708--100967866	43	3.7	43	85	7	207	31	27	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100971487--100971530	19	2.3	19	96	4	79	29	40	18	11	1.85
100976956--100977011	15	3.7	15	79	13	69	58	5	0	35	1.21
100977044--100977111	17	3.9	17	69	23	52	67	7	1	23	1.24
100982940--100983033	42	2.2	42	86	0	134	19	30	28	21	1.97
100985712--100985795	6	14.3	6	96	1	145	16	1	0	82	0.74
100987938--100988045	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
100989643--100989746	27	3.9	27	83	9	115	20	24	20	35	1.96
100993165--100993267	17	6.6	16	66	26	53	42	1	2	52	1.27
100993177--100993225	18	2.5	19	87	9	64	42	0	2	55	1.11
100995578--100995639	27	2.3	28	81	10	76	58	6	1	33	1.34
101002295--101002350	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
101003830--101003882	26	2.0	26	82	7	63	35	22	15	26	1.93
101008206--101008681	44	10.8	44	75	12	370	28	25	15	29	1.96
101008208--101008637	176	2.4	176	89	0	646	29	25	15	29	1.96
101008334--101008769	220	2.0	220	88	2	644	28	24	16	30	1.97
101009726--101009769	5	8.8	5	85	9	54	0	13	0	86	0.57
101009726--101009769	15	2.9	15	87	9	63	0	13	0	86	0.57
101021034--101021083	13	3.8	13	81	5	64	72	0	8	20	1.10
101022491--101022581	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
101022491--101022588	35	2.7	37	87	12	150	37	10	15	36	1.81
101022780--101022821	18	2.2	20	87	8	61	9	11	9	69	1.38
101022872--101022907	18	2.1	17	89	5	54	25	0	5	69	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101033853--101034440	220	2.7	220	91	0	926	33	19	20	26	1.96
101034383--101034670	78	3.5	78	84	8	344	31	18	25	25	1.97
101034539--101034812	45	6.1	45	77	6	268	31	15	27	25	1.96
101034611--101034812	89	2.3	90	84	5	275	33	14	28	23	1.94
101035155--101035252	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
101035155--101035245	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
101035155--101035268	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
101041566--101041645	39	2.1	39	97	0	151	33	21	16	28	1.95
101043976--101044000	13	1.9	13	100	0	50	48	16	16	20	1.82
101047746--101047779	16	2.1	16	94	0	59	41	0	2	55	1.15
101048422--101048497	26	2.9	25	73	15	64	63	1	1	34	1.11
101048678--101048740	25	2.6	25	82	9	78	26	6	3	63	1.34
101050146--101050170	12	2.1	12	100	0	50	60	8	0	32	1.26
101055137--101055169	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
101055135--101055169	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
101055207--101055244	9	4.2	9	100	0	76	44	10	10	34	1.73
101055586--101055625	20	1.9	21	85	10	55	22	20	0	57	1.41
101065305--101065403	49	2.0	49	100	0	198	49	22	8	20	1.74
101066422--101066474	19	2.8	18	83	13	63	15	3	5	75	1.13
101069266--101069323	24	2.3	25	91	8	100	34	6	6	51	1.55
101072155--101072210	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
101077415--101077463	10	4.9	10	85	9	73	69	2	8	20	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101079449--101079494	15	2.9	15	84	9	56	73	0	2	23	0.94
101079447--101079506	28	2.1	28	82	11	70	76	0	3	20	0.92
101083200--101083231	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
101083963--101084029	33	2.0	33	88	0	98	26	13	20	38	1.90
101084042--101084167	63	2.0	63	95	0	225	26	15	21	36	1.93
101086389--101086447	10	5.9	10	73	15	59	67	5	8	18	1.35
101090131--101090173	22	2.0	22	86	9	61	41	18	23	16	1.89
101091184--101091240	5	11.8	5	82	14	75	57	1	0	40	1.09
101105633--101105670	6	6.3	6	100	0	76	0	68	15	15	1.22
101112323--101112382	27	2.3	27	94	2	104	33	26	18	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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