genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78164838--78165024	78	2.4	78	84	6	211	21	21	29	26	1.99
78171994--78172156	39	4.2	39	92	0	263	21	21	29	27	1.99
78171994--78172194	78	2.6	78	84	3	201	21	22	28	26	1.99
78177987--78178018	17	1.9	16	93	6	55	28	34	18	18	1.95
78178452--78178484	17	1.9	17	93	0	57	42	15	6	36	1.71
78178896--78178957	20	3.1	20	78	0	61	37	17	30	14	1.90
78178885--78179120	40	5.9	40	87	1	285	39	18	27	14	1.90
78178990--78179120	20	6.6	20	71	5	95	41	18	25	13	1.87
78184085--78184164	41	1.9	42	87	2	117	32	30	16	21	1.95
78184053--78184209	45	3.6	44	75	11	155	29	29	17	23	1.97
78185823--78185884	24	2.6	24	89	0	88	35	4	27	32	1.78
78186784--78186830	7	6.1	7	81	18	58	14	2	0	82	0.75
78186774--78186830	25	2.2	25	93	3	96	15	1	0	82	0.75
78186989--78187103	55	2.1	55	96	0	212	37	8	15	38	1.79
78191266--78191357	32	2.8	33	81	6	116	26	17	26	30	1.97
78192594--78192834	47	5.1	47	94	0	419	25	28	11	34	1.91
78196164--78196301	50	2.9	48	82	5	170	25	27	23	23	2.00
78196210--78196304	50	1.9	50	95	0	172	25	27	22	25	2.00
78202206--78202242	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
78204396--78204716	46	7.0	46	92	0	444	38	15	24	21	1.92
78207397--78207452	18	3.2	18	87	2	69	21	14	37	26	1.92
78207401--78207455	6	9.2	6	81	0	56	20	16	40	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78207407--78207455	18	2.7	18	87	0	71	20	16	40	22	1.91
78207530--78207600	11	6.5	11	72	6	54	35	1	0	63	1.03
78207541--78207613	33	2.2	34	80	2	85	38	1	0	60	1.06
78207537--78207602	22	2.8	23	72	9	62	36	1	0	62	1.05
78207632--78207755	60	2.0	62	84	3	162	37	3	6	53	1.43
78207732--78207799	19	3.8	18	70	16	52	38	0	0	61	0.96
78212589--78213102	258	2.0	258	99	0	1010	40	19	17	21	1.91
78218734--78218918	65	2.8	64	80	8	194	62	2	6	29	1.32
78218854--78218895	15	2.6	16	81	7	50	69	4	0	26	1.08
78218838--78218933	32	2.9	33	74	12	92	68	2	6	22	1.23
78220263--78221096	44	18.8	44	72	7	449	29	21	16	32	1.95
78220274--78221040	133	5.8	133	79	4	704	29	21	15	32	1.95
78220550--78221093	89	6.1	89	75	6	406	30	21	15	32	1.94
78229309--78229356	18	2.6	18	86	6	69	66	2	29	2	1.14
78229311--78229356	20	2.4	20	89	7	69	65	2	30	2	1.16
78231506--78231549	21	2.1	21	87	4	63	13	20	38	27	1.90
78231668--78231712	19	2.3	19	78	17	56	33	0	15	51	1.44
78234355--78234393	19	2.1	19	100	0	78	46	10	5	38	1.60
78234895--78234943	22	2.2	22	88	0	71	6	16	20	57	1.60
78235938--78236008	26	2.8	25	75	12	74	52	7	7	33	1.56
78235935--78236126	50	3.9	47	73	18	153	56	5	4	33	1.42
78235931--78236157	24	9.2	24	70	19	130	55	4	4	34	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78235931--78236141	23	8.4	25	74	17	156	55	5	4	34	1.41
78236228--78236267	3	13.3	3	94	0	71	65	2	0	32	1.06
78238385--78238433	7	7.3	7	88	9	75	53	0	0	46	1.00
78248654--78248707	26	2.1	26	89	0	81	44	0	11	44	1.39
78248655--78248707	21	2.6	21	82	8	56	45	0	11	43	1.40
78248991--78249030	20	2.0	20	90	0	62	42	0	10	47	1.37
78250117--78250157	19	2.2	19	83	12	50	60	4	2	31	1.30
78250716--78250771	5	11.4	5	96	3	105	41	0	0	58	0.98
78251094--78251150	15	3.9	15	81	2	71	38	0	10	50	1.37
78251534--78251629	21	4.5	21	84	2	111	15	22	26	35	1.94
78251521--78251629	42	2.5	42	81	8	139	17	22	24	34	1.96
78253048--78253103	21	2.7	21	86	5	78	60	0	5	33	1.19
78253325--78253493	59	2.9	58	85	3	216	24	14	11	49	1.77
78259076--78259170	38	2.5	37	86	3	127	22	23	27	27	1.99
78259087--78259181	37	2.5	38	86	1	120	23	18	27	30	1.98
78259174--78259328	43	3.6	43	96	0	283	10	25	33	29	1.90
78265169--78265224	21	2.7	21	71	0	58	19	28	33	17	1.95
78272052--78272169	40	3.0	40	92	0	191	30	28	17	22	1.97
78275596--78275638	18	2.4	18	88	7	61	30	0	2	67	1.03
78283200--78283279	35	2.3	35	91	6	128	57	3	0	38	1.17
78283200--78283275	33	2.3	34	86	8	95	57	3	0	38	1.17
78289299--78289377	38	2.1	38	95	0	140	40	16	20	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78294310--78294424	23	4.9	24	79	6	121	32	17	23	26	1.97
78294323--78294425	46	2.2	46	86	3	136	31	18	23	27	1.97
78304392--78304468	40	1.9	40	81	5	93	40	22	15	22	1.91
78310385--78310517	43	3.1	41	84	10	167	32	27	16	24	1.96
78321538--78321695	66	2.4	67	79	11	175	20	28	26	24	1.99
78324836--78324905	34	2.1	34	91	5	115	40	12	20	27	1.88
78332794--78332854	31	2.0	31	100	0	122	52	24	13	9	1.70
78334403--78334441	15	2.6	15	88	8	53	51	10	15	23	1.73
78338996--78339055	31	1.9	31	89	0	93	25	21	16	36	1.94
78339267--78339369	23	4.4	24	89	8	133	31	21	17	30	1.96
78339274--78339368	46	2.1	46	90	4	147	32	20	17	29	1.96
78339419--78339465	20	2.3	20	96	0	85	31	19	12	36	1.89
78339502--78339549	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
78345131--78345307	59	3.0	58	89	4	266	36	19	14	29	1.91
78349355--78349675	43	7.5	43	83	4	357	29	27	18	24	1.98
78349355--78349677	85	3.8	84	80	5	337	29	27	18	24	1.98
78349893--78349955	12	5.1	12	75	5	54	69	3	1	25	1.12
78351993--78352059	29	2.2	30	84	5	82	49	4	13	32	1.62
78363661--78363685	10	2.5	10	100	0	50	52	24	12	12	1.72
78364479--78364530	27	2.0	26	92	3	86	51	0	36	11	1.38
78365771--78365861	21	4.3	21	72	10	69	48	27	2	21	1.62
78365771--78365861	14	6.4	14	71	16	62	48	27	2	21	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78366279--78366382	40	2.6	40	85	0	136	33	25	13	26	1.93
78366181--78366518	155	2.2	155	83	4	432	29	22	18	29	1.97
78366428--78366518	40	2.3	40	86	0	128	25	19	21	32	1.97
78366738--78366790	18	2.9	18	88	8	63	16	3	0	79	0.88
78366747--78366807	6	9.8	6	77	12	61	14	1	4	78	0.99
78366747--78366807	18	3.3	18	86	11	70	14	1	4	78	0.99
78371755--78371781	14	1.9	14	100	0	54	18	0	0	81	0.69
78375331--78375608	29	9.6	28	74	9	175	21	28	14	35	1.93
78375399--78375586	58	3.2	57	76	10	193	20	28	14	36	1.92
78375424--78375604	87	2.1	87	90	2	265	20	29	14	35	1.92
78394460--78394569	29	3.9	28	84	3	148	20	20	11	47	1.81
78394462--78394603	57	2.5	57	84	1	176	21	19	12	46	1.83
78395557--78395636	37	2.2	38	78	17	96	27	3	18	50	1.64
78396301--78396369	34	2.0	34	100	0	138	55	5	17	21	1.63
78398074--78398138	17	3.8	17	97	2	121	16	29	40	13	1.88
78404697--78404808	45	2.5	44	80	14	113	27	16	29	25	1.97
78404647--78404914	49	5.6	49	76	11	191	28	19	27	23	1.99
78412374--78412478	44	2.5	42	81	6	113	25	18	26	29	1.98
78413864--78413967	37	2.8	37	92	0	172	27	30	17	24	1.97
78414083--78414481	47	8.4	47	94	1	663	29	29	8	32	1.86
78421073--78421197	66	1.9	67	89	1	198	46	8	25	19	1.78
78424870--78424931	24	2.6	24	87	5	81	43	8	22	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78425018--78425060	21	2.0	21	86	0	59	18	16	16	48	1.81
78425041--78425122	42	2.0	42	87	0	119	15	21	19	42	1.89
78427293--78427390	27	3.6	28	78	6	103	37	8	20	33	1.82
78428965--78429024	30	2.0	31	83	3	77	40	3	8	48	1.50
78433528--78433586	24	2.5	24	97	0	109	23	35	23	16	1.95
78433778--78433902	62	2.1	59	80	7	135	39	3	8	48	1.50
78434644--78434698	10	5.5	10	82	0	65	23	5	3	67	1.28
78434644--78434702	20	3.0	20	84	0	82	22	5	3	69	1.23
78435841--78435866	9	2.9	9	100	0	52	30	0	23	46	1.53
78442675--78442841	39	4.3	39	90	0	255	30	28	22	18	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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