genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  3  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1019701--1019812	56	2.0	56	92	0	188	34	8	17	38	1.82
1023028--1023099	36	2.0	36	97	0	135	34	8	25	31	1.85
1023030--1023107	36	2.2	36	92	0	129	37	7	26	28	1.84
1032419--1032579	52	3.2	50	75	12	152	26	16	26	31	1.97
1033084--1033512	206	2.1	207	96	0	788	24	21	29	24	1.99
1035433--1035523	45	2.0	45	97	0	173	41	10	7	39	1.69
1035658--1035736	31	2.6	31	82	6	90	26	13	8	50	1.71
1037451--1037611	84	1.9	85	88	5	245	30	29	9	30	1.88
1042890--1043164	143	1.9	142	87	0	397	49	11	10	28	1.73
1043921--1043970	21	2.4	22	80	10	59	60	2	2	36	1.20
1048392--1048600	115	1.8	115	94	0	373	31	24	11	32	1.91
1052852--1052889	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
1054407--1054481	21	3.2	24	62	27	61	33	14	10	41	1.81
1054408--1054500	46	2.0	46	100	0	186	32	15	10	41	1.81
1055661--1055724	31	2.1	31	100	0	128	34	9	21	34	1.86
1057078--1057163	30	2.9	30	73	11	79	46	0	3	50	1.18
1063076--1063107	15	2.1	15	94	0	55	18	12	15	53	1.73
1066189--1066232	21	2.1	21	84	12	56	31	6	2	59	1.36
1069265--1069314	25	2.0	24	81	14	57	48	2	6	44	1.39
1069327--1069391	31	2.2	31	88	5	98	41	7	9	41	1.65
1071508--1071803	119	2.5	119	84	2	398	43	17	17	21	1.88
1073327--1073357	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1078059--1078122	31	2.1	31	87	0	92	37	4	7	50	1.52
1086525--1086581	27	2.1	27	93	0	96	24	19	10	45	1.81
1089236--1089283	11	4.4	11	89	0	69	2	56	0	41	1.11
1100376--1100403	6	4.7	6	100	0	56	14	17	17	50	1.79
1106409--1106460	24	2.2	24	89	0	77	25	13	13	48	1.79
1107890--1108138	44	5.5	44	86	6	336	31	14	23	30	1.95
1107890--1108090	88	2.3	88	100	0	402	30	15	24	29	1.95
1108023--1108138	51	2.3	51	95	0	205	32	12	24	31	1.91
1109912--1109967	28	2.0	29	86	10	80	35	7	8	48	1.62
1110719--1110764	6	7.7	6	90	0	74	47	17	0	34	1.48
1110829--1110862	6	5.7	6	96	0	59	47	32	2	17	1.63
1110633--1110952	105	3.0	105	89	1	478	47	17	5	28	1.71
1110847--1111022	90	2.0	88	82	7	214	49	14	7	27	1.71
1113692--1113887	66	3.0	65	84	4	250	35	27	11	25	1.91
1114283--1114334	21	2.7	20	83	16	65	34	0	0	65	0.93
1114292--1114334	22	2.0	22	91	8	72	34	0	0	65	0.93
1114487--1114535	16	2.8	18	71	22	50	30	0	2	67	1.02
1115785--1115864	29	2.6	30	88	5	108	31	8	13	46	1.74
1115785--1115873	29	3.0	29	85	8	90	31	10	13	44	1.77
1116059--1116117	31	2.0	30	83	6	75	45	11	6	35	1.67
1116054--1116120	31	2.3	27	76	14	71	43	10	7	38	1.67
1135265--1135302	14	2.6	15	87	8	60	47	0	2	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1137923--1137972	23	2.2	24	82	13	61	36	4	6	54	1.44
1143297--1143394	31	3.3	30	75	16	96	25	8	14	52	1.69
1143297--1143367	27	2.5	28	84	13	83	26	7	11	54	1.61
1144213--1144266	26	2.1	26	96	0	99	20	3	14	61	1.49
1144218--1144265	9	5.4	9	80	5	53	22	2	12	62	1.40
1144390--1144461	32	2.2	32	95	0	126	26	9	4	59	1.47
1147260--1147743	240	2.0	240	99	0	950	42	20	11	25	1.85
1149380--1149419	3	13.0	3	89	5	53	70	2	27	0	1.01
1155622--1155663	20	2.0	21	81	9	50	59	9	9	21	1.57
1161931--1161955	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
1166582--1166610	15	1.9	15	100	0	58	34	37	0	27	1.57
1177579--1177618	21	2.1	19	86	13	55	55	12	7	25	1.63
1180942--1181185	132	1.8	132	90	0	389	36	19	18	25	1.94
1189623--1189680	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
1189891--1189922	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
1190017--1190257	50	4.8	50	90	2	369	26	23	30	19	1.98
1197135--1197192	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
1197404--1197434	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
1197529--1197721	50	3.8	50	94	0	323	26	22	30	20	1.98
1205076--1205185	49	2.2	50	86	1	150	25	12	20	41	1.87
1207539--1207641	31	3.4	30	78	4	107	43	16	1	37	1.59
1208504--1208543	20	2.0	20	100	0	80	50	15	5	30	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1213559--1213815	131	2.0	131	91	0	415	26	17	19	35	1.94
1214786--1214813	13	2.2	13	100	0	56	25	28	7	39	1.82
1215304--1215337	6	5.3	6	86	13	50	64	0	20	14	1.28
1217728--1217764	7	5.3	7	90	0	56	37	5	29	27	1.79
1217683--1217805	58	2.1	57	93	1	210	34	12	23	30	1.91
1220115--1220150	18	2.0	18	94	0	63	36	0	0	63	0.94
1227421--1227445	12	2.1	12	100	0	50	24	20	32	24	1.98
1228736--1228849	61	1.9	60	85	8	160	24	12	13	50	1.75
1229519--1229600	30	2.6	31	80	5	94	48	14	15	20	1.80
1238818--1238848	15	2.1	15	100	0	62	48	25	6	19	1.72
1243517--1244015	57	9.1	55	68	23	227	29	9	32	28	1.89
1243534--1243625	45	2.0	45	89	0	139	25	9	33	31	1.88
1243503--1243900	108	3.7	108	95	0	717	28	9	33	28	1.88
1243642--1243733	45	2.0	45	87	4	132	23	11	33	30	1.91
1243750--1243840	44	2.0	45	89	2	139	24	12	34	29	1.91
1243503--1243900	215	1.8	216	95	1	728	28	9	33	28	1.88
1243853--1244066	57	3.7	57	89	1	304	32	10	28	28	1.90
1252368--1252540	57	3.1	57	91	0	285	32	10	27	29	1.91
1252465--1252702	105	2.3	105	81	2	273	32	12	28	26	1.93
1255573--1255603	15	2.1	15	100	0	62	45	29	6	19	1.75
1256703--1256751	26	1.9	25	84	12	64	38	10	0	51	1.36
1259223--1260417	227	5.2	227	85	4	1524	35	14	15	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1259233--1260417	461	2.6	450	85	4	1527	35	14	15	34	1.88
1261730--1261787	22	2.6	22	83	2	71	15	6	15	62	1.53
1261822--1261851	9	3.3	9	95	0	51	36	0	0	63	0.95
1271002--1271031	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
1273419--1273493	3	25.0	3	100	0	150	0	33	0	66	0.92
1274219--1274566	140	2.5	141	91	5	561	32	16	18	33	1.93
1274568--1274634	3	22.3	3	100	0	134	32	0	67	0	0.91
1285017--1285215	93	2.1	93	80	3	213	27	18	26	27	1.98
1285134--1285365	75	3.1	75	89	1	322	30	22	26	21	1.99
1289264--1289302	18	2.2	18	85	0	51	38	7	15	38	1.76
1296137--1296178	16	2.6	17	85	11	61	19	0	26	54	1.44
1296137--1296181	15	2.9	15	81	18	56	24	0	24	51	1.49
1296168--1296373	96	2.1	97	79	8	233	40	1	16	41	1.57
1296462--1296998	126	4.3	126	88	1	801	34	18	21	26	1.96
1296448--1296998	250	2.2	251	90	1	847	34	18	20	26	1.96
1300013--1300280	116	2.3	116	95	0	473	48	7	3	39	1.50
1300665--1300707	18	2.4	18	92	0	68	44	11	27	16	1.82
1300761--1300819	30	2.0	30	83	6	75	5	16	45	32	1.70
1302502--1302551	20	2.4	22	83	10	68	38	0	32	30	1.58
1302502--1302559	11	5.5	10	80	15	64	39	0	29	31	1.57
1302502--1302565	31	2.1	31	88	5	94	40	0	28	31	1.57
1302921--1303056	67	2.0	68	95	1	247	28	15	12	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1303490--1303523	17	2.1	16	88	5	50	32	14	0	52	1.42
1303739--1303966	46	5.0	46	87	0	285	20	23	14	40	1.90
1303744--1303964	92	2.4	92	87	0	316	19	23	14	41	1.89
1306130--1306166	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
1307740--1307806	29	2.3	29	82	7	82	41	17	7	32	1.78
1314782--1314823	22	1.9	23	85	9	61	57	0	7	35	1.26
1315399--1315431	18	1.9	17	88	11	50	66	3	0	30	1.06
1316837--1316875	19	2.1	19	100	0	78	20	0	15	64	1.30
1316884--1316913	9	3.3	9	90	0	51	46	16	13	23	1.82
1318292--1318332	2	20.5	2	89	0	64	48	2	2	46	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362